genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77613653--77613901	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
77613652--77613901	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
77613996--77614027	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
77614239--77614296	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
77615837--77615871	18	1.9	18	88	0	52	37	5	2	54	1.39
77615867--77616159	160	1.8	162	82	11	379	29	15	12	43	1.83
77616281--77616479	84	2.4	83	91	4	319	36	10	9	43	1.71
77616281--77616519	83	2.9	84	86	3	304	33	10	9	45	1.72
77617630--77618615	493	2.0	493	95	0	1785	34	10	17	36	1.85
77618605--77618630	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
77619286--77619414	67	1.9	68	96	1	242	33	12	27	26	1.92
77623387--77623484	29	3.1	30	64	27	76	23	17	17	41	1.89
77623370--77623500	65	2.0	65	98	0	253	25	15	17	41	1.88
77626846--77626870	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
77638625--77638662	20	1.9	20	89	10	60	31	0	13	55	1.38
77642762--77642806	16	2.8	16	89	0	72	44	17	22	15	1.86
77644788--77644895	26	4.2	26	92	0	171	34	7	22	36	1.82
77647039--77647122	38	2.2	39	93	4	145	29	8	16	45	1.77
77651927--77652034	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
77654730--77654803	26	2.9	26	77	13	82	33	20	16	29	1.94
77658149--77658211	30	2.1	30	87	0	90	60	12	1	25	1.42
77658245--77658271	14	1.9	14	100	0	54	51	14	11	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77659924--77660053	57	2.3	55	83	11	167	33	3	2	60	1.25
77659946--77660030	19	4.6	19	73	16	88	31	1	3	63	1.19
77659966--77660093	60	2.2	57	81	5	139	32	3	2	60	1.27
77660077--77660140	17	3.9	16	74	12	58	28	7	0	64	1.21
77661476--77661539	31	2.1	31	96	0	119	21	23	15	39	1.92
77661747--77661803	23	2.4	24	94	5	98	26	22	19	31	1.98
77661853--77661919	20	3.3	20	89	0	107	32	20	10	35	1.87
77661956--77662003	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
77670018--77670096	34	2.3	34	78	20	85	53	7	2	36	1.43
77670305--77670365	15	4.3	15	76	16	58	59	3	6	31	1.39
77670495--77670565	25	2.5	30	80	13	80	52	8	7	32	1.59
77671031--77671120	3	30.0	3	69	12	51	61	1	8	28	1.33
77673941--77674040	44	2.3	44	92	3	166	29	14	27	30	1.95
77673936--77674151	44	4.9	43	76	13	152	31	15	26	27	1.96
77674114--77674317	80	2.6	79	84	1	266	29	17	27	25	1.97
77675803--77675885	18	4.6	19	76	11	93	31	1	3	63	1.19
77675809--77675921	53	2.1	53	82	12	135	30	3	2	62	1.25
77675809--77675923	60	2.0	53	82	11	131	31	3	2	62	1.25
77675936--77676027	41	2.3	41	80	12	102	28	5	3	63	1.32
77677502--77677557	25	2.2	25	87	3	76	30	1	3	64	1.21
77678067--77678181	60	1.9	60	87	3	169	36	0	8	53	1.38
77680892--77681038	78	1.9	79	86	1	215	26	7	8	57	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77684206--77684275	27	2.6	27	86	0	86	31	32	18	17	1.94
77684458--77684493	16	2.2	16	95	0	63	47	5	13	33	1.67
77684611--77684644	15	2.4	15	90	9	54	73	0	0	26	0.83
77685222--77685260	19	2.1	19	90	4	62	56	5	0	38	1.22
77693636--77693687	27	1.9	27	96	0	95	42	0	13	44	1.44
77694365--77694407	18	2.4	18	84	7	52	39	13	30	16	1.87
77694376--77694413	18	2.1	18	90	0	58	39	13	31	15	1.86
77697095--77697140	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
77698899--77698928	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
77699325--77699375	18	2.8	18	74	14	50	23	3	5	66	1.30
77710455--77710606	53	3.0	51	83	7	184	45	19	22	12	1.84
77711583--77711612	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
77715442--77715592	68	2.3	64	81	10	162	29	15	28	26	1.96
77729968--77730013	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
77729984--77730032	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
