genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340996--23341064	15	4.7	15	81	10	81	56	15	17	10	1.66
23343979--23344152	46	3.9	44	77	12	183	29	28	20	22	1.98
23343987--23344155	93	1.8	90	89	3	266	28	28	20	21	1.98
23344028--23344170	46	3.1	46	72	15	134	29	29	19	21	1.98
23345601--23345682	6	13.3	6	71	19	62	48	14	17	19	1.81
23345610--23345678	31	2.2	31	86	0	93	49	14	17	18	1.80
23346136--23346448	27	11.6	27	87	1	385	40	8	21	29	1.83
23346450--23346534	27	3.2	25	77	18	75	27	9	21	42	1.83
23346459--23346611	54	2.8	53	76	6	155	28	7	24	40	1.81
23346486--23346611	27	4.7	27	83	4	121	28	6	24	40	1.79
23359605--23359724	46	2.6	46	88	4	170	19	19	27	34	1.96
23380166--23380233	32	2.1	32	83	0	82	19	36	22	22	1.95
23386082--23386194	46	2.5	44	82	7	138	28	18	29	23	1.98
23386125--23386349	49	4.7	48	79	12	218	26	19	30	23	1.98
23386032--23386349	98	3.4	95	74	15	282	27	18	29	23	1.98
23387312--23387365	28	1.9	28	85	7	74	16	24	44	14	1.85
23390798--23390962	43	3.8	43	71	12	124	29	26	18	26	1.98
23392045--23392069	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23395540--23395572	17	1.9	17	88	11	50	60	12	0	27	1.32
23402080--23402108	14	2.1	14	93	6	51	6	27	0	65	1.18
23408162--23408255	47	2.0	47	100	0	188	19	25	14	40	1.90
23409000--23409083	43	2.0	43	80	4	98	52	14	14	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23409119--23409193	36	2.1	36	100	0	150	29	29	12	29	1.92
23411480--23411510	15	2.1	15	100	0	62	45	0	22	32	1.53
23418023--23418097	36	2.1	36	100	0	150	32	16	13	38	1.87
23424732--23424815	7	12.0	7	98	0	132	4	28	23	42	1.74
23432288--23432391	54	1.9	55	84	5	140	43	8	18	29	1.80
23432396--23432422	6	4.5	6	100	0	54	62	0	18	18	1.32
23447632--23447755	64	1.9	64	95	0	221	35	12	18	33	1.89
23452545--23452584	21	2.0	20	85	14	55	42	10	27	20	1.83
23470398--23470555	43	3.7	43	81	9	180	31	24	18	25	1.98
23481013--23481126	43	2.7	43	80	9	135	31	27	17	23	1.97
23482362--23482413	26	2.0	26	100	0	104	34	23	0	42	1.54
23486772--23487183	46	8.7	49	74	12	229	24	29	17	27	1.98
23486773--23487183	94	4.3	96	73	13	307	24	29	18	27	1.98
23493192--23493224	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
23502747--23502915	92	1.8	92	84	0	230	30	18	24	26	1.98
23504157--23504221	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
23506056--23506160	25	4.2	25	92	7	169	36	25	5	32	1.80
23513125--23513202	26	3.0	26	92	0	138	34	28	5	32	1.79
23517718--23517803	21	3.9	23	80	10	90	37	25	22	15	1.93
23518174--23518227	15	3.5	15	87	2	81	51	11	0	37	1.37
23519461--23519496	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
23519509--23519547	8	4.8	8	83	3	51	61	2	2	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23524253--23524320	34	2.0	34	100	0	136	50	5	11	32	1.63
23526592--23526683	26	3.6	26	74	16	84	66	1	1	31	1.06
23526643--23526702	18	3.4	18	74	4	50	63	0	0	36	0.95
23529675--23529715	21	2.0	21	85	4	57	36	2	19	41	1.65
23532856--23532892	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
23532943--23532977	18	1.9	18	88	0	52	37	20	8	34	1.83
23536665--23536749	36	2.4	36	83	0	98	34	22	21	22	1.97
23537415--23537518	51	2.0	51	94	3	183	32	21	4	41	1.74
23540838--23540875	20	2.0	20	89	5	60	26	28	0	44	1.54
23540772--23540940	74	2.3	74	86	6	225	27	30	0	42	1.56
23540839--23540887	20	2.5	20	83	3	55	28	26	0	44	1.54
23542415--23542444	5	6.0	5	100	0	60	0	60	0	40	0.97
23542945--23542991	11	4.2	11	79	12	51	25	2	2	70	1.10
23543355--23543386	16	2.0	16	100	0	64	50	6	25	18	1.70
23547216--23547254	15	2.6	15	87	0	60	61	0	35	2	1.10
23547216--23547259	21	2.1	21	86	0	61	59	0	36	4	1.18
23547264--23547289	5	5.2	5	100	0	52	38	0	61	0	0.96
23549355--23549383	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
