genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85382712--85382787	37	2.1	37	97	0	143	36	17	19	26	1.94
85387181--85387240	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
85396388--85396432	8	5.3	9	81	10	51	66	4	0	28	1.11
85396396--85396430	8	4.1	8	89	10	52	71	2	0	25	1.00
85396478--85396526	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
85396823--85396892	19	3.6	20	71	22	60	64	1	4	30	1.21
85396832--85396891	19	3.2	19	81	11	70	65	1	5	28	1.23
85396905--85396958	22	2.4	24	80	17	62	62	0	3	33	1.12
85396821--85396962	23	5.8	25	70	22	90	62	0	5	30	1.23
85396821--85396989	20	8.5	19	68	20	82	62	0	4	32	1.21
85396923--85397031	51	2.1	52	83	8	134	63	0	1	33	1.11
85398628--85399182	205	2.7	206	89	2	857	28	20	18	32	1.96
85407048--85407084	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
85410806--85410853	14	3.8	13	76	20	57	54	0	0	45	0.99
85411161--85411310	19	7.4	20	67	21	73	62	0	5	32	1.23
85411248--85411314	7	9.1	7	75	15	55	62	0	1	35	1.04
85411236--85411308	22	3.3	21	73	19	60	61	0	2	35	1.10
85411155--85411333	39	4.5	40	73	16	133	63	0	4	31	1.18
85416238--85416293	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
85418943--85419040	49	2.0	49	97	0	187	50	8	2	39	1.44
85420496--85420540	22	2.0	22	100	0	90	44	4	8	42	1.56
85421714--85421772	30	1.9	30	86	3	82	42	8	13	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85424548--85424685	68	2.0	69	94	1	242	38	7	7	46	1.61
85437113--85437185	24	3.0	24	91	0	119	30	4	42	23	1.73
85438625--85438708	27	3.1	26	85	8	114	14	22	23	39	1.91
85440950--85441125	72	2.4	71	89	3	255	26	15	26	31	1.96
85443173--85443382	46	4.5	47	77	7	196	23	27	20	29	1.98
85443173--85443343	94	1.8	93	84	3	229	24	27	19	28	1.99
85443173--85443382	94	2.2	92	80	5	226	23	27	20	29	1.98
85445315--85445354	8	5.0	8	100	0	80	62	0	0	37	0.95
85446127--85446184	27	2.1	28	84	9	75	36	0	24	39	1.55
85447688--85447720	12	2.8	12	95	0	57	9	18	48	24	1.76
85455444--85455501	27	2.1	28	84	15	77	36	0	20	43	1.52
85455469--85455516	18	2.7	17	81	15	53	39	0	18	41	1.51
85455769--85455847	40	2.0	40	82	5	97	31	20	25	22	1.98
85456468--85456520	7	7.6	7	89	0	70	37	41	0	20	1.53
85456565--85456607	21	2.0	21	82	8	52	48	20	0	30	1.50
85456729--85456785	21	2.7	21	88	2	78	50	26	0	22	1.49
85457118--85457143	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
85461869--85461918	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
85462051--85462535	241	2.0	239	97	0	925	33	17	15	33	1.91
85462714--85462841	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
85462731--85462808	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
85462727--85462839	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85462899--85462935	18	2.1	17	95	5	65	45	21	0	32	1.52
85467964--85467992	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
85468371--85468414	21	2.1	21	91	0	70	31	15	50	2	1.57
85468708--85468842	43	3.1	43	88	0	180	22	20	22	34	1.96
85468786--85468905	64	1.9	63	87	1	177	19	23	21	35	1.96
85468750--85468948	106	1.9	107	82	5	251	22	21	21	34	1.97
85472051--85472110	25	2.4	25	83	8	70	68	13	16	1	1.29
85472121--85472154	6	5.7	6	96	0	50	85	0	5	8	0.75
85473102--85473142	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
85475759--85475799	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
85476595--85476651	28	2.0	28	100	0	114	24	10	21	43	1.83
85480681--85480745	28	2.3	28	92	5	105	35	26	7	30	1.84
85480851--85480940	28	3.2	27	80	10	85	20	21	24	34	1.96
85481404--85481442	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
85482024--85482057	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
85488561--85488625	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
