genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71982220--71982297	36	2.1	37	90	2	122	24	32	19	24	1.98
71982415--71982736	47	6.7	47	95	1	545	30	28	8	31	1.87
71985612--71985652	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
71986062--71986140	28	2.8	28	78	3	88	30	25	11	32	1.91
71991493--71991573	28	2.9	28	80	8	94	25	17	27	29	1.97
71991500--71991605	28	3.8	27	75	13	81	26	15	29	29	1.96
71991493--71991600	56	1.9	56	83	7	139	26	15	28	28	1.96
72002693--72002735	19	2.3	19	100	0	86	34	4	13	46	1.65
72003235--72003293	28	2.1	28	84	3	75	28	22	23	25	1.99
72003439--72003510	28	2.6	28	72	14	69	43	22	15	19	1.88
72006231--72006417	50	3.8	49	83	7	216	27	27	18	26	1.98
72006242--72006428	101	1.9	99	86	4	268	27	28	18	25	1.98
72009461--72009489	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
72019985--72020205	100	2.2	98	83	8	277	27	18	25	28	1.98
72019980--72020224	49	4.9	49	79	6	253	27	18	25	28	1.98
72027223--72027456	49	4.7	50	75	5	197	26	17	25	30	1.98
72036662--72036897	49	4.7	50	82	2	278	25	17	27	30	1.98
72036662--72036900	101	2.4	98	85	2	316	25	17	27	29	1.97
72050658--72050709	19	2.6	19	78	9	50	67	1	9	21	1.29
72056704--72056928	40	5.7	40	84	5	260	25	27	21	25	1.99
72056704--72056928	119	1.9	120	82	6	287	25	27	21	25	1.99
72066709--72066758	17	3.1	17	78	16	61	16	4	0	80	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72066709--72066767	6	10.2	6	78	7	68	15	3	1	79	0.94
72066712--72066766	23	2.4	23	87	3	76	14	3	1	80	0.94
72073888--72074110	40	5.6	40	85	5	281	23	23	27	25	2.00
72073892--72074110	83	2.7	80	86	7	277	22	24	27	25	2.00
72077344--72077413	26	2.7	25	78	8	77	27	22	24	25	2.00
72082570--72082599	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
72097282--72097315	15	2.3	15	100	0	68	32	20	17	29	1.96
72098287--72098482	49	4.0	49	83	2	257	28	25	19	26	1.99
72098286--72098480	100	2.0	100	93	0	336	28	24	20	26	1.99
72098729--72098785	27	2.1	28	86	3	80	38	15	5	40	1.70
72100100--72100154	24	2.3	25	81	6	60	40	20	21	18	1.92
72105655--72105886	99	2.3	100	85	2	306	28	27	18	25	1.98
72105655--72105879	49	4.5	49	85	2	270	29	26	18	25	1.98
72110157--72110201	22	2.0	22	100	0	90	35	24	22	17	1.95
72112384--72112486	35	2.9	35	82	0	134	42	16	10	30	1.82
72114168--72114194	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
72124377--72124532	27	5.8	27	81	6	129	37	22	8	31	1.85
72124508--72124581	27	2.7	28	75	10	82	39	22	4	33	1.73
72124564--72124758	27	7.2	27	87	2	248	36	18	21	23	1.95
72125093--72125152	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
72125271--72125349	6	12.8	6	72	15	63	20	18	13	46	1.83
72125271--72125349	31	2.5	31	87	0	113	20	18	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72125324--72125358	18	1.9	18	88	0	52	20	20	14	45	1.85
72127303--72127505	27	7.5	27	87	1	264	40	20	6	32	1.79
72127303--72127566	81	3.3	81	82	7	243	38	21	7	32	1.82
72127303--72127552	27	9.3	27	80	6	163	40	20	7	31	1.81
72127326--72127614	27	10.7	25	78	7	130	38	21	7	32	1.82
72127603--72127760	54	2.9	54	89	0	246	37	18	20	23	1.94
72127606--72127791	27	7.0	27	85	1	223	36	18	20	24	1.95
72127606--72127790	53	3.5	53	87	0	244	36	17	21	24	1.94
72128425--72128621	55	3.7	53	77	3	151	37	19	23	19	1.94
72128425--72128628	53	3.8	54	76	5	155	36	18	23	21	1.95
72136885--72137064	49	3.7	49	85	4	245	25	13	28	32	1.94
72136880--72137064	99	1.9	99	93	0	316	24	14	28	31	1.95
72142134--72142217	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
72142030--72142261	49	4.7	49	82	5	295	24	17	27	30	1.97
72151336--72151398	6	10.3	6	74	16	58	19	17	14	49	1.80
72157788--72157897	48	2.3	48	88	1	159	36	23	13	26	1.92
72159985--72160021	8	4.6	8	100	0	74	13	0	51	35	1.41
72160258--72160292	3	11.3	3	87	6	52	0	31	0	68	0.90
