genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  247  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80178354--80178472	24	5.1	23	92	4	195	27	21	21	29	1.98
80178354--80178472	47	2.6	46	92	5	195	27	21	21	29	1.98
80178686--80178748	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
80186334--80186400	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
80186451--80186579	25	5.2	25	83	8	140	30	19	22	27	1.98
80186449--80186588	73	1.9	76	82	12	184	30	20	22	27	1.98
80186764--80186826	31	2.0	31	93	0	108	39	14	20	25	1.90
80190484--80190584	42	2.4	44	80	9	111	36	22	14	25	1.93
80192465--80192506	20	2.1	20	95	0	75	50	11	9	28	1.70
80193937--80194109	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
80193934--80194104	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
80194334--80194371	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
80202149--80202324	39	4.5	39	87	2	239	19	21	27	31	1.97
80202149--80202309	77	2.1	77	89	2	252	19	20	27	32	1.97
80216992--80217040	18	2.7	18	83	0	62	42	2	22	32	1.65
80217088--80217122	18	1.9	18	94	0	61	68	0	22	8	1.16
80217689--80217756	34	2.0	34	100	0	136	41	2	11	44	1.56
80220791--80220863	33	2.2	33	83	7	87	49	16	5	28	1.68
80222772--80222811	21	1.9	21	85	10	55	22	2	7	67	1.28
80224794--80224858	34	1.9	34	96	0	121	30	29	7	32	1.85
80228043--80228123	43	1.9	42	85	7	110	32	24	17	25	1.97
80228055--80228147	42	2.2	43	78	5	100	34	25	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80230292--80230319	13	2.2	13	100	0	56	46	10	21	21	1.81
80234890--80235094	55	3.8	54	82	1	232	22	23	17	35	1.95
80235076--80235197	47	2.6	47	93	0	199	28	24	12	34	1.92
80241131--80241338	53	3.9	54	80	6	215	22	24	16	36	1.94
80241142--80241330	55	3.5	54	80	7	206	21	24	17	36	1.95
80241317--80241438	47	2.6	47	94	0	226	27	24	12	36	1.91
80246028--80246203	46	3.8	46	78	10	205	22	20	27	29	1.98
80246025--80246195	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
80251451--80251689	50	4.9	50	80	7	292	25	28	17	28	1.97
80251449--80251689	98	2.5	98	82	4	290	25	28	17	29	1.97
80254956--80255007	15	3.4	15	73	10	52	59	0	3	36	1.16
80254948--80255010	27	2.3	28	82	15	78	63	0	3	33	1.10
80254948--80255079	10	12.9	11	65	27	53	62	1	3	32	1.19
80254948--80255078	26	5.2	25	76	17	98	63	1	3	32	1.19
80254984--80255047	14	4.6	14	77	18	62	60	1	4	32	1.26
80255016--80255075	21	3.1	19	77	13	59	66	3	1	28	1.17
80255117--80255154	16	2.4	17	82	13	53	65	0	0	34	0.93
80255109--80255162	25	2.2	25	90	3	83	66	0	0	33	0.92
80256771--80257021	44	5.8	44	90	4	379	25	27	14	32	1.95
80257769--80257841	35	2.1	35	94	0	128	41	17	4	36	1.69
80272737--80272856	14	7.9	16	69	18	55	62	0	3	33	1.17
80272721--80272854	32	3.9	34	70	14	91	64	0	3	31	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80272729--80272855	26	5.2	23	76	17	105	63	0	3	31	1.18
80272760--80272855	21	4.2	22	77	17	90	63	1	4	31	1.20
80272799--80272842	19	2.4	19	85	7	56	70	0	2	27	0.99
80272895--80272932	16	2.4	17	82	13	53	65	0	0	34	0.93
80272887--80272940	25	2.2	25	90	3	83	66	0	0	33	0.92
80277312--80277484	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	27	1.96
80277458--80277655	50	4.0	50	82	1	236	25	17	26	30	1.97
80280387--80280546	46	3.5	45	75	14	146	30	28	18	22	1.97
80283284--80283331	15	3.2	15	78	0	60	58	16	12	12	1.63
80283708--80283770	32	2.0	32	100	0	126	53	15	12	17	1.72
80286300--80286475	46	3.8	46	73	10	142	30	28	19	21	1.97
80288541--80288664	42	2.8	43	83	13	157	21	36	24	17	1.95
80288780--80289340	42	13.7	41	74	15	345	17	31	34	16	1.92
80288780--80289343	41	13.8	42	75	13	418	17	31	34	16	1.92
80289654--80289705	24	2.2	24	90	10	81	13	34	44	7	1.72
