genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57156986--57157164	81	2.2	81	81	5	202	29	8	19	42	1.80
57157168--57157365	27	7.3	27	84	2	236	40	7	22	29	1.81
57161496--57161574	31	2.5	31	95	0	140	29	27	16	26	1.97
57161601--57161688	42	2.1	42	89	0	131	36	21	13	28	1.92
57161837--57161906	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
57161939--57161969	16	1.9	16	93	0	53	35	12	19	32	1.90
57162825--57162933	27	3.9	27	74	15	87	34	9	15	40	1.79
57162885--57162985	27	3.8	26	79	7	89	28	8	19	42	1.81
57163017--57163108	27	3.4	27	83	5	105	40	7	23	28	1.82
57168848--57168899	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57177893--57178005	29	3.9	29	83	1	129	26	15	28	30	1.96
57180808--57180941	46	2.9	46	78	5	162	21	20	30	27	1.98
57180808--57180932	47	2.7	47	83	5	155	20	20	31	27	1.98
57186187--57186370	67	2.8	64	78	8	194	28	16	30	23	1.97
57198143--57198174	17	1.9	17	93	6	57	12	0	43	43	1.42
57198364--57198396	15	2.3	15	89	5	50	3	6	21	69	1.24
57206060--57206119	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
57206794--57206990	27	7.3	27	82	1	225	25	18	19	37	1.94
57206794--57206991	107	1.8	108	89	3	310	25	18	19	37	1.94
57213248--57213394	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
57213291--57213420	40	3.3	39	84	4	170	29	26	19	24	1.98
57213254--57213420	80	2.1	80	81	5	187	27	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57213294--57213474	80	2.3	80	82	9	201	28	27	20	24	1.99
57213294--57213474	40	4.5	40	80	7	154	28	27	20	24	1.99
57216767--57216818	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57217471--57217775	27	11.4	27	79	6	307	27	19	16	36	1.93
57217471--57217774	107	2.8	106	84	6	384	27	18	16	36	1.93
57217472--57217775	80	3.8	81	81	2	335	27	19	16	36	1.93
57218655--57218755	6	16.8	6	73	17	77	50	12	15	20	1.77
57218873--57218954	27	3.1	27	79	11	89	36	24	23	15	1.94
57219111--57219169	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57219257--57219340	27	3.2	26	86	5	114	36	22	21	19	1.95
57219538--57219733	27	7.3	27	85	0	212	25	18	18	36	1.94
57219538--57219733	54	3.6	54	86	0	248	25	18	18	36	1.94
57219557--57219733	81	2.2	81	87	0	246	24	18	19	37	1.94
57219743--57220066	27	12.0	27	85	5	395	41	9	21	28	1.84
57222075--57222182	6	17.8	6	77	16	107	50	13	16	19	1.79
57222300--57222358	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
57222537--57222595	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57222682--57222764	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
57222964--57223143	27	6.9	26	82	5	186	25	21	17	36	1.94
57222962--57223150	26	7.3	27	82	7	203	25	20	17	36	1.94
57223155--57223520	27	13.9	27	77	9	380	41	9	21	27	1.83
57225517--57225618	6	16.8	6	72	17	77	50	12	15	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57225517--57225618	30	3.4	30	86	1	141	50	12	15	20	1.76
57225736--57225801	27	2.5	26	85	7	87	37	19	22	19	1.94
57225760--57225817	27	2.1	27	84	6	73	36	24	20	18	1.95
57226098--57226179	27	3.0	27	82	5	103	37	21	20	19	1.94
57226380--57226574	27	7.2	27	82	4	223	26	19	18	35	1.95
57226379--57226574	54	3.6	54	85	2	268	26	19	18	35	1.95
57226398--57226574	81	2.2	81	86	2	248	24	18	19	36	1.94
57226579--57226909	27	12.3	27	86	5	427	41	9	22	26	1.85
57234313--57234398	43	2.0	43	86	4	120	34	26	16	22	1.95
57237808--57237863	28	2.0	27	82	3	67	23	14	25	37	1.92
57237839--57237956	43	2.8	43	80	1	139	24	15	24	35	1.94
57248521--57248718	50	4.0	48	75	7	180	40	17	10	31	1.83
57248515--57248697	100	1.8	100	86	2	269	42	17	9	31	1.81
57248515--57248718	100	2.0	100	84	3	268	41	17	10	31	1.83
57261045--57261219	46	3.8	46	80	10	212	28	29	21	21	1.98
57261052--57261223	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
57268529--57268583	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
