genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80857205--80857233	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
80858349--80858419	34	2.1	34	91	0	115	30	12	26	29	1.93
80860357--80860529	46	3.7	45	79	7	186	23	28	19	28	1.98
80860357--80860528	94	1.8	92	84	7	231	23	29	19	27	1.98
80865523--80865698	46	3.8	46	76	12	189	22	19	27	30	1.98
80865520--80865690	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
80870792--80871012	94	2.4	92	79	8	236	23	28	19	28	1.98
80870792--80871009	46	4.7	44	79	13	192	23	28	19	28	1.98
80875323--80875615	6	48.8	6	98	0	532	68	0	14	16	1.20
80877201--80877240	3	13.3	3	89	0	62	62	2	2	32	1.22
80877787--80877836	20	2.5	20	96	0	91	24	30	22	24	1.99
80882073--80882105	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
80883379--80883515	50	2.7	50	90	0	211	28	18	23	29	1.98
80886280--80886448	48	3.7	46	74	13	143	26	17	28	27	1.97
80887525--80887574	11	4.6	11	85	11	59	70	4	6	20	1.25
80887535--80887582	11	4.1	12	79	12	55	66	2	6	25	1.26
80893690--80893867	40	4.5	40	91	2	261	25	28	21	24	1.99
80895109--80895154	24	1.9	24	82	8	58	23	15	0	60	1.34
80899718--80899854	50	2.7	50	87	0	193	27	20	24	28	1.99
80904718--80904773	29	1.9	29	100	0	112	42	19	16	21	1.89
80909272--80909495	40	5.7	40	86	7	273	24	21	28	25	1.99
80909272--80909495	79	2.8	81	85	6	280	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80909325--80909518	79	2.5	78	85	7	216	25	21	27	24	1.99
80911108--80911215	3	38.0	3	71	14	68	1	30	2	64	1.18
80911107--80911197	29	3.4	26	74	12	78	2	31	3	62	1.23
80911163--80911213	16	3.3	15	78	10	50	0	23	3	72	1.01
80911113--80911215	11	9.4	11	69	14	54	0	31	2	65	1.14
80911597--80911638	22	1.9	22	95	0	75	38	4	42	14	1.66
80912569--80912616	24	2.0	24	96	4	89	54	0	16	29	1.43
80913676--80913781	45	2.4	45	93	0	185	33	5	10	50	1.60
80915470--80915514	18	2.6	17	83	13	56	73	0	11	15	1.10
80916410--80916435	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
80917452--80917507	22	2.5	22	82	0	67	25	26	28	19	1.99
80922581--80922612	6	4.9	7	88	11	50	78	0	21	0	0.76
80922581--80922612	13	2.4	14	85	15	50	78	0	21	0	0.76
80923887--80923946	29	2.1	29	96	0	111	33	25	20	21	1.97
80924920--80924960	18	2.3	18	87	4	57	60	4	12	21	1.50
80925226--80925260	17	2.1	17	89	10	54	68	5	0	25	1.11
80926505--80926547	22	2.0	22	85	0	59	9	0	37	53	1.33
80926880--80927031	44	3.5	42	78	8	128	28	19	19	32	1.96
80927257--80927364	30	3.6	30	76	3	94	28	25	14	31	1.95
80928969--80929011	12	3.7	12	87	3	61	74	6	4	13	1.19
80929940--80929996	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
80929940--80929996	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80929932--80929996	31	2.1	30	83	13	80	76	4	16	1	1.02
80930056--80930099	18	2.4	18	80	0	52	68	2	13	15	1.31
80930125--80930163	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
80932255--80932341	30	2.9	31	77	5	90	28	25	16	29	1.96
80933971--80934411	45	9.8	45	68	14	180	30	21	15	32	1.95
80933848--80934690	179	4.7	179	85	2	1118	28	20	17	33	1.95
80934206--80934451	137	1.8	135	80	3	296	29	21	16	32	1.95
80933848--80934690	359	2.3	359	90	0	1330	28	20	17	33	1.95
80941097--80941143	21	2.2	21	88	3	67	80	0	4	14	0.85
80941097--80941138	15	2.7	15	85	3	57	80	0	4	14	0.86
80956772--80956807	17	2.1	17	90	10	56	66	2	2	27	1.19
80956874--80956938	3	21.0	3	75	6	58	58	4	6	30	1.43
80960176--80960266	45	2.0	45	95	0	164	29	19	8	41	1.82
80960720--80960784	25	2.9	23	84	13	75	26	0	7	66	1.19
80967222--80967262	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
80976474--80976522	18	2.7	18	81	6	55	59	10	0	30	1.31
80984330--80984389	16	3.6	17	76	15	54	55	0	5	40	1.22
