genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20914055--20914100	20	2.2	21	77	14	51	36	0	43	19	1.51
20914061--20914099	20	2.0	20	85	10	53	41	0	41	17	1.50
20915826--20915875	20	2.5	20	100	0	100	26	28	16	30	1.96
20920224--20920271	19	2.6	19	73	3	53	62	2	0	35	1.07
20920229--20920283	27	2.0	27	82	13	67	52	3	0	43	1.18
20920380--20920412	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
20926990--20927044	17	3.3	17	73	17	53	43	0	0	56	0.99
20929309--20929389	40	2.0	40	100	0	162	33	14	14	37	1.88
20931834--20931904	27	2.8	25	78	18	74	46	0	1	52	1.09
20932059--20932152	44	2.1	46	84	4	120	34	26	6	32	1.82
20932134--20932187	16	3.4	16	84	0	63	33	25	1	38	1.67
20935202--20935239	14	2.7	14	88	8	51	18	15	0	65	1.27
20937648--20937730	22	3.8	22	70	0	67	15	14	12	57	1.65
20938185--20938219	17	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
20947860--20947893	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
20948053--20948080	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
20950605--20950731	52	2.4	52	100	0	254	25	15	15	43	1.86
20953353--20953397	9	4.8	9	86	10	63	33	22	11	33	1.89
20954528--20954740	105	2.0	105	90	0	336	36	17	27	18	1.94
20956555--20956592	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
20963171--20963209	11	3.7	11	86	13	55	76	2	0	20	0.90
20963171--20963209	5	7.6	5	83	16	53	76	2	0	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20967514--20967552	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
20970754--20970809	21	2.7	21	88	0	85	21	30	35	12	1.90
20979985--20980028	20	2.2	20	88	8	63	72	18	6	2	1.17
20980149--20980203	25	2.3	23	84	6	65	30	0	1	67	1.01
20984164--20984207	22	2.0	22	91	8	72	52	0	0	47	1.00
20989421--20989452	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
20989592--20989626	6	5.8	6	100	0	70	65	0	0	34	0.93
20992381--20992460	27	3.0	26	82	10	74	55	5	3	36	1.40
20994655--20995001	149	2.3	149	92	2	576	32	19	16	31	1.94
20994630--20995001	74	5.0	74	83	5	441	32	20	16	30	1.95
20996835--20996966	62	2.1	62	94	0	228	32	25	9	31	1.89
21005903--21005966	27	2.4	25	85	12	83	57	4	0	37	1.19
21005988--21006132	71	2.0	71	100	0	290	48	8	8	34	1.63
21006188--21006241	15	3.7	14	78	4	54	61	0	7	31	1.24
21007413--21007461	8	5.8	8	77	13	53	16	0	42	40	1.48
21007404--21007461	27	2.1	27	93	0	98	17	0	41	41	1.49
21007643--21007706	32	2.0	32	100	0	128	31	6	18	43	1.75
21014980--21015021	20	2.2	20	83	8	52	38	4	2	54	1.34
21014986--21015026	20	2.0	21	95	4	75	34	4	0	60	1.18
21015003--21015057	14	3.5	17	68	28	50	32	7	0	60	1.24
21015181--21015236	23	2.4	23	84	3	67	30	5	0	64	1.16
21015250--21015294	19	2.4	19	88	7	65	35	4	0	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21017553--21017595	20	2.2	20	100	0	86	39	0	4	55	1.20
21018192--21018245	20	2.7	20	82	5	65	27	20	7	44	1.78
21023729--21023784	21	2.6	22	88	2	87	14	8	51	25	1.70
21024630--21024828	86	2.2	88	81	8	217	40	17	16	25	1.90
21024659--21025059	159	2.5	157	81	8	427	35	20	17	25	1.95
21024931--21025429	73	6.6	73	84	7	570	32	19	17	30	1.95
21024931--21025417	147	3.2	145	83	8	614	31	20	17	31	1.95
21024735--21025522	232	3.4	230	81	8	798	34	20	17	28	1.95
21025136--21025426	74	3.9	74	88	3	424	31	19	16	31	1.94
21024931--21025522	306	1.9	309	86	2	852	32	19	17	30	1.95
21025347--21025615	88	3.1	87	78	5	276	38	17	17	27	1.92
21025815--21026174	72	4.8	73	83	6	343	35	18	15	31	1.91
21025815--21026156	75	4.5	75	85	5	404	32	19	15	32	1.93
21025815--21026174	147	2.4	149	81	8	417	35	18	15	31	1.91
21026174--21026348	70	2.5	71	86	2	230	33	23	14	28	1.94
21039486--21039566	22	3.7	22	93	0	126	12	11	53	23	1.70
