genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15191328--15192075	89	8.3	90	72	11	478	27	21	18	31	1.97
15191323--15191672	184	1.9	183	88	1	531	26	22	21	30	1.98
15191551--15192081	134	4.0	132	77	9	486	28	21	17	32	1.96
15196414--15196489	39	1.9	39	97	0	143	14	31	13	40	1.84
15198300--15198533	3	78.7	3	66	13	74	61	2	8	28	1.36
15198554--15198603	23	2.1	23	82	10	57	66	0	12	22	1.24
15198843--15198969	3	43.7	3	69	13	61	64	3	5	26	1.30
15198858--15198948	35	2.6	36	81	6	89	65	2	7	24	1.30
15198877--15198931	20	2.9	19	78	7	58	69	1	3	25	1.15
15201252--15201289	20	1.9	20	84	10	51	44	13	2	39	1.57
15201482--15201506	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
15205565--15205604	19	2.0	20	85	4	55	35	0	2	62	1.09
15207355--15207393	19	2.2	16	86	13	51	33	0	0	66	0.92
15207583--15207646	25	2.5	25	83	14	78	37	0	3	59	1.13
15207661--15207739	21	3.6	21	72	12	77	36	2	6	54	1.39
15207686--15207780	25	4.0	25	76	13	101	35	1	4	58	1.24
15207710--15207937	87	2.6	88	90	4	345	35	2	4	57	1.32
15207594--15207853	134	2.0	133	94	1	414	36	1	4	57	1.29
15211210--15211242	6	5.7	6	92	3	50	0	18	9	72	1.10
15212647--15212706	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
15215670--15215724	27	2.0	27	100	0	110	10	30	18	40	1.85
15216469--15216611	75	1.9	75	82	2	180	38	10	27	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15218566--15218598	6	5.5	6	92	0	57	36	0	12	51	1.39
15218558--15218617	12	4.8	12	82	12	52	33	0	8	58	1.28
15220282--15220306	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
15225501--15225539	16	2.4	17	87	12	55	38	0	10	51	1.36
15226294--15226339	21	2.2	21	88	7	67	52	2	0	45	1.13
15238300--15238329	15	1.9	16	93	6	53	26	3	3	66	1.23
15247462--15247530	31	2.2	31	94	0	120	44	11	10	33	1.74
15252598--15252679	29	2.8	29	77	14	96	26	21	19	31	1.97
15252588--15252684	29	3.4	28	77	5	95	27	20	20	30	1.98
15254009--15254073	23	2.8	23	97	0	121	52	40	0	7	1.30
15254226--15254280	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
15255060--15255090	16	1.9	16	93	0	53	3	16	3	77	1.03
15260573--15260629	28	2.1	27	87	9	80	5	22	0	71	1.05
15260572--15260615	18	2.5	18	77	3	54	2	20	0	77	0.88
15265505--15265581	26	3.2	26	78	17	101	38	24	5	31	1.77
15265505--15265571	21	2.9	22	84	10	73	40	22	5	31	1.78
15270529--15270569	19	2.2	20	86	8	59	39	2	7	51	1.43
15280321--15280358	15	2.4	16	91	8	60	60	0	0	39	0.97
15281687--15281716	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
15291875--15291916	22	1.9	22	85	9	59	54	0	0	45	0.99
15291874--15291934	26	2.6	22	74	25	54	52	1	0	45	1.10
15292064--15292126	20	3.0	20	80	13	65	41	3	1	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15299627--15299785	43	3.7	42	75	9	135	24	16	26	32	1.97
15302294--15302420	61	2.1	61	88	5	186	24	33	22	19	1.97
15310045--15310085	6	7.0	6	83	5	57	14	2	2	80	0.92
15316878--15316932	26	2.1	26	100	0	110	36	7	25	30	1.83
15317915--15317969	22	2.5	22	81	0	65	23	27	23	25	2.00
15320065--15320747	342	2.0	342	100	0	1366	33	21	16	28	1.95
15321503--15321562	18	3.3	18	77	9	59	33	15	8	43	1.76
15321694--15321726	6	5.5	6	92	0	57	51	15	15	18	1.77
15322458--15322488	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
15324259--15324290	15	2.1	15	100	0	64	25	0	21	53	1.46
15331623--15332074	47	9.6	47	93	0	751	28	28	8	33	1.86
15333902--15333935	16	2.1	16	100	0	68	26	23	17	32	1.97
15344845--15344964	60	2.0	59	96	1	222	51	5	18	24	1.68
15345817--15345872	28	2.0	28	100	0	112	35	10	10	42	1.74
15346083--15346124	22	1.9	22	85	0	57	50	2	0	47	1.14
15347413--15347479	31	2.2	31	86	7	93	44	23	8	22	1.81
15348235--15348272	18	2.1	19	85	14	53	60	7	13	18	1.56
15348296--15348333	18	2.1	19	95	5	69	0	23	0	76	0.79
