genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  248  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80510212--80510377	45	3.7	44	90	6	246	25	15	31	27	1.96
80510212--80510377	89	1.9	89	91	2	271	25	15	31	27	1.96
80521666--80521777	43	2.6	43	81	2	136	34	27	15	22	1.94
80521883--80522019	47	2.9	47	97	0	256	37	16	9	36	1.81
80525762--80525850	19	4.8	19	91	8	157	37	11	14	37	1.82
80525762--80525850	35	2.4	37	90	9	146	37	11	14	37	1.82
80526142--80526176	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
80530564--80530736	46	3.7	46	80	13	210	31	28	19	21	1.97
80531144--80531203	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
80538093--80538263	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
80538088--80538260	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
80538669--80538729	30	2.0	30	87	3	86	31	24	8	36	1.85
80545378--80545527	44	3.6	42	84	10	200	24	26	26	24	2.00
80545378--80545531	40	3.7	42	84	10	208	24	25	25	25	2.00
80553388--80553519	39	3.4	39	82	4	158	25	24	25	25	2.00
80556098--80556186	27	3.3	27	91	0	142	43	24	14	16	1.86
80556098--80556200	27	3.8	27	83	5	118	45	21	13	19	1.84
80556180--80556242	27	2.3	27	76	15	67	44	17	7	30	1.77
80556194--80556280	27	3.3	26	82	9	104	41	14	16	27	1.87
80557785--80557835	24	2.1	24	100	0	102	52	3	7	35	1.49
80569170--80569303	54	2.4	56	86	7	202	25	15	24	34	1.95
80578390--80578458	31	2.2	31	97	2	129	37	27	5	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80585693--80585774	42	2.0	42	85	9	114	13	26	34	25	1.93
80592275--80592429	45	3.4	45	82	1	186	21	23	20	34	1.96
80592284--80592426	23	6.3	23	77	10	134	22	23	19	34	1.97
80596202--80596235	17	1.9	18	94	5	61	38	0	41	20	1.53
80596871--80596933	31	2.0	31	93	0	108	44	9	3	42	1.52
80599718--80599780	31	2.0	31	93	0	108	50	17	6	25	1.69
80600953--80601011	25	2.4	24	80	2	64	47	11	5	35	1.62
80611959--80611983	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
80616121--80616228	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
80617848--80617924	27	2.9	27	90	5	113	18	25	22	33	1.96
80617848--80617951	27	3.9	26	82	9	104	21	24	20	34	1.96
80621035--80621081	22	2.1	22	96	0	85	31	31	10	25	1.90
80630420--80630471	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
80630510--80630569	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
80632023--80632136	31	3.7	31	95	2	196	27	26	17	28	1.98
80632160--80632251	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
80632398--80632467	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
80633277--80633378	27	3.7	26	71	13	80	24	19	18	37	1.94
80633386--80633437	27	1.9	27	84	7	70	34	11	17	36	1.86
80633396--80633503	27	3.9	27	77	13	87	34	7	15	42	1.75
80633487--80633642	54	2.9	54	83	5	174	28	10	20	40	1.85
80633487--80633642	81	1.9	81	81	10	185	28	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80633487--80633609	27	4.6	27	88	2	176	28	8	21	40	1.84
80633644--80633837	81	2.4	81	89	3	284	37	8	26	27	1.85
80633644--80633825	27	6.7	27	87	1	249	37	7	25	29	1.84
80635438--80635463	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
80641367--80641399	16	2.1	16	88	11	50	54	0	0	45	0.99
80649627--80649770	41	3.5	41	83	0	173	34	29	13	22	1.93
80654116--80654142	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
80658389--80658673	48	5.9	48	88	0	356	33	26	18	21	1.96
80664643--80664728	45	1.9	45	90	0	136	29	13	22	34	1.93
80671302--80671357	22	2.6	22	80	2	60	35	8	14	41	1.77
80678592--80678642	19	2.7	19	84	0	66	13	35	25	25	1.93
80687710--80687846	60	2.3	60	82	8	154	27	16	27	29	1.97
80689815--80689839	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
80692147--80692274	33	3.9	32	73	6	94	32	17	25	24	1.97
