genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  287  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91697083--91697120	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
91698320--91698498	96	1.9	96	89	0	277	37	18	33	10	1.85
91702319--91702444	24	5.3	23	80	9	101	21	13	29	35	1.92
91702331--91702442	48	2.3	48	86	6	147	20	14	28	36	1.92
91704908--91705065	51	3.1	51	92	0	253	32	17	22	27	1.96
91707000--91707070	29	2.5	28	76	17	65	2	30	2	63	1.23
91707097--91707134	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
91708334--91708512	96	1.9	96	89	0	277	37	18	33	10	1.85
91712335--91712460	24	5.3	23	80	9	101	21	13	29	35	1.92
91712347--91712458	48	2.3	48	86	6	147	20	14	28	36	1.92
91714924--91715081	51	3.1	51	92	0	253	32	17	22	27	1.96
91717016--91717086	29	2.5	28	76	17	65	2	30	2	63	1.23
91717115--91717152	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
91718352--91718530	96	1.9	96	89	0	277	37	18	33	10	1.85
91722352--91722477	24	5.3	23	80	9	101	21	13	29	35	1.92
91722364--91722475	48	2.3	48	86	6	147	20	14	28	36	1.92
91724942--91725099	51	3.1	51	92	0	253	32	17	22	27	1.96
91731941--91732053	37	3.1	37	74	15	101	41	2	4	51	1.36
91732000--91732057	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
91732101--91732134	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
91756894--91756941	18	2.4	22	73	23	59	64	0	16	18	1.29
91766314--91766389	37	2.1	37	94	0	134	40	11	11	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91768816--91768853	12	3.2	12	88	7	51	10	7	10	71	1.32
91775687--91775723	9	3.9	9	86	13	56	59	0	0	40	0.97
91777484--91777522	16	2.4	17	86	8	62	66	0	2	30	1.05
91780854--91780957	51	2.0	51	96	0	190	25	20	3	50	1.64
91781500--91781558	14	4.1	14	78	4	55	35	1	6	55	1.36
91782552--91782605	21	2.6	21	77	11	56	29	18	9	42	1.81
91786864--91786903	13	3.0	13	85	3	53	27	0	2	70	1.01
91786887--91786925	21	1.9	21	89	5	62	20	2	5	71	1.17
91789650--91789719	31	2.3	31	90	5	106	28	11	5	54	1.59
91796282--91796395	60	1.9	60	85	3	158	35	17	13	34	1.89
91802417--91802455	17	2.3	17	86	0	60	20	7	7	64	1.45
91804131--91804185	27	2.0	27	100	0	110	41	18	14	25	1.88
91809230--91809281	15	3.5	15	76	7	54	61	0	0	38	0.96
91811210--91811264	27	2.1	26	93	3	92	65	5	3	25	1.31
91811210--91811279	27	2.6	27	86	6	81	60	5	7	27	1.46
91813525--91813555	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
91817396--91817448	10	5.5	10	75	8	56	32	3	0	64	1.12
91817403--91817448	18	2.4	20	75	7	51	34	4	0	60	1.16
91823798--91824096	146	2.0	146	92	0	499	42	24	6	26	1.79
91830588--91831087	177	2.8	175	87	4	729	35	19	13	31	1.91
91831513--91831539	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
91831711--91831739	15	1.9	15	100	0	58	34	6	6	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91833201--91833240	15	2.6	16	84	11	57	45	0	5	50	1.23
91833229--91833281	20	2.7	19	88	2	61	67	3	0	28	1.07
91833240--91833281	20	2.2	19	95	4	75	71	4	0	23	1.05
91834213--91834255	21	2.1	20	82	4	50	62	6	2	27	1.33
91834463--91834507	13	3.8	12	78	21	51	48	0	2	48	1.13
91842959--91843021	31	2.0	31	90	0	99	44	7	7	39	1.63
91846430--91846560	55	2.4	54	87	2	199	23	9	32	33	1.88
91848858--91848886	8	3.6	8	100	0	58	37	10	10	41	1.73
91849984--91850019	13	2.8	13	91	0	54	13	5	8	72	1.27
91858278--91858305	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
91858527--91858562	19	1.9	18	94	5	63	66	2	0	30	1.06
91873268--91873312	6	7.5	6	89	0	72	37	44	15	2	1.59
91876609--91876637	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
91882158--91882194	18	2.1	18	100	0	74	32	0	21	45	1.52
91883837--91883866	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
91887657--91887700	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