57277310--57277481	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57277303--57277478	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57288958--57289017	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
57292964--57293102	40	3.5	40	85	4	172	25	24	26	23	2.00
57296043--57296125	41	2.0	41	88	0	121	43	10	26	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57308062--57308094	17	1.9	17	93	0	57	6	27	0	66	1.15
57308711--57308743	18	1.9	17	88	11	50	30	18	39	12	1.87
57309003--57309055	27	2.0	27	96	0	97	20	26	24	28	1.99
57309003--57309076	27	2.7	27	89	2	94	18	28	22	29	1.98
57309003--57309090	28	3.2	28	81	1	79	19	27	21	31	1.97
57315818--57315850	17	1.9	17	93	0	57	6	27	0	66	1.15
57316931--57317070	27	5.1	27	85	2	174	20	26	19	34	1.96
57319082--57319137	25	2.2	24	79	17	69	33	3	0	62	1.12
57319097--57319150	25	2.2	25	80	12	58	38	3	0	57	1.17
57327221--57327265	22	2.0	22	95	0	81	42	37	0	20	1.52
57328764--57328788	12	2.1	12	100	0	50	32	20	0	48	1.50
57331358--57331398	21	2.0	21	95	0	73	41	17	12	29	1.85
57331363--57331397	10	3.4	10	84	7	52	37	17	14	31	1.89
57332527--57332632	37	2.9	37	95	0	185	27	31	17	23	1.97
57332751--57333408	47	13.7	47	92	2	1028	29	29	8	33	1.86
57332751--57333408	96	6.9	96	93	2	1076	29	29	8	33	1.86
57343120--57343170	25	2.0	25	85	7	68	29	21	17	31	1.96
57343209--57343248	21	1.9	21	84	0	53	42	17	10	30	1.82
57345250--57345472	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
57353156--57353378	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
57363208--57363293	27	3.3	25	77	15	68	33	11	15	39	1.83
57363218--57363503	80	3.6	80	83	3	317	30	8	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57363218--57363495	27	10.4	27	83	3	294	30	8	20	39	1.83
57363257--57363503	53	4.6	53	78	8	259	30	8	20	40	1.82
57363819--57363910	28	3.3	28	84	6	123	28	34	15	21	1.94
57363801--57363910	56	1.9	57	87	1	159	25	33	14	26	1.94
57368395--57368538	62	2.4	60	82	9	168	26	24	18	31	1.97
57368436--57368538	31	3.3	31	91	0	170	28	25	15	31	1.96
57368736--57368827	48	1.9	48	95	2	168	25	20	23	30	1.99
57368718--57368839	25	5.0	26	78	9	141	27	20	22	28	1.99
57368889--57368976	20	4.4	20	85	7	108	34	18	9	38	1.82
57368889--57368976	40	2.2	40	85	4	124	34	18	9	38	1.82
57369681--57369782	27	3.8	26	71	12	71	24	21	17	36	1.95
57369834--57369985	27	5.6	27	81	4	144	29	5	19	45	1.72
57369779--57369985	110	1.9	108	80	4	236	30	7	19	42	1.78
57370017--57370160	27	5.3	27	83	0	180	41	8	22	27	1.82
57377767--57377830	30	2.2	29	91	2	101	26	15	21	35	1.94
57383784--57383961	40	4.5	40	83	6	202	25	21	25	26	2.00
57385314--57385450	38	3.6	38	88	0	202	21	21	24	32	1.98
57385310--57385455	76	1.9	76	90	0	229	21	22	23	31	1.98
57385448--57385576	46	3.0	44	82	7	131	25	22	27	24	2.00
57390376--57390415	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
57391658--57391697	14	2.9	14	92	0	53	10	30	7	52	1.62
57394975--57395013	17	2.3	17	100	0	78	10	41	0	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57406876--57406987	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
57406876--57406987	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
57411100--57411196	30	3.2	30	73	11	92	29	24	16	28	1.97
57412867--57412933	13	5.5	12	80	7	73	70	5	5	17	1.29
57413850--57413906	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
57413854--57413902	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
57413954--57413984	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
57413987--57414011	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
57413981--57414036	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
57413987--57414068	30	2.7	31	79	9	98	65	1	20	12	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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