genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70176216--70176252	18	2.1	18	89	0	56	24	35	13	27	1.93
70177942--70177984	22	1.9	23	90	4	70	23	48	2	25	1.62
70180896--70180925	5	6.0	5	92	0	51	16	0	0	83	0.65
70180983--70181056	37	2.1	34	82	9	87	21	10	12	55	1.67
70181986--70182075	29	3.1	29	98	0	171	48	0	1	50	1.08
70181994--70182071	15	5.3	15	81	6	106	48	0	0	51	1.00
70182209--70182269	29	2.1	29	90	0	95	47	3	0	49	1.18
70182015--70182387	195	1.9	194	93	0	647	35	10	4	49	1.57
70182387--70182474	9	10.0	9	78	7	74	46	19	1	32	1.57
70187803--70187837	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
70188540--70188750	85	2.5	86	84	5	268	25	15	26	33	1.95
70188540--70188766	43	5.3	43	73	8	203	26	14	25	33	1.94
70188771--70188940	43	4.0	43	80	4	182	27	14	24	33	1.94
70188768--70188940	86	2.0	86	83	4	215	27	15	24	32	1.95
70189076--70189123	21	2.3	21	88	0	69	45	18	25	10	1.81
70190654--70190766	29	4.0	29	84	6	133	26	15	30	27	1.95
70193606--70193681	26	2.9	26	96	0	143	32	14	23	28	1.94
70195772--70195814	14	3.0	14	84	15	61	2	20	4	72	1.14
70203194--70203369	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
70203191--70203361	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
70208585--70208706	43	2.9	42	81	7	165	30	17	26	26	1.97
70214037--70214073	19	1.9	19	94	0	65	37	16	2	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70214885--70214927	21	2.0	22	95	4	79	30	9	27	32	1.88
70219690--70219752	28	2.2	28	85	0	81	19	17	38	25	1.93
70220070--70220382	27	11.6	27	80	3	290	37	19	9	33	1.85
70220079--70220319	108	2.2	108	85	2	322	36	20	10	32	1.87
70227910--70228045	24	5.7	24	90	0	173	38	29	14	17	1.90
70227910--70228045	48	2.8	48	89	0	200	38	29	14	17	1.90
70230890--70230973	28	3.0	28	84	3	107	23	14	32	29	1.94
70231294--70231526	107	2.2	107	90	2	360	37	18	11	32	1.87
70231294--70231565	27	10.2	27	80	6	279	37	18	11	32	1.86
70231509--70231555	23	2.0	23	83	4	58	38	23	8	29	1.84
70231395--70231590	78	2.5	79	82	8	195	38	16	10	34	1.83
70242597--70242686	28	3.3	27	83	7	110	36	21	24	17	1.94
70243764--70243796	17	1.9	17	93	0	57	66	0	24	9	1.20
70246675--70246707	17	1.9	17	100	0	66	36	18	24	21	1.95
70249009--70249078	33	2.1	33	84	5	88	30	24	17	28	1.97
70251948--70252068	47	2.6	46	87	6	163	28	15	31	24	1.96
70251948--70252102	48	3.3	46	79	10	163	27	16	30	25	1.97
70259259--70259436	27	6.6	27	88	1	243	31	9	19	39	1.83
70264306--70264575	46	5.7	48	76	13	215	24	30	18	25	1.98
70266455--70266634	28	6.5	28	92	2	276	27	12	27	33	1.92
70274623--70274804	28	6.5	28	92	1	276	28	12	26	33	1.92
70279702--70280071	48	7.8	48	69	14	173	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70279890--70280062	49	3.5	49	76	8	156	28	17	29	24	1.98
70280077--70280275	109	1.8	109	93	0	344	30	11	23	34	1.90
70285879--70285918	20	1.9	22	85	10	57	32	12	7	47	1.69
70291939--70291993	29	1.9	29	92	3	94	29	27	21	21	1.99
70292792--70292816	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
70295995--70296071	25	3.1	25	92	0	136	35	24	15	24	1.94
70297319--70297503	50	3.8	49	82	4	239	24	16	28	30	1.97
70297315--70297503	97	1.9	99	90	3	301	24	17	28	30	1.97
70301093--70301145	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
70302414--70302561	48	3.1	48	88	0	224	38	7	24	29	1.83
70307829--70307877	15	3.3	15	88	0	71	57	16	12	14	1.66
70310712--70310743	17	1.9	17	93	6	57	31	12	0	56	1.37
70311871--70311924	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
70314273--70314361	42	2.1	42	89	4	135	21	33	25	19	1.97
70315886--70315964	39	2.0	39	97	0	149	35	12	29	22	1.91
70317606--70317674	27	2.6	27	81	4	86	40	17	14	27	1.88
