genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90875013--90875043	14	2.2	14	94	0	53	22	6	32	38	1.80
90878437--90878515	35	2.2	36	93	2	133	43	18	17	20	1.89
90878542--90878701	78	2.1	77	95	1	284	26	20	21	31	1.98
90881144--90881375	125	1.9	125	86	3	333	30	16	18	34	1.93
90887792--90887897	28	3.8	28	74	17	80	63	2	0	33	1.16
90887811--90887959	9	15.9	9	68	18	65	59	4	2	33	1.32
90887907--90887955	19	2.7	18	87	3	62	53	6	6	34	1.51
90887954--90888189	116	2.0	116	99	0	463	29	11	18	41	1.84
90892895--90892932	20	1.9	20	94	0	67	42	0	0	57	0.98
90896307--90896355	24	2.0	24	84	7	64	30	16	20	32	1.94
90898687--90898723	19	1.9	19	89	10	58	37	2	10	48	1.52
90899304--90899346	20	2.2	20	91	0	68	41	4	9	44	1.57
90899357--90899404	19	2.5	19	76	10	53	39	20	6	33	1.78
90902408--90902453	20	2.3	20	80	0	65	34	19	10	34	1.87
90902469--90902513	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75
90902645--90902682	6	6.3	6	93	0	67	44	15	21	18	1.86
90903676--90903744	17	3.9	17	70	7	57	1	24	5	68	1.20
90910550--90910578	12	2.3	13	94	5	51	17	13	0	68	1.20
90914520--90914555	18	2.0	18	88	0	54	52	0	8	38	1.32
90915286--90915338	20	2.6	19	80	11	61	52	9	11	26	1.67
90923443--90923508	25	2.6	25	92	0	105	21	19	18	40	1.91
90926585--90926637	15	3.5	14	78	14	52	64	3	3	28	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90931761--90931801	21	2.0	20	86	13	57	34	2	0	63	1.08
90932284--90932349	21	3.2	20	69	16	53	63	1	3	31	1.19
90932773--90932892	60	2.0	60	93	0	204	45	18	19	16	1.85
90932773--90932913	60	2.3	60	87	2	176	47	17	19	15	1.83
90937544--90937661	61	1.9	61	82	0	146	38	7	14	38	1.75
90941708--90941764	19	3.0	19	75	14	64	36	0	8	54	1.32
90942585--90942642	29	2.0	29	86	6	82	48	17	6	27	1.72
90943163--90943192	6	5.2	6	92	8	53	70	0	0	30	0.88
90943614--90943655	13	3.2	14	83	12	54	76	0	0	23	0.79
90946835--90947003	46	3.7	46	77	13	184	28	28	20	21	1.98
90946841--90947013	93	1.9	93	91	0	283	27	29	20	21	1.98
90946885--90947028	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
90950905--90950933	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
90951372--90951992	310	2.0	309	92	0	1028	41	13	12	32	1.82
90955318--90955358	4	10.0	4	89	10	57	21	0	0	78	0.76
90956434--90956481	19	2.4	19	80	16	53	18	0	12	68	1.20
90956495--90956544	24	2.1	23	81	3	55	26	6	2	66	1.26
90956540--90956607	27	2.5	26	75	15	66	32	5	4	57	1.43
90956528--90956652	54	2.3	54	77	12	130	32	4	4	59	1.37
90956533--90956652	26	4.4	27	74	17	97	31	5	3	60	1.35
90956575--90956669	28	3.5	27	77	8	77	30	4	3	62	1.30
90959061--90959094	17	1.9	18	94	5	61	70	8	5	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90963921--90963978	25	2.3	25	93	0	98	50	18	20	10	1.76
90969356--90969432	25	3.4	25	68	26	80	42	7	14	35	1.74
90969347--90969433	42	2.1	42	97	0	165	43	8	14	33	1.75
90974332--90974373	19	2.2	19	87	8	59	38	2	0	59	1.10
90979226--90979267	20	2.1	20	82	8	50	38	7	7	47	1.58
90986856--90986884	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
90988743--90988920	90	2.0	90	87	2	259	35	15	17	31	1.91
90990869--90990925	27	2.1	27	100	0	114	36	22	7	33	1.81
91002840--91002873	12	2.8	12	90	4	50	52	0	0	47	1.00
91010138--91010494	47	7.6	47	94	1	590	33	8	29	28	1.86
91011907--91012319	40	10.4	40	92	1	643	23	21	29	26	1.99
91016311--91016713	47	8.6	47	93	1	657	33	7	29	29	1.86
91018812--91019029	105	2.1	106	98	1	420	35	6	16	40	1.76
91019720--91019860	38	3.6	39	80	5	144	24	21	23	30	1.99
91021165--91021290	47	2.7	46	79	4	128	30	9	23	37	1.86
91021601--91021716	58	2.0	58	98	0	223	38	8	24	28	1.85
91021741--91021817	37	2.0	39	85	5	104	36	7	22	33	1.83
91026714--91026742	14	2.1	14	100	0	58	48	6	6	37	1.57