77729987--77730044	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
77732926--77732985	31	1.9	31	100	0	120	43	20	23	13	1.86
77736440--77736599	64	2.5	64	89	2	230	38	5	9	46	1.60
77738806--77739023	111	2.0	110	90	2	348	54	7	5	33	1.50
77739711--77739751	20	2.0	20	86	9	57	0	39	0	60	0.96
77739707--77739754	15	3.5	15	75	18	59	0	39	0	60	0.97
77742881--77743011	46	2.8	46	86	2	165	31	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77747551--77747718	48	3.6	47	71	19	129	27	23	20	27	1.99
77754802--77754919	45	2.7	46	84	6	172	26	17	28	27	1.98
77755204--77755343	38	3.7	38	83	7	169	22	20	25	32	1.98
77755204--77755348	76	1.9	76	88	2	220	21	20	26	31	1.98
77755341--77755513	45	3.9	45	84	6	201	22	22	29	25	1.99
77758056--77758149	46	2.0	46	89	4	145	32	25	14	26	1.95
77761137--77761189	16	3.1	17	78	10	54	71	0	15	13	1.14
77775339--77775469	44	3.0	43	81	8	135	35	24	16	23	1.95
77775303--77775469	43	3.9	42	76	14	128	33	23	16	26	1.96
77780230--77780449	45	5.0	44	71	12	159	24	16	27	31	1.96
77789440--77789470	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
77792886--77792974	35	2.4	37	77	7	101	30	41	13	14	1.84
77797217--77797284	19	3.6	19	72	7	57	75	2	2	19	1.07
77797224--77797284	6	10.0	6	72	10	52	73	3	1	21	1.06
77800363--77800402	19	2.1	19	100	0	80	25	20	22	32	1.98
77800502--77800536	16	2.2	16	90	10	54	25	0	22	51	1.48
77804169--77804236	34	2.0	34	91	0	109	22	20	20	36	1.95
77804818--77804896	31	2.5	31	83	0	104	21	39	22	16	1.92
77813016--77813217	30	6.8	30	78	6	187	35	17	14	32	1.90
77813016--77813176	58	2.7	57	85	3	187	35	18	15	31	1.92
77813068--77813201	58	2.3	58	92	5	216	33	17	15	32	1.92
77831380--77831409	14	2.1	14	93	0	51	43	33	6	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77832585--77832625	17	2.3	19	84	12	52	46	17	2	34	1.61
77836390--77836491	28	3.6	29	80	4	100	31	21	25	21	1.98
77841849--77841949	28	3.6	28	81	4	105	31	17	25	24	1.97
77844694--77844737	20	2.0	22	87	12	65	47	0	0	52	1.00
77845868--77845909	22	2.0	22	85	4	59	7	9	2	80	0.97
77846010--77846056	21	2.2	22	88	11	71	42	0	4	53	1.20
77846027--77846164	37	3.9	37	76	10	135	38	0	3	57	1.16
77846221--77846267	20	2.3	20	82	10	60	23	8	0	68	1.17
77846430--77846462	13	2.3	15	85	15	52	24	0	0	75	0.80
77846434--77846469	14	2.6	14	91	4	56	27	0	0	72	0.85
77846415--77846467	18	2.9	18	85	0	70	24	3	0	71	1.02
77846504--77846614	37	3.2	35	75	14	113	33	1	4	60	1.27
77846816--77846952	33	4.0	34	81	7	154	36	0	2	60	1.12
77846875--77846920	22	2.1	22	84	15	60	34	0	4	60	1.16
77846897--77846928	15	2.3	15	89	10	50	31	0	3	65	1.08
77850293--77850395	30	3.4	29	82	5	107	28	23	22	26	1.99
77853316--77853359	22	2.1	21	84	16	56	61	0	2	36	1.09
77853387--77853420	13	2.7	13	90	4	52	73	0	0	26	0.83
77853418--77853475	26	2.2	26	87	6	82	44	1	5	48	1.35
77853602--77853644	21	2.0	21	90	0	68	58	0	0	41	0.98
77853634--77853669	19	1.9	18	88	5	54	38	0	0	61	0.96
77853608--77853668	7	9.1	7	77	8	65	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77853759--77853788	13	2.2	14	94	5	53	76	0	0	23	0.78
77853759--77853788	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
77853851--77853926	37	2.1	35	85	4	98	60	5	1	32	1.27
77853993--77854040	18	2.7	18	76	0	51	70	2	4	22	1.15
77854184--77854231	20	2.4	19	83	16	62	70	0	8	20	1.12
77854288--77854358	36	2.0	36	88	5	108	53	2	1	42	1.24
77854379--77854425	21	2.2	22	88	11	71	53	4	0	42	1.20
77854437--77854497	17	3.7	15	75	16	50	78	3	6	11	1.05
77854437--77854547	16	6.9	16	67	14	52	74	2	7	15	1.14
77854514--77854583	30	2.3	29	82	17	90	78	1	10	10	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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