genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15782731--15782788	31	2.0	28	86	10	80	67	5	1	25	1.21
15787485--15787529	20	2.2	20	84	7	56	26	4	8	60	1.46
15808843--15808891	17	2.7	18	78	21	57	34	2	4	59	1.28
15808945--15809011	36	2.0	32	82	11	80	59	1	5	32	1.31
15809435--15809460	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
15810615--15810664	24	2.1	24	82	14	59	24	4	2	70	1.15
15810972--15811000	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
15811134--15811208	37	2.0	37	100	0	150	26	14	8	50	1.70
15811984--15812325	131	2.6	131	80	5	386	26	19	20	33	1.96
15816383--15816492	44	2.5	44	95	0	202	31	21	14	31	1.94
15824072--15824232	51	3.2	51	97	0	295	31	22	12	33	1.91
15827059--15827096	9	4.1	9	90	6	58	73	0	0	26	0.83
15827197--15827262	32	2.1	31	91	2	105	54	4	18	22	1.61
15827982--15828031	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
15828045--15828082	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
15830981--15831251	3	91.3	3	79	5	248	63	1	5	28	1.28
15832850--15832904	21	2.7	21	78	13	60	54	0	5	40	1.23
15836417--15836463	25	1.9	24	91	4	76	17	19	12	51	1.77
15837300--15837446	40	3.7	40	79	0	177	34	17	21	27	1.95
15837478--15837663	99	1.9	99	85	0	255	33	18	19	28	1.96
15837960--15838146	14	13.2	14	73	10	121	21	0	32	45	1.56
15837961--15838064	28	3.7	28	88	3	147	24	0	28	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15837960--15838089	7	18.4	7	71	10	77	23	0	27	47	1.57
15838078--15838203	57	2.2	57	82	0	144	19	1	37	41	1.62
15838951--15839237	112	2.5	110	79	7	308	26	14	21	37	1.92
15839026--15839296	115	2.4	113	79	6	280	28	15	22	33	1.94
15841020--15841091	16	4.5	16	89	0	99	37	6	27	27	1.82
15848478--15848708	42	5.4	43	83	6	267	27	16	25	29	1.97
15848478--15848708	85	2.7	85	84	5	297	27	16	25	29	1.97
15848915--15848947	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
15849072--15849130	30	2.0	30	89	0	91	62	6	1	28	1.30
15849163--15849192	14	2.1	14	93	0	51	53	13	13	20	1.72
15854915--15854952	6	6.5	6	81	6	51	0	0	21	78	0.74
15854915--15854955	11	3.6	11	93	3	64	0	0	21	78	0.76
15854915--15854991	22	3.5	22	76	1	64	9	3	16	70	1.29
15854927--15854993	11	6.1	11	83	0	53	11	4	16	67	1.38
15864014--15864301	89	3.3	89	89	1	402	24	23	19	31	1.98
15864013--15864486	89	5.3	90	76	8	357	24	22	20	32	1.98
15879363--15879438	38	2.0	38	100	0	152	34	23	21	21	1.97
15881885--15881912	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
15884680--15884709	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
15886878--15886919	22	1.9	22	95	0	75	30	7	2	59	1.37
15889648--15889943	36	8.5	36	69	11	152	37	14	11	35	1.83
15889741--15889931	18	10.6	18	75	10	167	38	16	11	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15889741--15889937	54	3.7	53	77	7	209	38	16	11	34	1.84
15889742--15889943	72	2.8	71	82	5	237	38	15	11	34	1.84
15892328--15892444	47	2.5	47	87	2	164	41	23	19	14	1.89
15892473--15892497	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
15894026--15894070	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
15894972--15895029	29	2.0	29	93	0	98	31	3	27	37	1.73
15894978--15895037	29	2.1	29	87	6	86	33	6	21	38	1.80
15895108--15895161	19	2.7	21	75	16	60	42	1	1	53	1.22
15898383--15898700	48	6.6	49	79	9	289	24	28	18	27	1.98
15898427--15898703	96	2.9	94	83	5	342	24	29	19	27	1.98
15898383--15898713	144	2.3	144	84	4	425	25	28	18	27	1.98
15904992--15905066	20	4.1	18	78	17	75	29	1	2	66	1.13
15904877--15905066	3	64.7	3	72	16	105	25	4	4	65	1.29
15905166--15905202	17	2.2	16	90	4	56	21	13	0	64	1.27
15907704--15907852	46	3.2	46	80	4	165	35	17	24	22	1.95
15908247--15908375	44	2.9	43	81	4	150	32	15	21	30	1.94
