genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70483551--70483600	24	2.1	24	85	7	66	52	0	0	48	1.00
70485437--70485537	29	3.5	29	89	1	141	29	27	14	27	1.96
70493418--70493522	30	3.5	29	83	7	122	31	26	15	26	1.96
70498841--70498887	20	2.3	20	92	0	76	21	31	29	17	1.96
70500115--70500399	155	1.8	155	89	0	444	31	6	19	42	1.77
70505995--70506409	138	3.0	138	88	5	612	47	5	6	40	1.52
70506385--70506531	76	2.0	76	89	2	226	32	14	9	43	1.77
70533094--70533129	8	4.2	8	89	10	54	30	0	0	69	0.89
70540181--70540402	40	5.6	40	86	1	304	27	26	22	23	2.00
70545876--70545954	38	2.1	38	97	0	149	30	16	18	34	1.94
70556364--70556477	50	2.3	51	85	3	158	39	14	21	24	1.90
70556468--70556616	31	4.8	31	87	3	201	28	18	25	27	1.98
70556638--70556805	47	3.6	46	83	3	156	27	14	24	32	1.95
70561083--70561210	50	2.5	51	88	3	197	35	16	22	25	1.95
70561187--70561333	31	4.8	30	91	4	222	27	20	25	25	1.99
70561355--70561471	45	2.6	45	78	8	121	29	16	24	29	1.96
70564146--70564189	21	2.0	23	86	8	65	31	4	20	43	1.72
70565534--70565709	31	5.7	31	88	1	237	27	19	25	27	1.99
70565533--70565709	93	1.9	94	88	1	266	28	19	24	27	1.99
70565766--70565890	49	2.6	49	91	3	193	28	15	26	30	1.96
70576859--70576889	5	6.2	5	92	0	53	25	19	16	38	1.92
70582243--70582406	43	3.8	43	79	9	181	31	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70582243--70582393	44	3.5	42	80	11	164	29	25	21	24	1.99
70585120--70585180	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
70592609--70592670	24	2.8	23	81	11	76	35	3	0	61	1.12
70605024--70605574	44	12.5	44	88	1	773	31	14	25	28	1.95
70605851--70605886	16	2.3	16	90	4	56	36	33	11	19	1.87
70607192--70607246	24	2.2	24	80	3	65	30	3	1	63	1.22
70608815--70609022	44	4.8	43	77	10	176	33	25	17	24	1.96
70611326--70611367	15	2.8	15	79	13	50	59	0	11	28	1.33
70621261--70621289	15	1.9	15	100	0	58	34	10	6	48	1.64
70626065--70626112	22	2.2	22	96	0	87	18	27	33	20	1.96
70627705--70627799	40	2.4	40	96	0	172	28	30	21	20	1.98
70630336--70630367	6	5.3	6	96	0	55	43	15	21	18	1.87
70635478--70635655	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70635479--70635634	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70635475--70635655	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
70643534--70643707	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
70643535--70643690	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70646990--70647166	86	2.1	85	79	8	211	48	6	9	36	1.62
70653239--70653458	40	5.6	40	87	4	306	27	26	22	23	1.99
70661187--70661408	40	5.6	40	90	1	340	26	27	23	22	2.00
70677103--70677156	22	2.5	22	82	11	74	14	25	29	29	1.95
70677569--70677624	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70681397--70681464	34	2.0	34	94	0	118	20	29	11	38	1.88
70681981--70682013	12	2.8	12	90	4	50	0	24	0	75	0.80
70684410--70684456	24	2.0	22	84	15	60	42	10	6	40	1.65
70685309--70685371	26	2.4	24	80	19	72	30	4	4	60	1.38
70685309--70685362	26	2.1	28	86	13	80	25	5	3	64	1.32
70693727--70693944	43	5.1	43	76	7	158	32	25	16	25	1.96
70693748--70693944	42	4.6	42	79	6	182	30	25	17	26	1.97
70693748--70693948	85	2.4	85	86	3	262	30	25	17	26	1.97
70698932--70699163	49	4.7	49	83	3	302	25	17	26	31	1.97
70702148--70702322	46	3.8	46	77	6	192	22	20	28	28	1.98
70702144--70702314	92	1.8	93	91	1	281	22	21	29	27	1.99
70705256--70705297	15	2.8	15	85	0	57	11	16	14	57	1.66
70705245--70705331	30	3.0	29	83	8	99	10	14	16	58	1.62
70707688--70707818	46	2.8	48	75	16	148	22	19	27	29	1.98
70709043--70709307	103	2.6	104	90	1	417	20	20	29	29	1.98
70716695--70716746	26	2.0	26	96	0	95	17	23	30	28	1.97
70716516--70716779	104	2.6	103	89	4	399	20	20	29	29	1.97
70720898--70720981	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