80987044--80987109	9	7.2	9	77	14	64	34	1	3	60	1.21
80987073--80987137	29	2.2	31	83	10	82	33	0	3	63	1.10
80987080--80987114	18	1.9	19	88	11	56	34	0	0	65	0.93
80989099--80989149	26	2.0	26	84	7	68	37	23	15	23	1.93
80991050--80991080	13	2.4	13	100	0	62	64	0	16	19	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80991992--80992101	45	2.5	46	82	7	129	13	25	15	45	1.83
81003598--81003658	27	2.3	27	85	2	79	50	1	11	36	1.48
81007820--81007869	26	1.9	26	95	0	91	40	26	2	32	1.67
81013571--81013620	26	1.9	26	100	0	100	38	26	4	32	1.75
81014345--81014389	24	1.9	24	86	4	65	22	6	0	71	1.09
81017619--81017644	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
81022418--81022472	24	2.2	25	81	9	60	65	9	3	21	1.37
81024468--81024641	86	2.0	86	92	0	285	24	21	17	37	1.94
81031906--81031953	15	3.3	15	85	5	62	29	12	0	58	1.35
81031993--81032044	21	2.5	22	81	12	56	34	3	0	61	1.14
81033633--81033675	20	2.2	20	83	8	52	27	6	9	55	1.57
81035526--81035611	35	2.3	39	80	19	126	50	31	0	18	1.48
81035538--81035611	35	2.1	35	100	0	148	48	32	0	18	1.49
81036381--81036416	19	1.9	19	88	5	56	52	5	2	38	1.39
81036407--81036451	18	2.6	18	92	3	74	48	0	0	51	1.00
81036758--81036797	21	1.9	21	89	0	62	52	12	15	20	1.74
81037735--81037918	92	2.0	92	90	2	289	25	22	12	39	1.89
81041448--81041500	21	2.6	19	75	13	61	52	9	5	32	1.57
81042665--81042722	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
81042984--81043025	18	2.3	19	80	12	52	61	4	4	28	1.36
81042995--81043043	18	2.9	17	84	6	55	61	2	4	32	1.26
81043012--81043122	20	5.6	19	77	17	102	57	0	6	35	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81044785--81044821	20	2.0	19	85	15	51	64	0	2	32	1.07
81044782--81044838	26	2.2	26	84	3	71	59	3	5	31	1.36
81045459--81045494	11	3.4	11	92	3	56	22	2	0	75	0.94
81046742--81046776	14	2.5	14	95	0	61	65	5	8	20	1.40
81046885--81046918	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
81046808--81046989	92	2.0	92	82	2	220	34	20	15	29	1.94
81046998--81047032	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
81046928--81047121	89	2.2	89	84	3	248	42	17	14	25	1.87
81047087--81047135	14	3.5	14	94	0	80	59	8	16	16	1.60
81046998--81047189	103	1.9	103	90	2	305	39	18	15	26	1.91
81047115--81047425	73	4.2	73	88	4	419	32	20	17	29	1.95
81048189--81048304	43	2.6	44	83	6	128	16	21	12	49	1.79
81054908--81054960	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
81056445--81056494	26	1.9	26	100	0	100	38	26	4	32	1.75
81056498--81056522	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
81060336--81060393	12	5.0	12	79	14	59	62	0	6	31	1.22
81060316--81060378	21	3.2	19	78	22	67	61	0	7	30	1.24
81060539--81060587	3	17.0	3	83	8	66	69	0	0	30	0.89
81069825--81069865	21	2.0	21	85	0	55	0	51	19	29	1.47
81071628--81071686	22	2.5	24	83	5	68	28	3	16	50	1.61
81071737--81071789	21	2.7	20	85	8	72	13	0	30	56	1.37
81084623--81084656	17	1.9	18	88	5	52	47	2	11	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81088206--81088274	35	2.0	34	85	2	93	21	17	7	53	1.67
81099482--81099661	40	4.6	40	82	2	105	23	26	24	25	2.00
81099517--81099661	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
81107505--81107648	40	3.6	40	85	5	184	23	26	24	25	2.00
81110537--81110589	22	2.5	21	87	3	70	62	1	7	28	1.33
81110574--81110745	94	1.8	94	81	5	213	63	2	8	25	1.35
81110519--81110729	3	71.3	3	66	10	76	63	2	7	26	1.35
81110521--81110804	15	19.9	15	65	22	89	61	2	8	27	1.38
81116250--81116315	12	5.4	12	75	10	53	34	4	0	60	1.17
81116236--81116311	25	3.0	25	77	11	66	31	3	0	64	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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