genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  5  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1612252--1612389	71	1.9	71	91	0	222	40	5	10	43	1.62
1620270--1620305	18	1.9	18	88	5	54	30	0	0	69	0.89
1621322--1621352	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
1629046--1629085	20	2.0	20	90	4	64	25	0	7	67	1.16
1630035--1630070	3	12.3	3	94	5	65	0	33	0	66	0.92
1633551--1633598	23	2.1	23	100	0	96	56	14	8	20	1.64
1633932--1633976	19	2.4	19	85	7	56	44	11	4	40	1.60
1634556--1634598	18	2.5	17	76	3	50	27	0	6	65	1.18
1637408--1637465	29	2.0	29	82	0	71	31	5	10	53	1.57
1641140--1641178	21	1.9	20	84	5	51	20	5	10	64	1.44
1644197--1644314	60	2.0	60	100	0	236	42	6	12	38	1.70
1652761--1652813	23	2.2	24	77	9	56	39	7	9	43	1.65
1652858--1652904	10	4.7	10	76	10	51	70	12	0	17	1.17
1653211--1653241	14	2.2	14	100	0	62	45	6	6	41	1.55
1658417--1658452	17	2.1	17	89	0	54	75	0	11	13	1.06
1660997--1661043	24	2.0	24	100	0	94	34	8	12	44	1.73
1663386--1663436	20	2.6	20	69	25	54	45	0	1	52	1.12
1663387--1663415	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
1663545--1663629	36	2.3	37	82	11	95	35	2	9	52	1.46
1670826--1670891	26	2.5	26	82	4	71	50	6	3	40	1.43
1676482--1676515	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1679311--1679351	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681255--1681288	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1682224--1682278	21	2.7	21	78	13	60	58	3	0	38	1.16
1688861--1688900	21	1.9	21	100	0	80	42	5	15	37	1.68
1697592--1697631	19	2.1	19	86	9	55	75	2	0	22	0.93
1698403--1698475	35	2.1	35	92	0	119	30	17	20	31	1.96
1712824--1712989	83	2.0	83	100	0	332	43	22	8	25	1.81
1719800--1719835	16	2.2	16	90	0	54	38	2	0	58	1.13
1727734--1727937	103	2.0	104	94	0	356	31	7	13	47	1.71
1730592--1730641	24	2.1	23	89	10	75	44	0	0	56	0.99
1730592--1730652	24	2.5	25	84	10	65	40	1	1	55	1.19
1730948--1731059	56	2.0	56	100	0	224	46	8	5	39	1.58
1738968--1739078	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
1755540--1755952	44	9.5	43	73	11	276	30	20	21	26	1.98
1755583--1755964	87	4.4	86	73	10	262	30	20	22	26	1.98
1756134--1756239	44	2.4	44	79	3	106	25	18	30	25	1.98
1763129--1763175	3	14.3	3	93	4	58	61	4	0	34	1.15
1763246--1763329	18	4.7	18	73	15	68	65	1	3	29	1.17
1763246--1763311	36	2.0	32	83	16	82	62	1	3	33	1.20
1763717--1763781	13	5.6	13	75	25	74	15	0	49	35	1.45
1765004--1765114	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
1770707--1770748	14	2.9	14	82	3	57	54	4	7	33	1.49
1773427--1773536	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1776444--1776469	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1776393--1776469	31	2.5	30	74	17	79	59	1	10	28	1.38
1776729--1776754	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
1776723--1776766	21	2.1	21	87	8	63	54	0	11	34	1.36
1776748--1776803	12	4.8	12	72	16	55	51	0	12	35	1.40
1776799--1776827	8	3.6	8	100	0	58	37	0	13	48	1.43
1784633--1784878	50	4.7	50	85	10	339	34	15	21	29	1.94
1784642--1784862	111	2.0	111	95	0	397	33	14	22	29	1.93
1784883--1784958	31	2.5	31	100	0	152	27	22	25	25	2.00
1784913--1785004	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
1784883--1785028	77	1.9	77	88	0	220	26	21	25	26	1.99
1784960--1785028	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
1788405--1788444	20	2.0	21	85	9	57	47	0	5	47	1.24
1788437--1788493	28	2.1	27	83	3	69	43	3	0	52	1.18
1788410--1788480	33	2.2	33	84	5	90	43	2	1	52	1.24
1788481--1788559	38	2.1	38	88	4	115	46	1	1	50	1.17
