genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67954367--67954470	52	2.0	52	86	3	147	15	25	31	26	1.96
67960783--67960966	40	4.8	38	82	10	223	22	21	27	28	1.99
67960772--67960966	78	2.5	79	84	8	267	23	21	27	27	1.99
67960783--67960966	38	4.8	38	83	10	232	22	21	27	28	1.99
67968605--67968769	40	4.2	40	92	3	255	23	23	27	26	2.00
67972100--67972130	15	2.1	15	93	0	53	70	0	22	6	1.09
67972124--67972187	21	3.0	20	80	13	58	67	0	23	9	1.20
67972303--67972344	18	2.3	19	84	8	52	73	2	21	2	1.06
67972520--67972590	36	2.0	36	97	0	133	36	9	16	36	1.82
67990145--67990181	20	1.9	18	89	10	56	35	18	0	45	1.50
67992959--67993160	46	4.5	44	78	12	151	23	28	21	26	1.99
67993002--67993213	46	4.6	46	82	5	189	22	30	20	26	1.98
67994824--67994860	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
67995558--67995678	50	2.4	51	83	6	156	37	14	13	34	1.86
67997698--67997929	49	4.7	49	81	9	265	27	18	25	28	1.98
68002281--68002308	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
68007488--68007682	49	3.9	49	84	4	239	25	18	25	30	1.98
68007488--68007676	100	1.9	100	89	0	297	24	19	25	30	1.98
68012575--68012748	49	3.5	49	86	3	258	25	18	25	29	1.98
68012574--68012762	100	1.9	100	94	0	333	26	18	25	29	1.98
68012574--68012795	100	2.2	100	87	3	295	27	18	26	28	1.98
68017750--68017992	49	4.9	50	76	5	224	26	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68020237--68020408	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
68020232--68020404	46	3.7	46	78	10	199	28	28	20	21	1.98
68020234--68020424	46	4.1	46	71	15	135	29	28	20	21	1.98
68022336--68022413	15	5.2	15	74	9	61	53	15	19	11	1.71
68025333--68025508	46	3.8	46	81	4	219	28	30	20	20	1.98
68025338--68025528	46	4.1	46	72	15	135	29	29	20	20	1.98
68026994--68027080	27	3.2	27	90	0	111	29	16	14	39	1.88
68027067--68027348	27	10.4	27	81	5	302	30	10	19	39	1.85
68027036--68027348	81	3.9	81	85	2	351	30	10	19	39	1.86
68027369--68027447	26	3.0	27	76	10	81	32	8	20	37	1.83
68027268--68027447	99	1.8	100	81	6	231	31	11	20	36	1.89
68027746--68027851	28	3.8	28	79	1	113	25	32	14	28	1.94
68032328--68032366	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
68034261--68034303	19	2.4	19	92	7	72	62	4	11	20	1.46
68036280--68036358	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
68036492--68037414	47	19.4	47	92	3	1418	29	30	8	31	1.87
68037385--68037437	22	2.4	22	96	3	97	35	32	0	32	1.58
68037338--68037484	69	2.1	69	96	1	267	31	31	6	31	1.82
68040792--68040987	40	4.9	40	84	2	198	25	27	22	23	2.00
68040805--68040987	80	2.3	81	82	5	221	25	27	23	24	2.00
68041292--68041370	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68041352--68041454	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68043300--68043378	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
68043497--68044291	47	16.9	47	94	0	1297	28	31	8	31	1.87
68049297--68049356	30	2.0	31	83	3	77	16	23	18	41	1.90
68051872--68051966	25	3.8	25	94	0	163	25	24	23	27	2.00
68051872--68051979	25	4.4	24	86	8	137	27	22	23	26	1.99
68052213--68052277	31	2.1	31	85	5	87	30	13	24	30	1.94
68054086--68054188	28	3.7	28	80	5	127	25	14	33	27	1.94
68061588--68061889	27	11.2	27	83	4	385	27	23	9	39	1.86
68061557--68061899	54	6.4	53	83	5	352	27	23	10	38	1.87
68061894--68062068	27	6.5	27	82	3	183	37	19	18	24	1.94
68061894--68062060	54	3.1	54	86	6	232	37	19	17	25	1.93
68061902--68062061	81	2.0	80	85	3	214	37	20	18	24	1.94
68061894--68062084	54	3.6	54	87	1	224	36	18	19	25	1.94
68062285--68062367	27	3.1	26	84	5	85	20	21	20	37	1.95
68062653--68062748	27	3.6	25	80	12	77	17	22	21	37	1.94
68062678--68062751	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
68062869--68063087	6	36.3	6	75	11	198	19	19	13	47	1.82
