genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16252743--16252791	20	2.6	19	87	9	73	38	0	2	59	1.09
16253132--16253196	34	1.9	34	96	0	121	36	21	9	32	1.85
16256928--16257046	55	2.2	55	96	0	220	31	24	14	30	1.94
16260748--16260913	3	54.3	3	66	15	56	27	7	4	60	1.42
16260748--16260803	22	2.5	23	91	5	96	28	5	3	62	1.34
16260755--16260806	14	4.1	14	70	27	53	28	5	5	59	1.44
16261911--16261994	26	3.2	26	93	0	132	34	3	25	36	1.73
16268929--16269010	26	3.2	26	92	0	137	32	4	24	37	1.77
16282598--16282652	17	3.4	17	90	5	78	38	10	10	40	1.76
16283674--16283712	20	2.0	20	89	0	60	5	30	15	48	1.66
16290312--16290341	11	2.9	10	90	9	51	50	40	0	10	1.36
16291544--16291602	6	8.6	7	76	12	52	33	0	5	61	1.18
16291686--16291720	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
16291822--16291862	3	13.7	3	89	0	64	36	2	0	60	1.10
16291543--16291912	145	2.5	145	81	12	436	29	3	6	60	1.39
16291670--16291955	145	2.0	141	82	9	337	30	4	5	59	1.41
16292003--16292222	3	72.3	3	64	16	51	30	8	3	58	1.43
16292182--16292222	15	2.7	15	88	0	64	31	4	0	63	1.15
16304365--16304420	3	19.3	3	87	10	73	32	0	1	66	1.03
16304365--16304439	6	11.3	7	81	9	63	33	0	4	62	1.14
16304539--16304572	18	1.9	18	88	5	52	29	0	8	61	1.26
16304654--16304708	19	2.8	19	81	13	60	29	0	12	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16304636--16304667	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
16304706--16304750	14	3.1	15	84	12	58	28	4	0	66	1.11
16304372--16304875	271	1.9	263	82	9	635	29	3	5	60	1.38
16304776--16304807	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
16304776--16304833	18	3.2	19	83	13	52	32	1	5	60	1.29
16305079--16305112	17	2.0	17	88	0	50	29	8	0	61	1.26
16305125--16305163	15	2.6	15	87	0	51	30	5	0	64	1.15
16305082--16305157	21	3.7	21	67	20	52	30	9	1	59	1.37
16313215--16313281	29	2.3	29	94	0	125	20	41	26	10	1.85
16320842--16320953	44	2.5	44	82	2	127	31	19	20	28	1.97
16322618--16322785	3	55.3	3	68	14	78	28	6	3	61	1.38
16322608--16322681	28	2.6	28	81	8	87	31	2	5	60	1.33
16322608--16322681	14	5.2	14	79	14	71	31	2	5	60	1.33
16325298--16325366	34	2.0	34	100	0	138	37	14	5	42	1.70
16328925--16328954	15	2.0	15	93	0	51	43	13	16	26	1.85
16329696--16329722	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
16329713--16329763	26	2.0	26	88	7	79	72	3	3	19	1.16
16329957--16330021	29	2.1	32	83	8	82	40	0	3	56	1.15
16329971--16330017	21	2.2	21	85	7	60	31	0	4	63	1.13
16331039--16331109	36	2.0	36	86	5	99	30	4	5	59	1.40
16331085--16331126	17	2.3	19	88	8	61	38	2	0	59	1.10
16331071--16331205	45	3.0	44	77	9	137	34	2	1	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16331085--16331128	18	2.4	18	82	17	56	38	2	0	59	1.10
16331207--16331430	90	2.5	90	80	9	235	33	8	19	39	1.81
16334892--16334934	23	1.9	22	85	4	59	37	18	11	32	1.87
16341867--16341912	24	1.9	24	95	0	83	71	2	0	26	0.97
16341909--16342028	30	4.1	29	79	11	120	32	20	1	45	1.62
16342253--16342291	16	2.5	16	87	4	62	64	12	5	17	1.46
16342252--16342292	15	2.5	17	80	11	59	65	12	4	17	1.42
16343065--16343101	19	1.9	19	89	10	58	29	8	5	56	1.51
16355136--16355781	87	7.8	81	75	12	397	30	16	19	34	1.94
16355214--16355782	87	6.7	87	80	7	547	29	16	18	35	1.93
16355223--16355633	172	2.4	173	85	3	542	27	16	19	37	1.92
16355561--16355827	82	3.4	75	80	8	252	33	16	18	31	1.93
16355642--16355863	78	2.9	78	82	7	244	30	18	18	33	1.94
16356015--16356060	24	1.9	24	90	0	74	73	2	0	23	0.94
16356066--16356171	29	3.6	29	76	11	108	31	22	0	45	1.59
16356086--16356175	29	3.1	29	80	4	112	35	18	1	44	1.58
16356399--16356436	15	2.4	16	86	4	60	57	15	5	21	1.57
16357213--16357254	17	2.5	17	88	7	59	33	7	4	54	1.49
