genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65958148--65958423	27	10.2	27	79	6	155	35	21	8	35	1.83
65958216--65958288	28	2.6	28	91	2	112	42	17	8	31	1.79
65958202--65958335	55	2.4	54	78	8	153	39	19	8	32	1.83
65958121--65958403	54	5.2	54	76	7	196	33	21	8	36	1.84
65958175--65958423	137	1.8	135	80	3	293	35	20	8	34	1.83
65959686--65959964	27	10.4	27	78	9	151	34	21	8	35	1.84
65959777--65959849	28	2.6	28	91	2	112	42	17	8	31	1.79
65959767--65960089	27	12.0	27	77	8	167	37	21	8	32	1.84
65959963--65960115	80	1.9	79	82	6	193	41	20	9	28	1.83
65959963--65960115	27	5.8	27	77	4	134	41	20	9	28	1.83
65959994--65960115	53	2.3	54	82	1	138	42	22	7	27	1.80
65960917--65960983	20	3.3	20	89	4	100	41	10	17	29	1.83
65960933--65960997	20	3.3	19	79	12	69	41	12	16	29	1.85
65960917--65960997	40	2.0	39	84	13	103	41	11	17	29	1.84
65961032--65961131	26	3.9	26	93	1	175	27	22	23	28	1.99
65961365--65961443	31	2.5	31	89	0	131	30	18	25	25	1.98
65963650--65963752	27	3.8	27	89	0	134	29	24	8	37	1.85
65963677--65964094	27	15.4	27	75	8	163	37	20	7	34	1.81
65963638--65963899	54	4.8	54	73	5	168	34	20	8	36	1.83
65963739--65964096	54	6.6	53	70	8	211	39	19	7	33	1.80
65963739--65964096	81	4.4	80	71	9	231	39	19	7	33	1.80
65964887--65964953	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65965003--65965134	25	5.3	26	86	4	166	28	21	21	28	1.99
65965003--65965134	51	2.6	51	90	5	200	28	21	21	28	1.99
65965269--65965360	42	2.2	42	88	3	132	28	14	21	35	1.92
65965384--65965480	31	3.1	31	95	0	167	31	13	27	26	1.94
65965384--65965492	31	3.5	31	93	0	164	31	15	26	26	1.96
65966473--65966539	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
65966596--65966720	25	5.0	26	85	4	161	26	24	21	28	1.99
65966596--65966720	51	2.5	51	91	6	195	26	24	21	28	1.99
65966855--65966946	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
65966970--65967079	31	3.5	31	92	0	175	29	16	27	27	1.97
65969294--65969768	27	17.6	27	73	9	137	36	21	8	33	1.84
65969399--65969468	26	2.6	27	82	8	88	47	15	5	31	1.69
65969399--65969516	28	4.3	27	77	8	96	42	18	7	31	1.78
65969293--65969658	189	1.9	186	84	7	479	36	22	8	33	1.84
65969332--65969658	162	2.0	161	80	6	367	36	21	8	33	1.83
65970297--65970387	42	2.2	42	89	0	137	29	14	20	35	1.92
65977722--65977856	67	2.1	65	80	15	147	40	14	8	36	1.77
65980064--65980120	30	2.0	28	86	6	78	14	29	3	52	1.58
65981156--65981211	11	4.9	11	89	6	76	21	3	0	75	0.96
65983275--65983330	14	4.0	14	88	0	76	42	5	32	19	1.74
65983276--65983339	28	2.3	28	88	0	92	40	3	32	23	1.70
65988214--65988321	38	2.8	37	76	15	89	46	13	9	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65994822--65994868	20	2.3	20	77	0	58	23	25	17	34	1.96
65995403--65995449	20	2.3	21	92	3	78	23	23	19	34	1.97
65995403--65995457	21	2.7	20	88	2	65	21	23	18	36	1.95
65995672--65995706	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
65996901--65996961	31	2.0	30	87	6	86	72	4	9	13	1.27
66003399--66003465	20	3.2	20	70	15	55	28	16	13	41	1.86
66011973--66012024	19	2.7	19	93	0	95	50	13	9	26	1.72
66015296--66015351	27	2.1	27	90	9	89	39	16	10	33	1.83
66020625--66020697	11	6.7	11	81	9	71	16	4	9	69	1.30
66020625--66020697	21	3.3	22	81	12	80	16	4	9	69	1.30
66020635--66020697	12	5.7	12	80	17	57	15	4	9	69	1.32
66020689--66020835	82	1.9	78	83	9	192	27	14	8	49	1.71
66021464--66021503	21	1.9	20	85	10	53	22	22	20	35	1.96
66022122--66022177	27	2.1	26	90	9	87	39	17	8	33	1.81
66024240--66024279	6	6.7	6	97	0	71	12	17	0	70	1.18
66027311--66027405	27	3.5	27	82	5	111	42	22	7	28	1.80
66027408--66027482	27	2.8	26	88	8	114	30	21	9	38	1.85
