genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  83  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25360832--25360970	71	1.9	72	95	1	253	26	9	20	43	1.82
25361165--25361192	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
25361275--25361351	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
25361291--25361330	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25361279--25361345	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
25361314--25361353	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25378172--25378226	21	2.6	22	81	13	62	38	18	1	41	1.61
25382917--25382956	6	6.7	6	88	11	64	82	0	2	15	0.77
25383420--25383601	10	19.0	9	71	18	86	31	0	6	62	1.19
25383422--25383510	9	9.6	9	76	18	58	34	0	3	61	1.12
25383429--25383511	19	4.4	17	80	18	85	34	0	3	61	1.13
25383420--25383601	39	4.7	39	73	11	135	31	0	6	62	1.19
25383769--25383801	15	2.1	16	88	5	50	42	6	9	42	1.61
25390100--25390345	38	6.0	38	73	16	197	30	14	23	31	1.94
25390048--25390334	85	3.4	85	91	0	477	30	14	23	31	1.95
25390048--25390369	169	1.9	169	88	1	493	31	14	22	31	1.94
25393583--25393623	15	2.7	15	80	0	55	17	14	12	56	1.68
25395470--25395738	69	3.9	67	78	5	218	20	18	23	36	1.95
25401558--25401688	41	3.2	41	86	0	145	25	19	29	25	1.98
25402636--25402923	144	2.0	144	96	0	531	32	23	18	25	1.97
25407883--25407962	39	2.1	39	100	0	160	30	15	17	37	1.90
25408353--25408378	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25412628--25412739	59	1.9	57	92	3	188	29	5	17	47	1.70
25412626--25412764	59	2.3	60	83	13	171	34	4	15	46	1.65
25413080--25413124	17	2.6	17	96	0	81	28	6	11	53	1.61
25417668--25417719	23	2.3	23	86	6	70	38	0	9	51	1.35
25419204--25419302	48	2.1	48	80	3	110	43	7	13	36	1.71
25419258--25419302	20	2.4	19	82	10	56	42	2	15	40	1.59
25427807--25427863	28	2.0	28	100	0	114	45	19	10	24	1.81
25432559--25432588	8	3.8	8	90	0	51	40	20	10	30	1.85
25434469--25434524	29	1.9	29	100	0	112	28	12	7	51	1.65
25435652--25435691	19	2.1	19	85	0	53	7	10	15	67	1.41
25436035--25436092	28	2.1	28	83	0	71	65	3	5	25	1.29
25436430--25436459	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
25436540--25436580	19	2.2	19	86	8	57	63	2	0	34	1.08
25438008--25438076	18	3.8	18	74	24	56	27	1	5	65	1.24
25438231--25438299	31	2.2	31	78	0	84	47	11	13	27	1.76
25443026--25443115	26	3.5	25	70	8	65	48	26	0	24	1.51
25459039--25459103	28	2.4	28	76	10	80	47	13	13	24	1.80
25460243--25460384	40	3.5	40	82	1	167	26	17	24	30	1.97
25460243--25460342	41	2.5	40	90	1	146	27	18	25	30	1.98
25461809--25461854	24	1.9	24	82	8	58	41	2	28	28	1.68
25467571--25467602	16	1.9	17	93	6	57	37	6	9	46	1.61
25467844--25467951	41	2.7	39	79	9	119	22	13	28	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25467844--25467992	40	3.7	41	78	4	142	22	14	28	34	1.93
25470699--25470749	25	2.0	25	100	0	102	43	0	23	33	1.54
25471358--25471394	18	2.0	19	89	5	58	48	0	2	48	1.15
25475859--25475908	19	2.5	20	81	18	61	56	6	0	38	1.24
25477678--25477726	16	3.1	16	84	0	62	67	6	2	24	1.24
25477807--25477847	17	2.3	18	87	4	57	68	0	2	29	1.03
25479602--25479890	89	3.3	89	71	9	268	26	26	18	28	1.98
25479682--25479811	44	2.9	45	74	7	124	27	25	14	32	1.95
25479488--25479929	177	2.5	176	83	4	516	26	26	18	28	1.98
25479747--25479846	44	2.2	45	77	8	107	30	24	17	29	1.97
25492170--25492219	22	2.3	21	80	6	55	60	2	14	24	1.45
25497948--25497984	16	2.2	17	85	9	58	24	0	37	37	1.56
25497954--25497985	16	2.0	16	100	0	64	31	0	37	31	1.58
25501152--25501208	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
25501401--25501458	11	5.3	10	76	15	53	34	1	1	62	1.16