21039964--21040053	44	2.0	44	93	0	153	35	23	13	27	1.92
21042580--21042742	60	2.7	60	77	11	154	28	23	18	29	1.98
21043049--21043099	26	1.9	27	88	4	77	31	13	21	33	1.92
21046685--21046711	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
21054217--21054260	19	2.4	19	84	3	54	36	4	0	59	1.18
21064887--21064919	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21065082--21065110	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
21065134--21065176	22	2.0	22	86	9	61	60	11	11	16	1.59
21065141--21065181	11	3.7	11	80	0	55	58	9	14	17	1.62
21065142--21065235	22	4.2	22	67	12	57	61	5	17	15	1.51
21065163--21065260	46	2.1	46	100	0	196	64	4	14	17	1.44
21065534--21065572	20	2.0	20	94	0	69	17	12	17	51	1.76
21065536--21065579	20	2.2	20	87	0	61	18	11	15	54	1.70
21067032--21067103	22	3.4	22	64	21	62	43	8	6	41	1.62
21067021--21067105	42	2.0	42	100	0	170	45	9	7	37	1.64
21067438--21067470	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
21082067--21082105	19	2.1	19	85	9	53	58	7	5	28	1.47
21085303--21085339	20	1.9	19	89	10	58	48	0	2	48	1.15
21085461--21085548	39	2.3	39	84	4	115	42	2	2	53	1.26
21087063--21087090	11	2.5	11	100	0	56	53	7	0	39	1.28
21087841--21087869	15	2.0	15	93	6	51	37	13	0	48	1.43
21090022--21090067	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
21092244--21092282	16	2.6	15	88	8	53	79	5	12	2	1.00
21092236--21092276	21	2.0	21	85	0	55	82	4	9	2	0.89
21093684--21093951	46	5.8	46	88	1	340	21	22	14	42	1.89
21096471--21096548	39	2.0	39	94	0	138	26	16	35	20	1.94
21097412--21097603	64	3.0	64	93	0	312	33	18	12	35	1.88
21097698--21098103	88	4.6	87	77	4	352	34	20	22	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21097730--21097864	44	3.1	44	67	12	123	33	18	22	25	1.97
21098159--21098479	88	3.6	88	87	0	437	27	23	20	28	1.99
21098267--21098479	44	4.8	43	68	6	149	27	23	20	28	1.99
21102210--21102245	17	2.1	17	90	10	56	30	0	2	66	1.06
21104666--21104698	14	2.2	16	89	10	52	30	0	6	63	1.18
21106920--21106965	21	2.1	23	84	8	60	21	17	17	43	1.88
21107289--21107365	9	8.6	9	91	0	100	46	23	5	24	1.72
21107383--21107431	6	7.8	6	82	8	53	16	0	8	75	1.03
21109594--21109645	23	2.2	24	89	6	88	32	3	19	44	1.69
21109718--21109749	16	2.0	16	100	0	64	25	12	6	56	1.59
21135161--21135248	42	2.1	42	86	0	122	43	23	18	14	1.87
21149612--21149666	23	2.4	23	75	3	58	30	3	0	65	1.10
21152097--21152137	20	2.0	20	100	0	82	34	9	31	24	1.88
21156501--21156601	42	2.4	42	98	0	193	36	10	9	42	1.73
21158700--21158756	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
21159128--21159192	21	3.1	21	81	0	85	18	18	23	40	1.92
21164067--21164129	20	3.1	20	79	6	65	38	1	0	60	1.07
21164989--21165041	19	2.7	19	80	11	63	56	1	1	39	1.21
21165136--21165224	10	8.9	10	74	4	63	58	0	5	35	1.22
21165528--21165627	53	1.9	52	86	9	143	35	6	2	57	1.35
21168056--21168092	15	2.5	15	100	0	74	37	13	13	35	1.84
21169506--21169551	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21171326--21171367	13	3.1	14	84	15	54	61	0	0	38	0.96
21173842--21173949	3	36.0	3	87	0	90	54	2	9	33	1.47
21176856--21176962	23	4.9	22	85	8	130	36	24	21	17	1.95
21176856--21176962	44	2.5	42	81	7	117	36	24	21	17	1.95
21178234--21178267	16	2.2	16	89	5	52	0	35	0	64	0.94
21178286--21178314	14	2.0	15	93	6	51	3	20	6	68	1.27
21179563--21179677	27	4.3	26	84	5	113	36	21	23	18	1.95
21179563--21179677	54	2.1	54	85	3	151	36	21	23	18	1.95
21181296--21181397	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
21181999--21182045	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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