genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  67  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20315106--20315141	17	2.1	17	94	0	63	41	5	8	44	1.58
20315306--20315340	17	2.1	17	100	0	70	11	28	34	25	1.91
20315323--20315390	27	2.5	27	85	0	82	11	35	27	25	1.91
20316988--20317204	93	2.3	92	86	5	296	20	22	14	42	1.88
20316976--20317204	46	5.0	46	84	4	282	21	22	14	41	1.89
20323570--20323620	22	2.3	22	100	0	102	39	19	23	17	1.92
20324854--20325123	46	5.8	46	92	1	353	21	23	13	41	1.88
20327221--20327268	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
20328921--20328967	16	3.1	16	75	25	57	19	0	14	65	1.26
20328977--20329005	15	1.9	15	100	0	58	20	0	10	68	1.18
20328944--20329084	41	3.5	40	81	14	168	31	4	12	51	1.59
20329060--20329094	16	2.1	17	89	5	54	25	0	11	62	1.28
20330617--20330657	21	1.9	22	85	5	57	31	7	24	36	1.83
20334586--20334662	31	2.3	33	80	17	88	50	10	0	38	1.37
20334604--20334664	31	1.9	32	90	9	99	49	9	0	40	1.36
20334742--20334806	32	2.1	32	83	11	82	47	4	3	44	1.39
20336103--20336183	32	2.5	33	83	2	101	17	16	43	23	1.88
20338384--20338427	13	3.5	12	87	6	61	31	2	2	63	1.19
20338373--20338643	131	2.1	129	90	1	416	29	5	7	57	1.51
20338504--20339757	150	8.3	151	91	2	1862	29	6	7	57	1.51
20339420--20339458	13	3.2	13	82	10	55	23	5	5	66	1.32
20339420--20339470	24	2.1	25	85	3	68	25	5	5	62	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20339792--20339866	17	4.6	16	74	12	71	21	4	2	72	1.14
20340304--20340344	20	2.0	21	95	4	75	0	31	0	68	0.90
20340298--20340345	15	3.0	17	80	20	59	0	35	0	64	0.94
20354819--20354848	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
20355603--20355655	18	2.9	18	91	0	88	32	26	15	26	1.95
20357289--20357322	16	2.1	17	88	5	52	35	17	5	41	1.74
20363501--20363571	16	4.4	16	85	3	90	36	5	25	32	1.79
20363500--20363571	32	2.2	32	87	4	110	37	5	25	31	1.79
20363557--20363646	44	2.0	46	89	4	139	33	5	25	35	1.79
20363818--20363850	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
20364355--20364388	17	1.9	18	94	5	61	35	20	14	29	1.93
20364396--20364640	40	6.1	40	92	0	382	33	16	9	40	1.81
20364392--20364640	120	2.1	120	95	0	444	32	16	9	40	1.81
20379289--20379644	131	2.7	130	84	0	361	33	17	18	30	1.94
20385982--20386025	21	2.1	21	83	8	54	31	13	0	54	1.39
20389754--20389778	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
20392595--20392633	19	2.1	19	85	0	51	5	0	12	82	0.83
20398077--20398116	19	2.1	19	85	0	53	55	0	7	37	1.29
20398195--20398260	10	6.4	10	74	19	64	60	3	0	36	1.12
20398196--20398261	7	9.0	7	73	15	53	59	3	0	37	1.13
20398194--20398260	16	4.3	16	81	14	70	61	2	0	35	1.12
20399710--20400265	206	2.7	206	90	0	853	28	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20401145--20401169	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
20401145--20401178	9	3.8	9	88	0	50	0	14	0	85	0.60
20407053--20407301	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
20407052--20407301	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
20407396--20407427	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
20407639--20407696	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
20414642--20414890	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
20414641--20414890	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
20414985--20415016	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
20415228--20415285	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
20422424--20422463	19	2.1	19	85	0	53	55	0	7	37	1.29
20422540--20422663	26	4.9	24	68	20	76	63	3	2	30	1.23
20424078--20424111	17	1.9	18	88	5	52	61	0	5	32	1.20
20429316--20429475	51	3.2	50	90	1	239	29	22	15	33	1.94