23550199--23550290	33	2.8	33	83	3	96	22	40	13	23	1.89
23555238--23555269	15	2.0	17	88	11	50	3	15	12	68	1.32
23560311--23560376	32	2.1	32	100	0	132	30	12	19	37	1.88
23561881--23561932	27	1.9	27	88	0	77	40	15	3	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23561882--23561939	27	2.1	27	80	0	62	43	12	3	41	1.59
23563332--23563371	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
23566332--23566360	15	1.9	15	100	0	58	41	0	10	48	1.37
23571610--23571640	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23571607--23571646	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23571756--23571783	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
23571842--23572096	55	4.8	51	79	7	203	21	24	17	36	1.94
23576943--23576975	15	2.4	14	90	10	50	15	6	12	66	1.42
23577562--23577992	131	3.3	127	77	5	389	26	20	19	33	1.96
23577698--23577992	129	2.3	132	80	6	343	25	20	20	33	1.97
23591144--23591213	30	2.3	30	87	4	106	27	32	17	22	1.96
23591225--23591285	27	2.2	28	79	2	70	29	36	18	16	1.92
23591569--23591627	23	2.7	21	82	7	64	27	20	20	32	1.97
23591591--23591634	20	2.2	20	88	8	63	29	18	20	31	1.96
23592272--23592367	48	2.0	48	95	0	174	27	25	20	27	1.99
23598679--23598714	13	2.8	13	95	0	63	38	11	33	16	1.84
23598708--23598737	13	2.3	13	94	0	51	26	10	30	33	1.89
23598716--23598745	13	2.3	13	94	0	51	26	6	26	40	1.81
23609354--23609590	3	77.3	3	69	15	112	29	8	2	59	1.42
23609920--23609971	14	3.8	14	75	12	54	19	7	3	69	1.29
23612061--23612116	27	2.1	27	86	0	76	53	1	3	41	1.29
23612979--23613024	23	2.0	22	83	4	56	32	8	8	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23613041--23613192	75	2.0	75	97	0	286	44	11	12	32	1.78
23613605--23613657	21	2.3	24	84	12	67	45	0	1	52	1.11
23614959--23615017	17	3.4	17	73	17	57	59	1	3	35	1.24
23615572--23615604	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
23615572--23615606	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
23625320--23625488	46	3.7	46	74	8	132	24	28	20	26	1.99
23625408--23625578	94	1.8	92	85	5	236	24	28	19	27	1.99
23625922--23625981	30	2.0	30	86	0	84	26	26	13	33	1.93
23629265--23629446	47	3.9	46	78	9	183	32	26	18	21	1.97
23636855--23637034	93	1.9	92	89	1	279	28	19	13	38	1.90
23637360--23637709	174	2.0	174	98	0	682	30	13	19	37	1.90
23642114--23642162	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
23642116--23642157	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
23642116--23642158	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
23642145--23642177	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
23642114--23642180	23	2.8	23	78	17	59	68	0	2	28	1.04
23649816--23649855	19	2.1	19	86	9	55	30	25	27	17	1.97
23650168--23650204	18	2.1	18	100	0	74	43	18	10	27	1.83
23653141--23653310	43	4.0	43	72	14	170	32	24	17	25	1.96
23655309--23655342	17	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
23655190--23655427	115	2.0	115	80	9	268	48	7	5	37	1.56
23662940--23663010	29	2.4	31	77	20	80	36	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23664011--23664134	62	2.0	62	91	0	203	38	4	23	33	1.74
23681994--23682048	28	2.0	28	100	0	110	21	18	5	54	1.63
23684559--23684614	29	1.9	29	92	0	94	53	7	17	21	1.67
23688468--23688628	76	2.1	77	96	1	297	44	18	9	26	1.81
23697324--23697363	16	2.5	16	100	0	80	62	17	7	12	1.52
23701039--23701153	44	2.7	44	84	6	139	29	18	22	29	1.97
23701320--23701522	44	4.6	44	76	1	154	28	18	22	30	1.97
23701940--23701970	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
23702047--23702118	27	2.6	26	80	10	72	16	5	2	75	1.12
23702921--23702955	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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