genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83874018--83874101	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
83875449--83875575	63	2.0	63	93	0	218	32	13	20	33	1.91
83875818--83875860	12	3.6	11	81	12	50	2	25	2	69	1.12
83876680--83876773	38	2.6	35	79	5	107	32	14	17	35	1.90
83879774--83879843	34	2.1	34	100	0	140	22	14	25	37	1.92
83881748--83881932	92	2.0	93	94	1	327	17	11	14	56	1.67
83882370--83882419	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
83883665--83883702	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
83885600--83885873	46	6.0	46	91	0	397	40	14	22	22	1.91
83886877--83886919	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
83887005--83887042	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
83889294--83889341	18	2.5	19	80	10	62	52	0	0	47	1.00
83900322--83900347	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
83906990--83907033	22	2.0	22	86	8	63	54	0	0	45	0.99
83906974--83907037	31	2.1	30	85	8	85	57	0	0	42	0.98
83907920--83907948	12	2.3	13	94	5	51	20	0	13	65	1.26
83908957--83909012	20	2.9	18	81	10	58	57	1	0	41	1.09
83909518--83909567	24	2.1	24	84	0	64	28	2	2	68	1.12
83911260--83911292	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
83912975--83913011	15	2.6	15	83	8	51	48	0	0	51	1.00
83916938--83916984	14	3.4	14	83	13	53	0	23	0	76	0.78
83918002--83918037	19	1.9	19	94	5	65	41	0	22	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83918980--83919040	12	5.0	12	78	4	68	44	16	9	29	1.80
83920850--83920888	14	2.8	14	96	0	69	43	7	15	33	1.75
83921429--83921466	16	2.3	17	86	9	60	42	0	0	57	0.98
83921478--83921533	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
83925826--83925858	15	2.3	15	90	10	52	27	0	0	72	0.85
83934574--83934806	49	4.7	50	83	2	290	26	18	26	29	1.98
83942467--83942554	36	2.4	36	81	3	88	30	5	20	43	1.75
83943237--83943277	17	2.4	17	83	0	55	34	12	17	36	1.87
83948713--83948820	26	4.2	26	90	2	164	35	23	8	33	1.85
83954778--83954845	34	2.0	34	97	0	127	44	13	20	22	1.86
83956218--83956250	12	2.8	12	100	0	66	0	66	0	33	0.92
83961469--83961501	16	2.1	16	94	5	59	60	0	0	39	0.97
83972255--83972335	22	3.7	22	84	0	99	13	16	22	48	1.80
83972279--83972345	22	3.0	22	84	4	91	11	17	19	50	1.77
83983654--83983837	40	4.6	40	80	10	189	25	27	21	25	1.99
83983656--83983838	79	2.3	81	83	7	223	25	27	21	25	2.00
83986316--83986391	22	3.4	21	66	16	55	44	18	18	18	1.87
83986739--83986810	27	2.7	27	95	0	126	30	16	15	37	1.90
83986739--83986822	27	3.1	26	81	10	98	29	15	14	40	1.87
83987431--83987639	27	7.8	26	79	5	161	33	9	16	41	1.79
83987431--83987600	54	3.1	54	79	9	195	32	8	17	41	1.80
83987454--83987639	81	2.3	78	82	7	228	33	8	16	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83992187--83992228	15	2.8	15	81	0	57	19	14	14	52	1.75
83993004--83993057	27	2.0	27	96	0	99	33	16	18	31	1.93
84000309--84000427	47	2.5	46	82	7	141	30	21	26	21	1.98
84000305--84000521	46	4.7	47	78	10	198	28	20	28	22	1.98
84013848--84013891	21	2.1	21	83	8	54	56	18	20	4	1.58
84015460--84015547	15	5.2	17	70	22	53	2	20	2	75	1.03
84021184--84021330	47	3.1	47	90	0	222	29	12	11	45	1.78
84022133--84022352	45	5.0	45	86	4	297	23	21	28	26	1.99
84022880--84022912	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
84023998--84024030	17	2.0	16	94	5	57	6	30	0	63	1.18
84026264--84026532	46	5.8	46	77	11	262	21	19	28	30	1.98
84026260--84026524	93	2.8	93	93	0	440	21	19	29	29	1.98
84029397--84029464	15	4.6	15	79	3	75	11	17	13	57	1.65
84029388--84029474	29	3.0	29	78	11	79	10	17	16	56	1.67
84029395--84029471	15	5.4	14	73	15	68	10	16	16	55	1.68
84031854--84032010	38	3.7	39	85	13	165	20	19	29	30	1.97