72168618--72168642	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
72174945--72175010	34	1.9	34	93	0	114	33	30	3	33	1.73
72178499--72178550	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
72184670--72184696	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72185189--72185358	43	4.0	43	78	3	164	32	24	15	27	1.95
72199094--72199401	40	7.7	40	92	2	521	25	21	27	25	1.99
72207282--72207625	40	8.7	40	91	3	565	25	21	27	25	2.00
72207282--72207625	119	2.9	119	93	2	561	25	21	27	25	2.00
72207282--72207658	159	2.4	158	90	3	582	25	21	27	25	2.00
72213233--72213333	50	2.0	50	100	0	202	39	13	7	38	1.74
72214752--72214803	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
72214979--72215360	40	9.6	40	82	6	332	25	27	22	25	2.00
72217211--72217289	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97
72217408--72217845	47	9.2	47	93	2	718	29	29	8	32	1.87
72217408--72217845	96	4.6	96	93	3	726	29	29	8	32	1.87
72223862--72224034	43	4.0	43	78	14	169	28	27	19	24	1.99
72226455--72226616	38	4.3	38	92	2	272	22	30	24	23	1.99
72231068--72231382	48	6.6	48	76	12	235	27	18	30	24	1.98
72231065--72231383	96	3.4	94	82	7	355	27	18	30	24	1.98
72237210--72237395	67	2.8	66	83	8	218	33	16	27	22	1.96
72242720--72242900	39	4.7	39	72	5	143	18	30	16	34	1.93
72242718--72242900	77	2.4	78	82	2	226	18	30	16	34	1.93
72246358--72246454	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
72247345--72247533	81	2.3	81	88	1	263	28	14	17	39	1.89
72247333--72247514	27	6.7	27	78	0	157	31	13	17	37	1.88
72247856--72247928	18	4.1	18	85	3	85	20	19	15	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72250592--72250776	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
72250593--72250776	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
72250645--72250809	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
72258541--72258723	39	4.6	40	80	10	198	25	22	27	24	2.00
72258593--72258756	79	2.1	78	84	5	206	26	21	26	25	1.99
72263335--72263491	43	3.7	43	92	0	269	12	22	33	31	1.92
72263316--72263504	86	2.2	85	90	1	290	14	22	33	30	1.93
72264984--72265028	20	2.2	20	88	7	65	37	24	28	8	1.86
72274637--72274689	26	2.2	23	90	10	79	45	15	0	39	1.46
72278215--72278286	35	2.1	34	86	2	99	38	27	4	29	1.75
72279327--72279490	42	3.9	42	83	4	195	30	23	14	31	1.94
72281330--72281557	111	2.1	111	96	0	420	32	18	9	40	1.82
72286617--72286736	43	2.9	41	78	8	116	25	21	24	28	1.99
72286617--72286775	85	1.9	85	80	5	187	27	20	23	28	1.99
72291379--72291434	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
72291375--72291434	20	3.0	20	97	0	111	35	11	20	33	1.88
72291484--72291661	24	7.4	24	88	0	257	28	21	23	26	1.99
72293438--72293556	43	2.8	43	84	5	143	26	17	26	29	1.98
72309249--72309303	29	1.9	29	92	3	94	34	27	23	14	1.94
72310638--72310685	23	2.1	23	100	0	96	37	12	12	37	1.81
72312045--72312096	20	2.6	20	81	0	59	42	15	7	34	1.75
72315272--72315396	45	2.8	45	82	4	146	28	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72316856--72316887	6	4.9	7	92	7	50	15	0	0	84	0.63
72317744--72317831	21	4.0	23	73	14	78	39	22	21	15	1.91
72392982--72393020	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
72393483--72393572	28	3.2	27	79	7	92	32	24	24	18	1.97
72393678--72393742	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
72404796--72404979	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
72404796--72404976	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
72404796--72405038	40	6.1	39	76	12	122	24	20	27	26	1.99
72412688--72412871	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
72412688--72412868	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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