genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87006905--87006976	19	4.0	19	82	8	71	38	13	9	37	1.78
87009144--87009172	11	2.5	12	94	5	51	24	17	0	58	1.38
87011682--87011745	13	4.9	13	76	14	69	34	7	21	35	1.83
87011970--87012020	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
87011970--87012022	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
87012012--87012082	11	5.9	13	68	25	50	40	0	5	53	1.24
87011999--87012085	35	2.5	35	94	0	147	41	0	4	54	1.21
87012308--87012342	18	1.9	18	100	0	70	57	11	0	31	1.34
87019913--87020052	40	3.5	40	78	6	133	30	23	18	27	1.98
87024583--87024703	43	2.8	43	78	9	122	29	27	18	24	1.98
87043921--87043953	8	4.2	8	96	3	59	78	0	0	21	0.75
87043919--87043960	13	3.2	13	87	12	52	80	0	0	19	0.70
87049011--87049047	19	1.9	19	94	0	65	48	16	13	21	1.80
87049524--87049564	20	2.0	20	90	0	64	24	34	9	31	1.88
87050221--87050277	27	2.0	31	83	13	77	36	3	1	57	1.26
87051952--87052002	26	1.9	27	84	11	70	23	1	5	68	1.22
87062891--87062926	18	1.9	19	94	5	65	69	0	30	0	0.89
87065689--87065737	25	2.0	25	95	0	89	12	24	32	30	1.92
87065613--87065830	101	2.2	101	90	5	343	18	18	31	32	1.95
87065850--87065902	26	2.0	26	92	0	88	16	20	33	28	1.95
87070284--87070591	129	2.4	129	82	2	321	36	19	18	25	1.95
87071671--87071737	27	2.7	23	73	20	64	62	4	4	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87071614--87071857	26	9.1	27	67	19	84	63	6	6	24	1.42
87071801--87071850	25	2.0	26	92	4	84	64	8	6	22	1.43
87072237--87072325	43	2.1	43	97	0	169	56	8	7	26	1.58
87073228--87073265	19	2.0	19	85	10	51	81	0	5	13	0.85
87076615--87076670	5	10.6	5	87	12	69	42	0	0	57	0.99
87076618--87076671	2	30.0	2	79	20	66	44	0	0	55	0.99
87076618--87076671	9	6.0	10	78	22	66	44	0	0	55	0.99
87077845--87077901	15	3.9	15	83	2	80	36	0	14	49	1.43
87078284--87078344	21	2.8	22	92	5	90	14	24	27	32	1.95
87078297--87078344	21	2.3	21	100	0	96	16	29	29	25	1.97
87078283--87078358	21	3.5	21	85	3	80	17	21	25	36	1.94
87082115--87082159	10	4.2	11	94	5	67	44	0	0	55	0.99
87082117--87082160	2	24.0	2	82	17	60	45	0	0	54	0.99
87083338--87083394	15	3.9	15	88	2	89	36	0	12	50	1.40
87083777--87083831	21	2.5	22	79	8	67	14	18	25	41	1.88
87083766--87083831	23	3.0	23	77	6	82	15	18	24	42	1.88
87085127--87085163	18	2.1	18	100	0	74	45	10	5	37	1.62
87086766--87086836	30	2.6	25	78	19	88	21	4	2	71	1.15
87086771--87086827	30	1.9	30	96	0	105	22	5	3	68	1.25
87086332--87087145	154	5.5	148	88	5	1143	26	6	8	59	1.50
87087578--87087633	27	2.1	27	87	12	80	50	10	0	39	1.37
87087661--87087704	20	2.3	19	80	4	52	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87087675--87087699	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
87088423--87088457	16	2.2	17	90	10	56	20	0	20	60	1.37
87088543--87088621	38	2.1	39	88	7	117	32	0	22	44	1.53
87089180--87089418	127	1.9	127	85	1	336	35	17	16	29	1.92
87093537--87093579	7	6.0	7	88	2	59	55	13	4	25	1.58
87093530--87093574	21	2.1	22	84	8	58	57	13	2	26	1.48
87094538--87094671	48	2.8	46	84	7	153	54	5	8	32	1.52
87096142--87096349	69	3.0	69	84	0	272	45	22	6	25	1.77
87096145--87096389	69	3.5	68	81	3	251	44	24	6	24	1.78
87103115--87103169	27	2.0	28	86	10	78	60	5	12	21	1.53
87113427--87113542	58	2.0	60	83	8	148	50	5	0	43	1.30
87113533--87113569	12	2.9	13	88	8	58	51	0	8	40	1.32
87113527--87113568	12	3.4	12	87	6	57	50	2	7	40	1.43
87113525--87113602	25	3.4	21	81	12	66	58	2	3	34	1.30
87113552--87113602	23	2.3	21	86	6	66	62	1	1	33	1.17
87116543--87116611	16	4.3	16	83	0	66	46	1	20	31	1.60
87116777--87116817	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
