genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56108834--56109393	190	2.9	190	93	2	953	32	8	29	29	1.87
56109512--56109627	37	3.1	37	92	0	178	23	18	31	26	1.98
56113366--56114026	47	14.1	47	94	0	1081	34	11	28	25	1.91
56113442--56113513	22	3.1	22	66	30	60	31	15	29	23	1.95
56113630--56113748	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
56114000--56114118	46	2.6	46	91	0	202	34	9	31	25	1.87
56115607--56115714	40	2.7	40	92	0	180	24	19	28	27	1.98
56115699--56115729	15	2.1	15	100	0	62	25	19	35	19	1.95
56115659--56115770	55	2.0	55	93	3	190	25	20	29	24	1.99
56115792--56115948	28	5.6	27	75	8	134	22	18	29	29	1.97
56115820--56115948	29	4.5	28	76	8	109	22	17	30	30	1.96
56115788--56115955	57	2.9	57	87	0	237	23	17	29	29	1.97
56119397--56119915	47	11.1	47	94	0	844	34	10	28	26	1.90
56119889--56120007	46	2.6	46	91	0	193	34	9	30	26	1.87
56121496--56121794	40	7.5	40	94	0	517	25	19	27	27	1.98
56121821--56122009	57	3.3	57	83	3	222	22	17	29	30	1.96
56121825--56121981	28	5.5	28	73	6	127	21	17	28	31	1.96
56125445--56126011	47	12.1	47	91	1	877	34	11	27	26	1.91
56125521--56125594	22	3.2	22	67	23	62	35	12	28	24	1.91
56125752--56125921	22	7.3	22	64	22	80	31	12	29	27	1.93
56125985--56126103	46	2.6	46	94	0	211	34	10	31	24	1.88
56127749--56127853	28	3.8	28	83	3	131	24	31	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56127749--56127855	56	1.9	56	86	3	153	25	30	14	28	1.95
56131290--56131364	30	2.5	30	91	0	132	33	26	14	25	1.94
56132733--56132909	40	4.4	40	81	7	209	27	27	20	23	1.99
56137720--56137868	60	2.5	59	82	9	160	25	24	21	28	1.99
56137861--56137906	20	2.3	20	81	3	58	28	23	17	30	1.97
56140274--56140310	19	2.0	19	89	5	58	24	0	10	64	1.25
56151492--56151606	27	4.3	26	82	5	122	38	23	21	16	1.93
56153005--56153105	24	4.2	24	92	0	148	24	41	1	31	1.66
56154858--56155031	6	28.8	6	78	12	178	50	13	16	20	1.78
56155149--56155214	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
56155149--56155222	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
56155173--56155230	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
56155387--56155445	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
56155533--56155615	27	3.1	26	87	5	112	34	21	22	20	1.96
56155814--56156003	27	7.0	27	84	0	227	25	20	18	35	1.96
56156015--56156266	27	9.3	27	81	3	292	40	9	22	27	1.85
56156245--56156338	27	3.5	27	79	5	111	30	13	18	37	1.90
56156245--56156308	26	2.4	27	84	2	85	29	14	17	39	1.88
56157837--56157952	45	2.6	45	90	2	180	29	29	20	20	1.98
56164938--56165017	39	2.1	39	100	0	160	45	17	2	35	1.62
56168984--56169022	21	1.9	20	89	5	60	48	20	0	30	1.50
56169401--56169435	17	2.1	17	89	5	54	51	17	5	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56173746--56173974	46	4.8	45	72	18	180	21	19	29	29	1.97
56173742--56173921	47	3.7	52	79	13	186	22	19	30	28	1.98
56179695--56179875	48	3.8	48	81	5	197	34	26	18	20	1.95
56180485--56180520	17	2.1	17	94	0	63	33	2	11	52	1.51
56182393--56182458	21	3.1	21	95	0	123	31	37	19	10	1.86
56183728--56183875	44	3.5	41	73	6	134	31	23	19	25	1.98
56189466--56189508	19	2.3	19	84	4	61	46	4	4	44	1.45
56192286--56192427	53	2.7	54	81	10	159	41	19	8	30	1.81
56192272--56192424	80	1.9	80	82	2	191	42	16	8	32	1.79
56192268--56192438	27	6.4	26	78	7	141	40	17	9	32	1.81
56192354--56192466	52	2.1	54	80	6	124	39	19	12	28	1.88
56192436--56192538	27	3.8	27	85	0	152	33	22	19	24	1.97
56192684--56192749	27	2.5	26	77	18	73	25	19	19	34	1.96
56192952--56193035	33	2.6	33	86	1	116	26	19	26	28	1.98
56197777--56197957	27	6.7	26	77	5	137	40	19	10	29	1.85
56197777--56197957	54	3.4	54	76	12	158	40	19	10	29	1.85
56197777--56197969	81	2.4	80	84	4	244	39	20	10	29	1.86