16357327--16357397	19	3.7	18	74	18	63	35	4	4	56	1.38
16357449--16357475	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
16362285--16362357	37	1.9	37	83	8	94	45	1	5	47	1.34
16363997--16364046	26	1.9	26	91	0	82	28	8	22	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16365903--16365953	25	2.0	25	100	0	102	23	23	7	45	1.79
16367459--16367486	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
16368676--16368716	17	2.4	17	88	8	57	17	9	0	73	1.09
16369410--16369440	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
16369535--16369574	3	13.3	3	94	0	71	35	2	0	62	1.09
16378212--16378430	77	2.9	74	82	5	253	28	17	24	29	1.97
16378212--16378437	73	3.0	73	80	6	258	27	16	24	31	1.97
16378349--16378836	88	5.7	85	71	20	331	28	16	20	35	1.94
16378294--16378683	164	2.4	161	87	4	552	28	17	21	32	1.96
16378366--16378745	88	4.5	79	80	13	370	29	16	20	33	1.95
16378586--16378613	14	2.0	14	100	0	56	14	14	7	64	1.48
16378532--16378836	89	3.5	85	84	8	357	28	16	20	34	1.94
16379878--16379930	13	4.0	13	79	11	54	71	3	0	24	1.02
16380007--16380041	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
16380481--16380511	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
16380791--16380847	22	2.4	24	72	19	57	42	0	3	54	1.17
16392244--16392303	29	2.1	29	81	6	70	65	1	6	26	1.27
16392674--16392710	18	2.0	20	89	10	60	43	0	5	51	1.24
16395382--16395771	3	127.7	3	68	16	151	61	3	6	28	1.36
16395360--16395449	43	2.1	42	93	2	153	63	5	6	24	1.41
16395722--16395771	25	2.1	25	88	7	77	66	2	0	32	1.03
16400075--16400172	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16400391--16400546	41	3.8	41	89	6	226	27	22	21	28	1.99
16407716--16407813	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
16408030--16408226	41	4.8	41	91	5	308	27	22	21	28	1.99
16412452--16412487	15	2.3	15	85	4	54	75	2	13	8	1.15
16414877--16415054	50	3.5	50	84	2	232	36	16	19	27	1.93
16415032--16415233	31	6.5	31	89	2	298	28	18	25	27	1.98
16415265--16415389	47	2.6	49	85	5	159	30	15	24	29	1.95
16423137--16423170	13	2.6	13	90	0	50	14	29	32	23	1.94
16425005--16425035	13	2.4	13	100	0	62	16	29	0	54	1.42
16432842--16432890	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
16432854--16432899	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
16439695--16439811	42	2.7	43	84	6	139	35	23	15	25	1.94
16439694--16439835	44	3.3	42	80	7	135	33	24	16	25	1.95
16442310--16442352	22	2.0	22	90	0	68	6	23	0	69	1.12
16442356--16442393	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
16448776--16448809	17	1.9	18	88	5	52	52	14	0	32	1.42
16454406--16454467	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
16454491--16454535	22	2.0	23	86	4	65	71	2	0	26	0.98
16454504--16454541	13	3.0	13	80	7	51	76	0	0	23	0.79
16454912--16454951	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
16454941--16454970	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
16454946--16454993	14	3.6	14	83	5	55	66	0	2	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16454961--16455026	16	4.1	16	73	13	55	62	0	3	34	1.11
16455004--16455037	17	2.0	17	88	11	52	64	0	8	26	1.22
16456639--16457400	206	3.7	206	94	0	1256	28	22	18	30	1.97
16462172--16462235	31	2.1	31	100	0	128	15	42	12	29	1.84
16465235--16465283	24	2.0	23	100	0	80	20	22	20	36	1.95
16469243--16469299	5	11.2	5	74	10	53	64	0	5	29	1.15
16469243--16469300	10	5.7	10	78	11	64	65	0	5	29	1.14
16469407--16469461	18	2.9	18	89	5	74	54	1	9	34	1.43
16469788--16469834	13	3.6	13	80	8	51	65	0	2	31	1.04
16469783--16469867	12	6.7	13	69	18	54	61	0	2	36	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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