genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63379779--63379824	24	1.9	24	95	0	83	32	15	28	23	1.95
63381989--63382049	22	2.8	22	75	7	61	67	1	22	8	1.27
63382116--63382167	18	2.8	19	77	16	72	63	0	26	9	1.25
63383896--63383925	15	1.9	16	93	6	53	36	0	3	60	1.14
63384001--63384102	52	2.0	50	83	7	125	33	12	14	39	1.84
63387843--63387892	24	2.1	24	96	0	91	30	16	26	28	1.96
63389035--63389083	24	2.0	23	81	14	55	44	4	0	51	1.20
63391406--63391450	8	5.6	8	89	0	72	48	22	24	4	1.68
63391410--63391450	16	2.6	16	100	0	82	43	24	26	4	1.74
63391869--63391980	27	4.2	27	89	1	154	15	24	21	39	1.91
63398218--63398438	40	5.6	40	85	3	295	27	28	22	22	1.99
63406620--63406839	80	2.8	78	85	7	275	28	28	20	22	1.99
63406620--63406839	40	5.6	40	79	10	231	28	28	20	22	1.99
63413038--63413215	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63413039--63413194	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63413035--63413215	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63414566--63414827	47	5.6	47	94	0	454	34	11	28	25	1.91
63414584--63414657	22	3.2	22	67	22	62	33	10	27	28	1.90
63414607--63414680	24	3.2	24	63	27	59	32	13	28	25	1.94
63414703--63414777	22	3.3	22	68	17	71	32	12	29	26	1.92
63414724--63414802	25	3.3	25	66	16	67	34	7	26	31	1.85
63414703--63414824	22	5.3	22	65	21	61	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63414566--63414867	47	6.4	47	92	1	446	33	11	28	26	1.91
63414841--63415023	46	4.0	46	90	0	267	33	9	31	24	1.88
63418205--63418590	27	14.3	27	86	1	495	40	19	13	26	1.88
63436305--63436462	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
63450919--63450949	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
63451188--63451395	55	3.8	54	81	6	224	23	25	16	34	1.95
63451188--63451388	108	1.8	110	86	2	289	23	25	16	33	1.96
63471361--63471529	43	4.0	43	79	4	173	30	26	17	25	1.98
63475758--63475909	40	3.8	40	97	0	277	22	21	27	28	1.99
63477771--63477857	40	2.2	40	97	2	165	41	21	12	24	1.88
63478066--63478121	29	1.9	29	92	0	94	21	28	14	35	1.92
63478109--63478208	29	3.4	29	70	8	94	24	29	11	36	1.89
63480799--63480838	21	1.9	21	89	0	62	32	37	12	17	1.87
63485332--63485515	40	4.6	40	87	6	241	24	23	27	24	2.00
63485328--63485531	80	2.6	77	86	7	277	25	23	25	24	2.00
63486915--63486972	22	2.6	22	77	0	62	41	20	20	17	1.90
63492611--63492686	23	3.3	23	75	14	77	26	25	17	31	1.97
63494870--63494989	28	4.3	28	95	0	204	19	15	37	27	1.92
63495306--63495564	27	9.7	27	80	6	258	39	21	8	30	1.84
63495555--63495608	27	2.0	28	89	7	85	37	16	18	27	1.93
63500516--63500644	49	2.7	49	80	7	124	28	31	7	31	1.85
63504476--63504632	40	3.9	40	80	0	170	26	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63504521--63504711	80	2.4	82	80	6	196	25	27	21	25	2.00
63504600--63504711	40	2.8	41	76	10	113	24	28	23	24	2.00
63505017--63505095	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63505077--63505222	43	3.4	43	98	0	283	28	35	13	22	1.92
63507248--63507376	49	2.7	48	81	7	138	27	31	8	31	1.87
63510722--63510900	40	4.6	40	87	4	258	25	26	22	25	2.00
63516895--63517092	54	3.7	54	91	1	317	19	24	22	33	1.97
63516898--63517110	27	7.9	27	76	12	197	20	24	21	33	1.97
63520028--63520134	42	2.5	42	75	0	115	29	21	26	22	1.99
63522464--63522584	43	2.8	43	85	5	138	33	26	15	23	1.95
63526856--63526983	47	2.7	47	91	0	202	35	8	28	27	1.86
63528836--63529013	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63528837--63528992	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63528833--63529013	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63541586--63541692	42	2.5	42	73	5	101	31	21	24	22	1.98
63544020--63544140	43	2.8	43	85	5	138	33	26	15	23	1.95
