genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8738253--8738693	133	3.3	133	90	2	669	27	26	18	27	1.98
8741674--8741934	133	2.0	133	92	0	432	27	25	19	27	1.99
8743159--8743209	13	3.9	12	83	16	66	0	19	0	80	0.71
8743156--8743209	15	3.3	18	76	23	57	0	20	0	79	0.73
8745746--8745802	19	3.0	19	97	0	105	45	15	17	21	1.85
8747360--8747640	132	2.1	132	82	6	329	35	18	18	27	1.94
8748632--8748874	24	10.0	24	89	3	335	27	19	23	29	1.98
8748651--8748874	98	2.3	96	90	3	351	27	19	22	30	1.98
8748923--8748969	20	2.3	20	96	0	85	36	19	10	34	1.86
8750486--8750559	34	2.2	34	100	0	148	14	31	21	32	1.94
8759120--8759176	16	3.4	16	78	9	60	29	1	3	64	1.20
8760065--8760161	28	3.4	28	88	1	131	49	7	16	26	1.71
8760122--8760462	126	2.7	126	92	0	565	38	15	17	28	1.90
8760426--8760501	39	1.9	39	100	0	152	38	22	21	18	1.94
8762291--8762650	46	7.8	46	88	1	427	19	23	15	42	1.89
8765899--8765931	13	2.5	13	95	0	57	36	6	27	30	1.81
8767855--8767938	30	2.8	30	79	0	105	14	13	39	33	1.84
8769387--8769439	24	2.2	23	83	12	63	67	3	0	28	1.07
8774447--8774499	5	9.6	5	88	11	61	81	1	0	16	0.79
8774447--8774499	6	9.3	6	93	2	76	81	1	0	16	0.79
8786420--8786482	32	2.0	30	82	11	74	47	1	7	42	1.42
8786420--8786482	31	2.0	31	82	11	76	47	1	7	42	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8786559--8786584	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8787695--8787930	132	1.8	129	82	9	309	37	16	19	26	1.93
8787642--8787994	130	2.7	130	73	11	306	35	18	18	26	1.95
8787905--8788223	135	2.4	132	80	6	358	31	19	21	27	1.97
8794728--8794760	14	2.3	15	85	15	52	51	6	3	39	1.42
8801741--8801816	39	2.1	38	90	9	122	46	2	22	28	1.65
8802990--8803107	59	2.0	59	88	3	175	44	8	5	41	1.57
8805434--8805504	31	2.3	30	90	4	106	23	2	9	63	1.39
8806466--8806641	91	1.9	91	81	5	214	25	19	15	39	1.91
8806530--8806726	91	2.2	89	79	8	202	23	18	18	39	1.92
8807909--8807952	23	2.0	23	86	4	63	45	6	15	31	1.73
8812633--8812664	14	2.4	13	90	10	55	25	0	0	75	0.81
8814799--8815163	46	8.0	46	88	2	466	41	13	22	21	1.89
8814810--8815163	137	2.6	138	87	0	458	41	14	22	21	1.89
8814802--8815163	183	2.0	184	85	3	489	41	14	22	21	1.89
8815444--8815476	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
8818953--8818977	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
8819596--8819629	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
8822977--8823025	20	2.5	20	82	0	53	53	6	8	32	1.55
8823777--8823808	15	2.2	15	94	5	57	25	0	3	71	1.00
8829634--8829702	34	2.0	34	100	0	138	49	5	5	39	1.51
8830732--8830756	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8833081--8833169	45	2.0	45	86	0	124	14	30	11	43	1.80
8835458--8835507	26	1.9	26	87	0	73	32	2	12	54	1.49
8841639--8841682	14	3.4	13	81	9	54	38	13	2	45	1.56
8841640--8841702	13	4.9	13	73	7	58	39	15	4	39	1.69
8849125--8849212	46	1.9	46	90	0	140	32	4	26	36	1.77
8851895--8851951	29	2.0	29	89	6	89	40	0	5	54	1.23
8851896--8851964	29	2.4	28	79	13	77	40	0	4	55	1.20
8863932--8863963	6	5.5	6	96	3	57	50	0	50	0	1.00
8870059--8870102	22	2.0	22	100	0	88	31	4	13	50	1.62
8870321--8870384	31	2.1	31	90	0	101	29	21	7	40	1.82
8884019--8884060	17	2.5	17	96	0	75	40	0	23	35	1.55
8886569--8886594	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
8902923--8902961	21	1.9	20	89	5	60	25	12	7	53	1.65
8909277--8909334	29	2.0	29	93	0	98	25	34	10	29	1.89
8909344--8909369	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
8918340--8918439	42	2.4	42	83	3	112	30	21	12	37	1.89
