genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76882725--76882768	12	3.6	12	81	3	52	72	2	25	0	0.96
76884544--76884586	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
76895772--76895811	19	2.1	19	100	0	80	57	0	15	27	1.38
76897252--76897296	19	2.2	19	84	11	54	31	0	8	60	1.28
76900137--76900332	105	1.9	101	84	6	259	25	25	18	31	1.97
76911743--76911940	105	1.9	105	87	0	288	18	12	16	53	1.72
76913053--76913098	22	2.1	22	100	0	92	47	0	4	47	1.21
76915101--76915135	16	2.2	16	84	0	52	77	0	20	2	0.90
76916596--76916645	20	2.4	21	83	6	66	60	2	0	38	1.09
76916758--76916876	56	2.1	56	84	7	154	39	10	5	44	1.62
76917580--76917613	18	2.0	16	88	11	50	70	0	2	26	1.01
76917564--76917614	26	2.0	26	84	0	66	64	0	3	31	1.11
76920145--76920211	35	1.9	35	84	3	91	40	16	13	29	1.87
76921544--76921568	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
76922438--76922490	20	2.7	19	83	13	63	47	0	1	50	1.12
76922744--76922798	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
76922741--76922823	6	13.8	6	91	3	69	59	0	0	40	0.98
76923044--76923097	23	2.3	24	87	12	78	25	0	11	62	1.28
76925182--76925327	40	3.6	40	84	0	184	34	27	14	23	1.94
76934148--76934195	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
76934234--76934310	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
76934243--76934314	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76934232--76934314	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
76934368--76934462	23	4.0	24	84	12	124	29	20	22	28	1.98
76942242--76942289	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
76942327--76942403	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
76942336--76942407	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
76942325--76942407	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
76942461--76942512	24	2.1	24	96	3	95	34	19	19	26	1.95
76942461--76942518	24	2.4	25	83	16	86	32	18	22	25	1.97
76942724--76942786	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
76943857--76944045	40	4.7	40	84	2	245	33	27	17	21	1.96
76947975--76948034	32	1.9	32	86	3	86	43	0	0	56	0.99
76948639--76948671	17	1.9	17	88	11	50	60	6	0	33	1.21
76948638--76948671	11	3.1	11	86	0	50	61	5	0	32	1.20
76950082--76950115	8	4.4	8	88	3	52	88	0	11	0	0.52
76950082--76950120	16	2.6	14	84	15	51	87	0	12	0	0.55
76955134--76955189	18	2.9	19	86	7	78	76	3	17	1	1.01
76963332--76963471	56	2.5	55	80	9	158	30	17	20	32	1.95
76965007--76965068	30	2.1	30	87	0	88	27	11	16	45	1.81
76968421--76968514	42	2.3	41	78	10	93	28	10	2	58	1.43
76973904--76973928	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
76975585--76975634	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
76975595--76975634	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76977104--76977181	39	2.0	39	97	0	147	38	8	20	32	1.84
76991500--76991588	34	2.6	34	78	3	90	23	24	25	25	2.00
76999981--77000204	40	5.7	40	85	6	287	24	22	27	25	2.00
76999981--77000204	79	2.8	80	84	8	271	24	22	27	25	2.00
76999981--77000237	79	3.3	79	82	8	222	25	21	27	24	1.99
77007969--77008192	40	5.7	40	85	6	287	24	22	27	25	2.00
77007969--77008192	79	2.8	80	84	8	271	24	22	27	25	2.00
77007969--77008225	79	3.3	79	82	8	222	25	21	27	24	1.99
77009872--77009913	21	2.0	21	85	4	57	45	7	11	35	1.69
77010207--77010261	27	2.0	27	82	0	65	32	10	25	30	1.90
77010218--77010269	27	1.9	27	84	7	70	32	9	26	30	1.89
77011975--77012069	27	3.5	27	75	0	82	45	13	20	21	1.85
77028223--77028442	49	4.6	48	77	14	222	23	29	20	27	1.99
77028177--77028442	93	2.8	93	83	8	281	24	28	18	27	1.98
77028223--77028490	49	5.6	49	74	12	200	23	29	19	27	1.98
77028223--77028490	142	1.9	142	88	4	407	23	29	19	27	1.98
