genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75905738--75906161	47	9.0	47	95	0	686	29	30	9	30	1.88
75916077--75916121	5	9.2	5	88	11	67	80	2	0	17	0.82
75918716--75918838	46	2.6	47	80	3	133	28	21	15	34	1.94
75920900--75920939	20	2.0	20	90	4	64	52	5	15	27	1.63
75920217--75921520	661	2.0	660	94	0	2297	34	23	17	24	1.95
75925643--75925691	25	2.0	25	87	0	71	26	6	26	40	1.79
75927885--75927941	24	2.4	24	79	5	62	26	19	21	33	1.97
75929336--75929377	19	2.2	19	100	0	84	42	4	42	9	1.58
75932269--75932392	55	2.3	55	84	4	144	37	4	4	54	1.41
75932287--75932397	55	2.0	54	89	1	168	38	5	2	53	1.38
75944645--75944683	19	2.1	18	85	9	51	46	0	0	53	1.00
75947487--75947518	8	4.0	8	95	0	55	28	0	0	71	0.86
75947501--75947557	29	2.0	29	89	6	89	43	0	3	52	1.18
75947491--75947547	8	7.5	8	77	18	50	36	0	1	61	1.07
75947616--75947689	33	2.4	31	86	13	107	39	0	5	55	1.23
75953881--75953954	33	2.3	32	86	13	100	39	0	6	54	1.27
75954216--75954264	21	2.4	21	82	3	55	57	2	4	36	1.30
75960550--75960620	6	11.8	6	100	0	142	16	15	0	67	1.23
75964161--75964211	20	2.5	21	83	3	59	19	13	3	62	1.46
75966283--75966336	20	2.8	20	81	10	67	14	18	11	55	1.68
75967383--75967437	24	2.3	24	90	0	83	50	18	16	14	1.77
75972238--75972263	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75973724--75973841	51	2.3	51	85	7	159	27	18	6	47	1.74
75982036--75982100	31	2.1	31	88	0	94	33	10	7	47	1.67
75983422--75983468	23	2.2	23	85	11	64	65	2	4	27	1.22
75989085--75989121	18	2.1	18	89	0	56	32	0	0	67	0.91
75989090--75989145	22	2.5	22	85	8	69	37	1	0	60	1.07
75989086--75989146	20	3.1	18	77	17	59	36	1	0	62	1.05
75989120--75989188	36	2.0	36	83	11	90	44	2	2	49	1.32
75992514--75992599	45	1.9	45	97	0	163	43	16	6	33	1.75
75999923--75999966	23	1.9	23	90	0	70	61	0	0	38	0.96
75999923--75999978	22	2.5	22	82	5	60	60	0	1	37	1.07
76001098--76001195	33	3.0	33	96	0	178	16	17	51	15	1.78
76002091--76002213	64	1.9	64	91	3	203	30	17	15	35	1.91
76002330--76002584	44	5.7	44	71	13	162	29	17	24	29	1.97
76002866--76002985	46	2.7	46	80	2	136	31	22	20	25	1.98
76006402--76006450	21	2.3	21	79	6	55	40	26	8	24	1.83
76014756--76014799	18	2.5	18	88	3	63	20	22	40	15	1.90
76020982--76021067	3	29.0	3	73	11	61	26	6	1	65	1.25
76020982--76021039	21	2.9	20	85	12	75	24	5	0	70	1.07
76020984--76021042	15	3.9	15	85	12	77	23	5	0	71	1.06
76027052--76027116	6	10.7	6	81	14	62	80	0	15	4	0.88
76027709--76027938	44	5.2	44	65	8	135	26	24	23	25	2.00
76027567--76028171	88	6.9	88	86	0	798	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76028135--76028825	44	15.2	44	70	12	279	32	18	20	28	1.97
76028166--76028503	140	2.5	134	81	7	355	32	18	21	27	1.97
76028229--76028540	140	2.2	140	80	5	346	30	19	22	27	1.98
76030533--76030593	3	20.3	3	75	12	54	24	4	0	70	1.07
76030521--76030593	24	3.0	24	78	5	76	23	6	1	68	1.21
76030533--76030590	21	2.9	20	85	12	75	24	5	0	70	1.07
76030535--76030593	15	3.9	15	85	12	77	23	5	0	71	1.06
76033619--76033661	17	2.5	18	85	7	63	23	25	37	13	1.92
76041348--76041377	13	2.4	12	94	5	51	80	0	10	10	0.92
76046587--76046687	40	2.4	41	90	8	150	30	7	18	42	1.79
76046657--76046715	30	2.0	30	93	0	100	20	11	22	45	1.83
76055798--76055885	29	3.0	29	100	0	176	30	6	17	45	1.74
76056263--76056292	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
76059143--76059262	25	4.7	24	74	15	82	35	2	0	60	1.16
76059194--76059267	7	10.9	7	72	16	57	40	0	0	59	0.97
76059208--76059270	15	4.1	16	76	13	69	39	0	0	60	0.97
76059223--76059253	12	2.6	12	94	0	53	41	0	0	58	0.98