8924710--8924768	31	1.9	31	83	13	77	25	3	6	64	1.34
8924821--8924863	9	4.8	9	79	0	50	25	6	6	60	1.48
8924811--8924866	18	3.2	18	82	2	69	26	5	5	62	1.39
8928774--8928819	20	2.4	18	82	7	56	56	0	4	39	1.19
8928812--8928876	20	3.4	19	75	8	60	63	0	4	32	1.15
8928943--8928976	10	3.4	10	83	0	50	67	2	0	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8928931--8928985	20	2.7	20	86	11	67	69	7	0	23	1.14
8928941--8928985	20	2.2	20	96	0	81	68	6	0	24	1.13
8932460--8932501	21	2.0	20	86	4	57	14	11	23	50	1.76
8936077--8936117	20	2.0	20	85	0	55	21	7	0	70	1.11
8939481--8939522	18	2.3	19	84	12	52	19	2	4	73	1.12
8940254--8940281	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
8940275--8940309	13	2.5	14	90	9	54	51	0	2	45	1.16
8942823--8942879	25	2.3	25	93	0	96	22	28	14	35	1.93
8942823--8942892	25	2.8	25	86	4	79	24	25	17	32	1.96
8945764--8945896	38	3.4	38	84	4	160	31	25	22	20	1.98
8947475--8947508	17	2.0	17	94	0	59	41	8	8	41	1.67
8949693--8949747	20	2.9	19	75	17	60	60	1	1	36	1.18
8949687--8949747	18	3.3	18	76	14	61	59	1	1	37	1.17
8952426--8952602	87	2.0	87	86	0	246	31	24	12	31	1.92
8963867--8963921	28	2.0	28	88	0	83	25	20	32	21	1.97
8965295--8965341	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
8967316--8967374	25	2.4	25	86	5	77	11	27	25	35	1.91
8967436--8967504	23	3.0	23	87	4	86	14	28	24	31	1.95
8967929--8968077	46	3.3	46	82	2	167	43	14	20	20	1.87
8971127--8971198	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
8978479--8978525	20	2.4	19	77	16	51	36	0	0	63	0.94
8979159--8979221	30	2.1	30	88	11	94	57	9	4	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8979259--8979320	22	2.8	22	82	4	63	64	4	12	17	1.44
8979256--8979319	33	1.9	33	81	12	78	64	6	12	17	1.47
8988313--8988439	42	3.0	42	84	6	152	29	25	14	31	1.94
8988398--8988521	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
8988557--8988663	31	3.5	30	90	2	160	24	27	17	30	1.97
8988639--8988766	50	2.5	51	88	5	188	25	23	16	34	1.95
8992522--8992570	20	2.5	19	80	9	55	63	4	6	26	1.36
8997888--8998216	164	2.0	164	92	0	541	30	14	20	34	1.92
9001549--9001581	15	2.2	15	94	0	57	45	3	0	51	1.16
9005753--9005847	31	3.0	31	87	6	129	55	7	17	18	1.65
9006502--9006551	12	4.1	12	82	10	57	62	12	2	24	1.40
9010000--9010082	42	2.0	42	81	9	98	45	16	20	16	1.85
9011830--9011862	14	2.4	14	90	10	50	3	30	0	66	1.06
9017370--9017430	14	4.2	14	77	6	68	45	9	0	44	1.37
9017370--9017430	29	2.1	29	87	0	86	45	9	0	44	1.37
9018544--9018652	54	2.0	54	98	0	209	33	13	14	38	1.86
9019953--9020036	40	2.1	40	95	4	152	52	4	11	30	1.59
9021791--9021815	9	2.8	9	100	0	50	60	0	8	32	1.26
9023871--9023917	11	4.2	11	81	8	51	51	38	2	8	1.45
9032793--9033541	68	11.0	68	87	1	998	25	23	23	27	2.00
9034070--9034116	11	4.2	11	81	8	51	51	38	2	8	1.45
9034476--9034520	19	2.4	19	88	0	63	2	24	2	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9035486--9035517	13	2.6	12	90	9	55	15	3	0	81	0.82
9035547--9035588	18	2.3	18	100	0	84	14	21	14	50	1.78
9042714--9042784	18	4.1	17	72	16	65	67	9	0	22	1.20
9042681--9042780	20	5.3	19	70	13	64	67	9	1	23	1.25
9042702--9042787	19	4.6	18	70	15	68	68	8	0	23	1.16
9044322--9044392	36	2.0	36	81	10	83	56	11	7	25	1.59
9051558--9051610	26	2.0	26	82	7	63	69	3	3	22	1.20
9051929--9052055	43	2.9	44	73	19	115	64	1	7	26	1.28
9062647--9062674	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
9067127--9067190	18	3.0	22	69	23	55	46	3	4	45	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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