genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54192958--54193139	28	6.5	28	92	1	285	27	12	26	33	1.92
54205055--54205237	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
54205056--54205239	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
54205108--54205272	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
54212994--54213215	40	5.6	39	86	5	263	24	22	27	25	2.00
54212994--54213215	39	5.7	40	84	8	253	24	22	27	25	2.00
54212994--54213213	117	1.9	118	82	8	279	25	22	27	25	2.00
54212994--54213248	79	3.3	78	82	7	225	25	21	27	25	1.99
54216096--54216153	27	2.1	28	87	3	82	27	18	13	39	1.89
54217914--54218085	93	1.8	93	87	2	256	29	28	19	22	1.98
54217906--54218076	46	3.7	46	72	12	161	30	28	18	22	1.97
54221832--54222001	46	3.7	45	77	12	177	22	21	27	28	1.99
54224872--54225329	47	9.6	47	92	3	720	32	8	29	29	1.86
54228828--54228952	46	2.7	46	92	0	205	20	23	28	28	1.98
54233717--54233883	46	3.6	46	73	16	164	30	28	17	22	1.97
54233724--54233896	93	1.9	93	90	2	276	29	28	19	23	1.98
54238270--54238433	46	3.6	45	83	10	185	25	30	17	26	1.97
54238215--54238480	94	2.8	93	77	17	266	26	28	17	27	1.98
54246937--54247159	119	1.9	120	85	6	310	26	26	22	24	2.00
54246935--54247159	79	2.8	80	83	7	255	26	27	22	24	2.00
54246916--54247159	40	6.1	40	82	6	282	25	27	22	25	2.00
54249255--54249378	46	2.7	46	82	7	144	25	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54249841--54250127	42	6.8	42	90	2	434	32	21	22	23	1.98
54249841--54250229	84	4.6	82	81	6	345	31	21	20	26	1.98
54249841--54250214	126	3.0	126	86	2	430	30	21	21	27	1.98
54250539--54250609	21	3.4	21	80	0	79	2	43	18	35	1.65
54256057--54256366	7	36.0	9	63	34	84	33	0	20	45	1.54
54256102--54256509	26	16.6	25	87	8	538	32	0	20	46	1.55
54256102--54256522	197	2.1	196	93	3	729	33	0	19	46	1.54
54256435--54256478	18	2.4	18	92	0	79	34	2	18	45	1.62
54256512--54256801	72	4.0	72	99	0	562	41	6	1	50	1.39
54256952--54257022	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
54256951--54257022	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
54257027--54257167	17	7.6	17	74	22	115	41	1	12	45	1.50
54256994--54257093	40	2.5	40	95	0	173	46	3	10	41	1.53
54256952--54257174	17	16.3	13	74	18	95	44	2	9	43	1.49
54257027--54257176	57	2.6	57	98	0	291	42	1	11	45	1.48
54258509--54258548	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
54259529--54259729	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
54260117--54260142	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
54260755--54261344	112	5.3	112	92	1	941	26	28	19	25	1.99
54260755--54261341	223	2.6	224	92	1	953	26	28	19	25	1.99
54261292--54261408	40	2.9	40	94	0	198	20	29	16	33	1.94
54264169--54264220	26	2.0	26	96	0	95	19	25	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54272041--54272194	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
54699763--54699803	22	1.9	21	90	5	64	21	2	34	41	1.67
54706377--54706561	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
54706378--54706561	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
54706430--54706594	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
54710701--54710883	40	4.6	40	83	6	221	24	28	22	24	1.99
54710703--54710883	79	2.3	80	82	7	217	24	28	22	24	2.00
54717584--54717647	22	2.9	22	90	0	92	32	29	23	14	1.94
54717905--54717957	27	2.0	27	84	0	70	26	13	22	37	1.91
54720848--54721059	23	9.2	23	78	6	216	22	22	23	31	1.98
54720859--54721059	46	4.4	46	84	3	253	22	22	23	31	1.99
54720848--54721059	69	3.1	68	83	6	266	22	22	23	31	1.98
54724664--54724723	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
54728453--54728555	46	2.2	48	85	3	138	34	15	24	25	1.94
54734798--54734942	40	3.6	40	97	0	272	21	22	28	26	1.99