91028823--91028853	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
91047009--91047066	19	3.1	19	71	16	57	58	1	0	39	1.08
91052927--91052988	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
91053382--91053421	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91053428--91053489	14	4.2	14	72	10	52	62	3	3	30	1.26
91069080--91069112	7	4.9	7	88	3	50	48	0	9	42	1.35
91076056--91076104	21	2.3	20	83	16	64	65	4	2	28	1.22
91078869--91078903	16	2.2	16	100	0	70	5	25	0	68	1.11
91083978--91084074	43	2.3	43	92	0	158	32	12	14	40	1.83
91085110--91085136	12	2.2	12	100	0	54	22	0	7	70	1.12
91085120--91085181	24	2.6	24	82	5	72	30	0	4	64	1.14
91086163--91086198	17	2.1	17	89	5	54	47	0	19	33	1.50
91086495--91086541	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
91090300--91090334	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
91090588--91090663	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
91090617--91090714	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
91090624--91090714	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
91091895--91092005	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
91093292--91093330	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
91093523--91093796	45	6.1	45	77	6	259	25	27	16	31	1.96
91093523--91093706	89	2.1	90	88	1	271	25	29	14	30	1.95
91093736--91094008	78	3.5	78	90	2	424	23	24	18	33	1.97
91093876--91094002	37	3.4	37	64	21	91	22	22	18	36	1.95
91102239--91102271	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
91102239--91102272	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
91102528--91102603	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91102557--91102654	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
91102564--91102654	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
91106042--91106155	33	3.5	33	80	9	117	32	23	11	32	1.90
91108572--91108607	13	2.7	13	86	4	54	52	13	0	33	1.41
91122144--91122192	19	2.4	22	86	10	68	30	6	4	59	1.41
91124145--91124182	19	2.0	20	89	5	60	31	0	2	65	1.06
91127908--91127952	20	2.2	20	80	0	54	64	11	4	20	1.42
91131954--91131994	21	2.0	21	95	0	73	60	0	0	39	0.96
91132059--91132114	22	2.4	24	82	8	62	64	0	1	33	1.04
91132673--91132715	20	2.1	21	91	4	70	32	2	2	62	1.20
91138613--91138673	30	2.1	29	96	3	113	26	13	24	36	1.92
91144270--91144294	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
91147215--91147279	29	2.3	28	77	15	71	33	3	6	56	1.39
91147855--91147914	18	3.2	18	65	21	50	46	10	3	40	1.54
91147834--91147914	39	2.1	39	100	0	162	44	8	4	41	1.57
91147834--91147897	21	3.2	21	66	20	64	43	7	6	42	1.58
91150671--91150755	30	2.8	30	85	0	107	28	12	22	36	1.91
91150809--91150847	19	2.1	19	90	4	62	41	2	20	35	1.66
91162631--91162678	21	2.3	21	92	0	78	20	37	20	20	1.95
91164770--91164803	18	2.0	16	88	11	50	47	0	0	52	1.00
91168605--91168698	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
91171116--91171209	48	2.0	48	89	4	145	40	26	12	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91172247--91172274	11	2.5	11	100	0	56	0	10	0	89	0.49
91174461--91174501	18	2.3	18	91	0	64	14	41	0	43	1.45
91175007--91175032	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
91176162--91176186	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
91177423--91177470	14	3.4	14	82	5	60	10	83	6	0	0.81
91177423--91177454	5	6.6	5	96	3	57	15	84	0	0	0.63
91180881--91180940	29	2.1	29	87	3	86	48	0	20	31	1.50
91181426--91181579	43	3.6	44	80	8	165	28	15	24	31	1.95
91182987--91183026	13	3.2	13	89	10	57	80	0	10	10	0.92
91187395--91187436	22	2.0	21	95	4	75	47	0	2	50	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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