87116853--87116885	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
87121623--87121691	30	2.3	31	85	7	88	49	20	8	21	1.76
87122569--87122626	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
87122964--87123203	50	4.7	50	86	6	297	26	24	29	20	1.99
87126820--87126872	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87128169--87128328	26	6.2	26	85	0	221	35	23	7	33	1.83
87128190--87128328	52	2.7	52	95	0	251	34	23	7	34	1.83
87133763--87133810	24	2.0	25	83	4	62	25	14	20	39	1.91
87135297--87135404	26	4.2	26	89	0	171	35	24	7	33	1.83
87139701--87139740	19	2.0	20	85	4	55	32	22	5	40	1.76
87144371--87144413	15	2.8	15	82	3	59	41	2	0	55	1.12
87146304--87146328	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
87151874--87152041	39	4.3	39	88	3	223	26	27	25	20	1.99
87154037--87154091	26	2.1	26	83	6	67	21	7	10	60	1.55
87154573--87154701	51	2.6	50	83	3	161	34	23	13	28	1.92
87154577--87154716	51	2.8	51	81	7	160	35	23	13	27	1.93
87163514--87163539	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
87163514--87163552	18	2.0	19	85	14	53	10	5	2	82	0.93
87163926--87163954	13	2.3	13	94	5	51	72	3	0	24	1.00
87174301--87174379	35	2.3	35	80	12	92	30	2	1	65	1.13
87174871--87174903	17	2.0	17	88	5	50	42	6	0	51	1.26
87175402--87175435	17	2.0	17	88	0	50	55	5	2	35	1.39
87176434--87176459	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
87189405--87189500	47	2.0	47	100	0	192	33	10	16	39	1.83
87199177--87199209	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
87201067--87201203	73	1.9	73	93	0	238	24	17	30	27	1.97
87203235--87203280	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87203242--87203286	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
87209213--87209279	28	2.4	28	84	0	80	29	14	23	31	1.95
87213391--87213451	26	2.5	25	82	12	65	31	0	0	68	0.89
87213486--87213552	27	2.5	27	82	0	80	17	26	25	29	1.98
87213932--87213977	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
87214068--87214180	60	1.9	60	88	0	172	53	12	0	32	1.44
87214957--87215022	28	2.3	28	82	7	71	60	4	0	34	1.17
87216095--87216133	21	1.9	20	84	5	51	28	23	7	41	1.82
87217797--87217825	14	2.1	14	100	0	58	55	20	6	17	1.65
87218848--87218887	21	1.9	21	84	0	53	22	10	35	32	1.87
87227614--87227647	17	1.9	17	94	5	59	70	0	17	11	1.16
87242113--87242149	17	2.2	17	90	0	56	18	27	27	27	1.98
87243607--87243637	16	1.9	16	93	0	53	16	6	12	64	1.47
87246805--87246906	20	5.1	20	73	9	91	40	21	24	13	1.90
87247373--87247399	12	2.2	12	100	0	54	25	22	7	44	1.79
87248826--87248902	39	2.0	39	100	0	154	45	20	12	20	1.84
87250305--87250353	19	2.7	19	78	12	50	61	8	0	30	1.25
87252498--87252571	30	2.5	30	84	0	94	47	4	4	44	1.41
87253890--87253923	16	2.0	18	88	11	54	23	0	20	55	1.43
87257913--87257951	18	2.2	18	100	0	78	7	46	10	35	1.67
87257913--87257959	18	2.7	18	93	3	69	6	48	8	36	1.59
87262085--87262193	57	1.9	57	83	3	139	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87262354--87262390	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
87263536--87263604	30	2.2	32	82	10	90	28	1	1	68	1.07
87265513--87265738	59	3.8	59	84	9	273	34	5	8	51	1.55
87271139--87271181	4	10.8	4	89	0	68	27	0	25	46	1.53
87272543--87272586	22	2.0	22	100	0	88	54	4	13	27	1.58
87279852--87279921	29	2.5	26	80	14	86	47	1	1	50	1.19
87279868--87279919	13	3.4	16	71	17	56	51	1	0	46	1.12
87279928--87279970	13	3.3	13	83	9	61	53	0	0	46	1.00
87280003--87280056	15	3.4	15	71	14	54	46	1	0	51	1.11
87280515--87280544	14	2.1	14	93	0	51	33	16	13	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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