genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32881172--32881237	21	3.2	19	71	12	51	22	18	19	39	1.92
32881228--32881348	39	3.1	39	98	0	233	12	26	23	38	1.90
32886125--32886212	36	2.3	38	84	11	117	39	0	5	54	1.24
32886134--32886218	38	2.3	37	87	4	118	38	0	5	55	1.24
32887575--32888656	369	3.0	364	86	4	1513	39	13	21	25	1.90
32890328--32890443	57	2.0	57	81	8	135	46	16	16	20	1.84
32891128--32891174	25	1.9	24	87	12	69	51	8	19	21	1.73
32894153--32894211	25	2.4	25	83	8	68	18	25	20	35	1.95
32905454--32905484	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
32927729--32927791	31	2.1	28	82	8	72	39	0	7	52	1.31
32929533--32929563	12	2.5	12	94	5	53	48	0	16	35	1.46
32929828--32929861	15	2.3	15	90	5	52	52	0	11	35	1.38
32933647--32934168	261	2.0	261	97	0	990	26	21	21	30	1.98
32938032--32938069	17	2.2	18	85	4	51	13	13	0	73	1.09
32939872--32940008	71	1.9	73	85	7	190	51	2	4	41	1.34
32940861--32940916	20	2.9	19	84	7	78	32	0	5	62	1.18
32940869--32940908	11	3.9	11	78	15	50	27	0	7	65	1.20
32941015--32941044	15	2.0	15	100	0	60	33	6	40	20	1.78
32943410--32943693	152	1.9	152	84	1	381	31	13	18	36	1.90
32945718--32945755	20	1.9	20	88	0	58	18	0	18	63	1.32
32947043--32947072	14	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
32959203--32959258	24	2.4	24	82	11	64	62	0	3	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32963233--32963286	28	1.9	28	100	0	108	37	0	20	42	1.52
32972054--32972181	64	2.0	64	96	0	238	15	29	11	42	1.82
32972882--32972912	11	2.8	11	100	0	62	29	0	0	70	0.87
32972872--32972910	13	3.0	13	82	14	53	30	2	0	66	1.05
32975175--32975242	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
32975238--32975310	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
32975251--32975311	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
32976270--32976341	22	3.2	22	64	21	58	30	8	19	41	1.81
32976262--32976390	46	2.8	46	87	0	177	27	6	22	42	1.79
32976548--32976583	18	1.9	19	88	5	56	47	0	0	52	1.00
32976786--32976845	14	4.2	14	89	4	84	36	15	8	40	1.77
32983276--32983303	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
32983941--32983974	15	2.1	16	89	10	52	52	8	0	38	1.33
33000068--33000108	15	2.8	15	85	14	59	60	0	2	36	1.10
33000238--33000266	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
33000312--33000612	169	1.8	165	82	7	383	51	3	5	38	1.45
33000548--33000600	27	2.0	27	82	14	65	56	3	0	39	1.17
33002243--33002304	24	2.5	24	80	10	63	64	6	0	29	1.18
33002449--33002509	31	2.0	31	83	6	79	67	4	18	9	1.37
33003080--33003144	29	2.2	31	86	5	89	55	12	3	29	1.52
33006487--33006543	4	14.2	4	96	0	105	22	0	24	52	1.47
33009375--33009413	20	2.0	20	94	0	69	17	20	33	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33012060--33012280	4	56.2	4	81	3	171	29	5	20	43	1.75
33012082--33012162	26	3.2	26	87	3	103	34	7	14	43	1.74
33016984--33017077	17	5.5	17	67	26	56	39	3	4	53	1.37
33019337--33019480	70	2.0	71	86	4	202	54	9	5	30	1.56
33027970--33027994	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
33028464--33028509	17	2.6	18	77	16	51	65	6	4	23	1.35
33036692--33036775	43	2.0	43	81	13	102	54	13	2	29	1.51
33037952--33037981	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
33040055--33040096	22	1.9	22	90	0	66	45	23	0	30	1.53
33041087--33041112	12	2.2	12	100	0	52	30	0	34	34	1.58
33042420--33042466	25	1.9	25	95	4	87	59	0	0	40	0.97
33051224--33051289	31	2.1	31	94	0	114	13	42	27	16	1.86
33059527--33059562	18	2.0	18	89	10	56	58	0	2	38	1.13
33066170--33066207	20	1.9	20	89	10	60	0	21	0	78	0.74
33068961--33069049	29	2.9	29	73	15	81	32	3	17	46	1.65
33080535--33080630	47	2.0	48	89	2	149	34	9	18	37	1.83