56197812--56197983	27	6.3	27	78	7	143	41	17	9	31	1.81
56197945--56197998	28	1.9	28	85	7	74	33	18	11	37	1.86
56197977--56198067	27	3.4	27	89	0	137	37	18	18	25	1.94
56198475--56198565	33	2.8	33	86	3	121	26	23	26	24	2.00
56200805--56200975	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56200801--56200972	46	3.7	46	77	10	188	29	26	20	23	1.99
56201398--56201457	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
56205619--56205766	79	1.9	80	90	4	237	25	22	27	24	2.00
56205619--56205766	40	3.7	40	89	5	237	25	22	27	24	2.00
56205619--56205799	79	2.3	79	85	5	233	27	22	25	23	2.00
56208561--56208818	40	6.5	40	90	2	369	25	28	23	22	1.99
56216630--56216807	40	4.5	40	89	3	227	24	28	24	22	1.99
56223249--56223308	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
56224295--56224395	24	4.2	24	88	5	141	28	19	20	30	1.97
56224295--56224395	48	2.1	48	90	0	157	28	19	20	30	1.97
56224446--56224484	20	2.0	20	94	0	69	30	23	12	33	1.92
56224447--56224491	20	2.2	20	88	0	63	31	24	13	31	1.93
56231079--56231182	27	3.9	27	77	7	104	42	21	8	27	1.82
56231077--56231181	54	1.9	54	86	3	149	42	20	8	28	1.81
56231198--56231268	27	2.7	26	74	10	63	39	22	9	28	1.86
56231249--56231333	27	3.2	27	79	3	91	36	18	18	25	1.94
56232937--56233172	40	5.9	40	77	5	185	24	27	22	25	2.00
56233480--56233558	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
56233540--56233642	43	2.4	43	93	0	179	25	35	14	24	1.93
56235494--56235572	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
56235690--56236096	47	8.7	47	99	0	782	29	30	8	30	1.88
56238519--56238618	27	3.8	27	77	6	98	19	21	23	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56242592--56242674	31	2.7	31	96	1	150	27	24	18	30	1.98
56242892--56243092	26	7.8	26	90	2	309	27	23	21	26	1.99
56242892--56243092	78	2.6	78	92	3	345	27	23	21	26	1.99
56243142--56243228	20	4.3	20	91	2	131	32	18	9	40	1.82
56244052--56244414	27	13.4	27	77	5	142	31	8	20	38	1.84
56244058--56244373	54	5.9	53	79	5	224	29	8	20	41	1.81
56244112--56244373	81	3.3	79	82	6	305	29	8	21	41	1.82
56244365--56244495	27	4.9	27	82	3	156	39	7	21	31	1.81
56244474--56244533	27	2.2	27	82	5	68	31	8	18	41	1.80
56252575--56252745	46	3.8	45	79	12	206	21	21	27	29	1.99
56252968--56253005	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56254478--56254541	30	2.2	29	91	2	101	34	20	18	26	1.96
56259829--56260081	55	4.8	53	78	8	223	35	17	24	22	1.95
56259834--56260034	108	1.8	110	87	4	300	34	17	24	23	1.96
56260274--56260304	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56264462--56264600	44	3.1	45	84	7	203	23	20	30	25	1.99
56264852--56264882	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
56267058--56267189	27	4.9	27	88	0	183	28	21	9	40	1.84
56267058--56267216	54	2.9	54	85	0	201	30	22	8	38	1.84
56267013--56267230	27	8.1	27	80	1	132	33	21	8	36	1.84
56267013--56267230	81	2.7	81	75	0	211	33	21	8	36	1.84
56267085--56267467	54	7.2	54	74	9	135	37	19	9	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56267166--56267405	27	9.2	27	74	12	171	40	21	8	29	1.82
56267182--56267283	45	2.3	45	84	0	132	41	19	8	30	1.82
56267234--56267403	81	2.1	81	91	4	272	41	20	8	28	1.82
56267416--56267467	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
56267521--56267580	27	2.2	27	87	0	84	36	20	26	16	1.93
56267534--56267612	27	2.9	27	83	3	88	34	21	24	20	1.97
56268411--56268509	25	3.9	26	94	1	166	25	25	24	25	2.00
56268411--56268509	51	1.9	51	91	4	164	25	25	24	25	2.00
56268654--56268741	42	2.1	42	91	0	140	30	13	19	36	1.90
56268760--56268852	29	3.1	29	82	14	109	29	18	24	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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