genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17701758--17701973	24	9.0	24	87	1	308	28	21	20	29	1.98
17713717--17713785	27	2.6	27	83	0	93	44	21	5	27	1.75
17713795--17714009	27	8.0	27	87	2	245	29	20	7	42	1.79
17713729--17713938	81	2.6	81	76	3	190	33	20	8	38	1.82
17714043--17714189	27	5.5	27	76	9	140	42	19	7	30	1.78
17714043--17714256	54	3.9	54	78	5	164	42	17	7	32	1.78
17714060--17714254	27	7.2	27	75	9	101	42	15	8	33	1.78
17715169--17715238	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
17715168--17715263	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
17715169--17715263	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
17715385--17715476	42	2.2	42	94	0	157	31	11	20	35	1.89
17715500--17715590	31	2.9	31	96	0	173	28	15	25	30	1.96
17719668--17719724	30	1.9	30	92	0	96	24	33	28	14	1.94
17722219--17722260	16	2.7	15	89	7	66	23	4	9	61	1.45
17722343--17722369	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
17722483--17722565	16	4.9	17	70	15	57	31	2	3	62	1.25
17722483--17722567	33	2.6	31	83	10	100	30	2	3	63	1.24
17722505--17722558	25	2.2	25	83	9	67	29	1	5	62	1.28
17722715--17722762	25	1.9	25	83	8	62	39	4	8	47	1.53
17732715--17733043	41	8.1	41	79	2	331	31	24	19	24	1.98
17732715--17733043	82	4.0	82	83	2	403	31	24	19	24	1.98
17732715--17733084	41	9.1	41	78	2	316	32	23	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17732737--17733088	162	2.2	164	82	5	428	30	23	19	26	1.98
17733367--17733441	21	3.5	21	73	7	71	48	25	1	25	1.59
17733565--17733628	7	9.0	7	77	3	56	23	1	29	45	1.62
17733586--17733625	15	2.7	15	84	3	55	17	2	35	45	1.62
17733635--17733689	28	2.0	28	81	0	65	14	0	29	56	1.39
17733710--17733773	22	3.0	20	80	13	65	21	1	31	45	1.62
17734049--17734099	14	3.6	14	86	0	66	21	3	23	50	1.65
17734264--17734325	7	8.9	7	79	13	58	24	0	32	43	1.54
17734263--17734327	14	4.7	13	81	12	76	23	0	35	41	1.55
17734263--17734328	21	3.2	20	83	12	80	22	0	36	40	1.54
17735662--17735714	20	2.7	20	94	5	90	11	32	35	20	1.88
17739141--17739198	24	2.4	24	88	0	89	44	5	3	46	1.42
17739278--17739316	21	1.9	20	84	5	51	28	7	2	61	1.37
17740514--17740545	17	1.9	16	93	6	55	71	0	0	28	0.86
17740763--17740849	9	9.4	9	76	14	79	47	19	0	33	1.50
17742695--17742937	27	9.1	26	84	8	267	41	17	7	32	1.78
17742695--17743017	53	5.8	53	77	13	285	41	18	8	31	1.80
17742901--17742975	38	2.0	38	86	5	107	40	16	10	33	1.82
17742940--17743018	27	2.9	27	86	3	115	39	20	8	31	1.83
17742873--17743002	65	2.0	65	88	5	192	39	18	10	32	1.84
17742850--17743018	92	1.8	92	88	2	259	39	18	8	32	1.82
17742943--17743085	27	5.3	26	77	8	92	39	16	14	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17748612--17748640	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
17749400--17749635	43	5.5	42	79	9	219	25	16	25	31	1.97
17749406--17749745	129	2.7	129	83	3	400	26	19	22	31	1.98
17749405--17749679	86	3.2	86	82	6	308	25	17	25	31	1.97
17749428--17749649	43	5.2	43	81	6	254	25	18	25	31	1.97
17749406--17749678	43	6.3	43	77	8	119	26	17	24	31	1.97
17749965--17750128	88	1.9	88	90	0	265	25	15	20	39	1.91
17752817--17752866	25	2.1	23	85	7	64	6	20	0	74	1.03
17753003--17753030	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
17756095--17756127	14	2.4	14	94	0	57	24	0	6	69	1.10
17761731--17761771	16	2.6	16	85	11	50	36	7	9	46	1.65
17765302--17765382	15	5.7	14	74	21	53	33	3	2	60	1.27
17765340--17765384	17	2.5	19	75	17	51	31	0	2	66	1.04
17765419--17765465	3	15.7	3	78	8	51	34	2	2	61	1.20
17765424--17765465	12	3.5	11	87	12	57	35	2	2	59	1.23
