genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28565587--28565693	26	4.2	26	92	1	180	36	24	6	32	1.81
28569231--28569259	11	2.5	12	88	11	51	27	0	0	72	0.85
28572212--28572259	25	1.9	25	82	0	60	29	12	2	56	1.48
28572410--28572718	46	6.7	46	87	1	424	20	23	14	41	1.89
28572410--28572719	137	2.3	138	88	0	460	20	24	14	41	1.89
28575067--28575100	15	2.3	15	90	10	52	29	0	23	47	1.52
28575367--28575424	25	2.3	24	82	5	62	12	20	25	41	1.87
28582558--28582605	25	1.9	25	91	0	78	16	22	20	39	1.92
28591274--28591307	6	5.5	6	96	3	59	32	0	67	0	0.91
28597032--28597104	34	2.1	34	95	5	130	36	13	8	41	1.75
28599029--28599082	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28599260--28599315	23	2.4	23	82	11	69	60	0	10	28	1.30
28599300--28599338	14	2.8	13	85	14	51	66	0	5	28	1.12
28599304--28599346	20	2.0	22	86	8	63	62	0	6	30	1.21
28599611--28599652	17	2.5	17	92	0	66	64	4	9	21	1.42
28600340--28600886	44	12.5	44	67	15	233	23	22	19	33	1.97
28600463--28600567	43	2.4	44	88	1	149	25	17	22	34	1.96
28600374--28600648	131	2.1	131	85	1	363	23	21	21	33	1.97
28600505--28601108	88	7.0	88	89	2	768	20	23	21	35	1.96
28600943--28601080	40	3.3	40	65	18	111	15	22	25	36	1.94
28601409--28601496	45	2.0	45	84	4	115	28	19	18	34	1.95
28601125--28601796	178	3.8	177	86	3	868	27	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28601587--28601683	45	2.2	44	86	3	131	26	19	18	35	1.95
28607849--28608092	131	1.9	127	82	4	301	38	18	15	27	1.91
28608217--28608270	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28608243--28608340	51	2.0	49	84	11	128	54	3	9	33	1.48
28608262--28608340	25	3.2	26	73	10	67	53	1	11	34	1.45
28608463--28608561	14	7.2	13	73	22	55	65	2	8	24	1.30
28608492--28608565	18	4.1	17	72	16	51	67	1	6	24	1.22
28608797--28608838	17	2.5	17	92	0	66	64	4	9	21	1.42
28611627--28611661	6	5.8	6	89	0	52	20	42	0	37	1.52
28613062--28613136	36	2.1	36	97	0	141	36	17	0	46	1.48
28620968--28621011	18	2.8	15	78	21	54	59	0	0	40	0.98
28623995--28624044	25	2.0	25	96	0	91	30	4	26	40	1.74
28630587--28630618	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28632266--28632313	16	3.1	15	78	6	51	29	0	2	68	1.01
28640655--28641174	125	4.2	126	79	4	525	32	16	12	38	1.87
28640652--28641171	124	4.2	124	78	6	523	31	16	13	38	1.87
28641262--28641385	34	3.7	34	80	10	141	45	16	0	37	1.48
28641445--28641481	8	4.9	8	83	12	51	40	45	0	13	1.43
28645639--28645682	15	2.9	15	79	0	52	34	0	18	47	1.49
28649334--28649377	21	2.0	22	86	4	63	29	0	13	56	1.38
28650519--28650605	42	2.1	42	100	0	174	54	4	6	34	1.48
28650906--28650947	15	2.9	15	82	10	52	57	0	7	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653737--28653773	10	3.8	10	82	17	51	67	5	0	27	1.12
28653720--28653798	29	2.8	28	76	14	63	67	5	2	25	1.24
28653729--28653774	18	2.4	19	92	7	76	69	4	0	26	1.07
28653970--28654029	16	3.3	18	75	15	52	30	1	3	65	1.19
28653955--28654012	10	5.8	10	80	11	50	34	0	1	63	1.04
28653960--28654062	20	5.4	18	69	18	57	28	2	2	66	1.21
28656842--28656868	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
28657015--28657063	23	2.1	23	88	0	71	24	6	4	65	1.33
28663381--28663493	27	4.2	27	85	7	133	36	22	23	17	1.95
28663381--28663495	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
28665113--28665222	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
28672549--28672638	43	2.0	44	82	4	110	36	22	18	22	1.95
28674232--28674258	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
28674405--28674453	23	2.1	23	88	0	71	24	6	4	65	1.33
28674659--28674784	3	42.7	3	67	7	53	31	9	0	58	1.30
28674824--28674862	18	2.2	18	85	0	51	25	5	2	66	1.25
28678706--28678817	56	2.0	56	94	0	197	35	15	18	30	1.92
