genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29661711--29661805	46	2.1	46	93	0	163	54	5	6	33	1.48
29666932--29666990	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
29666933--29666990	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
29667451--29667514	33	1.9	33	90	0	101	46	15	21	15	1.83
29670670--29670753	40	2.1	40	88	0	123	17	21	16	44	1.87
29670753--29670809	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
29671167--29671224	14	4.1	14	88	0	89	43	43	0	13	1.44
29671180--29671218	7	5.6	7	87	0	60	35	48	0	15	1.45
29671220--29671303	7	11.9	7	80	2	78	48	30	0	20	1.50
29671180--29671262	28	2.9	29	84	10	93	42	40	0	16	1.49
29671220--29671303	29	3.0	28	80	1	78	48	30	0	20	1.50
29671588--29671636	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
29672258--29672454	81	2.5	82	83	5	224	21	26	18	33	1.96
29672258--29672453	41	4.9	41	79	6	206	21	26	18	33	1.96
29672477--29672502	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
29674774--29674812	19	2.1	19	90	0	60	30	15	5	48	1.66
29677081--29677277	40	4.9	40	83	2	216	22	26	14	36	1.93
29677069--29677277	80	2.6	80	79	4	242	22	25	15	36	1.94
29681107--29681224	42	2.8	42	81	2	121	29	24	16	28	1.97
29682672--29682787	52	2.2	52	87	1	160	25	18	28	27	1.98
29682791--29682897	47	2.3	46	81	1	124	28	17	24	29	1.97
29691046--29691088	6	7.0	6	86	2	50	20	4	0	74	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29693327--29693403	28	2.8	28	79	0	82	31	9	28	31	1.88
29696032--29696155	37	3.4	36	82	6	128	27	19	26	26	1.99
29696144--29696340	42	4.7	42	79	3	184	26	14	28	30	1.95
29696144--29696340	84	2.4	85	78	5	204	26	14	28	30	1.95
29698750--29699337	40	14.7	40	94	0	1005	30	20	26	22	1.98
29706491--29707081	40	14.7	40	93	1	993	30	19	26	22	1.98
29713996--29714072	31	2.5	31	97	0	145	22	40	27	10	1.86
29714922--29714997	28	2.7	28	87	0	107	28	11	28	30	1.92
29717254--29717426	90	1.9	93	79	5	201	23	21	20	34	1.97
29717827--29717861	18	1.9	18	94	0	61	31	14	22	31	1.94
29730150--29730465	64	4.8	64	80	6	307	31	14	28	24	1.95
29738291--29738325	18	1.9	18	88	0	52	14	0	8	77	0.99
29739690--29739900	46	4.6	46	79	9	191	30	18	27	23	1.98
29739690--29739861	93	1.9	92	82	10	217	29	19	28	23	1.98
29741045--29741085	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
29744918--29744955	18	2.1	18	100	0	76	15	26	42	15	1.87
29748751--29748790	19	2.0	19	85	9	53	65	0	0	35	0.93
29749170--29749194	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29753051--29753101	26	2.0	26	88	0	75	33	11	19	35	1.88
29759431--29759464	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
29760584--29760732	31	4.8	31	93	0	244	26	19	28	25	1.99
29760804--29760918	42	2.7	43	81	9	146	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29764386--29764428	23	1.9	22	90	4	68	41	18	9	30	1.82
29764447--29764481	14	2.4	14	95	4	61	28	11	42	17	1.83
29766956--29766983	12	2.3	12	100	0	56	42	0	7	50	1.30
29772142--29772266	42	3.0	42	88	3	173	16	20	25	37	1.93
29772149--29772285	41	3.3	41	84	5	170	18	21	24	36	1.95
29774299--29774393	27	3.4	28	78	11	106	22	23	18	35	1.96
29774299--29774411	27	4.2	26	78	8	100	22	21	18	38	1.94
29781134--29781174	16	2.6	16	88	0	64	46	19	24	9	1.80
29781587--29781681	28	3.4	28	82	5	104	18	24	22	34	1.96
29781587--29781699	27	4.2	26	83	8	118	18	23	21	37	1.94
29788488--29788513	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
29789417--29789641	42	5.4	42	88	2	296	19	20	25	35	1.95
29794371--29794547	46	3.8	46	92	1	266	19	24	14	40	1.90
29794533--29794587	27	2.0	27	92	0	92	25	23	9	41	1.83
29796638--29796672	17	2.1	17	88	0	52	0	22	0	77	0.78
29797888--29797933	24	1.9	24	100	0	92	39	8	8	43	1.66
29803303--29803353	25	2.0	25	100	0	102	7	19	7	64	1.44
