genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85639826--85639858	14	2.4	14	100	0	66	27	0	0	72	0.85
85656173--85656749	47	12.3	47	92	0	931	34	8	28	28	1.86
85660140--85660364	40	5.6	40	84	8	235	26	27	21	24	1.99
85660140--85660365	80	2.8	79	83	5	276	26	26	21	24	1.99
85660140--85660365	120	1.9	120	82	5	287	26	26	21	24	1.99
85663106--85663188	38	2.2	38	88	0	121	20	10	38	30	1.87
85673228--85673403	46	3.8	46	76	12	180	19	19	30	30	1.97
85673225--85673396	93	1.8	93	91	0	281	20	19	30	29	1.97
85674824--85674898	28	2.7	28	85	8	107	30	32	10	26	1.90
85674911--85674997	40	2.2	40	87	4	122	31	31	16	21	1.95
85678001--85678079	12	6.3	12	73	16	54	34	5	0	60	1.18
85678050--85678092	15	2.9	15	86	10	61	32	0	0	67	0.91
85677983--85678095	13	8.8	13	71	14	67	34	3	0	61	1.20
85690092--85691267	208	5.7	208	93	1	1842	30	17	22	29	1.97
85691503--85691533	13	2.4	13	94	0	53	35	12	6	45	1.68
85692980--85693044	30	2.2	29	78	10	69	35	6	0	58	1.23
85694978--85695098	52	2.4	51	84	4	154	30	27	11	30	1.92
85703689--85703936	64	3.8	64	84	4	302	24	30	16	29	1.96
85704672--85704732	30	2.0	30	87	0	86	27	22	8	40	1.82
85706669--85706742	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
85708181--85708291	27	4.2	26	78	10	116	16	21	23	38	1.92
85708181--85708291	54	2.1	53	84	5	143	16	21	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85714479--85714541	23	2.7	23	90	7	101	33	4	41	20	1.73
85715965--85716076	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
85715965--85716076	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
85718153--85718252	50	2.0	50	100	0	200	36	8	24	32	1.84
85721065--85721177	42	2.7	43	79	5	122	28	15	24	30	1.96
85721075--85721185	43	2.6	42	74	17	104	27	17	26	29	1.97
85722632--85722855	39	5.7	40	81	7	224	25	27	21	25	1.99
85722632--85722855	79	2.8	77	80	8	236	25	27	21	25	1.99
85722787--85722864	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
85727753--85727878	49	2.6	49	89	2	200	26	39	21	12	1.89
85730573--85730638	34	1.9	34	90	0	105	37	22	6	33	1.79
85731081--85731287	41	5.1	40	79	3	189	34	19	21	24	1.96
85732602--85732634	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
85734237--85734278	8	5.4	8	91	5	68	23	2	9	64	1.35
85742248--85742280	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
85745353--85745446	40	2.4	40	80	3	102	37	35	13	13	1.85
85745587--85745664	34	2.3	34	86	6	106	46	23	10	20	1.81
85747681--85747856	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
85747678--85747848	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
85750803--85750882	15	5.4	15	75	12	76	10	17	13	58	1.62
85753267--85753440	46	3.8	45	80	6	197	21	20	29	28	1.98
85761044--85761138	40	2.4	40	82	3	113	36	36	13	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85763081--85763151	23	3.1	23	95	0	124	26	28	7	38	1.82
85763641--85763688	19	2.4	20	83	16	64	72	10	4	12	1.24
85768292--85768320	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
85771892--85772017	46	2.7	46	90	0	189	21	20	28	29	1.98
85782320--85782433	28	3.9	28	70	19	81	26	28	20	25	1.99
85782462--85782517	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
85787936--85787997	30	2.1	30	96	0	115	48	14	24	12	1.79
85808043--85808126	28	3.2	28	65	25	83	23	17	29	28	1.97
85807995--85808184	50	3.8	49	83	2	209	25	17	25	30	1.98
85814251--85814354	29	3.6	29	73	10	86	28	28	17	25	1.97
85814217--85814385	58	2.9	58	89	0	241	28	27	19	23	1.98
85814539--85814889	43	8.2	43	95	0	594	31	33	23	11	1.90
85819438--85819497	15	4.1	15	72	18	54	11	13	13	61	1.57
85819447--85819505	30	1.9	30	86	10	84	11	15	10	62	1.54
85821893--85822070	50	3.5	51	83	3	200	24	16	28	30	1.97
85824556--85824782	122	1.9	122	92	1	384	40	11	19	28	1.87