80695274--80695354	29	2.8	29	74	10	76	32	9	3	54	1.51
80699333--80699551	40	5.5	40	78	5	214	27	27	21	24	1.99
80699333--80699550	80	2.8	78	88	2	312	27	27	21	24	1.99
80707384--80707602	40	5.5	40	78	5	214	27	27	21	24	1.99
80707384--80707601	80	2.8	78	88	2	312	27	27	21	24	1.99
80713622--80713772	73	2.1	73	98	0	293	29	10	17	42	1.83
80717742--80717861	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
80718987--80719211	40	5.7	40	85	5	278	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80720710--80720738	9	3.3	9	95	4	51	51	0	0	48	1.00
80721698--80721753	10	6.0	10	76	17	50	32	1	3	62	1.23
80721708--80721751	8	5.1	8	79	15	52	31	2	2	63	1.19
80721695--80721753	27	2.2	28	82	14	79	30	1	3	64	1.20
80722298--80722407	26	4.2	26	94	2	168	34	5	23	36	1.78
80726785--80727155	96	3.8	96	84	5	460	28	28	15	27	1.96
80726789--80727155	147	2.5	144	84	3	461	28	28	15	27	1.96
80726785--80727158	48	7.7	48	84	3	401	28	28	15	27	1.96
80731242--80731335	36	2.6	36	81	1	109	41	13	10	34	1.79
80731220--80731334	18	6.3	18	69	4	79	40	14	10	33	1.80
80731539--80731629	47	1.9	47	88	0	137	41	25	16	16	1.89
80737457--80737507	18	2.8	18	78	0	57	41	11	7	39	1.71
80737453--80737537	36	2.4	36	80	2	91	42	11	8	37	1.72
80737546--80737613	18	3.7	19	76	5	68	45	14	8	30	1.76
80737729--80737849	53	2.3	53	88	2	172	42	21	17	18	1.89
80739236--80739296	29	2.1	29	100	0	122	47	6	6	39	1.55
80740558--80740590	15	2.1	16	88	5	50	48	0	3	48	1.17
80740865--80740943	38	2.0	40	92	4	135	51	12	6	29	1.64
80741754--80741782	14	2.1	14	100	0	58	79	0	6	13	0.93
80745227--80745278	23	2.3	23	89	0	86	28	9	25	36	1.87
80749641--80749681	21	2.0	21	95	0	73	26	29	17	26	1.97
80750525--80750554	13	2.2	14	94	5	53	73	6	0	20	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80755427--80755503	38	2.0	38	94	0	136	41	7	23	27	1.81
80756548--80756673	57	2.2	57	81	5	139	27	13	23	34	1.93
80767627--80767657	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
80772719--80772748	15	2.1	14	93	6	51	60	13	0	26	1.34
80773336--80773381	23	2.0	23	91	0	74	36	6	15	41	1.73
80788292--80788340	16	2.9	18	76	11	50	53	0	2	44	1.12
80788089--80788435	173	2.0	173	98	0	676	57	4	13	24	1.54
80789294--80789432	39	3.6	39	76	7	140	27	18	24	29	1.98
80795175--80795212	19	2.0	19	100	0	76	26	10	10	52	1.68
80796095--80796143	13	3.8	13	86	2	64	38	6	24	30	1.80
80796083--80796143	26	2.4	26	78	8	72	39	6	22	31	1.80
80808881--80808943	20	3.2	20	69	13	58	12	6	46	34	1.68
80818237--80818302	25	2.6	25	87	0	96	48	22	10	18	1.78
80821343--80821407	31	2.1	31	86	8	89	21	9	18	50	1.74
80827125--80827171	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
80827522--80827914	50	7.8	50	77	4	358	26	17	25	30	1.97
80827676--80827759	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
80827573--80827754	101	1.8	101	91	0	301	25	18	26	30	1.98
80827522--80827914	151	2.6	151	88	2	536	26	17	25	30	1.97
80827724--80827913	101	1.9	101	86	2	274	26	17	25	30	1.98
80828116--80828147	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
80828471--80828810	180	1.9	180	88	0	518	39	9	18	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80830966--80831140	28	6.2	28	75	10	128	33	17	20	28	1.95
80830967--80831142	84	2.1	84	82	4	212	33	17	20	28	1.95
80836583--80836652	27	2.6	27	79	0	86	30	24	27	18	1.98
80838069--80838240	45	3.8	44	86	6	220	24	16	31	27	1.97
80842974--80843004	9	3.4	9	95	0	53	45	25	6	22	1.76
80843713--80843742	6	5.0	6	95	0	51	80	0	0	20	0.72
80845003--80845042	21	2.0	20	90	5	62	62	2	10	25	1.39
80845838--80846829	496	2.0	496	95	0	1788	24	18	22	33	1.97
80852434--80852590	43	3.7	42	80	7	147	29	24	20	24	1.99
80852434--80852590	86	1.8	85	81	9	194	29	24	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290