genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78594149--78594215	32	2.1	32	91	0	107	32	7	29	29	1.85
78597574--78597889	40	7.9	40	80	1	339	44	24	15	15	1.85
78611163--78611216	27	2.0	27	100	0	108	55	7	0	37	1.28
78614623--78614680	21	2.8	21	82	10	57	72	8	5	13	1.26
78621027--78621209	40	4.6	40	94	0	303	25	24	22	27	2.00
78623813--78623996	41	4.4	41	84	2	224	31	27	16	25	1.96
78630258--78630298	6	6.8	6	100	0	82	65	0	0	34	0.93
78630451--78630494	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
78633338--78633476	41	3.3	41	80	4	143	32	27	15	24	1.96
78639122--78639314	68	2.8	68	83	0	233	26	22	14	36	1.93
78651882--78651924	21	2.1	20	86	4	59	46	0	16	37	1.47
78652623--78652661	10	3.9	10	87	12	62	71	2	7	17	1.21
78652949--78652980	16	2.0	16	100	0	64	62	6	6	25	1.42
78655457--78655573	42	2.7	43	81	6	139	28	17	21	33	1.95
78655435--78655591	43	3.7	43	79	4	156	27	17	23	31	1.97
78663073--78663229	43	3.7	42	81	5	165	26	17	24	32	1.96
78663067--78663234	85	2.0	86	83	4	214	25	16	23	34	1.95
78663073--78663221	44	3.5	42	80	8	140	26	17	24	31	1.97
78665328--78665635	6	50.8	6	75	15	278	48	15	17	18	1.81
78665321--78665635	91	3.5	91	88	8	502	48	15	17	18	1.81
78665753--78665811	27	2.2	26	82	5	73	38	23	22	15	1.92
78665771--78665826	27	2.1	27	83	6	69	37	21	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78665991--78666049	22	2.7	22	83	0	73	33	22	23	20	1.97
78666137--78666219	27	3.1	26	86	5	112	36	20	22	20	1.95
78666418--78666613	27	7.3	27	77	3	171	26	17	18	37	1.93
78666417--78666604	54	3.5	54	83	4	236	25	18	19	36	1.94
78666472--78666640	80	2.1	79	80	6	189	28	17	18	35	1.93
78666617--78667055	27	16.3	27	83	3	490	41	10	20	27	1.84
78669038--78669333	6	48.8	6	75	15	263	49	14	16	19	1.79
78669038--78669333	85	3.4	90	86	10	418	49	14	16	19	1.79
78669456--78669524	27	2.6	27	81	9	79	36	20	24	18	1.95
78669475--78669532	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
78669689--78669747	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
78669835--78669917	27	3.1	26	87	5	94	37	20	22	19	1.94
78670116--78670299	27	6.9	27	86	0	226	26	20	19	34	1.96
78670315--78670861	27	20.3	27	82	5	595	41	9	21	27	1.84
78670320--78670849	54	9.8	54	85	3	656	41	9	21	27	1.84
78673121--78673258	44	3.2	42	83	7	163	28	18	21	31	1.97
78673121--78673269	43	3.5	43	80	8	178	28	18	22	30	1.98
78674243--78674290	23	2.1	23	84	0	60	33	22	8	35	1.84
78676556--78676581	12	2.2	12	100	0	52	30	19	7	42	1.79
78687324--78687488	47	3.5	46	75	17	162	24	16	27	30	1.97
78687271--78687534	92	2.8	92	91	1	420	23	18	28	29	1.98
78690464--78690517	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78690460--78690528	30	2.3	30	85	2	95	8	17	17	56	1.65
78692909--78693164	90	2.9	91	92	4	416	23	19	28	28	1.98
78692914--78693172	45	5.8	45	77	14	250	23	19	28	28	1.98
78704851--78704953	40	2.6	40	95	0	179	24	26	22	27	2.00
78711902--78712084	40	4.6	40	93	0	312	24	26	21	27	2.00
78714388--78714494	28	3.8	28	88	0	142	33	13	24	28	1.93
78714614--78714734	43	2.8	43	83	7	131	26	19	29	24	1.98
78714666--78714761	41	2.3	43	83	7	117	29	19	29	21	1.98
78714666--78714814	40	3.6	41	74	7	142	27	18	29	24	1.98
78717097--78717173	20	3.8	20	89	0	109	31	22	11	35	1.90
78724760--78724787	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
78725016--78725150	26	5.3	26	89	7	192	29	22	19	28	1.98
78725200--78725276	20	3.8	20	89	0	109	31	22	11	35	1.90
78730832--78730863	15	2.0	17	88	11	50	31	3	6	59	1.38
78737623--78737688	30	2.2	30	91	0	105	19	33	27	19	1.96
78740222--78740257	18	2.1	18	89	5	56	13	44	25	16	1.85
78744763--78744794	16	2.0	16	100	0	64	12	43	18	25	1.85
