genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432597--17432672	22	3.7	21	73	15	68	42	17	3	36	1.68
17432633--17432723	19	4.9	19	89	8	152	37	15	9	37	1.81
17432626--17432723	35	2.7	37	86	12	141	36	16	9	37	1.80
17434188--17434228	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
17441255--17441314	10	6.0	10	81	11	70	66	1	10	21	1.30
17441968--17442154	96	1.9	97	90	1	295	31	26	14	27	1.95
17442133--17442246	57	2.0	57	91	0	183	31	20	13	35	1.91
17442973--17443013	13	2.9	15	75	17	52	75	0	2	21	0.92
17448711--17448816	42	2.5	43	81	3	133	34	26	22	16	1.95
17448734--17448795	21	3.0	21	100	0	124	29	29	29	12	1.94
17450254--17450289	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
17452462--17452516	10	5.7	9	82	8	56	67	1	7	23	1.26
17458258--17458362	52	2.0	52	96	0	192	44	20	7	26	1.78
17459044--17459138	49	2.0	48	91	2	154	38	17	16	26	1.91
17460763--17460809	22	2.1	22	88	7	69	57	0	4	38	1.18
17465578--17465620	22	2.0	22	90	0	68	74	2	2	20	1.04
17465940--17465984	19	2.4	19	85	7	56	64	0	2	33	1.06
17465938--17466002	14	4.6	14	77	9	62	61	0	3	35	1.12
17467654--17468349	207	3.4	206	92	2	1171	28	21	18	31	1.97
17480251--17480306	5	11.2	5	74	14	53	64	0	5	30	1.16
17480331--17480370	20	2.0	21	90	5	64	72	2	2	22	1.09
17480689--17480760	12	5.5	13	79	12	67	63	0	4	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17480689--17480760	28	2.7	27	79	10	76	63	0	4	31	1.13
17482709--17482768	9	6.9	9	76	17	56	10	10	3	76	1.12
17482719--17482780	13	4.8	13	75	14	58	14	9	1	74	1.15
17483792--17484282	173	2.9	173	86	4	665	31	15	25	27	1.96
17484649--17484691	22	2.0	22	85	0	59	48	9	4	37	1.56
17487324--17487372	20	2.5	20	83	9	64	28	22	2	46	1.63
17488509--17488550	14	3.1	14	89	3	68	0	28	0	71	0.86
17488551--17488597	19	2.5	19	86	6	60	8	10	8	72	1.29
17490158--17490287	47	2.8	47	85	2	172	24	16	25	33	1.96
17495613--17496153	46	11.8	46	93	0	836	22	24	14	38	1.92
17506078--17506123	24	1.9	23	86	8	65	43	4	0	52	1.21
17507030--17507069	16	2.3	18	87	12	57	17	50	7	25	1.72
17507314--17507369	4	14.2	4	83	12	55	3	21	0	75	0.96
17508023--17508103	3	26.3	3	75	9	74	30	7	1	60	1.32
17508023--17508104	21	3.8	21	77	9	85	30	8	1	59	1.35
17534687--17534760	23	3.4	21	67	18	53	56	12	2	28	1.49
17534753--17534793	18	2.2	18	86	4	55	53	12	4	29	1.58
17535092--17535146	23	2.4	23	84	6	67	56	7	5	30	1.49
17535183--17535258	11	6.8	11	68	14	57	65	1	5	27	1.22
17538137--17538161	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
17540650--17540807	78	2.0	78	100	0	316	41	12	17	29	1.86
17543110--17543429	178	1.8	177	93	2	556	37	9	14	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17546869--17546895	13	2.1	13	100	0	54	25	22	0	51	1.48
17559186--17559248	22	2.9	22	88	2	92	9	41	26	22	1.84
17564826--17564865	15	2.6	16	84	15	57	22	2	0	75	0.93
17566817--17566876	27	2.2	28	79	8	70	35	15	26	23	1.94
17566828--17566902	27	2.8	27	83	2	89	34	17	28	20	1.95
17566838--17566915	26	3.0	26	80	1	93	30	16	32	20	1.95
17570446--17570617	31	5.5	31	85	6	224	27	25	16	29	1.97
17570439--17570617	93	1.9	93	88	2	270	27	25	17	29	1.97
17570593--17570721	50	2.5	51	87	2	188	26	22	15	35	1.94
17575360--17575391	16	2.0	17	88	11	50	53	0	9	37	1.34
17577315--17577366	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
17578484--17578633	43	3.5	43	76	8	153	27	15	25	32	1.95
17579165--17579223	29	2.0	29	96	0	109	33	8	16	40	1.79
17584553--17584592	19	2.0	20	85	4	55	45	12	5	37	1.64
17585777--17585803	4	6.8	4	100	0	54	22	0	25	51	1.48
17591618--17591670	14	3.6	14	77	22	63	50	1	0	47	1.12
17591612--17591670	31	1.9	31	100	0	118	52	1	0	45	1.10
