genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83719801--83719830	13	2.4	13	94	5	53	26	20	10	43	1.83
83721175--83721200	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
83721727--83721759	16	2.0	17	88	5	50	24	15	21	39	1.91
83723355--83723382	13	2.2	13	100	0	56	64	21	0	14	1.29
83724006--83724103	19	5.2	19	87	7	146	37	11	17	33	1.85
83723996--83724103	36	2.9	36	73	15	103	37	11	16	34	1.84
83729274--83729345	1	72.0	1	71	0	54	86	0	11	2	0.68
83729276--83729345	7	9.9	7	77	22	67	85	0	11	2	0.69
83729276--83729345	27	2.4	30	88	9	110	85	0	11	2	0.69
83730347--83731089	44	16.9	44	73	13	460	30	15	26	28	1.96
83730354--83730870	220	2.3	220	90	0	809	30	15	26	27	1.96
83730567--83731045	176	2.7	176	91	0	780	30	14	26	28	1.95
83731146--83731420	44	6.2	44	70	9	155	31	18	23	26	1.97
83731146--83731497	134	2.6	134	88	1	481	31	18	23	26	1.97
83731149--83731344	44	4.3	46	71	12	181	31	20	21	26	1.98
83731501--83731630	44	2.9	44	80	1	134	30	13	27	27	1.94
83731993--83732090	19	5.2	19	87	7	137	39	11	14	34	1.81
83731983--83732090	36	2.9	35	75	20	103	39	11	13	35	1.81
83736215--83736278	25	2.6	25	78	7	69	29	6	4	59	1.42
83736268--83736309	22	2.0	22	86	9	61	28	14	11	45	1.80
83741119--83741152	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
83742849--83742980	66	2.0	66	90	0	210	33	18	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83743088--83743195	43	2.4	44	83	11	132	34	22	20	23	1.97
83743130--83743333	44	4.7	42	71	14	119	34	20	24	20	1.96
83743034--83743289	132	1.9	133	84	5	340	35	20	22	20	1.96
83743129--83743336	87	2.4	89	82	4	262	34	21	24	20	1.97
83743039--83743326	132	2.2	131	82	6	334	35	21	23	20	1.96
83748000--83748134	43	3.1	44	83	6	184	24	17	29	28	1.97
83748017--83748134	45	2.7	43	84	6	166	26	17	28	27	1.98
83748421--83748601	38	4.8	38	83	6	197	22	19	25	33	1.97
83748594--83748722	45	2.9	45	88	4	190	22	23	27	27	1.99
83748607--83748761	44	3.5	45	80	8	124	25	23	27	23	2.00
83748969--83749032	33	1.9	33	100	0	128	34	0	20	45	1.51
83750225--83750276	15	3.1	18	71	21	58	40	7	3	48	1.50
83750261--83750361	30	3.6	30	68	18	83	35	5	3	54	1.43
83750280--83750357	23	3.7	21	67	12	52	38	5	3	52	1.42
83750353--83750408	25	2.2	25	83	3	67	28	8	3	58	1.45
83753478--83753554	39	2.0	39	97	0	145	33	11	20	33	1.89
83758351--83758381	12	2.6	12	94	0	53	6	19	41	32	1.77
83759262--83759574	158	2.0	158	94	0	554	34	18	10	36	1.85
83768906--83768953	25	1.9	25	86	0	69	35	16	22	25	1.95
83775242--83775568	165	2.0	161	97	2	618	33	19	11	35	1.89
83776237--83776382	21	6.7	21	94	2	193	17	9	54	18	1.69
83781657--83781691	18	2.0	17	88	5	52	40	22	8	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83783224--83783301	16	4.8	17	74	13	67	37	0	0	62	0.95
83787083--83787128	20	2.3	20	96	0	83	23	26	13	36	1.91
83789149--83789236	18	4.9	18	71	9	72	30	20	12	36	1.90
83789143--83789237	36	2.6	36	88	0	145	29	20	14	35	1.92
83796600--83796657	31	1.9	29	82	6	71	24	15	8	51	1.71
83797676--83797723	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
83797672--83797727	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
83797672--83797723	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
83797955--83798001	14	3.3	14	75	16	51	63	2	2	31	1.18
83797932--83798009	31	2.5	31	81	6	79	58	3	5	32	1.38
83797873--83798092	25	9.0	25	69	15	97	56	3	5	34	1.41
83798045--83798089	20	2.2	20	84	7	56	60	0	4	35	1.17
83798586--83798751	30	5.7	30	85	8	245	24	3	48	24	1.65
83798586--83798751	54	2.9	60	86	10	263	24	3	48	24	1.65
83798668--83798716	24	2.0	24	100	0	98	28	0	51	20	1.48
83799502--83799551	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
83799531--83799772	76	3.2	75	84	3	290	35	20	15	28	1.94
