genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74110107--74110183	28	2.8	28	77	15	79	23	14	33	28	1.94
74114139--74114216	28	2.7	30	76	7	90	23	14	34	28	1.93
74115122--74115332	2	105.0	2	76	10	189	43	7	3	46	1.47
74115167--74115334	17	9.9	17	73	15	127	41	8	2	47	1.46
74117353--74117395	21	2.1	21	83	8	54	62	13	6	16	1.51
74119186--74119239	20	2.7	20	94	0	90	14	31	37	16	1.89
74119661--74119696	18	1.9	19	88	5	56	41	19	0	38	1.52
74119660--74119702	18	2.3	19	80	8	52	39	23	2	34	1.67
74123420--74123546	49	2.6	49	91	0	209	33	34	17	14	1.90
74131160--74131271	42	2.6	41	80	6	116	36	25	15	23	1.93
74146228--74146279	24	2.2	23	86	3	68	50	15	23	11	1.76
74146242--74146279	8	4.9	8	83	3	51	50	13	23	13	1.76
74146489--74146606	28	4.2	29	76	8	127	29	13	27	28	1.94
74147507--74147537	15	2.1	15	100	0	62	29	25	0	45	1.54
74148096--74148155	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
74148705--74148773	34	2.0	34	100	0	138	40	14	11	33	1.82
74152598--74152655	30	1.9	31	85	3	82	22	20	13	43	1.87
74159418--74159538	52	2.4	50	78	2	125	27	14	23	34	1.93
74162015--74162074	30	2.0	29	87	12	86	61	6	10	21	1.50
74167460--74167509	24	2.1	24	92	7	84	32	36	4	28	1.76
74171777--74171811	17	2.1	17	100	0	70	17	11	17	54	1.71
74174065--74174096	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74174753--74174880	63	2.0	63	93	0	220	23	20	15	40	1.90
74191942--74192040	49	2.0	49	86	0	135	26	14	21	38	1.91
74197333--74197368	6	6.0	6	90	0	54	0	5	33	61	1.19
74197333--74197368	12	3.0	12	95	0	63	0	5	33	61	1.19
74197333--74197367	18	1.9	18	94	0	61	0	5	34	60	1.21
74197497--74197547	24	2.1	24	82	7	59	52	13	19	13	1.73
74197672--74197716	17	2.5	18	82	7	56	22	24	35	17	1.95
74197672--74197707	18	1.9	19	88	5	56	25	22	36	16	1.94
74197774--74197834	29	2.1	28	81	3	68	26	13	27	32	1.93
74201764--74201793	6	5.0	6	95	0	51	0	3	33	63	1.11
74202187--74202297	58	1.9	57	85	1	150	24	14	31	29	1.94
74202174--74202288	29	4.0	29	82	2	135	25	14	30	29	1.95
74202577--74202643	27	2.5	27	97	0	125	50	23	10	14	1.74
74204331--74204386	27	2.1	27	86	0	76	23	25	3	48	1.67
74205529--74205553	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
74206997--74207142	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
74207349--74207784	47	9.1	47	87	5	593	26	29	11	32	1.92
74207429--74207808	194	2.0	191	86	6	534	29	28	11	30	1.91
74209976--74210154	85	2.1	85	96	0	331	26	27	7	37	1.84
74215656--74215756	27	3.6	28	73	9	89	31	22	24	20	1.98
74215862--74215926	28	2.3	28	89	0	103	33	7	24	33	1.84
74218671--74218759	28	3.2	27	78	10	92	32	25	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74218869--74218929	28	2.2	28	90	0	95	32	8	24	34	1.85
74219176--74219207	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
74224839--74224869	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
74224836--74224875	20	2.0	20	85	0	53	40	20	0	40	1.52
74225106--74225315	55	3.8	56	81	6	254	22	25	17	34	1.95
74225106--74225308	108	1.9	109	87	4	302	23	25	17	33	1.96
74226820--74226854	17	2.1	17	94	0	61	28	8	17	45	1.77
74227110--74227147	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
74235814--74235916	38	2.7	38	86	3	145	32	25	21	21	1.98
74239537--74239639	29	3.5	30	70	15	90	28	32	18	21	1.97
74239503--74239671	58	2.9	58	89	4	261	28	28	20	22	1.98
74239567--74239660	29	3.2	29	71	11	93	30	25	20	23	1.98
74239837--74239960	43	2.9	43	95	0	212	31	33	24	10	1.89
74239999--74240054	27	2.1	27	100	0	112	33	14	7	44	1.72
74241578--74241696	38	3.1	38	80	4	132	30	24	21	24	1.99
74244596--74244717	43	2.8	43	82	2	156	27	31	18	22	1.97
74251175--74251346	47	3.7	47	76	10	208	22	19	30	28	1.98
74251225--74251400	46	3.8	46	77	15	209	20	19	30	29	1.97
