genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85138968--85139019	20	2.6	20	84	6	70	42	3	3	50	1.39
85139018--85139067	7	7.4	7	76	15	52	26	2	0	72	0.96
85139012--85139062	17	3.0	17	77	5	50	29	1	0	68	1.00
85139023--85139085	19	3.2	20	84	6	67	23	4	0	71	1.05
85147322--85147347	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
85147370--85147419	9	5.6	9	79	9	57	34	6	12	48	1.65
85150735--85150760	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
85154093--85154134	16	2.6	16	100	0	84	33	14	30	21	1.93
85159111--85159163	23	2.3	23	93	0	88	67	1	1	28	1.11
85159355--85159395	7	5.9	7	100	0	82	58	12	0	29	1.34
85159362--85159419	14	4.1	14	88	4	53	53	6	10	29	1.61
85159419--85159447	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
85160982--85161022	18	2.3	18	91	0	64	56	0	2	41	1.13
85161425--85161451	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
85161427--85161460	13	2.5	13	90	4	50	52	2	0	44	1.16
85162806--85162847	17	2.4	18	80	15	52	66	0	2	30	1.04
85172182--85172273	46	2.0	46	97	0	175	32	10	18	38	1.86
85175968--85176018	25	2.0	25	100	0	102	39	11	23	25	1.89
85181793--85181844	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
85181610--85181876	105	2.6	105	92	2	441	18	20	30	29	1.97
85189170--85189220	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
85189092--85189314	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85189233--85189384	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
85191261--85191291	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
85191803--85191855	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
85193146--85193199	26	2.0	26	82	7	63	50	1	0	48	1.11
85195090--85195168	26	3.0	25	75	8	77	48	3	1	46	1.28
85195069--85195158	26	3.8	24	74	20	73	46	6	0	46	1.29
85199655--85199699	23	2.0	23	82	8	56	33	15	13	37	1.86
85199785--85199857	9	8.6	9	71	25	61	56	19	0	24	1.42
85199785--85199838	10	4.9	11	74	17	58	55	18	0	25	1.43
85199785--85199838	23	2.5	22	87	6	74	55	18	0	25	1.43
85202998--85203063	26	2.4	26	82	12	71	66	7	10	15	1.43
85204122--85204162	19	2.2	19	86	8	57	9	7	17	65	1.44
85208169--85208194	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
85209577--85209623	20	2.3	20	85	0	67	25	29	17	27	1.97
85213606--85213697	17	5.4	17	68	17	66	44	3	3	48	1.35
85213649--85213706	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
85213676--85213792	62	1.9	62	82	5	150	42	4	3	49	1.39
85223731--85223898	71	2.4	71	83	2	194	32	20	14	33	1.92
85225258--85225321	25	2.6	24	85	7	83	20	6	12	60	1.53
85225265--85225321	25	2.3	25	90	0	87	22	5	12	59	1.53
85226777--85226835	9	6.6	9	86	0	73	25	8	23	42	1.82
85227518--85227558	17	2.4	17	88	12	57	51	0	2	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85230264--85230393	46	2.8	48	79	14	155	28	26	20	23	1.99
85230262--85230409	46	3.2	46	73	13	144	28	28	19	23	1.98
85234521--85234738	46	4.7	46	82	10	284	29	27	20	22	1.98
85235153--85235212	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
85242141--85242270	46	2.8	48	79	14	155	28	26	20	23	1.99
85242139--85242286	46	3.2	46	73	13	144	28	28	19	23	1.98
85242688--85242747	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
85248582--85248720	27	5.2	27	89	2	183	29	21	8	40	1.83
85248705--85248921	54	4.0	54	83	3	233	40	19	9	30	1.83
85248705--85248890	81	2.3	81	83	7	243	41	19	9	30	1.82
85248705--85248921	27	8.1	27	78	8	210	40	19	9	30	1.83
85248712--85248920	81	2.6	82	84	6	232	41	20	8	29	1.82
85248911--85249124	27	8.0	27	84	1	250	36	18	19	25	1.94
85248910--85249106	107	1.8	107	87	2	288	38	18	18	24	1.93
85248900--85249125	54	4.2	54	82	3	287	38	17	19	25	1.93
85249327--85249421	25	3.8	25	92	0	145	27	24	23	25	2.00
