genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25689211--25689247	7	5.6	7	93	3	51	24	2	16	56	1.53
25689181--25689280	33	3.2	33	64	25	90	24	12	18	46	1.82
25694960--25694998	16	2.5	16	87	4	53	51	5	0	43	1.24
25695979--25696035	18	3.0	19	73	12	55	63	0	1	35	1.05
25696105--25696138	17	1.9	18	94	5	61	38	2	0	58	1.13
25696094--25696120	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
25697737--25697792	25	2.2	25	93	0	94	44	17	12	25	1.84
25698908--25699018	5	22.0	5	79	13	77	55	3	0	40	1.17
25698918--25699022	29	3.5	29	75	20	94	54	3	0	41	1.18
25706026--25706136	33	3.4	33	78	2	98	33	3	42	20	1.70
25706248--25706397	51	2.9	51	85	2	194	32	10	22	34	1.87
25711353--25711382	14	2.1	14	93	0	51	30	3	0	66	1.07
25713110--25713153	23	1.9	23	95	0	79	25	15	20	38	1.92
25713486--25713531	16	2.8	16	86	6	56	28	4	28	39	1.76
25713939--25713977	20	2.0	20	94	0	69	51	12	7	28	1.67
25713948--25713992	20	2.2	20	84	7	56	48	13	8	28	1.72
25717480--25717751	143	1.9	143	83	3	345	42	9	13	35	1.76
25717979--25718025	17	2.9	15	80	20	58	29	0	0	70	0.88
25718333--25718361	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25726101--25726137	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
25729339--25729608	46	5.8	45	75	10	176	24	19	31	24	1.98
25732372--25732408	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25736175--25736218	3	14.7	3	95	0	61	27	34	0	38	1.57
25736273--25736367	45	2.1	45	96	0	172	21	18	15	44	1.87
25736282--25736377	45	2.1	45	90	0	147	22	19	14	42	1.88
25739037--25739075	15	2.5	15	83	4	51	58	2	5	33	1.33
25744650--25744779	47	2.8	47	85	0	161	23	14	27	33	1.94
25749996--25750116	59	2.1	59	96	0	224	33	4	7	54	1.47
25752847--25752951	26	4.2	26	87	7	162	36	22	7	33	1.83
25752847--25752942	49	2.0	49	95	0	174	36	21	8	33	1.84
25760024--25760131	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25767228--25767335	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25770784--25770813	15	2.0	15	100	0	60	20	46	13	20	1.83
25773513--25773545	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
25776026--25776061	13	3.0	13	80	19	51	72	0	5	22	1.05
25781416--25781501	5	17.2	5	81	4	84	44	17	2	36	1.62
25781404--25781501	20	4.9	20	80	5	90	43	17	3	35	1.64
25781390--25781492	30	3.6	29	80	12	124	46	16	2	33	1.62
25781410--25781501	25	3.5	25	77	13	103	44	17	3	34	1.65
25785208--25785373	27	6.1	27	76	5	138	19	27	17	35	1.94
25785784--25785829	15	3.4	15	72	27	57	34	28	0	36	1.58
25785781--25785833	25	2.1	25	100	0	106	37	28	0	33	1.58
25788580--25788622	21	2.0	22	90	4	70	30	0	25	44	1.55
25788668--25788736	35	2.0	35	88	5	104	18	2	36	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25788757--25788825	8	9.1	8	70	12	56	21	0	43	34	1.53
25788765--25788829	15	4.4	15	77	11	71	23	0	40	36	1.55
25788758--25788836	22	3.6	22	100	0	158	21	0	40	37	1.54
25788725--25788839	7	16.1	7	76	6	97	20	0	38	41	1.52
25789121--25789343	114	2.0	113	81	2	259	28	15	23	32	1.95
25791120--25792053	321	2.9	320	92	3	1565	31	9	7	51	1.62
25791120--25792053	162	5.8	160	93	2	1556	31	9	7	51	1.62
25792021--25792075	15	3.7	15	82	4	76	47	0	0	52	1.00
25792019--25792082	29	2.2	29	100	0	128	46	0	0	53	1.00
25791857--25792232	191	2.0	192	97	0	718	33	9	6	50	1.60
25792247--25792300	27	2.0	27	96	0	99	50	12	0	37	1.41
25792287--25792322	9	4.0	9	88	0	54	44	22	0	33	1.53
25794339--25794621	18	15.3	18	72	12	180	37	14	12	36	1.84
25794326--25794621	36	8.0	36	73	11	206	37	14	11	35	1.83
25794339--25794621	54	5.1	55	75	11	220	37	14	12	36	1.84
25794732--25794837	47	2.3	47	90	1	160	41	23	19	15	1.89
25794752--25794847	47	2.0	47	94	4	167	40	23	20	14	1.90
25794816--25794928	56	2.0	56	87	3	165	43	21	17	17	1.88