63548461--63548884	47	9.1	47	93	1	647	34	10	28	26	1.90
63548625--63548699	24	3.2	24	66	27	70	30	13	30	25	1.94
63548461--63548884	140	3.0	141	90	1	656	34	10	28	26	1.90
63548461--63548884	93	4.5	94	92	1	647	34	10	28	26	1.90
63548721--63549025	93	3.3	93	78	7	223	34	10	30	24	1.89
63548858--63549040	46	4.0	46	87	0	249	34	9	31	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63548484--63548930	140	3.2	140	84	7	552	34	11	28	25	1.91
63554162--63554261	6	16.3	6	76	15	98	48	15	18	19	1.82
63554162--63554261	31	3.3	31	84	6	125	48	15	18	19	1.82
63555443--63555534	27	3.4	27	86	3	114	29	20	6	43	1.77
63555566--63555689	27	4.6	27	90	4	180	41	21	8	29	1.82
63555533--63555743	54	3.9	53	79	7	192	39	21	10	28	1.86
63555566--63555750	81	2.3	81	81	7	198	39	21	8	30	1.83
63555566--63555743	27	6.6	26	85	3	160	40	22	8	28	1.83
63555726--63555800	27	2.8	26	78	8	87	37	21	8	33	1.83
63555782--63556004	27	8.3	27	88	0	284	34	18	21	26	1.96
63556407--63556494	6	14.3	6	75	13	81	20	18	13	47	1.82
63556407--63556485	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
63556482--63556515	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
63557401--63557596	27	7.3	27	87	1	241	25	21	18	34	1.96
63557402--63557593	54	3.6	54	87	2	278	25	21	18	34	1.96
63557405--63557596	81	2.4	81	89	2	289	25	21	17	34	1.95
63557402--63557623	54	4.1	52	79	12	216	26	20	18	35	1.95
63557583--63557921	27	12.6	27	80	5	191	34	9	20	35	1.85
63557591--63557740	81	1.9	81	86	0	219	40	9	18	32	1.83
63557589--63557747	54	2.9	54	87	0	219	38	9	20	30	1.85
63562090--63562138	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
63566890--63567047	43	3.7	42	75	13	144	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63570537--63570712	46	3.8	46	77	12	198	20	20	29	29	1.98
63570534--63570705	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	28	1.98
63574534--63574580	21	2.2	21	88	0	67	55	2	23	19	1.54
63584340--63584555	46	4.6	46	77	9	181	23	28	20	28	1.99
63584340--63584602	46	5.6	44	76	8	175	22	28	20	28	1.99
63591089--63591171	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
63591378--63591461	25	3.4	24	81	12	82	28	22	19	29	1.98
63591391--63591460	25	2.8	25	89	4	97	28	22	21	27	1.99
63591916--63591964	20	2.5	20	93	0	80	16	34	24	24	1.95
63592358--63592511	27	5.7	27	81	3	166	29	9	21	38	1.85
63592361--63592544	27	6.8	26	78	3	161	29	11	20	38	1.88
63592332--63592544	54	3.9	54	78	6	189	29	12	20	38	1.88
63592331--63592544	81	2.7	80	78	6	216	28	12	20	38	1.88
63592332--63592544	27	7.9	26	74	7	142	29	12	20	38	1.88
63592543--63592688	27	5.4	27	84	6	206	37	6	26	29	1.82
63592543--63592679	54	2.5	54	95	0	247	39	6	24	29	1.80
63592667--63592841	27	6.5	27	77	9	169	32	9	19	38	1.84
63592533--63592715	54	3.4	53	84	8	219	36	8	24	31	1.85
63592534--63592795	81	3.3	80	78	9	221	34	9	22	33	1.86
63592667--63592841	80	2.2	81	91	2	280	32	9	19	38	1.84
63592694--63592836	54	2.7	53	81	9	200	32	10	17	39	1.84
63594995--63595309	49	6.7	46	74	12	216	22	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63601721--63601766	22	2.0	23	83	4	58	28	34	19	17	1.94
63602539--63602696	80	2.0	80	98	0	307	31	20	11	37	1.88
63604668--63604737	3	23.3	3	100	0	140	0	32	0	67	0.91
63614068--63614097	14	2.1	15	93	6	53	46	3	0	50	1.18
63631811--63631861	26	2.0	26	92	0	84	17	13	33	35	1.89
63632497--63632542	13	3.5	13	87	0	56	26	8	15	50	1.73
63632892--63632916	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
63638028--63638153	46	2.8	45	90	2	189	23	21	26	28	1.99
63639781--63639828	20	2.3	22	82	10	57	37	10	8	43	1.69
63640596--63640641	23	2.0	23	95	0	83	17	17	32	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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