80292139--80292298	46	3.5	45	75	14	146	30	28	18	22	1.97
80298012--80298187	46	3.8	46	73	10	142	30	28	19	21	1.97
80302174--80302245	37	1.9	37	91	0	117	20	19	31	27	1.97
80305217--80305327	57	2.0	56	87	5	163	25	22	19	32	1.98
80313173--80314135	85	11.4	84	81	5	966	18	33	32	15	1.92
80313173--80314160	169	5.8	170	84	4	1185	18	32	32	15	1.93
80313176--80314160	127	7.8	127	79	5	923	18	32	32	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80313173--80314160	42	23.4	43	81	5	943	18	32	32	15	1.93
80314372--80314425	24	2.2	24	100	0	108	12	37	42	7	1.72
80314818--80314938	58	2.1	59	88	1	181	23	19	23	32	1.98
80314972--80315049	24	3.2	24	90	3	104	16	30	41	11	1.84
80323713--80323834	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
80357775--80357807	13	2.6	13	90	4	50	57	12	0	30	1.35
80360718--80360765	6	7.8	6	90	4	78	83	0	2	14	0.74
80360717--80360757	19	2.2	19	100	0	82	85	0	0	14	0.60
80362541--80362758	40	5.5	40	86	4	266	24	28	23	23	2.00
80375121--80375181	30	2.0	30	84	6	79	40	6	22	29	1.79
80396968--80397008	6	6.5	6	86	10	55	14	2	0	82	0.76
80396963--80397008	20	2.3	20	92	0	74	15	4	0	80	0.86
80396968--80397028	26	2.4	26	86	2	79	18	3	0	78	0.88
80404832--80404875	22	2.0	22	86	0	61	38	0	4	56	1.20
80418300--80418363	31	2.1	31	93	0	110	23	25	17	34	1.96
80418574--80418730	26	6.3	26	88	2	182	28	21	21	28	1.98
80418782--80418857	11	7.5	11	66	16	56	31	18	10	39	1.85
80418782--80418866	40	2.1	40	93	4	145	32	18	9	38	1.83
80418782--80418858	20	3.8	20	91	0	127	32	18	10	38	1.84
80418794--80418878	9	8.7	10	69	18	63	35	18	7	38	1.78
80423345--80423398	21	2.4	21	81	9	63	64	12	0	22	1.27
80430842--80430893	23	2.3	22	83	9	61	15	1	5	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80435174--80435295	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
80435146--80435601	47	9.6	47	91	2	659	27	29	9	33	1.88
80442193--80442329	21	6.7	21	68	15	63	22	16	7	53	1.68
80442240--80442327	40	2.2	40	83	2	113	26	14	5	53	1.63
80442242--80442328	41	2.1	41	85	4	113	24	14	5	55	1.61
80442188--80442309	62	2.0	62	83	4	158	22	17	9	50	1.73
80442194--80442328	20	6.6	20	68	12	69	22	16	7	53	1.68
80443608--80443664	29	2.0	29	96	0	105	26	17	12	43	1.84
80447823--80447867	24	1.9	23	82	13	56	68	4	13	13	1.35
80448133--80448412	3	90.3	3	70	17	121	59	4	6	30	1.42
80450248--80450415	87	1.9	87	90	0	264	17	23	23	35	1.96
80450254--80450457	44	4.7	44	75	6	180	18	24	23	34	1.96
80450341--80450459	44	2.7	44	92	0	184	18	26	21	34	1.96
80450128--80450500	43	8.6	43	75	7	263	20	21	21	36	1.95
80450750--80450834	3	27.7	3	73	9	64	63	4	2	29	1.27
80451126--80451166	17	2.5	17	84	7	50	75	0	2	21	0.92
80459608--80459652	22	2.0	22	83	8	56	15	22	4	57	1.56
80471867--80471949	3	28.0	3	71	16	57	60	0	4	34	1.18
80471861--80471947	12	7.3	12	73	13	74	59	0	5	34	1.21
80471893--80471948	18	3.2	17	80	11	69	62	0	3	33	1.12
80473305--80473378	18	4.1	18	71	15	62	68	2	1	27	1.10
80473299--80473375	30	2.8	27	77	22	88	66	2	1	29	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80473342--80473385	21	2.3	20	85	14	58	75	0	0	25	0.81
80478623--80478919	43	7.0	44	79	9	312	30	27	16	25	1.97
80478623--80478919	129	2.3	127	88	2	434	30	27	16	25	1.97
80486426--80486630	40	5.1	40	86	4	263	25	27	22	24	2.00
80496069--80496134	29	2.3	29	81	5	71	30	24	1	43	1.63
80498812--80498877	23	2.9	23	84	4	89	25	22	19	31	1.98
80498753--80498883	68	1.9	69	82	4	167	25	20	18	35	1.95
80501149--80501194	16	2.9	17	87	12	71	41	17	23	17	1.90
80504973--80505024	26	2.0	26	96	0	95	50	25	11	13	1.75
80505728--80505891	46	3.5	45	79	8	177	23	29	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290