68065686--68066084	47	8.4	47	94	2	681	32	8	30	29	1.87
68066202--68066280	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
68068138--68068240	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
68068222--68068295	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
68068642--68068796	80	2.0	80	83	6	201	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68068604--68068796	40	4.9	40	78	8	166	25	22	26	24	2.00
68072307--68072751	47	9.3	47	92	6	743	32	8	28	30	1.86
68072307--68072751	146	3.1	142	92	6	754	32	8	28	30	1.86
68072911--68072988	37	2.1	37	86	6	106	25	17	30	25	1.97
68078861--68078900	21	1.9	21	85	10	55	30	7	22	40	1.81
68080700--68080884	39	4.7	39	88	2	273	19	21	30	29	1.97
68088744--68089005	39	6.7	39	90	1	382	19	19	29	30	1.97
68088744--68089005	117	2.2	117	91	0	425	19	19	29	30	1.97
68090964--68091047	42	2.0	42	97	0	159	22	26	5	45	1.75
68094639--68094836	40	4.9	40	91	0	315	23	18	27	30	1.97
68094639--68094862	80	2.8	80	85	1	234	24	18	27	29	1.98
68102842--68103159	40	7.9	40	95	0	564	22	21	29	26	1.99
68110659--68110696	19	2.0	19	100	0	76	21	26	36	15	1.93
68110663--68110704	19	2.2	19	91	0	66	26	26	33	14	1.94
68114229--68114348	48	2.5	48	83	2	145	27	21	15	35	1.93
68116905--68117026	26	4.6	27	80	7	99	41	19	9	28	1.83
68116905--68117026	27	4.6	26	80	9	113	41	19	9	28	1.83
68117012--68117199	27	7.0	27	87	6	265	35	16	20	27	1.94
68117541--68117600	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
68117719--68117819	6	16.3	6	67	20	57	18	20	13	46	1.83
68117722--68117793	19	3.8	19	71	20	60	18	23	15	43	1.88
68117756--68117787	13	2.5	13	94	0	55	18	28	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68120494--68120526	13	2.5	13	90	9	50	0	27	0	72	0.85
68120736--68120766	8	3.9	8	91	0	53	64	0	0	35	0.94
68126364--68126412	19	2.5	20	77	12	57	26	0	18	55	1.43
68129876--68129959	42	2.0	41	82	13	100	61	3	23	10	1.44
68131154--68131202	19	2.5	20	77	12	57	28	2	16	53	1.54
68134219--68134259	22	1.9	22	85	5	57	12	2	56	29	1.49
68135202--68135234	16	2.1	16	100	0	66	36	6	0	57	1.23
68136093--68136162	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
68136093--68136190	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
68144813--68144859	24	1.9	25	86	4	69	34	25	17	23	1.96
68144907--68144962	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
68144896--68144962	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
68145012--68145200	23	8.0	23	80	7	202	30	20	20	29	1.97
68145012--68145178	47	3.6	47	91	0	255	30	19	19	29	1.97
68152142--68152405	47	5.7	44	75	13	169	27	19	29	22	1.98
68152185--68152407	47	4.8	48	81	8	246	26	19	30	22	1.98
68152142--68152407	140	1.9	141	85	5	369	27	19	30	22	1.98
68156760--68156860	40	2.5	40	96	0	184	30	29	18	20	1.97
68160807--68160879	33	2.2	33	90	4	112	21	26	21	30	1.99
68163198--68163369	93	1.8	93	88	2	265	29	27	19	22	1.98
68163190--68163365	46	3.8	46	76	15	182	30	27	19	22	1.98
68165294--68165356	15	4.1	16	82	12	78	58	15	15	9	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68168303--68168469	46	3.6	45	76	12	160	28	27	21	22	1.99
68168302--68168473	93	1.8	93	89	0	272	28	27	21	22	1.99
68169839--68169930	41	2.1	42	90	7	141	22	19	31	26	1.98
68173809--68173979	45	3.8	45	80	13	206	29	27	21	21	1.99
68173814--68173982	92	1.8	92	93	2	295	28	28	21	21	1.99
68175548--68175627	15	5.4	14	75	7	61	8	18	15	57	1.63
68178011--68178183	46	3.7	46	78	4	186	21	19	30	28	1.98
68189235--68189289	26	2.1	26	96	0	101	49	14	9	27	1.73
68189292--68189317	10	2.6	10	100	0	52	15	7	7	69	1.35
68201246--68201324	28	2.8	28	86	0	104	34	12	24	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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