84031905--84031966	20	3.2	20	68	22	60	17	16	32	33	1.92
84033511--84033625	27	4.3	26	89	5	149	19	21	22	36	1.95
84039996--84040142	47	3.1	47	93	0	240	29	12	13	44	1.80
84041182--84041293	27	4.2	26	83	7	134	36	24	23	16	1.94
84041182--84041293	54	2.1	54	86	3	154	36	24	23	16	1.94
84042723--84042771	24	2.0	24	92	0	80	22	40	6	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84043837--84044057	45	5.0	45	87	2	297	23	21	28	25	1.99
84044585--84044617	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
84049690--84049732	17	2.4	18	73	7	52	53	2	4	39	1.34
84055042--84055069	13	2.2	13	100	0	56	57	25	0	17	1.41
84055306--84055399	12	7.4	12	73	21	52	3	19	3	74	1.09
84055306--84055368	30	2.2	30	85	5	85	1	22	3	73	1.07
84055302--84055392	15	6.6	14	75	17	59	2	19	3	74	1.06
84055306--84055386	30	2.8	30	79	7	78	1	20	3	74	1.05
84058126--84058169	22	2.0	22	86	0	61	38	2	2	56	1.24
84069160--84069226	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
84069277--84069372	23	4.1	23	93	2	156	29	20	18	31	1.97
84069552--84069615	31	2.1	30	85	2	83	39	15	20	25	1.92
84075502--84075723	39	5.6	39	85	6	254	25	28	22	23	1.99
84083608--84083831	40	5.7	40	85	6	262	25	28	22	23	1.99
84083610--84083831	118	1.9	120	83	7	292	25	28	22	23	1.99
84090819--84090865	21	2.2	21	84	0	58	25	21	31	21	1.98
84095150--84095662	172	2.9	176	86	3	601	28	18	24	28	1.98
84095553--84095838	149	1.9	147	82	4	360	30	15	22	31	1.95
84107392--84107535	54	2.7	54	82	10	179	40	18	25	15	1.89
84107392--84107540	53	2.8	51	81	6	172	42	18	24	15	1.88
84108653--84109353	177	4.0	176	80	5	591	29	16	23	29	1.97
84113705--84113745	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84113807--84114465	324	2.0	324	97	0	1228	24	26	22	27	2.00
84115256--84115372	46	2.5	46	79	8	130	25	29	17	27	1.98
84117187--84117232	22	2.1	23	88	8	69	60	4	0	34	1.16
84118862--84118890	13	2.1	14	93	6	51	82	0	0	17	0.66
84123939--84123989	22	2.3	22	89	0	75	39	19	5	35	1.76
84123947--84123990	22	2.0	22	95	0	79	38	22	4	34	1.75
84126175--84126350	88	2.0	88	93	0	298	39	20	6	32	1.79
84127922--84127972	6	8.8	6	82	8	52	54	0	45	0	0.99
84127987--84128022	6	5.8	6	90	3	54	80	0	19	0	0.71
84127994--84128040	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
84127986--84128025	12	3.2	12	89	3	62	77	0	22	0	0.77
84128071--84128126	27	2.1	27	83	12	71	42	0	8	48	1.34
84128482--84128510	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
84128506--84129401	434	2.0	436	90	4	1412	59	7	5	27	1.48
84128506--84129401	148	6.1	146	89	4	1323	59	7	5	27	1.48
84135442--84135520	39	2.0	39	97	0	149	30	21	5	43	1.74
84136081--84136478	131	3.0	131	78	2	413	27	19	18	33	1.95
84139290--84139344	27	2.0	27	92	0	92	10	38	29	21	1.88
84139551--84139600	25	1.9	27	88	8	77	0	14	14	72	1.14
84143672--84143727	21	2.6	22	77	5	62	16	33	26	23	1.95
84152679--84152860	40	4.6	40	89	2	251	26	21	26	24	2.00
84162934--84162990	28	2.0	28	100	0	114	47	3	35	14	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84175546--84175615	34	2.1	34	86	2	97	52	1	14	31	1.50
84178897--84178943	22	2.1	22	96	0	85	36	17	8	38	1.80
84186371--84186398	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
84189916--84189950	8	4.2	8	96	3	61	48	0	0	51	1.00
84189980--84190020	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
84190824--84190871	22	2.0	24	84	11	64	43	14	0	41	1.45
84201429--84201453	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
84218629--84218797	93	1.8	91	93	2	293	28	28	20	22	1.99
84218626--84218805	47	4.0	43	74	16	141	28	28	20	22	1.98
84226198--84226368	46	3.7	46	78	4	209	28	27	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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