77032006--77032052	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
77034988--77035062	12	5.7	12	72	17	51	16	6	4	73	1.20
77035001--77035053	15	3.5	15	77	7	63	16	5	3	73	1.17
77036554--77036600	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
77042282--77042354	27	2.7	27	91	4	112	31	9	28	30	1.89
77042505--77042591	27	3.2	27	77	6	95	43	12	24	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77044809--77044858	21	2.3	22	83	13	68	22	44	0	34	1.53
77044866--77044926	25	2.4	25	83	5	79	14	37	22	24	1.92
77047003--77047091	42	2.1	42	95	0	160	51	13	5	29	1.63
77047116--77047155	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
77051029--77051068	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
77056395--77056468	36	2.1	36	100	0	148	31	13	9	45	1.75
77057202--77057335	66	2.0	65	84	7	173	40	20	26	13	1.89
77062001--77062065	32	2.0	32	100	0	130	52	6	18	23	1.67
77062306--77062365	26	2.3	27	94	2	104	40	6	3	50	1.45
77076653--77076767	60	1.9	60	85	3	160	43	4	13	39	1.63
77077234--77077308	27	2.7	29	84	10	86	38	1	0	60	1.06
77085604--77085846	49	4.9	49	83	2	297	26	18	25	29	1.98
77085604--77085884	150	1.9	150	85	3	395	27	18	25	28	1.98
77090239--77090339	50	2.0	50	98	0	193	40	20	9	28	1.85
77090756--77090803	13	3.7	13	82	0	60	31	4	12	52	1.58
77091844--77091880	16	2.3	16	95	0	65	32	16	13	37	1.87
77095958--77096076	47	2.5	47	83	0	148	28	31	8	31	1.87
77100255--77100362	56	1.9	55	92	1	180	40	11	8	39	1.71
77109525--77109611	22	4.2	21	77	13	92	45	0	1	52	1.08
77109569--77109603	18	1.9	18	88	0	52	34	0	2	62	1.10
77115829--77115926	27	3.5	28	84	2	117	32	27	13	26	1.93
77115828--77115926	28	3.5	28	84	2	110	32	28	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77127569--77127606	19	2.0	19	85	10	51	55	0	7	36	1.29
77138816--77138885	21	3.2	21	64	25	54	48	11	20	20	1.79
77138779--77138943	45	3.7	45	88	1	233	43	11	21	23	1.85
77144028--77144088	31	2.0	31	96	0	113	39	11	8	40	1.71
77149140--77149184	19	2.3	20	85	7	58	44	15	17	22	1.86
77154921--77154965	6	7.3	6	80	5	54	77	0	6	15	0.96
77156936--77156989	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
77157243--77157419	49	3.6	49	83	3	237	26	18	24	29	1.98
77157238--77157418	100	1.8	100	92	0	308	26	19	24	29	1.98
77161901--77161966	33	2.0	33	100	0	132	33	24	27	15	1.95
77168197--77168265	34	2.0	34	100	0	138	23	14	30	31	1.94
77173574--77173611	20	2.0	19	90	10	60	2	28	21	47	1.64
77184913--77184957	19	2.3	20	85	7	58	44	13	17	24	1.85
77186893--77187180	40	7.5	40	81	8	303	25	28	22	23	1.99
77186893--77187134	80	3.0	80	89	2	346	26	28	21	23	1.99
77187104--77187165	31	2.0	31	96	0	115	29	27	19	24	1.98
77195057--77195233	40	4.5	40	86	2	216	25	29	22	22	1.99
77197650--77197677	10	2.8	10	100	0	56	0	10	0	89	0.49
77197844--77197906	33	1.9	33	83	0	81	30	0	7	61	1.24
77197879--77197919	15	2.7	15	88	3	55	31	0	9	58	1.31
77202337--77202365	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
77206578--77206611	12	2.7	13	86	9	52	82	0	14	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77207529--77207634	50	2.1	50	82	6	126	62	1	3	32	1.24
77207597--77207638	15	2.6	16	77	14	50	69	0	2	28	1.01
77210442--77210489	16	2.9	16	82	14	62	54	0	0	45	0.99
77213443--77213504	31	2.0	31	100	0	124	35	25	3	35	1.72
77222888--77223375	47	10.4	47	95	0	843	32	8	29	29	1.87
77223494--77223572	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
77225442--77225545	44	2.4	44	98	1	201	22	16	35	25	1.94
77225527--77225600	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77225917--77226067	40	3.8	41	86	6	186	25	23	25	25	2.00
77225917--77226101	80	2.3	82	81	7	218	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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