91887892--91887921	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
91888023--91888117	3	31.3	3	81	6	111	63	4	1	31	1.21
91888696--91888737	21	2.0	21	86	4	59	16	4	0	78	0.91
91889923--91890052	55	2.4	56	88	5	194	36	15	15	32	1.89
91890045--91890448	89	4.7	88	78	10	420	34	18	16	30	1.93
91892178--91892211	15	2.3	15	94	0	59	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91898598--91898641	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
91898827--91898862	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
91898967--91899055	3	29.3	3	84	6	117	65	3	0	31	1.09
91899639--91899671	11	3.1	11	91	8	59	24	0	0	75	0.80
91899629--91899671	21	2.0	21	90	0	68	18	2	0	79	0.85
91912888--91912933	21	2.2	20	85	11	58	34	10	19	34	1.87
91912999--91913283	148	2.0	140	87	5	408	36	6	13	43	1.70
91913782--91913822	17	2.3	17	87	8	55	31	0	2	65	1.05
91914021--91914071	21	2.3	21	74	12	50	31	5	0	62	1.19
91914103--91914144	19	2.2	19	87	8	59	33	7	0	59	1.25
91916529--91916560	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
91916548--91916583	13	2.8	13	86	0	54	25	0	0	75	0.81
91916535--91916583	13	3.5	13	80	8	53	28	0	0	71	0.86
91916603--91916652	18	2.8	18	78	6	57	78	2	2	18	0.95
91919052--91919081	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
91924666--91924692	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
91924668--91924700	14	2.4	14	90	5	50	39	3	3	54	1.31
91931804--91931829	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
91934409--91934433	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
91935250--91935299	25	2.1	25	85	10	70	50	0	8	42	1.32
91937320--91937348	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
91942015--91942121	39	2.7	39	92	0	169	38	22	25	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91942033--91942097	21	3.2	21	74	12	82	40	21	26	12	1.88
91950076--91950154	36	2.2	36	90	0	122	44	20	7	27	1.78
91950464--91950607	34	4.3	34	85	2	148	35	34	11	18	1.87
91950495--91950638	33	4.3	33	90	0	162	37	32	9	20	1.85
91950458--91950607	68	2.2	68	79	4	169	36	35	10	18	1.85
91952592--91952622	13	2.4	13	94	0	53	22	22	6	48	1.73
91953554--91953601	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
91963121--91963188	33	2.1	33	100	0	136	11	27	11	48	1.75
91965849--91965877	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
91966679--91966715	15	2.5	15	87	12	51	62	0	0	37	0.96
91966665--91966703	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
91975669--91975693	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
91984733--91984772	21	1.9	21	94	0	71	17	7	5	70	1.30
91988534--91988562	12	2.4	12	100	0	58	93	0	0	6	0.36
92000695--92000735	13	3.0	14	85	7	57	46	0	2	51	1.14
92001374--92001406	16	2.1	16	100	0	66	48	18	24	9	1.76
92003507--92003591	30	2.8	30	80	3	91	32	29	10	27	1.90
92008826--92008874	22	2.3	22	89	6	75	24	2	6	67	1.24
92010848--92010982	61	2.2	61	97	1	252	14	28	6	50	1.68
92014767--92014823	29	2.0	29	82	0	69	33	28	10	28	1.90
92026881--92026918	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
92028740--92028787	24	2.0	24	84	8	62	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92037341--92037390	19	2.6	20	90	9	86	24	4	20	52	1.63
92039653--92039752	49	2.0	50	90	1	157	48	8	5	39	1.55
92039931--92039961	16	1.9	16	93	0	53	64	0	3	32	1.09
92043563--92043630	26	2.6	27	77	20	72	35	5	0	58	1.22
92043777--92044017	3	80.0	3	68	15	124	29	6	2	61	1.34
92043758--92043933	18	9.3	19	73	12	69	30	7	2	59	1.39
92050995--92051060	19	3.5	20	69	10	57	71	1	1	25	1.04
92057752--92057824	31	2.5	30	80	6	78	56	9	5	28	1.54
92073374--92073429	24	2.4	22	78	18	60	57	5	3	33	1.39
92074412--92074449	18	2.1	19	90	5	60	28	0	5	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290