29815076--29815143	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
29815076--29815143	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
29815273--29815582	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
29815336--29815585	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
29815569--29815603	18	2.1	18	89	10	56	42	5	2	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29821317--29821355	17	2.3	17	95	0	69	28	56	0	15	1.40
29821334--29821379	24	1.9	24	90	0	74	26	52	2	19	1.58
29821369--29821436	13	5.0	13	68	10	55	36	41	1	20	1.62
29821301--29821436	42	3.3	42	78	8	143	33	46	2	18	1.61
29821963--29822010	22	2.2	21	82	13	62	33	0	2	64	1.05
29823042--29823067	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
29825079--29825104	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
29848325--29848412	31	2.9	30	81	8	99	36	2	11	50	1.51
29848549--29848607	29	2.0	30	86	3	84	54	15	1	28	1.51
29850714--29850781	34	2.0	34	91	0	109	33	20	7	38	1.81
29871583--29871608	12	2.2	12	100	0	52	53	7	15	23	1.67
29872760--29872849	44	2.0	44	100	0	180	26	17	17	37	1.93
29877445--29877477	10	3.0	11	86	13	50	69	0	9	21	1.15
29879504--29879631	55	2.3	55	93	0	211	25	11	20	42	1.85
29882876--29882932	28	2.0	29	82	3	71	19	35	21	24	1.96
29885665--29885691	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
29886172--29886213	21	1.9	22	90	9	68	16	4	14	64	1.45
29886181--29886224	21	2.1	21	83	8	54	25	0	11	63	1.27
29893264--29893297	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
29893247--29893306	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
29894691--29894967	132	2.1	132	79	4	297	30	20	17	31	1.95
29894860--29895099	131	1.8	132	79	6	281	29	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29899403--29899485	22	4.0	22	81	15	122	42	12	30	15	1.83
29899425--29899457	17	1.9	17	100	0	66	48	6	39	6	1.53
29899402--29899479	39	2.0	39	100	0	156	43	10	33	12	1.77
29910747--29910825	39	2.0	39	95	0	140	39	7	22	30	1.82
29912547--29912578	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
29914869--29915159	146	2.0	147	96	0	539	37	16	23	23	1.94
29916660--29916716	28	2.0	28	100	0	114	43	7	21	28	1.78
29916786--29917004	48	4.6	48	80	7	248	29	16	28	25	1.97
29916786--29917007	95	2.3	96	80	6	236	29	17	28	24	1.97
29918341--29918371	10	3.1	10	95	0	53	22	0	6	70	1.09
29923091--29923117	9	3.0	9	100	0	54	44	0	33	22	1.53
29924791--29924843	26	2.0	26	100	0	106	41	7	22	28	1.81
29926443--29926756	48	6.5	48	83	4	391	29	17	28	24	1.97
29926427--29926756	144	2.3	144	91	0	525	28	17	28	24	1.97
29933497--29933522	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
29939036--29939078	22	1.9	22	85	4	59	23	4	4	67	1.28
29944303--29944356	3	18.3	3	77	11	58	31	5	0	62	1.18
29951808--29952073	47	5.6	48	78	15	234	24	29	18	27	1.98
29951814--29952073	99	2.8	94	82	8	300	24	29	18	27	1.98
29957906--29957957	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
29968637--29968668	16	2.0	16	93	0	55	28	31	34	6	1.82
29968923--29968974	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29972184--29972222	3	13.0	3	83	0	51	30	7	0	61	1.24
29974323--29974384	29	2.1	29	100	0	124	24	6	33	35	1.81
29979726--29980045	46	6.8	48	75	11	270	24	29	18	27	1.98
29981358--29981402	23	2.0	23	90	0	72	37	4	17	40	1.70
29995841--29995978	56	2.5	54	84	7	161	28	33	18	19	1.96
29997153--29997279	68	1.9	68	100	0	254	37	18	4	38	1.72
30010452--30010536	28	3.0	28	91	0	143	31	18	12	36	1.89
30010554--30010638	42	2.0	42	100	0	170	40	11	14	34	1.82
30010557--30010652	42	2.3	42	92	3	158	41	11	13	33	1.80
30011786--30011823	20	1.9	20	84	10	51	28	2	7	60	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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