25501396--25501458	8	7.8	8	73	21	51	34	1	1	61	1.15
25501396--25501450	14	3.7	15	77	15	53	36	1	1	60	1.18
25501396--25501453	18	3.2	18	76	13	66	36	1	1	60	1.17
25514056--25514714	44	15.2	44	86	2	838	30	16	30	22	1.96
25514056--25514714	304	2.2	300	87	2	935	30	16	30	22	1.96
25518755--25519025	39	7.0	39	94	1	474	22	29	25	21	1.99
25518755--25519025	77	3.5	77	94	1	472	22	29	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25518755--25519025	116	2.3	116	92	1	472	22	29	25	21	1.99
25524618--25524812	39	5.0	39	94	0	327	23	29	25	21	1.99
25528104--25528146	22	2.0	22	86	8	63	58	4	6	30	1.45
25528333--25528406	34	2.3	32	82	13	89	66	1	2	29	1.14
25530271--25530325	16	3.5	15	80	9	65	58	1	21	18	1.49
25534204--25534310	49	2.2	48	80	5	117	28	35	14	21	1.93
25562646--25562699	22	2.5	21	87	3	81	51	12	16	18	1.75
25567030--25567080	25	2.0	25	88	0	75	43	1	31	23	1.65
25568248--25568283	8	4.4	8	89	3	54	52	0	0	47	1.00
25576944--25576996	22	2.3	22	74	6	52	37	3	1	56	1.28
25577281--25577369	44	2.0	44	95	0	160	30	8	15	44	1.77
25579823--25579857	12	2.8	12	91	8	52	68	2	2	25	1.17
25582794--25582856	28	2.2	30	76	21	73	26	15	4	52	1.63
25583175--25583212	18	2.1	18	95	0	67	26	13	10	50	1.73
25587054--25587142	27	3.3	27	75	9	76	28	3	4	64	1.29
25588494--25588528	16	2.2	16	89	0	52	28	0	2	68	1.04
25592173--25592241	30	2.3	30	92	0	120	27	49	5	17	1.69
25592721--25592847	23	5.5	24	75	10	95	37	6	2	54	1.39
25592721--25592925	47	4.3	49	73	11	140	35	6	3	54	1.44
25592740--25592954	47	4.5	47	74	14	131	34	6	4	54	1.45
25592911--25592969	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
25593079--25593113	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25595013--25595045	13	2.4	14	95	5	59	72	6	15	6	1.24
25605048--25605491	76	6.0	74	89	3	581	29	18	19	31	1.96
25605002--25605491	150	3.3	148	85	4	610	30	18	20	31	1.96
25605002--25605516	149	3.4	148	83	6	592	30	18	20	31	1.96
25605447--25605613	87	1.9	88	81	3	203	27	16	19	37	1.92
25606820--25606949	25	5.5	23	73	10	86	35	6	3	55	1.40
25606885--25607036	25	6.0	26	73	13	95	33	6	4	55	1.46
25607014--25607072	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
25607187--25607221	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
25608980--25609006	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25611937--25612141	94	2.2	91	85	2	257	38	13	5	42	1.68
25632790--25632824	3	11.7	3	87	0	52	37	2	0	60	1.12
25644638--25645061	44	9.4	44	71	13	184	35	17	18	28	1.94
25644469--25645048	182	3.2	181	87	4	814	36	17	18	28	1.93
25644833--25644926	45	2.1	45	86	2	127	35	15	22	26	1.94
25644760--25645047	85	3.3	85	72	12	240	35	18	16	29	1.93
25644939--25645047	41	2.6	41	82	4	128	33	20	15	30	1.94
25644890--25645154	137	2.0	133	82	5	325	34	18	17	30	1.94
25646690--25646993	3	99.3	3	66	17	83	30	7	3	57	1.45
25646956--25646994	20	2.0	20	94	0	69	33	5	0	61	1.18
25661788--25661853	33	2.0	33	100	0	132	18	6	27	48	1.71
25662177--25662253	9	8.6	9	82	0	91	46	20	6	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25662176--25662253	18	4.3	18	85	0	111	47	20	6	25	1.74
25664293--25664324	12	2.6	12	95	5	55	34	6	12	46	1.67
25664305--25664367	31	2.0	31	96	0	117	33	12	6	47	1.67
25665436--25665504	28	2.5	28	80	7	77	26	1	7	65	1.27
25665752--25665793	19	2.2	19	83	8	50	73	0	2	23	0.94
25665757--25665823	16	4.1	16	76	14	57	70	0	5	23	1.09
25665919--25665996	31	2.6	30	84	12	97	16	12	2	67	1.33
25665909--25665996	30	3.0	30	76	17	103	15	11	4	68	1.36
25675549--25675596	23	2.1	23	100	0	96	29	12	8	50	1.69
25676351--25676410	30	2.0	31	83	6	79	35	0	8	56	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290