genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28849265--28849326	22	2.9	21	79	15	65	41	40	0	17	1.50
28849319--28849370	22	2.4	22	90	3	79	48	30	0	21	1.51
28849244--28849375	7	18.6	7	73	9	70	46	32	0	21	1.52
28850210--28850243	17	1.9	18	88	5	52	26	0	23	50	1.50
28850312--28850491	41	4.4	42	85	3	208	21	24	20	34	1.96
28851262--28851298	10	3.5	11	89	10	60	0	21	0	78	0.75
28851261--28851298	14	2.8	14	96	4	69	0	21	0	78	0.74
28854834--28854897	32	2.0	32	96	0	119	39	32	6	21	1.79
28870505--28870572	30	2.3	29	76	5	73	48	17	8	25	1.76
28870607--28870646	21	1.9	21	89	0	62	25	20	30	25	1.99
28871794--28871825	9	3.6	9	95	0	55	0	28	0	71	0.86
28873441--28873473	15	2.2	15	89	10	50	27	0	9	63	1.24
28874933--28874975	2	21.5	2	95	0	77	48	0	51	0	1.00
28879377--28879413	9	3.9	9	86	13	56	72	2	21	2	1.09
28879377--28879437	29	2.1	29	81	6	70	70	3	21	4	1.21
28883814--28883972	27	5.9	27	80	11	166	35	21	24	18	1.95
28883832--28883975	54	2.7	54	91	2	227	36	22	24	16	1.94
28885593--28885700	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
28886279--28886387	34	3.1	34	63	19	80	25	22	21	30	1.99
28886217--28886504	70	4.1	70	86	1	344	24	20	23	31	1.98
28886356--28886465	34	3.2	33	67	12	78	24	23	24	27	2.00
28886323--28886504	36	5.2	36	66	10	106	24	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28902571--28902741	33	5.2	33	89	0	184	36	23	9	30	1.87
28902582--28902747	32	5.1	32	89	0	161	36	22	10	30	1.89
28914075--28914121	17	2.8	17	80	9	51	4	31	0	63	1.13
28920368--28920403	17	2.1	17	89	0	54	47	2	8	41	1.48
28926731--28926902	40	4.3	40	82	0	200	30	20	22	26	1.98
28927335--28927373	15	2.6	14	84	11	51	17	0	43	38	1.50
28932354--28932499	69	2.1	69	80	2	168	31	16	18	33	1.93
28932385--28932622	121	2.0	121	82	3	291	29	18	18	33	1.95
28932506--28932791	69	4.1	69	80	3	308	27	17	19	35	1.94
28934775--28934864	40	2.2	40	86	2	117	31	22	24	22	1.99
28934793--28934870	40	1.9	41	92	2	131	30	23	20	25	1.98
28934792--28934880	40	2.2	40	86	4	126	34	23	19	22	1.96
28935089--28935188	40	2.5	39	78	13	105	30	19	15	36	1.92
28939281--28939324	22	2.0	22	86	0	61	43	0	0	56	0.99
28940504--28940694	43	4.4	43	82	1	222	26	15	28	29	1.96
28940504--28940694	86	2.2	86	86	0	256	26	15	28	29	1.96
28964150--28964207	29	2.0	29	100	0	116	24	13	24	37	1.91
28965382--28965406	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
28980949--28980987	18	2.1	19	90	4	62	33	10	17	38	1.84
28984120--28984260	41	3.4	42	80	9	132	29	26	17	26	1.97
28984165--28984340	40	4.4	40	82	6	187	28	23	17	30	1.97
28985876--28985916	14	3.0	14	75	17	50	70	9	14	4	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28986828--28986962	40	3.4	40	75	9	134	26	17	23	31	1.97
28990112--28990384	46	5.9	46	90	2	370	40	13	23	21	1.89
29003137--29003170	16	2.0	17	88	11	52	17	29	17	35	1.93
29005054--29005110	30	1.9	30	96	0	105	36	14	14	35	1.86
29006623--29006656	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
29008082--29008124	23	2.0	23	86	9	63	51	0	2	46	1.13
29009364--29009563	100	2.0	100	99	0	391	40	20	15	24	1.91
29021265--29021304	20	2.0	20	95	0	71	47	10	7	35	1.65
29023614--29023665	27	1.9	27	84	7	70	67	0	1	30	1.02
29023613--29023677	24	2.6	25	76	16	71	63	1	4	30	1.24
29023733--29024129	3	131.7	3	64	16	65	58	3	7	30	1.44
29024036--29024083	13	3.6	13	78	13	53	62	0	4	33	1.14
29024102--29024136	15	2.2	16	90	5	54	62	2	2	31	1.24
29024760--29024806	22	2.1	22	84	7	60	74	2	6	17	1.12
29025680--29026128	44	10.2	43	65	13	164	25	24	20	30	1.99
29025548--29026132	132	4.4	132	84	0	706	25	24	20	29	1.99
29033977--29034021	23	2.0	23	86	8	65	37	8	11	42	1.72
29037965--29037994	15	2.0	15	93	0	51	26	3	0	70	1.03