33081086--33081144	29	2.0	29	100	0	118	30	16	33	18	1.94
33086067--33086119	27	2.0	27	88	0	79	30	18	18	32	1.96
33086180--33086311	66	2.0	66	98	0	255	21	9	31	37	1.85
33097792--33097837	15	3.0	16	81	6	51	67	2	0	30	1.03
33102831--33102861	14	2.2	14	94	0	53	35	19	9	35	1.85
33114537--33114574	14	2.6	15	84	16	53	44	5	7	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33122698--33122753	26	2.2	26	100	0	112	39	7	35	17	1.78
33132105--33132142	20	1.9	20	94	0	67	39	5	23	31	1.77
33135008--33135073	25	2.7	23	80	15	71	28	6	0	65	1.17
33135969--33136317	188	1.9	189	88	1	540	34	12	12	39	1.81
33136607--33136662	18	3.1	18	94	0	94	37	10	21	30	1.87
33137476--33137511	12	2.9	12	91	4	54	58	0	25	16	1.38
33146184--33146312	46	2.8	47	87	1	179	21	13	28	35	1.92
33147326--33147369	18	2.4	18	96	3	79	34	20	4	40	1.73
33148757--33148886	43	3.0	44	76	14	137	31	26	17	23	1.97
33149103--33149148	10	5.1	9	75	19	51	41	36	0	21	1.54
33149095--33149148	17	3.1	17	78	5	63	40	38	0	20	1.53
33150174--33150254	3	27.0	3	69	18	53	34	2	2	60	1.23
33150180--33150250	18	3.9	17	77	18	65	35	2	2	59	1.27
33150504--33150579	33	2.3	33	79	4	82	25	5	3	65	1.31
33150270--33150548	118	2.4	116	78	9	289	26	6	7	59	1.50
33150652--33150720	22	3.2	22	75	2	68	26	2	1	69	1.11
33150747--33150793	12	3.7	13	83	13	62	36	0	10	53	1.36
33150748--33150802	14	3.7	16	81	13	55	36	0	10	52	1.37
33151112--33151168	23	2.5	23	80	8	71	33	14	3	49	1.60
33151112--33151161	24	2.1	23	85	3	64	32	14	4	50	1.61
33153560--33153667	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
33156103--33156285	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33156082--33156285	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
33157413--33157587	56	3.1	55	98	1	332	22	22	9	45	1.81
33163384--33163566	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
33163363--33163566	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
33164713--33164890	56	3.2	56	99	0	347	22	23	8	45	1.80
33166992--33167151	73	2.2	72	88	3	248	26	18	21	33	1.96
33167131--33167165	14	2.5	14	95	0	61	17	20	8	54	1.68
33167077--33167478	96	4.4	90	85	8	421	30	15	19	35	1.92
33167077--33167427	96	3.8	93	89	5	441	29	14	19	36	1.92
33167164--33167516	184	1.9	184	82	9	439	30	13	18	37	1.90
33168057--33168090	17	2.0	17	88	0	50	41	38	0	20	1.53
33168690--33168753	30	2.2	28	86	13	87	73	1	14	10	1.17
33169168--33169242	18	4.2	18	79	17	75	36	2	2	58	1.26
33169171--33169225	15	3.3	16	75	22	51	36	3	1	58	1.26
33169492--33169566	33	2.3	33	79	6	82	25	5	4	65	1.31
33169256--33169535	121	2.4	115	78	8	280	26	6	7	58	1.51
33169555--33169622	23	2.9	22	73	16	64	33	2	8	54	1.47
33169643--33169686	23	1.9	23	85	0	61	20	2	2	75	1.03
33169729--33169764	14	2.6	14	90	0	54	33	0	13	52	1.41
33169731--33169773	14	3.1	14	86	6	52	34	0	11	53	1.37
33170138--33170194	23	2.5	23	80	8	71	33	14	3	49	1.60
33170138--33170187	24	2.1	23	85	3	64	32	14	4	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33171169--33171310	27	5.5	26	79	16	152	33	19	26	21	1.97
33171187--33171320	54	2.7	48	81	15	173	32	22	25	19	1.97
33171217--33171323	54	2.0	52	96	3	196	32	22	26	18	1.97
33178587--33178633	24	2.0	24	95	0	85	27	34	25	12	1.92
33178481--33178908	100	4.3	103	87	10	595	32	29	19	18	1.96
33178786--33178834	25	2.0	25	92	4	82	30	34	24	10	1.89
33179234--33179297	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
33179241--33179297	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
33186115--33186590	105	4.6	105	94	1	789	30	29	20	19	1.97
33186918--33186981	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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