28683993--28684043	20	2.6	19	79	11	50	76	0	11	11	1.02
28689945--28690005	25	2.4	25	80	0	68	37	8	16	37	1.78
28690814--28690843	12	2.5	12	94	0	51	43	0	6	50	1.28
28692499--28692697	51	3.9	51	90	3	285	30	23	14	32	1.94
28692733--28692833	24	4.0	24	83	11	130	24	20	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28692721--28692837	24	4.4	27	79	16	129	26	22	13	37	1.91
28692721--28692838	52	2.2	53	87	1	184	27	22	13	37	1.91
28699652--28699712	25	2.4	25	80	0	68	37	8	16	37	1.78
28707608--28707644	17	2.4	16	86	13	51	67	16	0	16	1.23
28709475--28709541	20	3.3	20	64	15	57	53	8	16	20	1.69
28709468--28709549	40	2.0	40	100	0	164	56	9	14	19	1.66
28709707--28709760	18	2.8	19	78	15	58	72	0	7	20	1.08
28716748--28716781	17	2.0	17	88	0	50	64	0	2	32	1.08
28725264--28725376	38	2.9	38	84	2	127	24	23	25	26	2.00
28725380--28725620	43	5.6	43	94	0	428	11	24	33	30	1.90
28730043--28730150	26	4.2	26	95	0	189	37	25	6	31	1.81
28732927--28733005	28	2.9	28	78	1	88	25	18	26	29	1.98
28744562--28744613	25	2.1	25	100	0	104	40	23	0	36	1.55
28753244--28753280	18	2.0	19	94	5	67	32	10	13	43	1.79
28755323--28755384	30	2.1	30	87	6	90	56	12	4	25	1.56
28762659--28762715	19	3.0	20	75	17	66	57	0	1	40	1.09
28769346--28769558	106	2.0	106	96	0	390	31	17	13	37	1.88
28787328--28787366	20	2.0	20	100	0	78	20	25	30	23	1.98
28787324--28787369	20	2.3	20	92	0	65	21	28	30	19	1.98
28789951--28789993	22	2.0	21	86	9	59	55	0	4	39	1.20
28791858--28791911	28	1.9	28	96	0	99	50	22	11	16	1.77
28792753--28793345	161	3.7	161	93	0	999	38	20	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28797640--28797736	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
28801735--28801771	6	6.2	6	87	0	56	37	16	16	29	1.90
28805308--28805460	39	3.9	39	93	0	252	26	30	21	22	1.99
28812989--28813189	39	5.2	39	84	1	244	25	27	22	24	2.00
28816206--28816291	43	2.0	43	84	8	113	27	30	18	23	1.98
28830910--28830945	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
28831079--28831177	27	3.7	26	76	12	87	41	21	8	29	1.81
28831142--28831212	36	2.0	36	83	10	92	43	23	7	25	1.79
28831169--28831246	27	2.9	26	79	11	68	41	20	8	29	1.83
28831115--28831239	63	2.0	63	82	3	153	41	20	8	28	1.82
28831178--28831329	27	5.6	27	81	10	139	40	15	11	32	1.83
28831589--28831711	41	3.0	41	84	4	185	22	19	29	28	1.98
28831852--28831917	22	3.0	22	82	8	80	21	25	21	31	1.98
28832119--28832161	22	2.0	22	95	0	77	9	16	27	46	1.77
28833540--28833566	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
28841780--28841815	16	2.3	15	90	4	54	69	2	2	25	1.15
28843358--28843418	21	2.9	21	87	4	70	3	49	19	27	1.64
28843369--28843420	21	2.5	21	93	0	86	1	50	21	26	1.59
28843857--28843885	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
28844052--28844090	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
28845134--28845242	30	3.5	30	77	18	132	36	1	14	46	1.56
28845165--28845260	9	10.8	9	74	14	83	35	1	15	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28845164--28845263	16	6.2	16	77	13	98	36	1	15	48	1.52
28845134--28845205	25	3.0	25	75	16	82	36	1	15	47	1.54
28845134--28845260	64	2.0	64	98	0	245	36	1	14	47	1.55
28845550--28845583	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
28846496--28846572	25	3.1	25	86	0	109	28	14	44	12	1.82
28846556--28846603	22	2.2	22	84	0	60	27	22	39	10	1.87
28848571--28848606	18	2.0	18	100	0	72	55	0	33	11	1.35
28848557--28848692	72	1.9	71	86	7	195	44	5	39	11	1.62
28848782--28848858	40	1.9	40	86	0	109	16	22	19	41	1.90
28848857--28848913	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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