85828282--85828340	30	2.0	30	86	6	84	64	0	5	30	1.15
85832529--85832606	14	5.4	14	77	6	66	58	11	19	10	1.60
85835519--85835690	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
85835512--85835687	46	3.8	46	73	12	171	29	28	20	21	1.98
85835564--85835706	46	3.1	45	73	15	114	29	28	18	23	1.98
85842313--85842429	43	2.7	43	84	2	155	30	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85842313--85842467	43	3.6	42	78	1	148	32	27	16	22	1.96
85842313--85842473	86	1.9	86	84	2	216	31	27	16	24	1.96
85842319--85842485	43	3.9	43	75	4	122	30	25	17	26	1.97
85843869--85844008	3	47.0	3	71	16	96	65	2	3	28	1.24
85843848--85843909	30	2.1	29	82	11	72	70	3	4	20	1.19
85844139--85844323	3	60.3	3	70	15	76	56	1	10	31	1.43
85844139--85844323	17	10.2	17	67	18	74	56	1	10	31	1.43
85844141--85844232	20	4.5	20	73	10	62	58	1	6	33	1.31
85844170--85844233	25	2.5	24	82	7	74	57	1	7	32	1.37
85844994--85845026	16	1.9	17	88	11	50	75	3	6	15	1.11
85845716--85845880	44	3.7	45	81	3	156	30	22	20	26	1.98
85845999--85846678	178	3.8	179	88	1	976	27	26	18	27	1.98
85846103--85846541	44	9.9	43	69	11	208	28	27	17	26	1.98
85846639--85846852	44	4.8	44	74	10	177	22	26	21	29	1.99
85846691--85846851	88	1.8	87	81	6	200	22	26	22	28	1.99
85846816--85847548	44	16.9	44	71	8	342	27	24	19	28	1.98
85846650--85846916	132	2.0	131	83	5	333	23	25	21	29	1.99
85846994--85847382	173	2.2	174	88	1	566	28	24	17	29	1.98
85846908--85847236	129	2.5	130	88	2	475	28	25	18	27	1.98
85847167--85847546	130	2.9	129	85	6	550	27	23	19	29	1.98
85846821--85847504	86	7.9	84	72	8	293	27	24	19	28	1.99
85854607--85855089	3	160.0	3	65	20	102	59	3	8	29	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85854568--85854617	18	2.7	18	76	20	50	66	6	10	18	1.42
85854623--85854743	20	5.9	20	70	14	59	61	4	4	29	1.33
85854887--85854927	23	1.9	22	85	14	59	60	0	4	34	1.18
85856007--85856043	5	7.6	5	88	11	51	83	0	0	16	0.64
85856012--85856056	19	2.3	19	88	7	63	80	4	2	13	0.97
85860990--85861046	24	2.5	22	78	18	62	66	1	5	26	1.22
85861676--85861736	29	2.1	29	100	0	122	50	6	19	22	1.70
85862865--85862892	8	3.5	8	100	0	56	21	0	0	78	0.75
85863055--85863809	177	4.3	177	83	4	902	27	23	17	30	1.97
85863664--85863747	43	2.0	43	85	4	116	32	22	11	33	1.91
85863977--85864198	64	3.5	64	82	0	300	37	15	18	27	1.91
85867925--85868013	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
85867925--85868013	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
85867937--85867992	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
85868355--85868678	44	7.4	45	80	8	240	28	27	13	30	1.95
85868486--85868678	44	4.4	44	90	2	298	29	27	13	29	1.95
85868618--85868904	92	3.2	90	83	4	339	27	23	16	33	1.96
85868889--85869445	84	6.6	84	89	2	810	22	22	23	31	1.98
85870394--85870447	7	7.6	7	82	15	58	0	16	0	83	0.65
85870394--85870447	16	3.7	15	75	25	62	0	16	0	83	0.65
85870394--85870447	29	1.9	29	88	7	85	0	16	0	83	0.65
85875566--85875656	19	4.9	19	86	8	134	34	16	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85875578--85875648	35	2.0	36	91	2	117	35	15	11	38	1.83
85878921--85879032	40	2.8	40	85	6	140	25	22	27	24	2.00
85881832--85881991	18	8.9	18	75	19	104	37	11	15	36	1.83
85881839--85881991	35	4.3	35	94	2	261	37	11	14	35	1.83
85890237--85890284	25	2.0	24	91	4	78	39	4	10	45	1.58
85894223--85894445	40	5.6	40	83	8	269	25	28	21	24	1.99
85894225--85894446	118	1.9	120	83	7	292	25	27	22	24	2.00
85902336--85902559	40	5.6	40	83	8	278	25	28	22	24	2.00
85902338--85902560	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
85911623--85911762	70	2.0	69	94	2	246	37	6	12	43	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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