genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11868739--11868794	28	2.0	28	96	0	103	17	23	5	53	1.64
11877912--11877944	6	5.7	6	89	3	50	15	0	12	72	1.12
11878612--11878651	19	2.1	19	85	4	53	60	5	0	35	1.19
11883594--11883620	11	2.5	11	100	0	54	88	0	11	0	0.50
11889828--11889900	17	4.3	17	74	6	58	46	17	6	28	1.74
11889982--11890013	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
11891273--11891324	26	2.0	26	96	0	95	28	25	11	34	1.91
11897484--11897543	28	2.1	28	90	0	84	21	23	18	36	1.95
11900569--11900593	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
11904836--11905148	156	2.0	156	97	0	590	28	29	12	29	1.93
11907812--11907854	16	2.8	16	82	3	52	76	0	4	18	0.95
11910630--11910715	26	3.2	26	90	6	145	44	2	13	39	1.57
11911737--11911815	41	1.9	41	92	0	131	35	20	13	30	1.92
11913302--11913396	37	2.6	37	83	3	120	41	17	18	22	1.91
11915844--11915868	9	2.8	9	100	0	50	12	32	12	44	1.78
11922279--11922319	21	1.9	22	90	5	66	39	12	9	39	1.76
11923834--11923874	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
11925128--11925246	48	2.5	46	82	9	134	24	31	15	28	1.96
11926550--11926596	23	1.9	25	83	12	62	31	21	12	34	1.91
11938662--11938696	17	2.1	17	89	10	54	74	2	11	11	1.18
11952526--11952574	24	2.0	24	100	0	98	16	42	8	32	1.77
11954220--11954325	28	3.7	27	73	21	81	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11957339--11957434	20	4.8	20	69	20	58	60	1	2	36	1.15
11957375--11957434	10	6.0	10	72	5	50	58	0	1	40	1.08
11957790--11957827	19	2.0	20	90	10	62	31	5	0	63	1.17
11960382--11960432	20	2.5	21	75	9	61	47	31	0	21	1.51
11960600--11960638	14	2.8	14	92	0	60	56	30	0	12	1.37
11960618--11960684	35	1.9	35	84	0	89	53	23	1	20	1.54
11960613--11960720	21	5.1	21	71	2	65	53	19	1	25	1.55
11960600--11960712	14	8.1	14	71	9	54	53	22	1	22	1.55
11960698--11960794	50	1.9	50	100	0	194	42	32	0	24	1.55
11960789--11960822	7	4.9	7	92	0	59	58	26	0	14	1.36
11960698--11960824	50	2.6	50	87	6	152	45	31	0	22	1.53
11961351--11961541	41	4.6	41	90	0	274	27	27	19	25	1.99
11970931--11970973	18	2.4	18	92	0	68	72	4	13	9	1.26
11988034--11988451	208	2.0	209	98	0	802	45	18	10	25	1.81
11989583--11989677	39	2.4	38	79	8	111	29	27	21	22	1.99
11989664--11989814	39	3.9	39	93	0	239	27	28	20	23	1.99
11995852--11995977	51	2.5	50	81	2	155	33	17	16	32	1.93
11995704--11996019	145	2.2	145	78	4	325	30	18	17	32	1.95
11996096--11996361	44	5.9	44	80	6	280	29	20	18	31	1.96
11996050--11996317	140	1.9	140	87	3	396	29	19	16	33	1.94
12000988--12001408	48	8.8	48	92	0	644	32	26	6	34	1.82
12016127--12016220	46	2.0	47	93	2	163	40	14	6	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12034742--12034775	8	4.5	8	96	3	54	64	5	0	29	1.17
12034731--12034786	24	2.3	24	77	17	62	66	3	1	28	1.19
12034735--12034782	16	3.1	15	84	6	60	64	4	2	29	1.23
12034896--12035090	23	8.1	23	75	15	157	58	4	4	31	1.38
12035210--12035248	18	2.2	18	95	0	69	64	0	0	35	0.94
12036038--12036111	18	4.0	17	75	16	58	77	1	17	4	1.00
12037109--12037164	29	1.9	29	85	7	78	23	33	21	21	1.97
12037195--12037224	14	2.1	14	100	0	60	66	6	6	20	1.38
12037148--12037369	89	2.5	89	90	0	336	31	19	18	30	1.95
12037284--12037313	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
12037296--12037442	73	2.0	74	89	1	224	31	21	19	26	1.97
12037446--12037475	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
12037207--12037695	162	3.0	164	91	1	775	33	20	17	28	1.95
12037370--12037550	89	2.0	88	84	1	236	35	18	19	26	1.94
12037458--12037625	75	2.2	75	87	0	237	33	20	19	26	1.96
12037533--12037805	89	3.0	89	87	3	395	38	17	15	28	1.91
12037695--12037730	14	2.6	14	95	0	63	55	2	13	27	1.52
