genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

This is table  161  of  290  ( 34756 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51980421--51980500	15	5.4	15	71	12	58	13	16	12	57	1.65
51981994--51982051	27	2.2	26	81	3	62	36	20	22	20	1.95
51982054--51982229	67	2.6	67	92	0	289	30	21	27	19	1.98
51991159--51991256	40	2.5	40	85	5	119	23	28	22	25	1.99
51999149--51999249	27	3.8	27	87	6	143	38	20	23	16	1.93
52000644--52000743	24	4.2	23	89	6	146	21	38	5	36	1.75
52000645--52000742	48	2.0	49	92	2	162	21	38	5	34	1.76
52002202--52002331	65	2.0	66	96	1	244	24	33	16	26	1.96
52006908--52007018	27	4.2	27	87	6	147	37	22	23	16	1.93
52008411--52008504	24	3.9	24	87	0	143	22	35	3	39	1.70
52010934--52011062	65	2.0	65	96	0	240	25	16	26	31	1.96
52023374--52023548	46	3.8	45	78	10	201	29	29	20	21	1.98
52023382--52023552	93	1.8	93	92	2	290	28	29	20	21	1.98
52026127--52026205	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
52026649--52026674	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
52029782--52029967	50	3.7	49	79	8	205	26	18	25	29	1.98
52034869--52034932	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
52035140--52035246	24	4.4	24	89	4	162	29	22	17	29	1.97
52035140--52035246	49	2.2	47	93	5	178	29	22	17	29	1.97
52035296--52035334	20	2.0	20	94	0	69	33	20	10	35	1.86
52044974--52045004	16	1.9	16	93	0	53	51	12	3	32	1.56
52046505--52046547	22	2.0	22	86	9	61	69	6	6	16	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52051302--52051477	46	3.8	46	73	12	162	21	19	27	30	1.98
52051786--52051889	51	2.0	51	100	0	208	19	25	5	50	1.69
52061206--52061280	29	2.6	29	87	4	98	28	25	20	26	1.99
52061506--52061556	24	2.1	24	85	7	68	17	21	11	49	1.79
52071102--52071137	18	1.9	19	94	5	65	19	8	5	66	1.38
52072220--52072255	18	1.9	19	94	5	65	19	8	5	66	1.38
52074641--52074711	23	3.1	23	67	17	67	39	8	25	26	1.84
52074618--52074708	45	2.0	44	95	2	164	41	6	24	27	1.79
52075218--52075261	18	2.4	18	96	0	79	18	29	27	25	1.98
52077109--52078699	47	33.6	48	90	3	2266	26	29	9	33	1.89
52077109--52078699	190	8.4	189	91	3	2229	26	29	9	33	1.89
52077467--52077541	22	3.3	22	66	23	64	22	29	14	33	1.94
52077109--52078699	237	6.7	237	93	1	2433	26	29	9	33	1.89
52077704--52077826	22	5.3	22	63	21	63	26	30	10	32	1.90
52078131--52078253	22	5.3	22	62	21	63	25	30	11	32	1.91
52080147--52080267	56	2.2	56	95	0	224	22	24	8	44	1.80
52081198--52081233	18	2.0	18	100	0	72	55	11	22	11	1.66
52086183--52086261	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
52086382--52086557	47	3.7	47	85	4	192	27	30	9	32	1.88
52086380--52086536	49	3.3	49	84	5	205	27	29	8	33	1.87
52086380--52086557	96	1.9	94	82	4	223	27	30	8	33	1.87
52091516--52091691	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52091513--52091684	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
52096447--52096631	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
52096428--52096631	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
52104393--52104576	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
52104374--52104576	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
52106441--52107010	47	12.1	47	94	1	971	32	9	29	28	1.88
52107129--52107207	37	2.1	37	86	4	106	25	18	29	26	1.98
52113417--52113463	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
52119682--52119830	57	2.6	58	79	9	162	30	18	19	32	1.95
52119977--52120015	19	2.1	19	85	0	51	41	10	17	30	1.83
52135259--52135317	30	2.0	30	83	3	75	30	23	8	37	1.85
52141772--52141800	12	2.5	12	94	5	51	58	6	6	27	1.50
52155269--52155302	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
52155480--52155550	26	2.8	24	75	10	70	63	0	0	36	0.95
52175508--52175541	11	3.0	11	95	4	59	38	0	0	61	0.96
52183399--52183554	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