15908251--15908931	185	3.7	185	85	2	839	30	18	21	29	1.97
15908444--15908929	87	5.3	86	70	14	278	30	17	22	29	1.97
15910286--15910403	28	4.2	29	75	15	106	33	4	0	61	1.15
15910321--15910524	25	8.1	25	67	20	79	25	4	2	66	1.26
15910286--15910573	3	96.0	3	70	16	152	28	4	3	63	1.29
15911231--15911273	22	1.9	22	81	13	52	48	9	16	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15912879--15913025	27	5.5	27	70	4	82	38	21	9	30	1.85
15912879--15913032	53	2.9	53	79	2	166	37	20	9	31	1.85
15912897--15913295	27	14.8	26	76	8	117	35	19	9	35	1.84
15912997--15913195	54	3.7	54	81	0	209	31	20	8	39	1.82
15913009--15913204	81	2.4	81	83	1	250	33	18	8	39	1.81
15912951--15913261	54	5.8	54	77	6	170	34	18	9	37	1.83
15913171--15913296	54	2.3	54	81	9	141	40	18	8	32	1.81
15913281--15913476	27	7.3	27	87	0	248	35	16	21	26	1.95
15913254--15913458	54	3.8	54	82	6	170	36	17	19	27	1.94
15913679--15913748	25	2.8	25	91	0	104	28	24	22	24	1.99
15913679--15913761	25	3.4	25	82	11	75	31	21	22	24	1.98
15913970--15914052	31	2.7	30	87	7	123	30	14	25	30	1.95
15915961--15915994	18	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
15916748--15916861	37	3.0	36	76	14	129	46	0	1	51	1.11
15916858--15916927	24	3.0	23	76	19	65	32	0	1	65	1.01
15920519--15920576	30	1.9	30	96	0	107	56	1	5	36	1.32
15922770--15922820	17	3.2	16	88	5	68	49	1	5	43	1.38
15925390--15925443	28	1.9	28	84	0	72	61	5	1	31	1.30
15929782--15929810	14	2.1	14	100	0	58	6	24	34	34	1.82
15933356--15933394	19	2.1	19	100	0	78	58	15	10	15	1.62
15936192--15936280	44	2.0	44	93	0	151	47	20	8	23	1.78
15948232--15948280	21	2.3	21	89	6	73	20	30	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15949550--15949655	42	2.5	41	86	8	142	33	15	20	31	1.93
15949560--15949713	42	3.6	42	82	3	130	31	16	22	29	1.96
15951688--15951765	3	26.0	3	82	10	70	25	2	6	65	1.29
15951700--15951765	30	2.2	30	88	0	96	24	3	7	65	1.33
15958177--15958227	24	2.1	25	85	10	70	27	0	11	60	1.31
15971814--15971965	44	3.4	44	90	1	223	33	13	23	29	1.93
15971814--15971984	88	1.9	89	81	4	209	33	14	23	28	1.94
15974309--15974619	44	7.0	44	79	7	288	31	15	22	30	1.95
15974329--15974558	89	2.6	88	78	5	239	32	15	23	29	1.95
15974307--15974617	133	2.3	133	78	5	333	32	15	21	30	1.95
15976360--15976403	6	7.0	6	82	7	52	77	0	20	2	0.88
15976360--15976391	13	2.5	13	95	5	57	78	0	21	0	0.76
15976360--15976403	13	3.5	12	84	6	52	77	0	20	2	0.88
15977359--15977501	45	3.2	45	82	6	157	22	16	17	43	1.88
15978933--15979005	24	3.0	24	87	0	110	12	45	4	38	1.61
15979794--15979818	8	3.1	8	100	0	50	0	16	24	60	1.36
15984099--15984165	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
15990878--15990914	19	1.9	19	94	0	65	35	29	8	27	1.85
15996003--15996064	22	2.8	22	77	0	70	19	25	16	38	1.92
16002204--16002270	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
16006164--16006201	7	5.4	7	100	0	76	28	42	0	28	1.56
16007858--16007892	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16008007--16008113	22	4.9	20	71	17	63	57	5	6	30	1.48
16008044--16008234	24	8.1	23	70	16	115	56	4	5	33	1.44
16008068--16008163	50	2.0	48	85	8	131	59	5	5	30	1.41
16008024--16008163	47	2.9	48	81	9	144	58	5	6	30	1.44
16008731--16008829	30	3.3	30	91	0	171	18	6	49	26	1.70
16009483--16009780	87	3.4	86	78	7	271	36	19	14	28	1.92
16009710--16010336	77	8.2	76	81	10	642	34	20	16	28	1.95
16009719--16010338	151	4.1	150	82	10	706	34	20	16	28	1.95
16009719--16010407	151	4.4	154	82	10	584	33	20	16	28	1.95
16010427--16010745	77	4.3	74	83	7	360	33	20	16	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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