17765561--17765729	21	8.0	21	70	23	99	32	2	5	58	1.37
17765561--17765654	45	2.1	45	84	11	122	30	2	6	60	1.33
17765584--17765640	23	2.7	20	81	13	60	31	1	3	63	1.22
17765676--17765734	19	3.2	19	75	17	61	33	3	6	55	1.43
17765786--17765850	24	2.8	23	81	4	76	38	6	4	50	1.48
17765802--17765847	23	2.0	24	86	4	67	36	6	4	52	1.47
17765956--17766003	25	1.9	25	91	0	78	31	8	8	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17765945--17766009	25	2.5	25	80	5	76	33	7	6	52	1.55
17769904--17769948	22	2.0	22	95	0	81	28	15	4	51	1.63
17775324--17775380	20	2.8	20	86	5	78	40	1	1	56	1.20
17775315--17775394	26	3.1	26	75	8	65	42	1	1	55	1.16
17775726--17775770	23	2.0	23	82	8	56	68	4	26	0	1.08
17775736--17775770	11	3.1	11	87	4	52	71	0	28	0	0.86
17776758--17776868	45	2.5	45	85	2	161	21	18	18	42	1.89
17776848--17776905	6	9.3	6	83	12	55	18	20	15	44	1.86
17777624--17777654	16	2.0	15	93	6	53	83	0	0	16	0.64
17781071--17781293	75	3.0	75	92	0	356	27	17	21	34	1.95
17781273--17781307	14	2.5	14	90	0	52	20	17	2	60	1.49
17781362--17781393	14	2.3	14	100	0	64	25	12	0	62	1.30
17781360--17781405	13	3.5	13	85	5	56	23	10	2	63	1.38
17781376--17781654	86	3.2	86	82	7	330	27	17	17	38	1.92
17781576--17781735	74	2.1	74	86	3	223	29	18	18	33	1.95
17783433--17783474	3	14.0	3	80	9	50	35	2	2	59	1.23
17783573--17783654	23	3.6	22	72	21	71	31	3	6	58	1.40
17783574--17783737	23	7.7	21	68	25	64	34	3	6	56	1.41
17783794--17783856	24	2.6	24	80	11	67	38	6	4	50	1.49
17783961--17784008	25	1.9	25	91	0	78	31	8	8	52	1.61
17783950--17784014	25	2.5	25	80	5	76	33	7	6	52	1.55
17786969--17787057	27	3.3	27	82	0	97	22	33	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17786993--17787088	27	3.6	27	79	8	90	22	33	23	19	1.97
17788177--17788252	32	2.3	32	76	8	82	28	1	1	68	1.06
17788171--17788241	25	2.9	24	81	8	90	32	1	0	66	1.01
17788448--17788486	20	2.1	18	85	9	51	74	0	2	23	0.94
17789089--17789149	28	2.2	26	81	16	70	32	6	3	57	1.41
17789416--17789503	29	2.9	31	67	24	78	42	21	4	31	1.73
17789654--17789809	9	16.0	9	66	22	50	57	1	3	38	1.23
17789699--17789766	21	3.2	21	77	8	75	58	1	0	39	1.07
17789709--17789774	11	6.1	11	75	7	55	60	1	0	37	1.06
17790791--17790966	86	2.0	86	87	2	255	16	17	14	51	1.76
17792334--17792389	20	2.8	20	77	2	58	30	3	3	62	1.29
17792377--17792421	18	2.4	19	82	14	58	33	2	2	62	1.20
17792357--17792444	28	3.1	28	79	12	92	31	3	3	61	1.29
17792431--17792505	27	2.8	26	75	18	73	33	1	4	61	1.23
17792478--17792516	21	1.9	20	89	5	60	28	2	7	61	1.37
17802687--17802736	26	2.0	24	92	7	82	64	4	0	32	1.12
17802719--17802751	12	2.8	12	86	4	50	75	6	0	18	1.00
17802691--17802752	26	2.6	25	80	12	67	69	4	0	25	1.08
17802723--17802765	21	2.0	21	86	4	59	72	9	0	18	1.11
17802741--17802794	28	2.0	27	82	10	65	68	9	0	22	1.17
17804243--17804297	21	2.7	21	71	20	53	34	3	12	49	1.59
17815017--17815045	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17819776--17819816	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
17826314--17826363	26	1.9	26	83	0	64	36	22	24	18	1.95
17829484--17829852	104	3.6	104	93	2	611	18	20	30	30	1.97
17837068--17837425	95	3.6	103	91	5	560	19	20	29	29	1.98
17837275--17837414	32	4.4	32	69	25	100	19	20	31	28	1.97
17852219--17852290	35	2.1	35	94	0	126	29	23	16	30	1.96
17856214--17856281	26	3.0	24	77	18	65	66	7	0	26	1.18
17856963--17857080	55	2.1	55	84	0	146	18	25	28	27	1.98
17859295--17859326	8	3.9	8	95	4	55	53	0	0	46	1.00
17861771--17861802	9	3.8	9	84	16	50	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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