genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9068826--9068876	17	3.2	17	78	21	74	31	5	3	58	1.40
9068821--9068885	15	4.2	16	73	11	55	26	7	4	61	1.43
9068824--9068885	30	2.1	30	96	0	115	27	6	4	61	1.41
9069295--9069388	47	2.0	48	85	10	122	52	8	1	38	1.39
9072615--9072679	33	2.0	33	85	5	89	49	0	0	50	1.00
9073373--9073420	22	2.2	22	85	7	62	50	2	0	47	1.12
9073465--9073515	20	2.3	22	74	22	52	47	1	0	50	1.12
9073475--9073513	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
9073601--9073651	19	2.8	18	77	11	59	58	1	0	39	1.09
9077167--9077209	18	2.4	17	81	11	50	32	2	2	62	1.20
9077174--9077209	18	2.0	18	88	0	54	36	0	2	61	1.11
9085554--9085688	56	2.3	58	86	5	175	24	4	16	54	1.60
9090903--9090958	29	1.9	29	89	7	87	33	44	1	19	1.61
9090926--9091000	37	2.0	37	97	0	141	29	53	0	17	1.44
9090942--9091013	18	3.9	18	71	16	67	27	55	0	16	1.42
9091400--9091436	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
9091408--9091438	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
9091644--9091683	21	1.9	21	84	0	53	25	12	5	57	1.55
9091897--9092140	126	1.9	126	95	0	443	30	17	13	38	1.88
9098282--9098329	12	3.6	13	83	8	53	72	2	25	0	0.95
9098282--9098343	14	4.0	16	79	10	58	74	1	22	1	1.00
9098300--9098343	16	2.8	16	83	10	54	77	0	20	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9099169--9099221	27	2.0	27	100	0	106	37	5	41	15	1.70
9099654--9099941	89	3.2	88	67	16	232	30	20	24	24	1.98
9099640--9100082	179	2.5	179	88	2	676	31	20	22	25	1.98
9099926--9100254	133	2.5	132	87	1	480	31	19	23	25	1.98
9100360--9100661	44	6.9	44	72	15	261	37	21	17	23	1.94
9100268--9100920	87	7.6	87	86	4	569	33	22	21	22	1.97
9100356--9100920	174	3.3	171	84	6	637	33	22	21	21	1.97
9100443--9100915	85	5.5	85	86	6	442	32	23	22	21	1.98
9101153--9101219	29	2.3	29	84	7	91	31	50	2	14	1.58
9101236--9101271	18	2.0	18	94	0	63	25	52	0	22	1.47
9101656--9101692	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
9101664--9101694	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
9101898--9101939	21	2.0	21	85	0	57	23	11	7	57	1.59
9103703--9103741	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
9103820--9103852	17	2.0	17	88	5	50	15	3	9	72	1.21
9107139--9107189	9	5.7	9	90	0	84	47	11	7	33	1.69
9107189--9107298	37	2.9	37	89	2	175	48	15	4	31	1.65
9110193--9110223	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9110957--9110993	13	2.8	13	91	0	56	21	0	43	35	1.53
9110984--9111009	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
9110961--9111017	13	4.2	13	80	8	51	12	0	50	36	1.40
9113612--9113642	15	2.1	15	93	0	53	51	6	16	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9129115--9129142	13	2.2	13	100	0	56	32	0	17	50	1.47
9131929--9131977	20	2.3	20	89	6	71	59	0	0	40	0.98
9131915--9131982	22	3.1	22	83	10	86	54	0	1	44	1.09
9131929--9131990	21	3.0	21	84	11	74	56	1	1	40	1.19
9131970--9132045	23	3.1	24	75	17	77	52	3	1	42	1.28
9131981--9132044	23	2.7	25	79	15	82	53	4	0	42	1.22
9132093--9132143	12	4.5	12	81	18	65	84	0	7	7	0.78
9132070--9132137	20	3.3	20	84	12	84	79	2	5	11	1.02
9132103--9132127	9	2.8	9	100	0	50	84	0	8	8	0.79
9134762--9134818	21	2.7	22	86	7	75	42	0	3	54	1.17
9134762--9134818	19	2.9	21	79	12	66	42	0	3	54	1.17
9135809--9135852	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
9136335--9136378	12	3.9	11	80	14	54	36	0	22	40	1.54
9136331--9136376	22	2.1	22	95	0	83	32	0	26	41	1.56
9139873--9139940	29	2.3	30	87	2	93	69	4	10	16	1.33
9146209--9146269	29	2.1	30	87	3	88	59	13	3	24	1.49
9146650--9146700	21	2.5	20	78	6	59	37	0	0	62	0.95
