genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  196  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62793004--62793036	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
62796358--62796404	11	3.9	12	81	13	53	63	0	2	34	1.06
62800155--62800179	7	3.6	7	100	0	50	24	16	48	12	1.79
62800618--62800675	17	3.4	17	79	9	64	67	3	0	29	1.07
62800579--62800676	10	10.3	10	71	19	68	68	2	3	26	1.15
62800631--62800689	25	2.3	26	85	8	77	66	1	1	30	1.12
62800768--62800810	19	2.3	19	83	0	50	65	2	0	32	1.06
62800577--62800810	9	24.7	9	64	18	75	60	2	3	33	1.28
62806213--62806541	165	2.0	165	95	1	597	34	17	24	23	1.96
62809129--62809244	10	11.8	10	67	17	73	63	1	3	31	1.21
62809134--62809244	29	3.8	28	78	5	96	64	1	3	29	1.20
62809152--62809245	38	2.5	37	77	10	100	65	2	4	27	1.22
62809426--62809470	19	2.4	19	88	7	65	28	6	0	64	1.19
62809516--62809561	21	2.2	21	84	7	58	34	2	0	63	1.07
62809523--62809581	29	2.1	28	83	3	73	37	3	0	59	1.14
62809515--62809563	20	2.4	20	80	12	55	36	2	0	61	1.08
62814512--62815197	343	2.0	342	85	1	935	23	26	15	35	1.94
62818450--62818479	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
62818616--62818845	46	5.0	46	96	0	370	22	23	15	39	1.91
62820967--62821010	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
62822995--62823152	74	2.1	74	92	1	264	34	7	5	51	1.54
62823519--62823559	15	2.7	15	96	0	73	60	0	24	14	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62823519--62823571	15	3.5	15	89	2	52	62	0	22	15	1.32
62827551--62827599	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
62829398--62829449	7	7.4	7	88	0	68	5	36	0	57	1.23
62831927--62831955	8	3.6	8	100	0	58	10	24	27	37	1.88
62832754--62832811	29	1.9	31	82	6	75	65	0	15	18	1.27
62833154--62833263	44	2.5	45	91	5	179	43	10	13	32	1.77
62839220--62839248	11	2.6	11	100	0	58	44	37	10	6	1.65
62839275--62839319	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
62841160--62841204	18	2.4	19	88	3	65	42	0	4	53	1.21
62841213--62841260	23	2.0	25	88	8	73	77	4	8	10	1.12
62843103--62843587	47	10.4	47	86	5	671	28	29	9	31	1.88
62843103--62843587	96	5.2	94	88	4	680	28	29	9	31	1.88
62843298--62843364	23	3.2	23	64	27	67	34	31	2	31	1.73
62849968--62850218	48	5.2	48	98	0	475	35	6	27	30	1.83
62850203--62850233	15	2.1	15	100	0	62	35	0	25	38	1.56
62850155--62850281	63	2.0	63	95	0	227	33	5	28	32	1.80
62850107--62850313	111	1.9	111	92	0	351	33	6	28	30	1.82
62850454--62850556	37	2.8	37	93	0	179	23	19	32	25	1.98
62855263--62855296	18	1.9	18	94	5	61	79	2	5	11	1.02
62861236--62861359	41	2.9	42	81	4	151	34	27	15	22	1.94
62861212--62861370	43	3.8	41	80	5	158	32	27	15	23	1.95
62869298--62869468	43	4.0	42	79	8	195	31	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62869298--62869451	84	1.8	84	88	2	238	30	27	17	24	1.97
62874851--62874886	16	2.2	16	90	0	54	52	19	13	13	1.74
62875121--62875199	29	2.8	28	85	9	108	22	13	35	27	1.93
62886692--62886749	26	2.2	26	93	0	98	17	13	27	41	1.87
62886844--62886989	26	5.8	26	68	16	94	20	21	19	37	1.94
62888464--62888518	21	2.5	22	85	2	67	16	34	32	16	1.91
62890439--62890465	13	2.1	13	100	0	54	44	14	0	40	1.46
62890478--62890552	36	2.1	36	100	0	150	38	24	5	32	1.78
62892099--62892127	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
62896323--62896402	39	2.1	39	95	0	142	47	15	6	31	1.70
62901877--62901906	12	2.5	12	94	0	51	26	0	0	73	0.84
62902631--62902714	28	2.7	32	78	17	104	28	27	20	23	1.99
62902654--62902728	28	2.7	28	93	0	123	26	28	25	20	1.99
62910443--62910538	27	3.6	27	91	0	147	26	14	28	31	1.95
62910443--62910549	27	4.0	27	87	0	70	27	14	27	30	1.95
62913390--62913489	28	3.4	28	75	17	94	30	25	20	25	1.99
