genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61968955--61969690	365	2.0	365	95	0	1339	30	16	23	30	1.96
61979327--61979356	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
61981965--61982105	60	2.4	59	83	9	171	26	26	19	26	1.99
61983299--61983328	15	2.0	15	93	0	51	73	0	16	10	1.09
61984758--61984922	43	3.9	43	82	7	158	28	21	26	23	1.99
61984857--61984949	41	2.2	43	83	7	111	32	20	26	20	1.97
61987750--61987880	27	4.9	26	80	3	109	29	16	18	36	1.92
61987792--61987923	27	5.0	26	77	7	113	31	15	18	34	1.92
61987860--61987935	27	2.8	27	81	0	71	32	11	18	36	1.87
61990480--61990524	22	2.0	23	91	4	74	42	22	15	20	1.89
61990695--61990773	23	3.4	23	89	3	88	49	35	2	12	1.54
61990715--61990829	23	4.5	26	85	10	134	46	34	2	16	1.61
62002420--62002512	48	1.9	48	84	4	125	25	22	24	26	2.00
62002525--62002679	42	3.5	42	69	10	112	27	20	27	25	1.99
62003957--62004008	20	2.6	20	81	0	68	30	28	26	13	1.94
62009365--62009493	42	3.1	42	82	4	109	28	24	14	31	1.95
62011313--62011371	21	2.9	20	82	5	82	37	1	38	22	1.64
62012807--62012844	19	2.1	19	85	5	51	15	2	2	78	0.97
62013139--62013215	38	2.0	38	92	0	127	28	18	18	35	1.94
62017958--62018124	72	2.3	72	85	4	221	28	25	15	30	1.96
62020376--62020479	35	3.0	35	91	0	163	20	13	31	34	1.91
62020387--62020499	35	3.2	35	83	7	140	20	12	30	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62033444--62034179	365	2.0	365	95	0	1330	30	16	23	29	1.96
62040603--62040702	50	2.0	50	82	5	123	23	26	14	37	1.92
62045244--62045337	25	3.8	25	78	0	107	29	25	21	23	1.99
62046550--62046616	25	2.7	24	78	17	73	31	28	19	20	1.97
62058639--62058833	49	3.9	50	79	10	213	26	20	25	28	1.99
62058641--62058823	100	1.8	100	91	2	305	25	20	24	29	1.99
62063621--62063946	40	8.2	40	93	0	537	23	23	25	28	1.99
62073656--62073747	27	3.4	27	86	0	121	27	23	9	39	1.86
62073760--62073820	27	2.3	27	88	0	86	42	19	8	29	1.80
62073779--62073907	27	4.8	27	79	5	127	41	20	6	31	1.78
62073779--62073902	54	2.3	54	84	2	151	41	20	7	30	1.79
62073896--62073969	27	2.7	27	76	12	80	39	20	18	21	1.93
62074807--62074853	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
62076662--62076740	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62085024--62085102	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62086970--62087035	31	2.2	30	88	2	96	33	16	19	30	1.94
62087232--62087329	41	2.3	42	92	3	162	28	23	22	25	1.99
62087250--62087396	41	3.5	43	86	5	183	32	31	18	17	1.94
62091525--62091568	18	2.4	18	85	7	54	36	0	40	22	1.54
62091691--62092075	74	5.0	75	87	6	558	27	10	9	52	1.66
62091802--62092075	149	1.8	149	95	0	494	29	11	7	51	1.65
62092251--62092324	14	5.2	14	71	7	60	36	35	1	27	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62092420--62092571	21	6.9	21	75	11	142	44	27	1	26	1.63
62092404--62092494	46	2.0	46	95	0	164	41	27	2	28	1.68
62092420--62092571	67	2.3	67	95	0	268	44	27	1	26	1.63
62092415--62092579	7	22.4	7	69	9	69	45	26	1	26	1.61
62092736--62092864	41	3.2	40	91	1	204	17	24	23	34	1.96
62098579--62098621	22	1.9	22	90	4	68	37	20	2	39	1.66
62113022--62113096	38	2.0	38	97	0	141	25	28	16	30	1.96
62119487--62119581	47	2.0	47	97	0	181	33	4	15	46	1.66
62123874--62124027	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
62132015--62132168	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
62133718--62133791	37	2.0	37	100	0	148	29	13	29	27	1.94
62135510--62135557	25	2.0	24	83	4	60	52	0	12	35	1.40
62149550--62149695	51	2.9	48	89	4	211	28	25	19	26	1.99
62154581--62154635	28	2.0	28	88	0	83	25	36	18	20	1.94
62155571--62155839	46	5.7	49	78	10	226	25	27	18	27	1.98
62155571--62155833	47	5.6	46	78	10	200	25	27	19	28	1.98
62163158--62163427	47	5.8	46	76	11	196	23	29	19	27	1.98