29038132--29038193	25	2.5	24	75	17	63	32	9	1	56	1.41
29046251--29046423	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
29046248--29046418	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
29049371--29049420	15	3.3	15	97	0	91	12	18	12	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29051793--29051964	46	3.7	46	77	14	201	22	20	27	29	1.99
29051790--29051959	92	1.8	93	94	1	306	21	21	28	28	1.99
29053279--29053995	178	4.0	178	89	0	1076	30	17	23	28	1.97
29054011--29054460	44	10.5	44	64	15	136	34	21	21	22	1.97
29054013--29054180	88	1.9	88	93	0	291	33	22	22	22	1.97
29054108--29054251	76	1.9	76	85	5	202	34	20	22	22	1.96
29054020--29054322	164	1.8	164	91	0	498	34	21	21	22	1.97
29054184--29054432	88	2.8	87	86	1	327	35	20	22	21	1.96
29054184--29054460	88	3.2	85	81	5	302	35	20	22	22	1.96
29054272--29054525	132	1.9	132	87	4	370	34	21	23	20	1.97
29055281--29055334	23	2.5	23	82	8	60	61	5	0	33	1.19
29055344--29055405	25	2.5	23	75	17	54	56	0	9	33	1.32
29055541--29055586	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
29055506--29055604	29	3.4	28	72	22	71	63	0	8	28	1.22
29055566--29055606	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
29055541--29055601	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
29059640--29060247	85	7.1	85	88	1	815	19	21	21	37	1.95
29059756--29060235	42	11.3	42	62	18	138	19	20	21	38	1.94
29060045--29060248	41	4.8	44	65	20	128	17	19	24	38	1.92
29059640--29060255	256	2.4	255	86	2	824	19	21	21	37	1.95
29060019--29060235	41	5.1	41	63	16	102	18	19	22	39	1.93
29060642--29060707	33	2.0	33	100	0	132	36	12	12	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29066702--29066755	23	2.5	23	82	8	60	61	5	0	33	1.19
29066957--29067033	14	5.4	14	70	20	52	66	3	6	23	1.32
29068072--29068118	19	2.5	20	86	6	62	40	10	23	25	1.87
29071913--29072267	3	119.7	3	65	16	73	59	3	6	30	1.42
29072240--29072274	15	2.2	16	90	5	54	62	2	2	31	1.24
29076371--29076415	13	3.5	13	75	0	54	24	8	28	37	1.86
29081827--29081889	30	2.1	31	88	5	94	60	1	0	38	1.07
29083717--29083744	14	2.0	14	100	0	56	57	21	7	14	1.61
29084224--29084421	58	3.4	56	80	7	175	37	3	12	47	1.56
29084382--29084426	20	2.2	20	92	0	72	33	0	15	51	1.44
29084388--29084445	20	2.6	23	73	18	68	41	0	10	48	1.37
29084534--29084635	40	2.5	42	85	7	138	31	20	13	34	1.92
29086387--29086420	18	1.9	17	94	5	59	55	2	0	41	1.15
29086788--29086823	19	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
29091952--29091983	16	2.1	16	88	11	50	59	18	0	21	1.38
29094554--29095123	176	3.2	174	88	4	788	27	23	17	31	1.97
29094857--29095123	88	3.0	86	63	19	190	28	23	17	30	1.97
29096252--29096277	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
29096706--29096730	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
29102000--29102079	40	2.0	40	100	0	160	32	37	2	27	1.70
29101999--29102061	17	3.1	22	68	32	59	31	36	1	30	1.67
29102013--29102074	17	3.3	17	69	30	54	32	37	1	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29111756--29111803	24	2.0	24	87	0	69	64	0	0	35	0.94
29112103--29112148	22	2.0	24	87	8	69	45	0	0	54	0.99
29124340--29124378	16	2.4	16	91	0	60	35	5	25	33	1.78
29124360--29124453	44	2.1	44	84	4	116	34	4	25	36	1.76
29129389--29129426	11	3.3	12	89	10	62	47	0	52	0	1.00
29129391--29129434	22	2.0	22	86	8	63	43	0	56	0	0.99
29129922--29129990	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
29130695--29131819	74	14.8	72	74	13	618	33	20	16	29	1.95
29130695--29131994	233	5.8	222	76	14	1036	33	20	16	29	1.95
29131089--29131819	75	9.8	73	84	8	875	32	20	17	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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