83799523--83801096	240	6.7	239	94	2	2559	33	21	17	27	1.95
83799778--83800016	76	3.2	75	85	4	311	34	21	15	28	1.94
83800003--83800030	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
83800018--83800254	73	3.2	73	86	3	321	34	21	16	27	1.95
83800241--83800268	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83800160--83800344	89	2.1	88	84	7	248	37	19	17	25	1.93
83799523--83801096	479	3.3	475	93	2	2565	33	21	17	27	1.95
83800256--83800473	74	2.9	74	90	2	330	33	22	16	26	1.96
83800480--83800507	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
83800489--83800712	74	3.0	73	87	1	304	32	21	17	28	1.96
83800721--83800749	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
83800637--83800805	93	1.8	92	87	6	252	34	18	17	29	1.94
83800729--83801096	73	5.0	73	86	5	485	31	22	17	27	1.97
83800729--83801095	145	2.5	144	86	5	481	31	22	17	27	1.97
83806033--83806075	21	2.0	22	86	4	61	58	2	2	37	1.24
83807082--83807161	27	3.0	27	96	0	151	18	12	56	12	1.67
83808103--83808144	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
83808107--83808143	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
83808176--83808232	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
83809220--83809267	22	2.1	23	84	3	62	0	41	0	58	0.98
83809732--83809802	20	3.3	20	80	11	61	35	5	2	56	1.38
83809730--83809796	23	3.0	22	81	12	59	32	5	2	58	1.38
83809927--83809972	23	2.0	23	84	12	60	32	2	4	60	1.28
83809933--83809989	28	2.1	28	90	3	89	36	0	5	57	1.21
83810351--83810418	11	6.0	11	72	13	57	33	0	8	57	1.30
83810381--83810448	22	3.2	21	72	13	61	33	1	4	60	1.26
83810916--83810961	22	2.2	22	84	7	60	34	8	6	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83815680--83815942	46	5.7	46	92	1	395	24	24	11	39	1.89
83815914--83815968	26	2.1	26	96	0	101	32	25	7	34	1.83
83815868--83816014	72	2.0	72	97	0	276	27	24	11	36	1.90
83815822--83816060	118	2.0	118	96	0	442	26	24	12	36	1.92
83815940--83816061	46	2.7	46	97	0	226	26	22	13	36	1.92
83817557--83817591	17	2.1	17	89	5	54	31	8	0	60	1.27
83818422--83818489	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
83826708--83827221	89	5.9	88	76	9	460	28	16	18	36	1.93
83826708--83827459	174	4.2	172	75	12	610	28	16	17	37	1.92
83827023--83827056	16	2.1	16	94	0	59	23	8	0	67	1.18
83827116--83827146	14	2.2	14	94	0	53	19	19	6	54	1.65
83826708--83827459	261	2.8	262	80	8	743	28	16	17	37	1.92
83827121--83827317	103	1.9	103	87	4	290	24	19	16	39	1.92
83827242--83827458	88	2.5	88	85	2	294	28	17	17	36	1.92
83828736--83828778	22	1.9	23	85	4	61	0	41	0	58	0.98
83828736--83828793	21	2.6	22	78	5	55	0	39	0	60	0.97
83829241--83829309	21	3.0	22	81	10	68	31	5	2	59	1.36
83829260--83829309	24	2.0	25	84	3	66	34	6	2	58	1.34
83830424--83830469	22	2.2	22	84	7	60	34	8	6	50	1.59
83836154--83836238	38	2.2	39	87	6	120	23	22	25	28	1.99
83839341--83839454	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
83839318--83839462	61	2.3	60	85	8	177	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83839483--83839521	20	2.0	20	89	0	60	28	23	17	30	1.97
83843696--83843777	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
83850897--83850935	20	2.0	20	94	0	69	41	5	10	43	1.61
83853214--83853310	48	2.0	48	95	0	176	27	7	12	52	1.65
83857682--83857733	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
83859649--83859700	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
83861957--83862012	26	2.2	26	83	0	67	26	23	10	39	1.87
83863161--83863193	5	6.8	5	93	6	59	0	0	18	81	0.68
83863971--83864361	192	2.0	192	97	0	746	32	22	5	39	1.78
83868247--83868328	26	3.2	26	96	0	146	37	25	6	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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