genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  223  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72653816--72653993	40	4.5	40	87	4	218	24	28	24	22	1.99
72658341--72658436	43	2.3	43	90	1	149	48	11	21	17	1.78
72666192--72666298	46	2.3	46	93	0	178	53	11	20	14	1.72
72671092--72671145	26	2.0	26	85	3	72	66	0	3	29	1.09
72671117--72671166	20	2.5	20	81	12	66	62	0	2	36	1.07
72677740--72677911	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
72677733--72677908	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
72687604--72687914	61	5.2	61	67	13	239	43	2	5	48	1.41
72687665--72687949	61	4.8	58	66	13	175	44	2	4	48	1.36
72687601--72687949	120	2.9	120	96	0	646	44	2	5	47	1.39
72687895--72687929	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
72688073--72688177	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
72688071--72688180	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
72688159--72688228	16	4.4	16	94	0	95	32	34	1	31	1.67
72689550--72689722	46	3.7	46	77	13	192	30	30	18	21	1.97
72689557--72689728	93	1.8	93	94	0	308	29	29	19	21	1.98
72691798--72691877	29	2.8	28	85	7	108	27	33	15	23	1.94
72691798--72691877	28	2.8	28	85	7	108	27	33	15	23	1.94
72697900--72697945	22	2.0	21	84	16	56	56	0	6	36	1.25
72704800--72704975	46	3.8	46	77	4	192	21	20	29	28	1.98
72704797--72704967	93	1.8	93	91	0	279	21	21	29	28	1.98
72707888--72707941	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72707884--72707943	30	2.0	30	90	0	93	10	18	16	55	1.69
72710286--72710455	46	3.7	45	78	15	186	20	21	29	28	1.98
72721009--72721111	27	3.8	27	83	3	127	33	20	24	21	1.97
72721313--72721723	27	15.3	27	84	1	457	25	19	17	36	1.94
72723674--72723754	42	1.9	43	87	2	119	23	9	23	43	1.83
72725628--72725821	47	4.1	47	93	0	316	29	12	12	44	1.80
72726625--72726785	45	3.6	44	84	6	211	24	21	27	25	1.99
72736840--72737069	40	5.8	40	78	9	263	26	28	20	25	1.99
72736819--72737068	79	3.2	80	93	1	396	27	28	20	24	1.99
72736839--72737065	119	1.9	119	84	7	309	25	28	21	24	1.99
72744887--72745118	40	5.8	40	82	4	306	25	28	21	25	1.99
72744867--72745117	80	3.2	80	94	0	423	26	27	21	24	1.99
72748451--72748570	25	4.8	25	94	0	195	27	25	21	25	1.99
72748451--72748595	50	2.9	50	87	4	168	28	24	22	25	1.99
72748451--72748595	75	1.9	75	83	5	186	28	24	22	25	1.99
72759894--72760115	40	5.6	40	94	1	376	27	26	22	23	1.99
72764513--72764863	48	7.1	48	88	7	522	34	6	28	30	1.83
72764637--72764850	107	2.0	107	96	0	392	33	6	28	30	1.83
72765007--72765106	37	2.7	37	95	0	173	24	18	33	25	1.97
72766388--72766634	40	6.2	40	96	0	422	22	19	29	28	1.98
72766723--72766790	28	2.4	28	92	0	109	20	19	26	33	1.96
72769916--72770559	48	13.1	48	89	6	986	34	6	28	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72770147--72770559	151	2.8	145	91	6	699	33	6	29	30	1.82
72769948--72770546	203	3.0	202	93	2	1005	34	6	28	30	1.83
72770700--72770802	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
72774102--72774267	40	4.2	40	92	0	262	28	27	21	22	1.99
72801247--72801536	156	1.9	156	87	2	431	30	14	18	36	1.91
72802594--72802859	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
72810078--72810343	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
72819514--72819556	21	2.0	21	100	0	86	23	13	27	34	1.93
72821181--72821253	36	2.0	36	100	0	146	21	13	21	42	1.88
72822549--72822692	64	2.2	65	83	9	170	25	28	23	22	1.99
72825988--72826089	29	3.6	29	83	1	125	26	16	29	27	1.97
72825988--72826102	58	2.0	56	83	3	140	26	15	28	28	1.96
72827643--72827729	34	2.5	34	79	7	95	31	17	27	24	1.97
72828517--72828648	66	2.0	66	100	0	264	40	22	7	28	1.81
72829675--72829912	49	4.8	50	83	2	282	25	16	26	31	1.97