62163159--62163425	94	2.8	93	78	13	289	23	29	19	27	1.98
62166377--62166428	20	2.6	20	96	0	95	11	32	34	21	1.89
62168134--62168158	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
62170499--62170582	43	2.0	43	90	0	132	28	32	17	21	1.96
62177150--62177399	47	5.3	47	95	0	428	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62178821--62178923	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
62178905--62178978	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
62179354--62179421	36	1.9	36	88	8	104	25	23	29	22	1.99
62179403--62179557	40	3.9	39	82	5	179	24	23	27	25	2.00
62183846--62183919	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
62183841--62184088	47	5.3	47	92	1	401	32	8	30	28	1.87
62192778--62192802	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
62193246--62193317	29	2.5	29	88	4	101	26	12	31	29	1.93
62198808--62199073	93	2.9	93	93	2	446	28	28	20	22	1.99
62198855--62199023	47	3.6	47	74	13	195	28	28	20	21	1.98
62198802--62199065	46	5.7	45	73	16	220	29	28	19	22	1.98
62201128--62201225	51	1.9	51	93	0	169	31	26	16	25	1.96
62201439--62201484	22	2.1	22	87	0	65	52	6	4	36	1.47
62204614--62204656	21	2.0	22	86	13	63	37	0	2	60	1.10
62210166--62210332	43	3.9	43	73	12	155	31	23	15	28	1.95
62213426--62213556	45	2.9	45	85	2	147	25	21	14	38	1.91
62213428--62213573	45	3.2	44	76	8	127	25	20	15	38	1.92
62215234--62215406	46	3.7	46	78	9	181	28	20	28	22	1.98
62215495--62215764	46	5.7	48	76	9	204	28	20	28	22	1.98
62215178--62215663	257	1.9	257	96	0	893	29	17	27	26	1.97
62222822--62222879	30	1.9	30	92	0	98	34	12	24	29	1.91
62223217--62223392	46	3.8	46	78	7	160	28	20	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62223407--62223540	50	2.7	49	83	4	171	25	20	28	26	1.99
62227377--62227555	48	3.8	47	72	11	154	29	20	20	29	1.98
62235842--62236096	55	4.8	53	79	8	252	36	16	25	21	1.94
62235852--62236049	108	1.8	110	90	4	321	34	17	25	22	1.96
62236288--62236318	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62238018--62238059	19	2.5	16	85	14	50	30	2	7	59	1.37
62238018--62238065	15	2.8	18	81	15	57	31	2	8	58	1.39
62238070--62238095	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
62244518--62244557	17	2.4	17	91	0	62	47	5	17	30	1.69
62261993--62262214	118	1.9	120	83	7	292	25	27	22	24	2.00
62261991--62262214	40	5.7	40	85	6	278	25	28	22	24	1.99
62269961--62270182	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
62269959--62270182	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
62276299--62276367	6	11.0	6	75	25	63	76	1	18	2	0.98
62276308--62276366	31	1.9	31	86	13	86	76	1	18	3	1.02
62276301--62276370	27	2.7	26	75	14	72	77	1	18	2	0.97
62278054--62278132	31	2.6	30	86	6	106	27	20	13	37	1.91
62278441--62278466	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
62281478--62281581	27	3.9	27	83	0	109	39	20	14	25	1.90
62281479--62281581	54	1.9	54	82	4	127	38	20	14	26	1.91
62281720--62281793	27	2.8	27	75	6	71	18	20	21	39	1.93
62297943--62298063	43	2.8	43	87	5	156	27	17	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62297949--62298087	43	3.2	43	82	6	113	30	16	23	30	1.96
62308957--62308989	15	2.1	17	88	11	52	6	15	6	72	1.24
62309023--62309073	16	3.2	16	84	13	54	35	7	0	56	1.28
62313993--62314042	20	2.5	20	96	0	91	14	34	30	22	1.93
62325128--62325225	43	2.3	43	83	3	126	30	15	25	28	1.96
62331767--62331977	56	3.8	56	84	6	277	27	12	24	36	1.92
62331768--62331977	110	1.9	111	87	3	307	27	12	23	36	1.91
62335922--62335975	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
62336229--62336370	50	2.8	51	84	2	196	26	18	26	28	1.98
62338649--62338770	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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