20442531--20442577	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
20450715--20451011	130	2.3	130	84	3	373	32	17	19	30	1.95
20450715--20451570	89	9.4	89	73	10	510	33	16	19	30	1.94
20450715--20451570	44	18.8	44	71	10	457	33	16	19	30	1.94
20450892--20451155	139	1.9	138	81	2	323	32	16	21	29	1.95
20450715--20451556	185	4.6	185	76	9	518	33	16	19	30	1.94
20451068--20451537	96	5.0	96	79	5	431	35	16	18	29	1.93
20458066--20458100	14	2.4	15	90	4	54	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20458025--20458133	38	2.9	38	77	11	116	44	1	3	50	1.30
20459037--20459079	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
20459834--20459898	35	2.0	34	82	11	82	60	0	1	38	1.07
20462497--20462554	4	13.2	4	79	16	55	68	3	3	24	1.20
20462574--20462622	3	16.0	3	79	12	55	63	0	2	34	1.06
20464280--20464779	44	11.0	44	74	11	249	30	20	15	33	1.93
20464280--20464762	89	5.3	89	71	10	208	30	20	14	34	1.93
20464280--20464641	183	1.9	186	80	6	419	30	19	16	33	1.94
20464955--20464993	15	2.6	15	100	0	78	33	7	20	38	1.81
20465451--20465483	14	2.4	14	94	0	57	27	36	3	33	1.72
20476610--20476666	23	2.5	22	76	18	62	71	3	5	19	1.19
20476629--20476664	18	1.9	19	94	5	65	77	0	0	22	0.76
20479731--20479792	31	2.0	31	100	0	124	29	16	12	41	1.85
20480379--20480427	14	3.8	13	75	24	50	2	22	0	75	0.90
20480382--20480429	25	2.0	24	84	12	62	4	20	0	75	0.97
20481078--20481302	105	2.2	104	85	0	297	24	21	31	23	1.99
20482447--20482498	27	1.9	27	84	0	68	32	19	13	34	1.90
20484568--20484610	11	4.0	11	81	6	52	18	46	4	30	1.69
20485148--20485197	18	2.8	18	78	0	55	28	22	14	36	1.92
20489236--20489289	11	5.0	11	81	4	65	20	44	5	29	1.74
20490324--20490406	23	3.6	23	85	3	112	42	31	0	26	1.56
20491520--20491551	15	2.1	15	94	0	55	25	9	0	65	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20491910--20491962	27	2.0	27	88	0	79	30	5	5	58	1.44
20492217--20492311	22	4.2	22	69	18	70	32	0	8	58	1.28
20492217--20492265	20	2.3	22	86	6	66	34	0	4	61	1.15
20492193--20492265	22	3.3	22	75	12	62	34	1	2	61	1.19
20494101--20494236	59	2.3	59	92	1	227	52	8	4	35	1.51
20498601--20498640	14	2.9	14	85	3	55	35	10	0	55	1.34
20498698--20498759	23	2.7	24	69	25	60	50	1	1	46	1.20
20498952--20499046	31	3.1	30	80	5	102	37	12	8	41	1.74
20506566--20506614	21	2.3	21	85	0	62	30	0	0	69	0.89
20506577--20506621	21	2.1	21	83	0	54	33	0	0	66	0.92
20533401--20533550	61	2.5	61	81	9	168	41	14	14	30	1.85
20534731--20534761	14	2.2	14	100	0	62	35	16	6	41	1.74
20540463--20540495	16	2.1	16	94	0	57	21	0	9	69	1.15
20545414--20545475	29	2.1	29	81	0	70	12	19	20	46	1.83
20550622--20550672	16	3.3	15	74	17	50	50	0	1	47	1.12
20551003--20551043	18	2.3	19	83	12	59	41	2	7	48	1.44
20551182--20551287	32	3.5	30	72	20	94	47	6	1	44	1.40
20551214--20551314	28	3.5	27	72	19	78	44	4	2	47	1.40
20551177--20551304	60	2.1	60	88	0	184	44	7	2	46	1.43
20552194--20552218	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
20552880--20552939	30	2.0	30	93	0	102	56	11	1	30	1.45
20570776--20570814	6	7.2	6	88	11	50	0	17	12	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20571241--20571293	24	2.2	24	80	6	63	41	1	0	56	1.10
20571360--20571411	21	2.3	22	80	9	61	34	0	3	61	1.14
20574895--20574961	29	2.3	29	86	0	89	37	8	22	31	1.85
20574982--20575230	33	7.5	33	71	9	164	34	14	23	28	1.93
20578722--20578767	22	2.3	20	82	14	51	45	4	0	50	1.21
20579339--20579369	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
20584361--20584386	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
20584839--20584886	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
20585542--20585610	29	2.4	29	95	0	120	33	10	30	26	1.89
20585603--20585781	33	5.5	33	75	4	173	36	11	21	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290