70317659--70317973	27	11.7	27	81	5	271	41	20	7	30	1.79
70318221--70318336	41	2.8	41	80	5	144	23	22	27	26	1.99
70318478--70318541	22	2.9	22	77	9	67	20	23	23	32	1.98
70318744--70318797	22	2.5	22	81	0	72	14	24	22	38	1.91
70320920--70320954	10	3.6	10	88	3	54	17	22	42	17	1.88
70321089--70321158	26	2.6	28	84	11	101	38	20	7	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70321140--70321429	27	10.7	28	76	8	176	40	18	8	31	1.82
70321140--70321431	81	3.6	80	78	5	212	40	18	9	31	1.83
70321230--70321431	82	2.5	81	78	4	219	39	17	10	32	1.84
70326605--70326671	34	2.0	33	83	13	84	28	22	22	26	1.99
70333927--70334089	39	4.2	39	88	0	236	23	19	28	28	1.98
70333927--70334127	78	2.6	78	81	5	194	23	20	27	27	1.99
70342118--70342280	39	4.2	39	86	0	209	23	19	26	29	1.98
70342118--70342318	78	2.6	78	80	5	194	23	20	27	28	1.99
70351395--70351472	27	2.9	27	90	5	113	32	24	24	19	1.98
70357338--70357500	55	2.9	56	80	8	208	33	19	25	22	1.97
70359503--70359539	18	2.1	18	89	0	56	29	16	27	27	1.97
70362316--70362520	55	3.8	54	78	7	227	32	17	25	24	1.96
70364338--70364448	54	2.1	53	86	1	150	16	22	22	38	1.92
70364338--70364448	27	4.2	26	82	5	132	16	22	22	38	1.92
70372068--70372290	111	2.0	111	100	0	446	31	16	26	25	1.96
70372657--70372766	26	4.2	26	82	8	132	16	22	22	38	1.93
70372657--70372766	53	2.1	53	86	3	150	16	22	22	38	1.93
70379019--70379094	24	3.2	24	94	0	134	32	3	43	19	1.70
70379218--70379290	39	1.9	38	83	5	94	8	34	1	56	1.38
70380501--70380611	27	4.2	26	88	5	150	14	23	23	38	1.91
70381763--70381793	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
70385633--70385661	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70387883--70387969	43	2.0	43	95	0	156	42	29	16	11	1.83
70393606--70393634	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
70394937--70395019	42	2.0	43	85	7	116	31	24	18	26	1.97
70397708--70397753	22	2.0	23	83	8	58	26	30	28	15	1.96
70398975--70399074	37	2.7	37	93	0	164	21	32	21	26	1.98
70399218--70399653	48	9.0	48	94	1	701	31	27	5	35	1.80
70399218--70399653	194	2.3	192	91	1	710	31	27	5	35	1.80
70403373--70403548	46	3.8	46	78	14	200	21	20	28	29	1.98
70403370--70403541	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
70412832--70412966	48	2.9	48	79	2	157	21	30	20	28	1.98
70414163--70414204	20	2.2	19	83	12	50	21	19	4	54	1.62
70417935--70418005	19	3.8	19	73	16	67	57	5	16	19	1.59
70419636--70419670	18	1.9	18	88	0	52	20	31	11	37	1.88
70426581--70426646	30	2.2	30	91	0	105	27	13	22	36	1.92
70433911--70433972	30	2.1	30	84	0	79	27	12	20	38	1.90
70436421--70436471	27	1.9	27	84	11	70	11	13	23	50	1.74
70436757--70436871	29	4.0	28	79	8	124	28	28	14	27	1.95
70441715--70441799	29	2.9	28	81	6	98	29	25	16	28	1.97
70441691--70441799	58	1.9	58	82	1	139	28	28	15	27	1.96
70443078--70443109	16	2.0	16	100	0	64	6	6	37	50	1.53
70448406--70448446	12	3.4	12	93	0	64	19	34	0	46	1.50
70451777--70451906	65	2.0	65	95	0	233	31	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70454145--70454209	15	4.4	15	76	16	64	61	13	15	9	1.56
70454145--70454213	30	2.3	31	80	14	83	59	17	14	8	1.60
70457197--70457381	51	3.7	49	79	5	185	29	26	17	25	1.98
70463748--70463863	42	2.7	43	77	5	119	27	24	20	27	1.99
70466280--70466304	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
70469215--70469252	20	1.9	20	88	0	58	31	0	15	52	1.43
70470623--70470677	22	2.5	22	90	0	92	40	10	5	43	1.63
70479956--70480118	40	4.0	41	87	8	226	25	24	22	27	2.00
70479956--70480118	81	2.0	83	86	7	235	25	24	22	27	2.00
70483540--70483577	20	1.9	20	94	0	67	57	2	0	39	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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