genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14416382--14416507	18	6.9	18	74	1	90	37	16	11	34	1.84
14416618--14416647	6	5.0	6	95	0	51	46	16	20	16	1.84
14416635--14416750	51	2.2	54	86	4	157	43	17	18	19	1.88
14417738--14417795	27	2.1	27	90	0	89	31	32	3	32	1.75
14417745--14417798	27	2.0	27	100	0	108	25	40	3	29	1.73
14417801--14417856	19	2.9	19	80	15	62	1	26	5	66	1.23
14418017--14418070	18	2.9	19	78	10	67	44	7	0	48	1.31
14418247--14418283	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
14420649--14420700	23	2.3	23	86	6	70	42	11	11	34	1.77
14424906--14424957	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
14431087--14431151	32	2.0	32	96	0	121	43	12	16	27	1.84
14436088--14436141	21	2.5	21	77	17	58	55	9	0	35	1.32
14438067--14438162	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
14438109--14438184	17	4.3	18	73	9	59	67	5	27	0	1.12
14438151--14438192	17	2.5	17	81	11	52	73	0	26	0	0.83
14438873--14438930	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
14439260--14439496	50	4.6	50	85	4	287	25	24	29	20	1.99
14439259--14439504	100	2.4	104	87	6	349	25	23	28	21	1.99
14452934--14452977	9	4.4	10	81	18	56	29	2	0	68	1.02
14452934--14452977	21	2.2	19	84	11	61	29	2	0	68	1.02
14452936--14452972	11	3.5	11	88	3	58	21	2	0	75	0.92
14458505--14458571	31	2.2	30	82	12	82	29	0	7	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14462107--14462144	12	3.3	12	85	10	53	42	0	0	57	0.98
14463771--14463840	31	2.2	31	85	10	88	60	0	1	38	1.06
14474025--14474064	9	4.7	9	82	17	50	70	0	0	30	0.88
14474165--14474215	20	2.5	20	76	17	52	72	5	1	19	1.15
14480848--14480981	72	1.9	70	83	6	171	26	15	16	41	1.88
14481766--14481897	67	2.0	68	87	4	196	24	14	9	51	1.72
14491330--14491366	19	1.9	19	88	0	56	64	0	2	32	1.07
14498353--14498403	20	2.6	20	84	9	61	27	1	3	66	1.20
14503362--14503395	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
14503517--14503578	31	2.0	31	90	3	99	56	9	6	27	1.56
14503619--14503658	11	3.6	11	82	0	53	60	10	10	20	1.57
14506702--14506745	19	2.3	19	88	0	61	40	0	2	56	1.11
14507658--14507720	33	1.9	34	83	6	85	44	3	1	50	1.27
14509482--14509522	18	2.2	19	86	4	57	80	2	4	12	0.97
14529350--14529418	29	2.4	29	85	0	93	40	20	18	20	1.92
14531113--14531166	27	2.0	27	92	0	90	37	12	16	33	1.87
14532152--14532212	31	2.0	31	83	0	77	44	9	8	37	1.68
14534824--14534854	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
14551695--14551808	60	1.9	60	98	0	219	28	19	9	42	1.83
14556644--14556684	20	2.0	20	90	0	64	46	4	4	43	1.46
14558315--14558510	98	2.0	102	90	5	319	30	6	11	52	1.63
14563022--14563071	25	2.0	25	100	0	100	24	40	12	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14569449--14569475	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
14569684--14569722	18	2.2	18	95	0	69	35	20	7	35	1.81
14573407--14573480	36	2.1	36	100	0	148	36	25	18	18	1.94
14580012--14580073	31	2.0	30	87	9	90	56	11	4	27	1.54
14580676--14580708	13	2.4	14	90	10	50	36	3	6	54	1.41
14582738--14582898	26	6.9	24	70	22	87	58	3	3	34	1.32
14582781--14582842	22	3.1	19	78	15	63	62	3	0	33	1.11
14582763--14582842	40	2.0	40	87	4	117	61	2	1	35	1.18
14582782--14582882	26	3.6	28	77	14	102	59	4	0	34	1.26
14582782--14582871	13	6.8	13	70	16	69	61	3	1	34	1.20
14582929--14582974	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
14583038--14583092	3	18.7	3	83	10	69	61	0	1	36	1.06
14584804--14585104	85	3.5	84	84	7	363	35	21	16	25	1.94
14584805--14585177	162	2.2	168	83	8	449	35	21	16	27	1.94
14585032--14585231	74	2.7	73	82	12	253	34	21	16	28	1.95
14603338--14603362	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
14607337--14607485	25	6.1	23	68	16	70	54	2	7	36	1.40