66027410--66027497	27	3.3	26	85	6	104	35	18	7	38	1.80
66027580--66027692	27	4.0	27	74	15	102	31	15	23	28	1.96
66027595--66027657	32	2.0	32	87	6	92	30	14	26	28	1.95
66028088--66028169	6	13.3	6	71	19	62	18	15	15	50	1.79
66028088--66028160	31	2.4	31	88	0	101	17	16	15	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66030169--66030203	10	3.5	10	88	0	52	25	28	14	31	1.95
66033976--66034019	12	3.7	12	81	0	52	11	29	0	59	1.32
66042366--66042398	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
66043467--66043531	28	2.3	28	91	0	103	33	26	7	32	1.85
66043637--66043726	28	3.2	27	84	7	110	21	23	23	32	1.98
66043637--66043751	55	2.1	56	82	8	137	20	23	21	34	1.96
66044505--66044557	20	2.7	20	96	0	97	33	0	15	50	1.44
66046850--66046912	28	2.2	28	85	0	81	34	26	7	30	1.85
66047017--66047096	26	3.0	27	77	15	85	20	26	20	33	1.96
66048650--66048693	10	4.5	10	86	8	56	63	6	9	20	1.46
66053612--66053650	17	2.2	18	90	4	62	43	12	5	38	1.65
66057755--66057939	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
66057736--66057939	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
66065784--66065967	40	4.7	40	83	6	216	26	27	21	24	1.99
66065784--66065967	78	2.3	82	81	9	220	26	27	21	24	1.99
66067997--66068168	93	1.8	93	93	2	301	27	29	20	21	1.98
66067990--66068165	46	3.8	46	77	14	200	28	29	20	21	1.98
66071702--66071754	22	2.3	22	80	6	52	49	11	5	33	1.62
66073335--66073373	20	2.0	20	89	0	60	17	25	15	41	1.89
66075798--66075840	13	3.2	13	87	9	59	74	2	20	2	1.04
66077961--66078000	10	4.1	10	83	3	55	25	22	15	37	1.93
66077957--66078001	20	2.2	21	84	11	67	26	24	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66080854--66080924	37	1.9	37	88	0	106	29	28	18	23	1.98
66081043--66081548	47	10.6	47	91	3	771	28	28	8	33	1.86
66081043--66081548	96	5.3	96	91	2	806	28	28	8	33	1.86
66081043--66081548	143	3.5	143	93	2	856	28	28	8	33	1.86
66083158--66083182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
66086303--66086348	20	2.3	20	84	0	56	36	17	21	23	1.94
66094264--66094306	12	3.5	12	78	6	50	9	13	0	76	1.01
66094261--66094306	18	2.5	20	82	13	62	8	15	0	76	1.02
66094289--66094330	21	2.0	21	81	9	50	7	23	2	66	1.28
66095288--66095798	47	10.6	47	89	5	752	28	29	8	32	1.87
66095550--66095670	59	2.1	59	98	0	233	28	31	9	29	1.89
66095503--66095798	106	2.9	106	90	7	463	29	28	9	32	1.88
66095469--66095766	155	1.9	153	95	1	542	29	28	9	32	1.88
66095409--66095798	202	1.9	200	94	1	690	29	28	9	32	1.88
66099400--66099447	22	2.3	21	89	7	71	8	4	6	81	0.98
66099402--66099447	21	2.2	20	85	7	65	8	2	6	82	0.91
66101761--66101815	19	3.1	17	82	10	65	41	9	16	32	1.80
66106007--66106101	41	2.3	41	87	1	129	30	15	27	26	1.96
66114361--66114392	11	2.9	11	100	0	64	65	0	9	25	1.22
66117291--66117444	41	3.6	42	85	6	161	20	26	22	29	1.99
66117331--66117503	45	3.9	45	86	3	210	24	27	22	25	2.00
66128945--66129030	27	3.2	25	82	10	100	34	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66129166--66129365	27	7.4	27	85	0	247	24	22	18	35	1.96
66132923--66132988	28	2.4	28	92	0	105	28	27	21	22	1.99
66133143--66133229	27	3.3	27	80	4	88	37	20	21	19	1.94
66133377--66133537	27	6.0	27	91	0	223	24	21	20	33	1.97
66137719--66137776	15	3.9	16	67	28	56	22	20	0	56	1.42
66137704--66137789	43	2.0	43	90	0	136	25	20	0	53	1.46
66140148--66140187	19	2.1	19	85	0	53	2	22	0	75	0.93
66140434--66140484	25	2.0	25	96	0	93	39	7	9	43	1.67
66143779--66143958	55	3.3	54	80	2	218	37	19	23	20	1.94
66157007--66157072	10	6.7	9	73	16	51	78	1	15	4	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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