76059193--76059268	32	2.5	30	80	14	84	39	0	0	60	0.97
76059193--76059358	28	5.6	28	70	24	76	35	4	0	60	1.16
76059299--76059358	28	2.1	30	84	12	81	33	5	0	61	1.17
76059584--76059641	19	3.1	19	73	14	57	31	8	0	60	1.27
76068928--76068961	10	3.4	10	87	0	50	38	20	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76069204--76069238	7	4.9	7	86	6	52	42	17	0	40	1.49
76082347--76082397	15	3.4	15	76	17	61	60	0	0	39	0.97
76082348--76082426	32	2.5	32	82	11	85	62	0	0	37	0.96
76083807--76083863	12	4.5	13	79	16	57	22	0	3	73	0.98
76083809--76083856	25	1.9	25	86	0	69	20	0	4	75	0.97
76083822--76083861	19	2.2	18	86	13	55	25	0	5	70	1.08
76083809--76083862	25	2.2	25	82	0	63	22	0	3	74	0.98
76090622--76090715	5	18.2	5	71	20	61	18	6	2	73	1.15
76090611--76090715	26	4.1	25	72	16	81	19	5	1	73	1.13
76097974--76098043	31	2.3	31	87	0	95	64	7	5	22	1.40
76099945--76099988	21	2.1	22	83	8	56	27	2	0	70	0.99
76103941--76104057	42	2.8	42	81	5	130	32	24	17	25	1.96
76103949--76104104	86	1.8	84	83	8	208	32	25	17	25	1.97
76115152--76115316	43	3.9	42	77	9	154	24	16	26	32	1.96
76121432--76121482	18	2.8	18	80	14	68	45	0	3	50	1.20
76122184--76122358	61	2.9	60	75	17	166	52	3	2	41	1.31
76134948--76135010	19	3.4	19	78	10	67	65	0	3	31	1.09
76140724--76140760	18	2.1	18	94	0	65	16	40	21	21	1.91
76145894--76145928	15	2.3	15	85	0	52	34	34	11	20	1.88
76147943--76147996	21	2.5	22	84	3	65	16	35	33	14	1.90
76149785--76149824	20	2.0	20	85	4	55	37	15	2	45	1.59
76152368--76152531	43	3.8	43	77	13	151	28	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76155528--76156272	389	1.9	388	82	6	927	36	8	18	36	1.81
76157171--76157344	43	4.1	43	73	10	135	28	14	22	34	1.93
76158447--76158486	21	1.9	21	89	0	62	27	5	25	42	1.75
76159911--76160076	43	3.9	44	77	6	153	27	12	25	34	1.91
76167370--76167689	46	7.0	46	93	0	507	20	23	14	41	1.88
76170113--76170171	30	1.9	31	86	3	84	28	23	1	45	1.63
76175437--76175530	41	2.3	41	96	0	170	34	22	18	25	1.96
76175437--76175545	41	2.7	41	91	0	146	33	22	18	26	1.97
76176568--76176612	22	2.0	22	100	0	90	33	0	17	48	1.48
76177065--76177133	21	3.1	21	65	25	52	49	14	15	20	1.80
76177065--76177370	45	6.8	45	85	4	357	45	15	18	20	1.86
76177062--76177370	91	3.4	91	82	5	367	45	15	18	20	1.86
76177065--76177370	136	2.2	136	83	4	377	45	15	18	20	1.86
76177560--76177593	13	2.6	13	90	0	50	41	8	20	29	1.82
76178421--76178469	24	2.0	24	96	0	89	26	20	14	38	1.91
76182813--76182980	43	3.9	43	76	6	144	33	25	14	26	1.94
76191119--76191167	18	2.7	18	84	6	64	65	4	0	30	1.11
76191289--76191325	19	1.9	19	89	10	58	32	5	2	59	1.34
76191359--76191395	19	1.9	19	89	10	58	29	0	2	67	1.04
76193656--76193700	3	15.0	3	80	0	54	26	2	6	64	1.30
76196515--76196562	24	2.0	24	84	11	64	27	4	4	64	1.30
76199064--76199263	108	1.9	108	95	0	364	19	14	21	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76200809--76200855	23	2.0	24	83	4	60	65	4	2	27	1.22
76209794--76209860	27	2.5	27	80	7	82	55	0	0	44	0.99
76210393--76210439	22	2.1	22	84	0	58	55	10	17	17	1.69
76214450--76214507	31	1.9	29	86	13	82	39	3	5	51	1.41
76214477--76214594	62	2.0	62	83	8	154	43	5	4	47	1.45
76218041--76218088	24	2.0	24	95	0	87	37	6	14	41	1.71
76224093--76224124	12	2.6	12	95	5	55	75	0	0	25	0.81
76224099--76224138	20	2.0	20	85	0	53	70	2	2	25	1.13
76229137--76229271	23	5.7	23	78	14	134	27	22	18	31	1.97
76229137--76229274	46	2.9	45	83	13	163	27	23	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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