14607482--14607540	23	2.6	23	86	7	77	54	5	1	38	1.33
14607455--14607568	25	4.6	25	76	18	78	56	4	1	37	1.30
14607599--14607643	22	2.0	22	83	8	56	55	4	2	37	1.32
14607707--14607806	30	3.4	30	90	4	150	60	0	4	36	1.16
14607707--14607803	3	32.7	3	81	10	110	60	0	3	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14616357--14616419	22	2.8	22	78	4	63	55	4	3	36	1.37
14620018--14620103	41	2.1	40	82	2	100	65	10	3	20	1.38
14626964--14627033	36	1.9	36	91	0	113	37	27	12	22	1.91
14628425--14628496	27	2.7	27	89	4	94	69	5	11	13	1.34
14628436--14628497	27	2.3	27	94	2	108	69	3	14	12	1.31
14628683--14628710	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
14629346--14629483	4	34.5	4	65	13	52	23	10	2	63	1.39
14629411--14629457	22	2.1	23	88	4	69	27	8	0	63	1.23
14629414--14629458	11	4.0	11	79	2	54	28	6	0	64	1.19
14629525--14629571	17	2.8	17	84	12	53	27	6	2	63	1.30
14634132--14634160	12	2.4	12	100	0	58	62	0	24	13	1.32
14635805--14635831	13	2.1	13	100	0	54	18	14	0	66	1.25
14635868--14635915	9	5.0	9	90	10	69	22	10	2	64	1.35
14635995--14636023	8	3.6	8	100	0	58	13	0	0	86	0.58
14644279--14644499	3	74.3	3	66	15	66	57	2	8	31	1.43
14644234--14644294	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
14644771--14644809	3	13.0	3	94	0	69	66	0	2	30	1.05
14644852--14644903	14	3.6	14	73	2	50	53	9	3	32	1.51
14644890--14644954	3	21.0	3	87	6	94	64	1	0	33	1.03
14646001--14646786	205	3.8	204	91	2	1200	29	22	18	29	1.97
14654680--14654710	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
14658660--14658877	3	73.3	3	66	15	60	56	2	8	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14658615--14658675	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
14659150--14659194	3	15.0	3	95	0	81	66	0	2	31	1.04
14660207--14660292	44	2.0	43	81	6	102	25	27	15	31	1.95
14660346--14661135	205	3.9	204	91	2	1228	29	22	18	29	1.97
14665817--14666617	91	8.9	91	84	5	947	32	19	23	23	1.98
14666270--14666749	44	10.8	44	66	11	194	33	20	22	23	1.97
14666500--14666740	132	1.8	132	83	5	317	32	20	21	24	1.97
14666584--14666744	88	1.8	88	86	2	234	32	21	20	25	1.98
14669024--14669120	49	2.0	50	91	2	160	34	28	13	23	1.93
14670392--14670483	37	2.5	37	98	0	175	26	18	18	36	1.94
14670447--14670766	46	6.6	46	85	8	361	28	21	14	35	1.92
14670490--14670760	52	5.3	52	87	6	385	28	22	13	35	1.92
14670464--14670752	149	1.9	149	94	0	506	29	21	14	34	1.93
14670446--14670766	98	3.3	97	86	7	427	28	22	14	35	1.93
14672976--14673031	26	2.1	27	78	15	64	41	23	3	32	1.71
14673116--14673343	46	5.0	46	91	1	323	20	24	15	39	1.91
14675285--14675337	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
14675285--14675350	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
14676265--14676312	21	2.4	21	86	6	64	16	14	6	62	1.51
14676344--14676427	3	28.7	3	70	15	52	28	5	2	63	1.31
14683345--14683369	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14685382--14685619	118	2.0	118	92	0	395	36	10	15	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14686116--14686158	21	2.0	21	81	4	50	27	20	2	48	1.62
14687292--14687323	10	3.2	10	90	0	55	62	0	0	37	0.95
14687580--14687622	23	1.9	22	85	4	59	65	4	2	27	1.25
14687613--14687656	23	2.0	23	90	4	72	52	9	0	38	1.33
14691429--14691471	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
14691429--14691470	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
14691914--14691988	18	4.2	18	79	6	80	30	18	14	36	1.91
14696030--14696074	11	4.1	11	82	8	56	22	44	2	31	1.65
14702223--14702270	24	2.0	24	95	0	87	25	6	8	60	1.49
14702599--14702660	31	2.0	32	83	3	81	30	12	14	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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