54742669--54742846	40	4.5	40	91	2	270	22	23	29	25	1.99
54746029--54746131	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
54756958--54757010	26	2.0	26	82	7	63	20	18	22	37	1.94
54758262--54758383	24	5.0	24	92	1	199	20	38	4	36	1.74
54758267--54758386	12	10.0	12	63	13	50	22	37	4	35	1.74
54763430--54763465	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
54763436--54763477	18	2.4	18	88	4	59	28	14	4	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54766313--54766414	31	3.1	31	73	17	89	47	12	17	22	1.82
54766313--54766392	37	2.2	37	88	0	115	45	13	20	21	1.85
54766284--54766358	6	12.3	6	71	13	55	50	14	16	18	1.78
54766851--54767044	27	7.2	27	88	0	244	41	7	20	30	1.79
54766851--54767044	54	3.6	54	85	0	271	41	7	20	30	1.79
54766851--54767071	81	2.7	81	83	0	253	39	7	21	31	1.81
54767033--54767217	81	2.3	82	79	7	191	30	9	20	40	1.84
54767041--54767217	27	6.6	27	81	5	162	29	9	20	41	1.83
54767213--54767279	27	2.5	27	85	0	80	28	22	19	29	1.98
54769139--54769232	6	15.3	6	69	20	61	47	12	15	23	1.80
54769153--54769232	31	2.6	30	78	7	79	47	12	16	23	1.80
54769665--54769885	27	8.2	27	83	3	230	40	7	20	30	1.81
54769665--54769858	54	3.6	54	83	1	255	42	7	20	29	1.80
54769850--54769924	27	2.8	27	89	4	107	29	9	21	40	1.84
54769919--54770030	27	4.2	27	83	8	122	33	8	16	41	1.78
54769936--54770049	27	4.3	26	85	5	138	28	10	18	42	1.83
54783441--54783668	49	4.8	49	72	15	226	26	18	26	28	1.98
54786019--54786108	6	14.7	6	70	21	53	47	13	16	22	1.81
54786027--54786169	31	4.6	31	85	2	135	50	11	16	22	1.76
54786316--54786746	27	16.0	27	86	0	603	25	22	19	32	1.97
54786728--54787098	27	13.7	27	84	1	348	32	8	20	38	1.84
54796799--54796824	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54801593--54801691	34	2.9	34	90	0	153	25	23	24	27	2.00
54802049--54802084	18	2.0	18	100	0	72	33	33	16	16	1.92
54804925--54804967	20	2.3	18	84	15	52	37	13	25	23	1.92
54813721--54813792	33	2.2	33	84	0	99	22	20	26	30	1.98
54815123--54815244	43	2.8	43	79	7	131	23	17	24	34	1.96
54822110--54822294	79	2.3	82	82	7	220	24	27	22	25	2.00
54822091--54822294	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
54830202--54830305	39	2.6	39	90	1	154	25	26	21	25	1.99
54830175--54830358	79	2.3	80	82	6	205	25	26	22	25	2.00
54830175--54830358	40	4.6	39	79	6	183	25	26	22	25	2.00
54832884--54832988	43	2.5	42	76	11	115	21	20	26	31	1.98
54837175--54837374	51	3.9	51	90	1	321	30	24	13	32	1.93
54837401--54837489	28	3.3	27	75	13	94	28	25	12	33	1.92
54839473--54839521	25	2.0	25	91	0	80	30	16	16	36	1.91
54839651--54839683	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
54843347--54843371	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
54848917--54849009	28	3.3	29	80	5	93	31	6	7	54	1.54
54851929--54852007	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54852126--54852609	49	10.1	49	91	4	765	28	29	8	32	1.87
54852126--54852609	96	5.0	97	92	3	743	28	29	8	32	1.87
54852126--54852606	145	3.3	144	92	2	776	28	29	8	32	1.88
54857214--54857396	40	4.6	40	80	9	198	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54857214--54857397	79	2.3	81	83	6	216	25	27	22	25	2.00
54861026--54861101	38	2.0	38	100	0	152	39	28	0	31	1.57
54863259--54863322	33	2.0	32	87	3	92	35	18	23	21	1.95
54864042--54864185	27	5.4	26	79	7	155	25	21	17	36	1.95
54870801--54870860	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
54871602--54871747	27	5.4	27	81	4	170	24	19	19	36	1.95
54878068--54878111	20	2.2	20	100	0	88	34	4	13	47	1.63
54883876--54883973	43	2.3	43	94	0	169	32	24	14	28	1.94
54887749--54887803	29	1.9	29	88	3	85	32	27	21	18	1.96
54889645--54889723	35	2.3	35	86	0	104	35	20	15	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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