74251178--74251392	93	2.3	93	94	0	385	21	20	30	28	1.98
74256422--74256469	20	2.4	18	83	16	60	29	20	2	47	1.61
74257116--74257156	15	2.7	15	88	0	64	53	12	0	34	1.38
74257836--74257886	26	2.0	24	81	11	57	1	27	1	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74259674--74259805	47	2.8	46	76	16	146	29	20	30	19	1.97
74259678--74259831	47	3.3	45	69	16	116	29	20	30	20	1.97
74261871--74261904	11	3.2	11	87	4	52	8	35	0	55	1.31
74269116--74269163	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
74268975--74269198	118	1.9	114	83	12	265	41	4	6	47	1.49
74269738--74269782	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
74270782--74270880	27	3.7	27	82	2	92	41	18	10	30	1.83
74270866--74270927	27	2.3	27	85	0	79	35	27	6	30	1.82
74270877--74271071	27	6.8	27	73	16	119	28	24	7	38	1.83
74270877--74271071	54	3.4	54	72	18	160	28	24	7	38	1.83
74270877--74270999	65	1.9	65	88	3	185	26	28	7	37	1.83
74270939--74271073	27	5.0	27	85	3	182	29	20	8	41	1.81
74270996--74271108	27	4.2	27	84	0	82	34	20	7	37	1.82
74270976--74271084	54	2.0	54	85	3	148	33	18	8	40	1.80
74270976--74271098	54	2.3	54	82	2	131	33	17	8	40	1.80
74270939--74271098	81	2.0	81	80	2	178	30	20	8	40	1.82
74271064--74271119	27	2.1	27	89	0	85	41	17	8	32	1.81
74271138--74271204	27	2.5	27	90	4	100	34	17	25	22	1.96
74272364--74272411	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74272448--74272490	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
74272455--74272498	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
74272545--74272690	25	6.0	24	87	7	190	28	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74272544--74272689	49	3.0	47	84	8	186	28	21	23	26	1.99
74272883--74272946	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
74273575--74273628	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
74273848--74273874	11	2.5	11	100	0	54	29	18	18	33	1.95
74280655--74280692	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
74285298--74285339	22	1.9	22	85	9	59	42	2	40	14	1.58
74287672--74287744	38	1.9	38	100	0	146	19	19	4	57	1.56
74290005--74290043	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
74291986--74292070	27	3.1	27	85	5	102	15	23	23	37	1.93
74298800--74298884	27	3.1	27	88	5	111	16	23	23	36	1.94
74304566--74304609	23	1.9	23	90	0	70	34	4	9	52	1.54
74307194--74307300	26	4.1	26	91	0	178	31	8	24	35	1.85
74316065--74316113	20	2.5	20	82	0	62	46	16	26	10	1.78
74317099--74317233	69	2.0	69	95	0	243	34	5	5	55	1.44
74317177--74317831	336	1.9	336	90	1	1035	38	17	7	37	1.77
74332006--74332110	44	2.4	43	84	4	122	28	19	26	25	1.98
74336506--74336685	57	3.1	57	87	4	247	28	18	7	46	1.75
74338525--74338599	37	2.1	37	85	7	100	38	16	17	28	1.91
74338525--74338622	37	2.7	36	81	7	99	35	18	19	26	1.95
74338626--74338823	40	4.9	40	83	0	234	25	25	16	32	1.96
74342610--74342732	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
74350809--74350931	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74354776--74354813	19	2.0	19	94	0	67	39	10	2	47	1.52
74356159--74356311	74	2.1	75	85	3	202	29	20	13	35	1.92
74364285--74364339	28	1.9	29	82	10	69	36	0	5	58	1.21
74364705--74364773	29	2.4	28	85	7	93	28	1	34	34	1.67
74364879--74364911	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
74364853--74364911	21	2.8	21	81	0	64	20	0	33	45	1.51
74365378--74365511	26	5.2	26	95	0	241	32	7	24	35	1.83
74368316--74368383	26	2.6	27	88	4	95	42	7	4	45	1.52
74369128--74369183	27	2.0	28	82	3	69	16	39	17	26	1.91
74372049--74372076	10	2.8	10	100	0	56	46	0	21	32	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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