85249327--85249434	25	4.4	25	86	8	109	29	22	23	25	1.99
85249325--85249446	50	2.4	50	82	5	149	27	23	22	25	2.00
85264358--85264442	30	2.8	29	81	13	109	23	37	0	38	1.55
85264541--85264598	30	2.0	29	83	10	73	22	37	0	39	1.54
85267879--85268062	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
85267879--85268062	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85271344--85271388	22	2.0	22	100	0	90	17	17	0	64	1.29
85275608--85276259	324	2.0	326	98	0	1254	30	18	13	38	1.89
85284045--85284069	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
85292625--85292672	24	2.0	23	92	4	78	29	4	29	37	1.76
85293579--85293624	12	3.6	12	81	16	56	21	0	0	78	0.76
85299482--85299511	9	3.2	9	95	4	51	56	0	0	43	0.99
85299651--85299691	19	2.2	19	86	0	55	29	14	29	26	1.95
85299927--85300060	62	2.2	59	86	5	189	41	2	5	50	1.40
85303803--85303968	43	3.9	42	82	3	161	25	16	24	33	1.96
85303803--85303968	87	1.9	86	81	6	201	25	16	24	33	1.96
85308592--85308618	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
85311404--85311443	21	2.0	21	90	5	64	67	5	2	25	1.23
85312346--85312375	8	3.6	8	95	4	51	63	0	0	36	0.95
85312932--85312979	19	2.4	20	80	16	55	27	2	10	60	1.41
85315933--85315957	6	4.2	6	100	0	50	52	32	0	16	1.44
85318593--85318625	5	6.6	5	86	13	50	81	3	15	0	0.80
85318656--85318683	7	4.0	7	100	0	56	28	28	14	28	1.95
85319678--85319732	20	2.7	20	80	11	67	60	1	0	38	1.08
85319678--85319734	11	5.5	11	72	19	50	59	1	0	38	1.08
85322751--85322788	4	9.5	4	83	11	51	23	2	0	73	0.95
85323053--85323107	21	2.8	21	79	17	64	38	0	3	58	1.16
85323997--85324067	34	2.1	34	100	0	142	29	16	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85327441--85327471	14	2.2	14	94	0	53	41	0	9	48	1.36
85328521--85328554	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
85329170--85329217	15	3.3	14	79	5	51	47	2	0	50	1.12
85329757--85329796	9	4.3	9	84	15	55	37	0	0	62	0.95
85339936--85340017	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
85340918--85340993	39	1.9	39	100	0	152	23	10	21	44	1.83
85343182--85344414	121	10.2	121	99	0	2385	43	4	5	46	1.45
85343415--85343571	30	5.2	30	62	22	78	44	3	4	47	1.39
85344363--85344397	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
85344562--85344652	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
85344633--85344701	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
85344633--85344701	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
85346205--85346249	23	2.0	23	90	0	72	42	4	4	48	1.43
85350967--85351114	18	8.3	18	84	5	185	34	12	15	37	1.86
85350975--85351115	35	4.0	35	90	0	219	34	13	14	36	1.86
85352481--85352625	43	3.4	43	76	7	134	27	23	17	31	1.97
85353896--85353920	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
85356922--85356966	23	2.0	23	95	0	81	17	8	20	53	1.70
85361393--85361444	10	5.1	10	80	11	52	57	3	0	38	1.17
85361402--85361445	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
85374426--85374475	22	2.2	23	89	3	75	50	4	2	44	1.32
85376342--85376380	20	2.1	18	90	9	60	30	0	5	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85376312--85376381	15	4.2	15	73	19	50	34	1	2	61	1.20
85376606--85376640	16	2.2	16	94	0	61	31	20	0	48	1.50
85377769--85377816	15	3.0	16	82	8	62	41	0	4	54	1.20
85377770--85377820	17	3.1	16	76	18	52	43	0	1	54	1.11
85378008--85378056	20	2.6	18	75	15	53	53	2	0	44	1.12
85379097--85379129	16	1.9	18	88	11	52	39	0	6	54	1.25
85379180--85379314	67	2.0	68	97	1	254	40	1	2	55	1.24
85379187--85379290	32	3.2	32	71	22	106	41	0	2	54	1.21
85379210--85379313	32	3.2	31	73	18	111	38	0	1	58	1.16
85379347--85379410	32	1.9	35	81	9	80	39	0	6	54	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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