9147505--9147580	27	2.8	27	89	0	116	19	31	28	19	1.97
9147636--9147707	27	2.6	28	72	16	69	54	1	0	44	1.08
9147663--9147714	23	2.4	21	81	9	61	59	1	0	38	1.08
9149603--9149631	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
9150644--9150671	11	2.5	11	100	0	56	17	7	50	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9150719--9150786	27	2.5	27	80	0	73	22	11	44	22	1.85
9151175--9151344	84	2.0	83	96	1	313	28	17	12	40	1.87
9152978--9153018	20	2.2	20	87	12	61	0	31	0	68	0.90
9156432--9156465	14	2.4	14	90	0	50	50	5	2	41	1.42
9156369--9156588	64	3.4	64	87	0	305	40	5	8	45	1.57
9160802--9160884	33	2.5	33	82	3	96	26	37	12	24	1.90
9161291--9161510	64	3.5	63	85	4	284	46	6	5	40	1.55
9165077--9165127	22	2.3	21	80	12	59	21	5	3	68	1.27
9169220--9169273	29	1.9	27	81	7	63	31	16	11	40	1.84
9173485--9173532	12	4.0	12	94	0	87	58	14	0	27	1.37
9176869--9177012	72	2.0	72	100	0	288	33	18	9	38	1.83
9180984--9181040	30	1.9	30	88	0	87	17	31	24	26	1.97
9184771--9184932	42	3.8	42	73	11	141	30	25	16	28	1.96
9198632--9198656	9	2.8	9	100	0	50	52	0	12	36	1.39
9205336--9205412	31	2.5	31	84	0	100	27	28	31	12	1.93
9230992--9231069	39	2.0	39	89	0	120	44	6	19	29	1.75
9231467--9231515	23	2.1	24	84	3	64	46	0	26	26	1.53
9234191--9234233	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
9234194--9234237	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
9236684--9236709	8	3.2	8	100	0	52	23	11	0	65	1.25
9236778--9236816	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
9236778--9236842	19	2.9	23	84	13	66	27	0	6	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9239801--9239837	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
9240214--9240253	20	2.0	21	90	5	64	22	32	0	45	1.53
9241354--9241378	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
9241380--9241437	6	9.2	6	75	17	55	74	0	0	25	0.82
9241406--9241432	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
9241395--9241437	20	2.1	21	95	4	79	74	0	0	25	0.82
9241380--9241438	21	2.6	22	84	15	77	74	0	0	25	0.82
9241465--9241514	9	5.6	9	90	0	55	26	8	22	44	1.80
9241456--9241514	18	3.3	18	85	0	73	27	8	20	44	1.80
9241456--9241514	27	2.2	27	84	0	73	27	8	20	44	1.80
9252296--9252337	21	2.0	21	100	0	84	42	4	14	38	1.66
9252845--9252886	21	2.0	21	100	0	84	52	4	23	19	1.65
9254019--9254066	23	2.1	23	92	0	78	33	20	14	31	1.93
9261549--9261589	16	2.4	16	88	12	55	41	2	0	56	1.13
9261558--9261597	21	2.0	20	85	5	53	45	2	0	52	1.14
9263412--9263464	27	2.0	27	81	7	63	47	13	7	32	1.70
9269969--9270063	40	2.3	40	85	8	122	60	7	1	31	1.31
9269990--9270064	19	3.8	19	72	20	73	64	8	0	28	1.22
9270051--9270095	24	1.9	23	81	4	54	53	2	4	40	1.33
9270349--9270387	21	1.9	21	89	5	62	23	2	5	69	1.21
9272052--9272115	29	2.2	29	81	13	69	26	12	6	54	1.61
9274128--9274167	19	2.1	19	90	0	62	27	37	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9279900--9280023	22	5.4	22	66	21	74	26	30	10	32	1.90
9279867--9280058	47	4.1	47	91	2	282	27	30	9	32	1.88
9281503--9281609	51	2.1	51	94	0	187	27	25	16	30	1.97
9282658--9282714	30	1.9	30	100	0	114	15	22	24	36	1.94
9285530--9285590	19	3.4	18	85	14	74	36	1	0	62	1.05
9285546--9285597	19	2.7	19	85	11	70	34	0	0	65	0.93
9287781--9287808	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
9289335--9289361	7	3.9	7	100	0	54	0	55	0	44	0.99
9300327--9300360	16	2.1	17	88	5	52	35	26	0	38	1.57
9301241--9301299	30	2.0	30	93	0	100	61	11	0	27	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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