85488728--85488812	28	3.1	27	81	6	100	18	27	23	30	1.98
85488731--85488820	27	3.2	28	79	7	103	18	25	24	31	1.98
85489284--85489322	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
85494879--85494929	14	3.6	14	78	21	61	39	27	5	27	1.79
85495229--85495275	17	2.8	17	74	6	51	38	23	14	23	1.92
85496166--85496192	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85496429--85496467	19	2.0	20	85	14	55	41	5	0	53	1.23
85497642--85497701	31	1.9	31	86	0	84	40	13	13	33	1.83
85502072--85502147	28	2.8	28	73	11	68	69	2	6	21	1.23
85508656--85508710	13	4.2	13	77	9	58	32	3	0	63	1.12
85508676--85508710	14	2.6	14	90	4	54	28	2	0	68	1.04
85520489--85521459	208	4.7	207	90	1	1432	30	17	22	29	1.97
85521691--85521721	13	2.4	13	94	0	53	35	12	6	45	1.68
85526729--85527059	163	2.0	163	92	2	558	35	18	6	38	1.78
85532194--85532244	25	2.0	26	92	3	86	41	1	3	52	1.31
85541251--85541275	11	2.3	11	100	0	50	64	8	8	20	1.46
85541406--85541449	24	1.9	23	86	9	63	54	13	2	29	1.51
85541521--85541556	18	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
85541660--85541693	17	2.1	16	94	5	59	73	0	0	26	0.83
85544193--85544243	25	2.0	25	88	7	77	31	21	17	29	1.96
85544356--85544425	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
85544672--85544736	31	2.1	30	88	2	94	35	13	23	27	1.93
85552564--85552628	34	1.9	34	93	0	112	10	21	23	44	1.83
85553099--85553160	24	2.6	24	94	0	106	32	6	38	22	1.80
85554570--85554681	27	4.2	26	83	7	134	16	24	23	36	1.94
85554570--85554681	54	2.1	54	86	3	154	16	24	23	36	1.94
85557452--85557618	46	3.6	46	75	10	169	30	29	18	21	1.97
85557459--85557631	93	1.9	93	88	0	265	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85563710--85563772	24	2.6	24	82	0	72	38	6	38	17	1.75
85563717--85563783	24	2.8	24	83	0	80	34	7	37	20	1.81
85565222--85565333	27	4.2	26	79	7	107	16	22	22	38	1.93
85573641--85573690	24	2.1	24	92	0	82	32	4	42	22	1.72
85575121--85575226	27	3.9	26	84	7	131	16	23	22	36	1.94
85575121--85575230	54	2.0	54	87	3	159	16	23	21	38	1.93
85578734--85578814	17	4.8	17	74	17	62	75	6	4	13	1.16
85578789--85578825	17	2.2	17	90	0	56	72	5	0	21	1.04
85580636--85580697	30	2.1	30	90	0	97	16	20	12	50	1.78
85582550--85582682	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
85584461--85584796	48	7.0	48	93	2	548	33	6	28	30	1.83
85584932--85585083	74	2.1	74	93	0	259	27	17	29	25	1.98
85584945--85585087	37	3.9	37	89	3	225	25	18	30	24	1.98
85585904--85585987	43	2.0	43	90	4	134	23	32	20	23	1.98
85586247--85586287	19	2.2	18	86	4	55	70	4	2	21	1.18
85586213--85586286	31	2.4	31	78	13	82	67	4	2	25	1.21
85589086--85589116	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
85591560--85591653	7	13.4	7	72	8	66	39	39	0	21	1.53
85591685--85591779	7	13.0	7	69	8	55	44	27	1	27	1.61
85591692--85591773	21	3.7	21	76	12	92	43	28	1	26	1.62
85591676--85591769	46	2.0	46	97	0	179	42	25	2	29	1.67
85591685--85591784	14	6.9	14	72	8	74	45	26	1	28	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85591941--85592063	41	3.1	39	84	9	142	20	24	19	35	1.95
85597294--85597484	68	2.8	68	76	14	205	39	16	18	25	1.91
85598416--85598497	27	3.1	27	76	11	80	37	24	21	15	1.93
85599147--85599262	27	4.3	27	91	0	169	26	20	18	34	1.96
85599135--85599247	54	2.1	54	81	0	127	28	20	22	29	1.98
85599256--85599839	27	21.8	27	85	5	688	41	9	21	28	1.84
85606888--85607008	58	2.1	58	100	0	242	37	18	13	31	1.89
85637609--85637949	43	7.7	44	68	14	146	30	20	23	25	1.99
85637600--85638225	135	4.7	135	92	2	878	29	20	22	26	1.99
85637742--85638082	45	7.6	45	66	14	161	29	21	23	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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