72832916--72832940	9	2.8	9	100	0	50	8	0	24	68	1.16
72834569--72834789	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
72834609--72834789	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
72834606--72834789	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
72842467--72842687	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
72842507--72842687	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
72842504--72842687	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72845200--72845230	10	3.1	10	100	0	62	51	29	0	19	1.47
72861265--72861441	43	4.1	43	83	4	232	25	15	27	31	1.96
72861265--72861441	85	2.1	86	89	3	268	25	15	27	31	1.96
72864162--72864235	28	2.6	28	91	0	121	28	27	16	28	1.97
72869332--72869378	19	2.4	19	82	10	51	12	25	6	55	1.61
72871121--72871154	15	2.3	15	94	0	59	47	17	23	11	1.81
72871391--72871477	29	3.0	29	86	1	122	27	13	28	29	1.94
72871363--72871477	29	4.0	29	82	6	119	27	13	29	28	1.95
72875002--72875185	49	3.7	49	85	2	269	24	18	27	29	1.98
72875004--72875188	100	1.9	100	95	0	334	24	18	26	30	1.98
72878502--72878578	31	2.5	31	89	0	109	16	28	33	20	1.95
72884695--72884831	38	3.6	38	78	3	112	20	16	26	37	1.93
72886150--72886269	42	2.9	42	75	0	123	33	11	25	29	1.91
72886190--72886300	42	2.6	41	75	2	105	31	17	24	27	1.97
72886479--72886533	27	2.0	27	85	0	74	36	10	10	41	1.75
72888585--72888690	40	2.7	40	92	0	167	24	23	26	25	2.00
72888585--72888714	40	3.2	40	89	2	163	23	23	26	26	2.00
72894676--72894781	40	2.7	40	82	1	133	24	23	27	24	2.00
72900714--72900792	22	3.6	22	77	0	95	40	25	17	16	1.90
72900709--72900818	44	2.5	44	92	0	193	39	22	17	20	1.93
72900709--72900823	22	5.2	22	70	8	90	39	21	17	21	1.93
72901169--72901282	27	4.2	27	76	8	108	29	13	16	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72901182--72901419	54	4.4	53	75	11	180	31	10	18	39	1.85
72901211--72901440	27	8.5	27	80	1	212	31	9	20	38	1.85
72901211--72901440	81	2.8	81	78	6	254	31	9	20	38	1.85
72901211--72901440	54	4.3	54	82	2	248	31	9	20	38	1.85
72907316--72907491	46	3.8	46	74	7	167	31	30	18	19	1.95
72908808--72908857	25	2.0	25	100	0	100	40	16	24	20	1.91
72910798--72910881	41	2.0	41	97	0	159	27	8	23	40	1.83
72911468--72911621	42	3.8	40	78	8	148	29	14	27	27	1.96
72911421--72911621	42	4.7	41	75	9	136	29	15	26	27	1.96
72925565--72925642	32	2.4	32	89	0	120	19	29	25	25	1.98
72928687--72928801	57	2.0	57	93	3	196	58	14	6	20	1.58
72929527--72929593	34	2.0	34	96	0	125	26	16	13	43	1.85
72931001--72931075	37	2.0	38	89	2	116	56	2	12	29	1.49
72940814--72940949	67	2.0	67	97	0	254	48	10	8	33	1.67
72941225--72941263	17	2.4	17	91	4	62	35	0	0	64	0.94
72942063--72942109	18	2.5	19	89	3	69	27	2	0	70	0.99
72942147--72942211	24	2.5	26	83	13	82	23	3	4	69	1.21
72942179--72942215	20	1.9	20	94	5	67	27	0	5	67	1.12
72943275--72943318	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
72947377--72947497	46	2.6	48	86	2	156	28	18	29	23	1.98
72950440--72950472	16	2.1	16	94	0	57	54	6	15	24	1.63
72954630--72954766	69	2.0	69	92	2	231	28	29	13	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72961680--72961786	49	2.2	49	81	3	126	29	25	17	27	1.98
72972822--72973046	40	5.6	40	83	3	281	26	28	21	23	1.99
72972822--72973046	83	2.8	80	83	4	283	26	28	21	23	1.99
72983365--72983589	40	5.6	40	83	3	290	26	28	21	23	1.99
72983365--72983589	83	2.8	79	84	5	281	26	28	21	23	1.99
73001653--73001775	50	2.4	51	83	2	167	39	13	13	33	1.83
73003711--73003775	28	2.3	26	85	14	94	72	3	9	15	1.23
73007789--73007835	17	2.5	19	86	13	71	76	0	19	4	0.95
73007791--73007856	20	3.5	19	80	13	75	74	3	16	6	1.15
73007848--73007899	23	2.4	22	84	12	63	73	3	21	1	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290