70720907--70720986	15	5.5	15	81	10	94	10	17	12	60	1.59
70723364--70723540	46	3.9	45	80	5	203	22	21	27	28	1.99
70727517--70727607	42	2.2	43	79	16	102	29	16	24	29	1.96
70729028--70729062	15	2.3	15	90	0	52	74	2	22	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70729032--70729067	17	2.1	18	89	5	56	69	2	27	0	1.02
70732571--70732620	18	2.8	18	93	0	82	10	40	30	20	1.85
70734107--70734278	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
70734100--70734275	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
70755724--70755767	22	2.0	22	100	0	88	45	13	22	18	1.84
70755826--70755958	53	2.5	53	83	2	167	23	24	18	33	1.96
70758839--70758892	26	2.0	27	83	16	69	33	12	9	44	1.75
70763274--70763455	28	6.5	28	89	1	258	32	26	12	28	1.93
70769300--70769480	28	6.5	28	90	2	267	33	26	12	28	1.92
70769300--70769452	55	2.8	56	92	3	265	33	26	11	28	1.92
70771206--70771467	45	5.9	45	87	4	354	26	28	20	24	1.99
70775605--70775650	23	2.0	23	95	0	83	19	26	28	26	1.99
70777765--70778025	45	5.9	45	86	4	345	25	29	21	23	1.99
70783319--70783367	23	2.1	23	88	7	73	20	24	10	44	1.82
70801864--70802041	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
70801864--70802041	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
70809872--70810049	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
70809872--70810049	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
70814583--70814664	40	2.0	40	100	0	164	24	12	18	45	1.83
70821996--70822074	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
70821987--70822171	47	3.9	47	91	0	289	32	8	30	28	1.87
70822290--70822368	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70828055--70828303	30	8.3	30	79	7	193	36	14	27	21	1.93
70828055--70828303	60	4.2	59	76	9	216	36	14	27	21	1.93
70835386--70835410	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
70845631--70845701	30	2.4	30	90	0	106	42	11	28	18	1.84
70845686--70845791	30	3.5	30	75	7	108	32	13	25	29	1.93
70845747--70845849	30	3.4	30	79	2	109	35	9	30	24	1.87
70849048--70849077	14	2.1	14	93	0	51	43	16	0	40	1.48
70852299--70852342	18	2.4	18	96	0	79	38	27	4	29	1.76
70852897--70852971	6	12.2	6	73	16	55	48	13	18	20	1.81
70852897--70852990	31	3.0	31	88	0	116	46	12	18	22	1.82
70852905--70853006	31	3.3	31	85	0	105	50	11	15	22	1.77
70853415--70853609	27	7.2	27	85	1	221	24	19	18	37	1.94
70853415--70853609	81	2.4	81	85	1	257	24	19	18	37	1.94
70853591--70853907	27	11.7	27	82	3	253	32	9	21	37	1.85
70853729--70853907	54	3.3	54	91	1	295	32	7	20	39	1.81
70853729--70853934	109	1.9	109	86	2	297	32	10	19	38	1.85
70853889--70853971	27	3.1	27	77	6	87	27	22	19	30	1.98
70858172--70858342	43	4.0	43	73	11	152	23	17	25	33	1.96
70861519--70861695	46	3.9	44	75	11	176	22	21	27	28	1.99
70861516--70861687	93	1.8	93	88	2	265	22	22	27	27	1.99
70867635--70867835	39	5.2	39	88	1	287	21	19	28	29	1.98
70867634--70867868	39	6.0	39	83	5	147	20	19	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70871732--70871854	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
70871732--70871854	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
70871757--70871867	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
70879923--70880017	27	3.4	28	86	2	120	25	12	29	32	1.93
70879948--70880030	27	3.0	27	85	5	87	28	12	26	32	1.92
70885007--70885064	28	2.1	28	90	0	89	43	10	15	31	1.80
70911781--70911813	13	2.4	14	85	10	50	48	9	0	42	1.35
70917591--70917619	15	2.0	15	93	6	51	55	17	0	27	1.42
70921861--70922045	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
70921862--70922045	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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