12037709--12037879	75	2.3	75	89	3	256	38	18	15	28	1.91
12042221--12042320	45	2.2	45	94	1	175	44	14	12	30	1.81
12049753--12049800	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
12049749--12049804	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
12049749--12049800	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12049913--12050104	23	8.1	23	75	16	155	58	4	4	32	1.39
12050224--12050262	18	2.2	18	95	0	69	64	0	0	35	0.94
12052537--12052585	24	2.0	24	84	7	64	69	2	10	18	1.27
12055993--12056017	12	2.1	12	100	0	50	32	28	0	40	1.57
12059977--12060106	28	4.4	29	73	18	106	43	19	8	28	1.80
12059968--12060098	63	2.1	63	98	0	253	44	17	9	29	1.79
12072219--12072247	4	7.2	4	100	0	58	27	0	24	48	1.51
12072931--12072968	20	2.0	20	89	5	60	55	5	2	36	1.37
12077856--12077938	40	2.1	40	100	0	166	65	9	0	25	1.23
12078125--12078167	22	2.0	22	90	0	68	65	18	9	6	1.44
12079123--12079160	16	2.4	16	86	0	58	42	0	5	52	1.24
12080688--12080730	11	3.8	11	80	17	52	27	2	2	67	1.15
12081793--12081875	18	4.1	21	80	10	68	42	15	7	34	1.75
12081793--12081850	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
12081829--12081919	19	4.9	19	89	8	152	36	15	9	38	1.81
12081829--12081931	54	1.9	53	90	5	163	36	13	10	38	1.80
12087327--12087374	23	2.1	23	84	7	62	68	6	0	25	1.12
12091920--12091967	20	2.4	20	78	0	51	60	14	4	20	1.51
12093862--12093896	18	1.9	18	100	0	70	28	28	5	37	1.80
12098211--12098256	22	2.1	22	100	0	92	32	30	8	28	1.87
12098525--12098596	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
12103524--12103935	57	7.2	57	94	1	693	29	35	18	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12103524--12104020	85	5.8	85	75	4	464	29	35	18	16	1.93
12104560--12104654	45	2.1	45	96	0	172	38	27	8	25	1.84
12105979--12106038	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
12105993--12106064	28	2.6	28	86	0	81	27	27	13	30	1.94
12109224--12109366	39	3.6	40	91	3	236	29	24	17	28	1.97
12117720--12117766	18	2.7	18	86	3	69	12	25	46	14	1.80
12119850--12120095	122	2.0	121	91	2	395	23	17	19	40	1.91
12120813--12120856	20	2.2	20	84	8	54	45	6	6	40	1.57
12125522--12125574	27	2.0	27	81	7	63	43	1	1	52	1.23
12134974--12135021	24	2.0	24	95	0	87	27	25	14	33	1.94
12135563--12135650	23	3.6	23	65	14	59	59	25	5	10	1.52
12138271--12138332	18	3.5	17	72	14	54	48	0	27	24	1.51
12138408--12138465	29	2.0	29	82	3	71	39	0	41	18	1.51
12139707--12139738	13	2.3	15	89	10	50	59	6	0	34	1.23
12146969--12147009	20	2.2	18	86	8	55	51	0	0	48	1.00
12146969--12147005	18	2.0	18	89	5	56	48	0	0	51	1.00
12154561--12154606	18	2.5	19	79	10	51	58	0	6	34	1.24
12154729--12154799	11	6.3	11	72	18	56	57	9	1	30	1.40
12154737--12154814	21	3.3	23	77	12	88	61	8	0	29	1.26
12157617--12157655	7	5.6	7	93	0	51	46	0	23	30	1.53
12158805--12158837	17	2.0	17	88	5	50	36	12	0	51	1.39
12159118--12159525	46	8.9	46	85	3	491	21	23	14	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12159123--12159528	92	4.4	92	89	1	548	20	23	14	41	1.89
12163120--12163159	20	2.0	20	100	0	80	60	10	15	15	1.60
12163264--12163297	14	2.4	14	90	0	50	82	2	0	14	0.79
12163892--12164217	89	3.6	89	75	5	298	27	22	19	30	1.98
12163681--12164217	179	3.0	177	79	7	509	27	19	20	32	1.97
12163925--12164178	45	5.7	45	75	5	228	26	22	19	31	1.98
12164384--12164428	5	8.8	5	86	13	65	82	0	0	17	0.68
12164384--12164436	21	2.5	23	79	17	69	81	1	0	16	0.79
12166271--12166320	26	1.9	26	95	0	91	18	32	14	36	1.90
12170774--12170847	29	2.6	29	89	4	105	28	12	24	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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