1789302--1789347	23	2.0	23	86	0	65	30	2	6	60	1.34
1791120--1791151	15	2.1	16	88	11	50	50	18	3	28	1.62
1823023--1823052	12	2.6	12	94	5	53	30	0	0	70	0.88
1826755--1826833	39	2.0	39	97	0	149	35	10	3	50	1.54
1828123--1828182	13	4.6	13	72	15	61	46	8	5	40	1.56
1828101--1828182	39	2.1	39	100	0	164	43	9	7	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1833046--1833119	23	3.3	21	76	16	69	55	4	1	39	1.27
1833648--1833707	28	2.2	27	82	8	68	30	1	6	61	1.31
1833825--1833886	25	2.5	23	75	14	61	61	0	3	35	1.12
1835821--1835862	21	2.0	21	100	0	84	14	14	28	42	1.84
1838435--1838737	152	2.0	152	97	0	570	21	16	20	41	1.90
1841666--1841768	31	3.4	31	75	2	109	35	14	6	42	1.72
1864291--1864323	16	2.1	16	88	11	50	72	0	0	27	0.85
1866488--1866652	42	3.8	42	82	10	197	29	27	13	29	1.95
1866558--1866694	49	2.9	48	86	4	179	31	27	12	28	1.93
1866573--1866741	47	3.6	46	81	9	153	30	28	13	27	1.94
1866533--1866741	95	2.3	94	82	6	232	30	27	13	28	1.94
1866763--1866849	31	2.8	31	87	6	131	27	27	18	26	1.98
1866825--1866953	50	2.5	51	86	2	179	24	21	17	36	1.94
1869471--1869522	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1871438--1871489	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1872878--1873750	89	10.0	89	76	6	593	22	19	24	32	1.98
1872933--1873745	177	4.6	175	77	6	493	23	19	24	32	1.97
1873115--1873750	350	1.8	347	80	3	765	24	19	23	32	1.98
1875503--1875549	21	2.3	21	96	3	87	48	12	21	17	1.79
1882947--1882975	13	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
1883041--1883070	12	2.5	12	94	0	51	80	3	6	10	1.01
1885755--1885779	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1885919--1885965	16	3.0	15	79	14	51	48	0	2	48	1.13
1886954--1886984	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1888543--1888856	151	2.1	150	80	7	352	37	11	6	44	1.66
1894161--1894197	14	2.6	14	91	4	56	24	5	2	67	1.25
1894289--1894342	21	2.5	22	84	6	65	42	1	5	50	1.36
1896062--1896251	93	2.0	93	94	0	335	21	28	26	23	1.99
1905236--1905293	30	1.9	30	82	0	71	13	15	43	27	1.85
1909512--1909537	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1910064--1910104	22	2.0	21	85	9	57	43	0	7	48	1.30
1910264--1910414	73	2.1	71	87	2	212	26	17	31	24	1.97
1915195--1915254	26	2.3	26	80	8	68	50	0	3	46	1.18
1915224--1915271	17	2.6	19	77	6	55	47	0	0	52	1.00
1915218--1915257	21	2.0	20	85	14	55	50	0	0	50	1.00
1915208--1915260	26	2.0	26	82	7	63	52	0	0	47	1.00
1917242--1917271	11	2.6	11	94	5	51	33	0	0	66	0.92
1924207--1924243	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1924915--1924953	16	2.5	16	83	4	53	56	5	5	33	1.43
1934652--1934716	30	2.2	28	78	19	71	53	1	3	41	1.25
1937893--1937936	15	3.0	14	80	9	52	68	2	0	29	1.02
1941296--1941323	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
1958438--1958686	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
1958437--1958686	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958780--1958811	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1959022--1959079	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1966960--1967009	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
1966980--1967038	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
1969457--1969490	17	2.0	17	100	0	68	35	29	23	11	1.90
1971153--1971179	11	2.5	11	100	0	54	37	0	7	55	1.28
1974408--1974553	59	2.5	59	79	2	141	41	16	15	26	1.88
1976252--1976283	16	2.0	16	93	0	55	28	3	12	56	1.51
1980796--1980851	16	3.4	16	72	20	53	21	12	7	58	1.57
1987609--1987696	38	2.3	39	80	7	90	37	2	5	54	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290