52183404--52183555	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
52190516--52190670	27	5.7	27	78	7	145	27	28	16	27	1.97
52190521--52190671	54	2.8	55	80	5	182	27	27	16	28	1.97
52198910--52198955	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
52201782--52201885	52	2.0	52	100	0	208	38	26	13	21	1.90
52202844--52202911	20	3.3	20	70	22	68	52	10	7	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52202844--52202927	42	2.0	42	97	0	159	50	10	5	33	1.62
52202846--52202913	21	3.2	21	69	22	70	52	8	7	30	1.60
52214462--52214502	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
52219024--52219064	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
52220685--52220744	27	2.2	27	93	0	102	36	11	10	41	1.75
52223921--52223967	23	2.0	23	100	0	94	44	38	8	8	1.65
52227290--52227421	50	2.6	51	85	3	185	37	12	15	34	1.85
52227426--52227514	39	2.3	39	92	0	151	47	15	8	28	1.76
52229159--52229207	20	2.5	19	78	18	55	8	10	2	79	1.01
52231736--52231836	50	1.9	51	88	7	150	36	12	15	34	1.86
52232939--52233088	44	3.5	42	73	13	137	29	25	20	24	1.99
52232935--52233096	86	1.9	85	82	11	206	30	25	19	23	1.98
52234405--52234444	17	2.5	17	88	8	57	47	10	12	30	1.74
52236037--52236109	38	1.9	38	88	5	112	28	12	19	39	1.88
52237693--52237751	20	3.0	21	78	9	70	15	13	6	64	1.48
52237736--52237771	19	1.9	19	88	5	56	22	22	5	50	1.70
52237729--52237822	44	2.2	41	83	14	111	18	15	7	58	1.60
52237776--52237991	19	11.1	20	72	14	139	18	16	7	57	1.63
52237757--52237849	41	2.2	43	84	7	118	18	17	8	55	1.66
52237901--52237988	39	2.3	37	86	11	117	17	19	5	57	1.58
52237864--52237974	56	2.0	55	87	5	161	18	16	5	60	1.54
52238183--52238239	16	3.4	16	73	21	62	71	0	8	19	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52238184--52238241	17	3.4	17	77	13	73	72	0	6	20	1.07
52238305--52238401	20	4.8	20	73	16	76	18	12	11	57	1.64
52238305--52238415	20	5.6	20	72	10	66	18	13	10	57	1.64
52238305--52238482	20	8.9	20	66	20	63	19	14	8	56	1.64
52242138--52242260	43	2.9	43	82	0	147	29	18	27	24	1.98
52246410--52246435	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
52248151--52248438	9	31.7	9	66	21	77	35	3	15	45	1.63
52248188--52248393	18	11.0	18	68	11	110	34	4	15	45	1.66
52248198--52248318	27	4.6	26	70	20	92	36	4	14	44	1.65
52248168--52248435	78	3.5	74	84	8	324	35	3	14	45	1.62
52248541--52249079	106	5.2	105	89	4	790	54	4	6	34	1.45
52248541--52249080	211	2.6	208	89	4	786	54	4	6	34	1.45
52249406--52249533	62	2.1	61	95	2	231	45	13	7	34	1.70
52250979--52251058	39	2.1	39	95	0	142	48	15	13	22	1.79
52252988--52253068	37	2.2	37	97	0	153	40	2	0	56	1.12
52253043--52253074	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
52255199--52255232	18	1.9	17	88	5	50	70	2	0	26	1.01
52255476--52255515	19	2.1	19	85	0	53	65	7	10	17	1.46
52255484--52255626	20	7.2	20	72	11	114	58	6	13	22	1.58
52255474--52255641	41	4.2	40	73	18	134	57	8	13	20	1.62
52259395--52259426	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
52263311--52263488	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52263311--52263488	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
52263332--52263487	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
52271376--52271551	27	6.6	25	74	10	100	28	28	16	26	1.97
52271400--52271551	54	2.8	52	80	13	157	27	27	17	27	1.97
52279664--52279914	40	6.3	40	80	8	237	24	27	21	25	2.00
52279699--52279914	119	1.8	120	83	7	287	24	27	22	25	2.00
52279697--52279918	79	2.8	79	80	6	234	24	28	22	24	1.99
52285916--52285986	33	2.2	33	94	0	124	32	8	15	43	1.77
52288959--52288995	18	2.1	18	100	0	74	29	5	0	64	1.15
52298493--52298548	24	2.3	24	75	0	67	14	42	3	39	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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