15358130--15358276	43	3.4	43	78	10	158	27	15	27	28	1.96
15361052--15361096	2	22.5	2	100	0	90	48	51	0	0	1.00
15361119--15361143	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15363800--15363880	31	2.6	31	78	7	85	44	9	4	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15372017--15372094	25	3.1	25	77	0	84	19	25	21	33	1.97
15372047--15372186	25	5.6	25	71	13	83	17	25	20	37	1.94
15372047--15372186	74	1.9	75	82	7	178	17	25	20	37	1.94
15386894--15386928	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
15391998--15392976	488	2.0	488	92	0	1609	33	12	18	36	1.88
15394398--15394542	49	3.0	49	91	0	218	25	15	29	29	1.96
15397664--15398028	46	7.6	49	86	9	422	34	14	22	29	1.93
15397664--15398028	98	3.7	96	84	10	481	34	14	22	29	1.93
15397992--15398137	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
15397664--15398017	144	2.4	149	88	5	449	34	14	21	29	1.93
15399392--15399535	49	2.9	49	92	1	225	23	14	29	31	1.94
15402658--15403024	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
15402658--15403024	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
15402672--15403024	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
15402988--15403133	37	4.0	37	90	1	224	37	15	21	24	1.93
15402658--15403013	150	2.4	149	89	4	467	34	14	21	28	1.93
15402658--15403029	144	2.6	143	88	7	382	34	14	22	28	1.93
15403960--15403993	17	2.0	17	88	0	50	26	8	5	58	1.51
15405829--15405853	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15410949--15410993	19	2.3	20	84	3	56	24	11	15	48	1.77
15415185--15415232	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
15417820--15417970	24	6.2	24	89	3	239	28	19	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15418018--15418075	11	5.6	11	72	15	61	32	18	12	36	1.88
15418018--15418086	20	3.5	20	93	0	120	33	20	11	34	1.89
15426082--15426204	24	5.0	24	83	8	149	27	20	20	31	1.97
15426082--15426205	51	2.5	49	85	7	153	27	20	20	31	1.98
15426254--15426320	20	3.3	20	87	0	98	32	17	11	37	1.87
15431822--15432074	68	3.8	64	77	12	194	24	28	16	30	1.97
15432539--15432599	30	2.0	30	87	0	86	31	24	3	40	1.71
15435970--15436028	19	3.3	19	82	15	72	69	3	0	27	1.04
15435960--15436028	10	7.9	9	75	13	56	69	2	0	27	1.02
15443028--15443086	30	1.9	31	82	3	75	16	11	11	59	1.61
15443315--15443417	32	3.2	30	78	12	107	34	3	0	60	1.22
15443318--15443446	13	9.9	13	72	17	76	34	4	1	59	1.27
15455394--15455885	119	4.1	119	93	0	833	33	17	19	30	1.95
15457859--15457977	13	9.1	13	72	17	72	32	5	1	60	1.28
15461074--15461170	48	2.0	48	96	4	178	19	22	18	39	1.93
15461176--15461205	15	2.0	15	100	0	60	26	46	0	26	1.53
15464504--15464528	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
15464477--15464609	65	2.0	66	88	7	200	27	0	14	57	1.42
15464542--15464733	98	2.1	91	84	9	246	26	1	17	55	1.51
15466366--15466419	21	2.6	22	85	8	69	33	1	1	62	1.16
15470524--15470550	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
15470574--15470610	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15470574--15470623	15	3.5	15	79	15	52	22	24	12	42	1.87
15478601--15479302	204	3.4	205	89	2	1052	30	18	21	29	1.97
15482072--15482222	55	2.8	52	81	5	176	28	16	27	27	1.97
15482073--15482227	27	5.7	26	78	7	132	27	16	28	27	1.97
15490228--15490297	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
15490173--15490324	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
15490174--15490329	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
15492499--15492557	21	2.8	22	80	10	70	33	1	1	62	1.15
15492627--15492701	30	2.6	29	80	6	80	28	5	0	66	1.13
15492713--15492768	12	4.3	12	75	20	51	32	7	1	58	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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