62917317--62917420	6	17.3	6	100	0	208	50	16	0	33	1.46
62917929--62917971	22	2.0	22	86	8	63	34	23	11	30	1.90
62919390--62919438	20	2.5	20	82	0	53	30	14	14	40	1.85
62919401--62919439	20	2.0	20	89	0	60	30	12	12	43	1.81
62932230--62932433	40	5.1	40	92	2	304	22	24	28	25	1.99
62936822--62936858	17	2.2	17	90	0	56	81	5	10	2	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62942639--62943115	239	2.0	239	100	0	954	41	16	10	31	1.83
62946627--62946660	17	1.9	18	88	5	52	17	11	14	55	1.68
62950881--62950994	38	2.9	38	87	5	149	36	10	9	42	1.72
62950887--62951013	38	3.3	37	83	7	130	36	9	10	44	1.71
62953470--62953675	40	5.2	40	89	2	308	23	21	25	29	1.99
62961562--62961726	40	4.2	40	94	2	280	23	23	26	27	2.00
62961562--62961726	79	2.1	79	93	2	278	23	23	26	27	2.00
62969128--62969369	39	6.1	40	85	8	300	24	22	28	24	2.00
62977285--62977387	39	2.6	39	86	6	118	24	23	28	24	2.00
62977245--62977408	40	4.1	40	80	10	176	24	23	28	24	2.00
62977245--62977396	79	1.9	80	81	6	184	24	23	28	24	2.00
62980136--62980227	38	2.4	40	87	7	136	38	8	9	43	1.69
62984621--62984660	19	2.1	20	86	9	57	40	7	17	35	1.78
62985407--62985452	22	2.1	22	92	8	76	32	8	19	39	1.82
62988488--62988521	6	5.7	6	100	0	68	85	0	14	0	0.60
62993956--62994089	43	3.2	41	79	9	135	26	15	26	32	1.96
62997294--62997328	17	2.0	18	88	5	54	14	22	42	20	1.88
62997516--62997578	28	2.3	27	81	8	65	44	14	11	30	1.79
63001927--63001987	28	2.2	27	85	2	77	39	19	16	24	1.92
63007188--63007358	46	3.7	47	82	9	174	28	20	28	22	1.98
63007188--63007403	93	2.3	95	81	10	239	28	19	28	23	1.99
63010711--63010739	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63014188--63014278	28	3.3	28	89	1	130	20	17	35	26	1.95
63014188--63014295	28	3.9	28	83	3	128	25	16	34	24	1.95
63014190--63014295	55	1.9	56	82	3	133	25	16	34	22	1.95
63014553--63014892	27	12.7	27	79	3	312	39	19	9	31	1.83
63014553--63014919	81	4.6	81	79	3	375	39	19	9	31	1.84
63014856--63014937	27	3.0	27	90	0	128	36	15	18	29	1.92
63017720--63017756	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
63018659--63018726	26	2.6	26	95	2	118	25	25	33	16	1.95
63018722--63018773	27	1.9	27	88	0	77	23	15	21	40	1.91
63018712--63018779	27	2.5	26	81	6	73	23	17	25	33	1.96
63021248--63022019	389	2.0	380	95	2	1391	29	16	24	29	1.96
63026114--63026151	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63026380--63026544	46	3.6	45	78	12	174	29	28	19	22	1.98
63026381--63026551	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
63026426--63026567	46	3.1	45	73	18	123	28	27	19	23	1.99
63026970--63027028	29	2.0	30	83	3	75	33	25	5	35	1.78
63030926--63030963	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63031782--63031842	30	2.0	30	87	0	86	36	24	1	37	1.66
63034743--63034949	53	3.8	54	78	4	220	36	17	24	21	1.94
63035956--63036056	27	3.8	26	87	6	139	35	20	24	18	1.95
63035956--63036066	54	2.1	53	89	1	168	35	21	25	18	1.95
63037486--63037562	24	3.2	24	90	0	118	20	41	3	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63042107--63042162	17	3.0	17	80	19	67	8	19	0	71	1.12
63045373--63045407	16	2.2	16	94	0	61	40	0	22	37	1.55
63047374--63047449	36	2.1	36	85	4	100	17	15	28	38	1.90
63055087--63055271	40	4.7	40	78	7	182	25	22	27	24	2.00
63055140--63055304	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
63057457--63057708	68	3.8	65	75	12	196	26	28	15	28	1.96
63070808--63070848	22	1.9	22	85	5	57	39	12	7	41	1.70
63073605--63073677	31	2.4	30	79	4	83	26	26	13	34	1.93
63073630--63073767	30	4.6	30	80	4	143	27	24	10	36	1.89
63075926--63076069	43	3.3	43	81	9	150	28	15	26	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290