25794879--25794911	6	5.5	6	100	0	66	48	15	18	18	1.81
25800660--25800709	21	2.4	21	86	6	66	42	18	40	0	1.50
25801225--25801331	43	2.5	43	83	1	135	26	19	23	30	1.98
25805306--25805361	26	2.2	26	100	0	112	42	7	16	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25806755--25806808	27	2.0	27	96	0	99	27	3	12	55	1.54
25810640--25810693	21	2.6	21	78	0	63	35	25	25	12	1.92
25811558--25811593	18	2.0	18	94	0	63	61	0	8	30	1.26
25821310--25821365	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
25824309--25824471	82	2.0	83	91	3	267	36	16	21	25	1.94
25830624--25830740	23	5.0	23	71	12	103	17	26	23	33	1.96
25830624--25830741	48	2.5	48	72	10	109	16	26	22	33	1.96
25832339--25832634	18	16.1	18	74	8	184	37	14	11	36	1.83
25832432--25832634	72	2.8	72	78	8	227	36	13	12	36	1.83
25834617--25834645	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
25834737--25834789	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
25842206--25842363	43	3.7	44	77	12	123	22	18	29	29	1.97
25843567--25843599	17	2.0	17	88	5	50	33	9	0	57	1.30
25843936--25844140	46	4.5	46	86	4	270	21	20	11	46	1.82
25844112--25844235	45	2.8	45	82	2	160	25	20	16	37	1.93
25847952--25847994	20	2.1	21	83	12	54	4	23	0	72	1.04
25853812--25854137	165	2.0	160	84	6	424	39	13	12	34	1.83
25870090--25870147	28	2.0	29	86	3	82	46	3	8	41	1.51
25870208--25870232	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
25874930--25874980	24	2.1	24	88	0	75	47	1	11	39	1.52
25878916--25878962	21	2.2	21	96	0	85	0	57	21	21	1.41
25884472--25884542	9	7.6	9	76	9	70	30	1	19	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25884723--25885678	241	4.0	241	94	3	1704	32	14	17	34	1.91
25884758--25885678	469	2.0	471	97	0	1738	32	14	18	34	1.91
25885811--25885860	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
25889392--25889481	42	2.2	40	82	9	103	21	16	20	42	1.89
25889658--25889709	21	2.5	21	90	6	79	46	36	0	17	1.48
25889646--25889731	28	3.1	28	78	5	86	45	33	1	19	1.58
25889707--25889771	21	3.1	21	75	16	55	50	35	1	12	1.49
25889996--25890034	7	5.6	7	87	0	60	53	28	2	15	1.55
25889996--25890053	14	4.1	14	81	0	53	53	31	1	13	1.50
25889996--25890047	21	2.5	21	83	0	59	51	32	1	13	1.52
25890432--25890495	14	4.5	13	78	9	56	46	32	0	20	1.51
25890468--25890502	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
25890420--25890504	28	3.0	29	76	10	77	48	30	1	20	1.57
25897327--25897517	47	3.9	47	83	6	197	24	17	28	29	1.97
25897329--25897536	93	2.1	97	80	10	230	25	16	28	29	1.97
25900344--25900395	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
25904077--25904182	5	20.6	5	74	12	81	22	3	0	72	1.06
25904108--25904181	27	2.6	30	85	8	100	22	2	1	72	1.04
25904082--25904210	57	2.2	57	82	6	136	24	4	2	68	1.21
25906135--25906168	10	3.4	10	91	0	50	26	5	0	67	1.13
25909374--25909447	36	2.1	36	97	0	139	43	20	10	25	1.84
25910682--25910749	9	7.4	9	73	14	50	66	1	4	27	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25910984--25911069	44	1.9	45	90	2	138	38	9	4	47	1.56
25911394--25911474	31	2.6	31	88	0	117	28	16	14	40	1.88
25913091--25913136	11	3.9	12	77	13	51	23	8	0	67	1.18
25913086--25913136	23	2.3	22	83	10	59	23	7	0	68	1.15
25913308--25913352	13	3.5	14	77	17	53	31	8	0	60	1.28
25917626--25917659	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
25918348--25918386	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
25925540--25925587	20	2.3	20	76	13	53	52	6	2	39	1.39
25926235--25926296	30	2.1	30	93	0	106	41	9	14	33	1.79
25928580--25928653	30	2.4	31	90	6	114	55	1	0	43	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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