17591612--17591670	14	3.9	15	74	25	54	52	1	0	45	1.10
17594338--17594376	21	2.0	20	85	10	53	46	5	0	48	1.24
17594429--17594467	19	2.1	19	90	0	60	38	0	7	53	1.30
17595732--17595858	28	4.5	28	91	0	209	19	40	19	19	1.91
17596813--17597077	46	5.6	48	79	12	234	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17596812--17597126	94	3.4	95	77	11	280	23	28	18	29	1.98
17596811--17597126	46	6.7	46	77	10	204	23	28	18	29	1.98
17596865--17597126	140	1.9	141	84	7	363	23	28	18	29	1.98
17598746--17598789	13	3.5	13	78	12	56	38	2	4	54	1.33
17599440--17599485	23	1.9	23	82	8	56	41	15	23	19	1.89
17600386--17600444	31	1.9	31	82	6	75	22	23	5	49	1.70
17602604--17602635	15	2.1	15	94	0	55	53	0	12	34	1.39
17602625--17602666	20	2.1	21	91	8	70	26	2	14	57	1.50
17603132--17603192	32	2.0	29	87	9	86	57	1	4	36	1.30
17604942--17604973	14	2.2	15	94	5	57	34	6	12	46	1.67
17616972--17617002	15	2.0	15	93	6	53	0	9	0	90	0.46
17616974--17616999	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
17629285--17629312	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
17634323--17634352	15	2.1	15	93	6	53	56	6	0	36	1.26
17635138--17635179	21	2.0	21	85	0	57	45	11	23	19	1.83
17636770--17636830	24	2.5	24	75	19	72	36	1	3	59	1.24
17638919--17638998	13	6.7	13	73	26	63	36	0	1	62	1.03
17638931--17639005	34	2.2	34	97	0	141	36	0	0	64	0.94
17638948--17638987	20	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
17638930--17639006	14	5.1	14	72	20	57	37	0	0	62	0.96
17639284--17639355	8	9.0	8	75	13	60	51	1	0	47	1.09
17639299--17639339	21	2.0	21	90	9	57	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17645012--17645403	131	3.0	131	92	0	624	26	19	19	33	1.96
17652635--17652741	3	35.3	3	69	19	62	31	1	0	65	1.10
17652676--17652741	7	9.0	7	77	9	69	36	0	0	63	0.95
17652679--17652738	15	4.0	15	82	8	77	36	0	0	63	0.95
17652676--17652741	30	2.2	29	89	2	96	36	0	0	63	0.95
17652681--17652912	22	10.5	22	65	21	78	34	3	1	59	1.24
17652845--17652912	21	3.3	20	76	19	61	35	2	0	61	1.11
17652673--17652913	15	16.1	15	66	21	64	34	3	1	60	1.22
17652851--17652913	16	3.7	18	82	17	73	33	3	0	63	1.10
17652860--17652915	24	2.2	26	81	6	62	32	3	0	64	1.11
17652795--17652912	53	2.2	53	80	11	123	35	4	0	59	1.23
17653157--17653215	18	3.3	17	76	6	55	33	1	1	62	1.15
17664827--17665374	206	2.7	206	91	1	832	30	20	21	27	1.98
17667163--17667285	26	4.5	27	69	20	69	35	3	0	60	1.19
17667118--17667305	35	4.9	38	73	21	128	35	4	1	59	1.26
17667210--17667311	16	6.1	15	71	20	62	34	5	0	59	1.21
17667241--17667300	19	3.4	19	79	18	60	33	3	0	63	1.11
17667460--17667506	14	3.3	15	80	17	55	46	0	0	53	1.00
17669162--17669472	154	2.0	154	97	0	586	33	14	18	34	1.90
17690011--17690071	31	2.0	31	86	0	86	19	32	29	18	1.95
17690019--17690085	31	2.2	31	86	2	91	16	32	32	17	1.93
17692241--17692294	20	2.7	20	79	0	63	27	5	1	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17696018--17696097	18	4.4	18	69	17	58	26	1	2	70	1.08
17696025--17696077	21	2.5	21	90	0	79	26	1	1	69	1.09
17696990--17697180	94	2.0	94	86	7	269	28	14	25	31	1.94
17697921--17697980	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
17698570--17698621	10	5.1	10	78	2	50	25	7	0	67	1.17
17698570--17698619	20	2.5	21	81	15	61	24	8	0	68	1.16
17699329--17699362	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
17701556--17701605	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
17701649--17701707	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
17701653--17701707	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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