78746589--78746687	40	2.6	38	78	9	101	36	33	14	16	1.88
78748935--78748997	26	2.4	26	81	5	74	31	17	22	28	1.96
78752393--78752575	41	4.4	41	87	3	242	24	15	26	32	1.96
78758443--78758503	30	2.0	30	100	0	122	26	13	13	47	1.79
78767829--78767879	23	2.2	23	96	0	93	21	29	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78770022--78770103	28	3.0	26	77	10	65	26	21	13	37	1.91
78770036--78770107	28	2.6	28	88	0	99	27	26	13	31	1.94
78778091--78778134	20	2.3	19	84	4	52	34	0	11	54	1.36
78778665--78778754	26	3.6	26	66	19	82	54	6	4	34	1.47
78778667--78778761	49	1.9	48	83	8	120	55	6	5	32	1.47
78778952--78778998	16	2.9	16	96	0	85	46	0	0	53	1.00
78781903--78781968	29	2.3	29	83	0	78	34	22	21	21	1.96
78786593--78786648	29	1.9	29	85	0	76	37	21	19	21	1.94
78789555--78789649	40	2.4	40	89	3	140	36	37	13	11	1.81
78797205--78797239	18	2.0	18	94	5	63	20	45	22	11	1.82
78800512--78800561	23	2.3	23	82	6	59	50	2	2	46	1.24
78800499--78800561	23	2.8	22	74	13	58	50	1	3	44	1.27
78800703--78800747	23	2.0	23	95	0	81	26	13	13	46	1.80
78802575--78802615	20	2.0	20	86	9	57	51	4	2	41	1.36
78806447--78806483	17	2.1	19	85	10	51	62	2	8	27	1.37
78806587--78806941	3	118.3	3	66	16	123	58	2	9	29	1.41
78806577--78806638	20	3.1	20	78	0	70	58	1	8	32	1.37
78806798--78806850	28	1.9	27	85	11	72	60	1	11	26	1.41
78808349--78808838	44	11.2	44	65	15	253	25	21	23	29	1.99
78808305--78808875	88	6.5	88	89	0	802	26	22	22	28	1.99
78808349--78808861	263	1.9	264	91	0	830	26	21	22	28	1.99
78820838--78820874	17	2.1	19	85	10	51	62	2	5	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78820905--78820937	16	2.0	17	94	5	59	63	0	12	24	1.28
78820968--78821029	20	3.1	20	78	0	70	58	1	8	32	1.37
78820992--78821038	23	2.0	24	87	8	69	65	0	6	27	1.16
78821091--78821322	3	76.3	3	68	16	104	59	3	8	28	1.41
78826374--78826411	20	1.9	20	89	10	60	0	34	0	65	0.93
78829823--78830006	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	23	1.97
78834505--78834534	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
78834579--78834622	22	2.0	22	87	12	65	27	9	0	63	1.24
78843677--78844847	206	5.7	206	94	1	2026	30	18	22	28	1.97
78843685--78844847	411	2.8	411	96	0	2114	30	18	22	28	1.97
78846484--78846517	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
78846528--78846569	12	3.5	12	87	6	59	35	0	0	64	0.94
78846528--78846591	24	2.8	22	82	15	69	34	0	1	64	1.03
78846528--78846574	12	4.0	11	84	13	58	34	0	0	65	0.93
78846535--78846591	23	2.5	22	81	15	64	33	0	1	64	1.04
78846995--78847024	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
78847068--78847111	22	2.0	22	87	12	65	27	9	0	63	1.24
78851192--78851257	28	2.3	29	84	5	91	33	18	27	21	1.96
78851272--78851327	23	2.5	23	82	2	69	53	8	25	12	1.67
78856692--78856738	21	2.2	22	81	11	53	25	10	14	48	1.76
78856701--78856771	22	3.2	23	86	5	94	25	7	22	45	1.77
78857606--78857663	24	2.5	23	79	17	75	41	3	1	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78864322--78864378	29	2.0	28	83	10	71	56	0	8	35	1.31
78871128--78871340	40	5.4	39	87	7	105	25	27	23	23	2.00
78871164--78871417	40	6.3	40	91	2	352	26	26	22	24	2.00
78871128--78871417	80	3.7	80	87	4	340	27	26	22	23	2.00
78874714--78874843	43	3.0	43	82	8	138	34	26	13	24	1.93
78877087--78877216	60	2.2	60	83	5	156	29	22	17	30	1.97
78885907--78885978	30	2.4	30	86	6	101	45	12	5	36	1.65
78886307--78886344	3	12.7	3	94	0	67	36	0	0	63	0.95
78887538--78887581	23	2.0	22	95	4	79	20	0	22	56	1.42
78891152--78891235	21	4.1	19	76	11	60	54	3	1	40	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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