genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  85  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25928601--25928665	30	2.2	30	83	5	78	55	0	0	44	0.99
25930082--25930189	56	1.9	56	86	0	153	21	41	16	20	1.90
25933259--25933301	21	2.0	21	86	0	59	46	4	9	39	1.57
25933949--25933991	12	3.7	11	79	11	50	62	0	0	37	0.95
25937950--25937977	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
25938026--25938101	12	6.4	11	74	17	55	71	2	25	1	1.07
25938785--25938828	17	2.6	17	79	13	54	40	0	20	38	1.53
25943557--25943583	12	2.2	12	100	0	54	22	51	7	18	1.70
25948267--25948302	17	2.1	17	89	5	54	63	0	8	27	1.23
25955992--25956034	16	2.6	16	85	7	50	69	2	4	23	1.18
25956078--25956146	22	3.0	21	77	12	66	72	1	4	21	1.10
25956156--25956316	3	55.0	3	65	14	59	60	1	8	29	1.34
25959673--25959725	18	2.7	21	82	14	76	33	0	3	62	1.13
25959673--25959724	20	2.7	20	85	11	72	34	0	3	61	1.14
25960618--25960670	26	2.0	26	100	0	106	39	7	22	30	1.82
25962552--25962604	18	2.7	21	82	14	76	32	1	7	58	1.37
25962552--25962604	19	2.7	20	85	14	74	32	1	7	58	1.37
25962552--25962603	20	2.6	19	88	11	70	32	1	7	57	1.38
25964970--25965025	20	2.8	20	83	0	76	64	0	8	26	1.23
25964970--25965017	10	4.8	10	89	0	69	64	0	8	27	1.22
25970209--25970375	46	3.6	45	72	13	151	26	20	29	23	1.99
25970395--25970525	49	2.7	49	81	2	147	30	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25973736--25973792	30	1.9	30	82	7	71	43	8	14	33	1.76
25976958--25976997	21	2.0	20	90	5	62	12	37	30	20	1.89
25979208--25979264	5	11.8	5	75	14	57	77	1	1	19	0.95
25988861--25988916	29	1.9	29	82	7	69	28	14	26	30	1.95
25996247--25996283	16	2.3	16	95	0	65	45	16	24	13	1.83
25996233--25996283	24	2.1	24	88	0	75	47	15	23	13	1.82
25996510--25996593	29	2.9	29	80	0	96	30	16	23	28	1.96
26005418--26005442	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
26008776--26009430	327	2.0	326	99	0	1283	35	17	13	33	1.89
26012565--26013016	127	3.5	126	84	3	539	36	20	15	27	1.93
26017779--26017830	10	5.1	10	85	2	59	69	0	3	26	1.06
26028663--26028696	16	2.1	16	88	0	50	8	20	14	55	1.65
26036116--26036152	8	4.8	8	96	3	67	24	8	0	67	1.17
26036087--26036144	20	3.2	18	79	13	57	20	5	0	74	1.01
26036091--26036152	16	4.1	15	78	17	67	20	6	0	72	1.06
26038445--26038553	42	2.6	42	79	2	121	30	17	23	28	1.97
26041219--26041398	49	3.7	49	73	8	143	29	22	26	21	1.99
26045856--26045907	26	2.0	25	85	10	70	67	5	13	13	1.40
26063861--26064087	117	1.9	117	83	7	293	27	24	22	25	2.00
26070905--26070969	6	11.8	5	78	15	51	16	1	7	73	1.13
26070905--26070964	18	3.5	17	82	6	68	16	1	8	73	1.16
26070905--26070968	24	2.8	22	84	13	85	15	1	7	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26070905--26070968	12	5.7	12	75	13	57	15	1	7	75	1.11
26074870--26074903	17	1.9	18	88	5	52	73	0	0	26	0.83
26074956--26075272	151	2.1	151	80	8	351	55	11	1	31	1.44
26078181--26079244	354	3.0	355	98	0	2067	33	20	17	27	1.95
26086973--26087001	14	2.1	14	100	0	58	27	13	13	44	1.82
26091852--26091918	9	7.7	9	75	8	59	64	2	2	29	1.23
26092214--26092286	9	7.7	9	71	17	58	32	1	2	63	1.17
26092209--26092285	19	4.0	18	75	10	64	35	1	2	61	1.18
26101663--26101841	92	1.9	94	89	4	283	25	1	16	56	1.47
26101745--26102166	111	3.9	109	81	10	465	25	1	13	59	1.42
26101580--26102124	203	2.7	205	84	6	682	25	0	14	59	1.42
26103268--26103317	13	3.7	13	75	24	50	38	2	4	56	1.30
26103269--26103315	16	2.9	16	77	3	58	36	2	4	57	1.30
26104261--26104321	21	2.9	21	80	7	79	19	21	24	34	1.96
26105026--26105055	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
26105477--26105502	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
26111049--26111248	108	1.8	110	82	4	262	55	15	1	28	1.47
26115891--26115917	14	1.9	14	100	0	54	44	0	14	40	1.46
26122285--26122363	15	5.1	15	73	21	65	25	2	0	72	0.98
26122289--26122366	22	3.4	22	76	13	77	25	2	0	71	0.98
26122285--26122358	37	2.1	36	82	10	89	25	1	0	72	0.92
26122569--26122644	22	3.6	21	81	15	86	25	2	1	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26122566--26122653	43	2.2	40	78	13	90	26	2	2	69	1.12
26122115--26122954	278	3.0	281	95	2	1514	25	18	11	44	1.83
26122852--26122893	22	2.0	21	90	4	66	23	0	2	73	0.94
26122851--26122918	15	4.1	15	70	26	57	26	1	1	70	1.04
26123034--26123094	15	4.2	15	72	14	56	16	4	4	73	1.18
26123034--26123094	14	4.2	14	74	17	54	16	4	4	73	1.18
26123037--26123092	29	1.9	29	82	7	69	14	5	5	75	1.16
26125820--26125849	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
26127041--26127108	30	2.3	30	86	0	91	14	32	35	17	1.91
26133065--26133193	46	2.8	46	92	0	213	29	28	21	20	1.98
26133070--26133212	46	3.1	45	86	4	137	28	28	21	20	1.98
26135561--26135610	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
26135572--26135619	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
26138529--26138695	90	1.9	90	93	2	291	27	28	22	21	1.99
26138521--26138692	45	3.8	45	79	11	208	28	28	21	21	1.99
26145066--26145099	14	2.4	14	100	0	68	52	14	11	20	1.73
26148244--26148341	49	2.0	48	98	2	187	38	8	14	38	1.76
26148541--26148727	61	3.1	61	91	1	304	52	5	13	28	1.63
26149459--26149501	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
26153237--26153263	13	2.1	13	100	0	54	51	22	7	18	1.70
26156412--26156497	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
26156414--26156538	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26167857--26167902	22	2.1	22	95	0	83	30	19	4	45	1.70
26169585--26169628	22	2.0	22	100	0	88	27	36	22	13	1.92
26170149--26170187	13	3.0	13	82	10	53	30	0	2	66	1.05
26170146--26170187	16	2.4	18	80	11	52	30	0	2	66	1.04
26172607--26172781	46	3.8	46	80	10	212	21	21	28	29	1.99
26172604--26172775	93	1.8	93	93	0	299	21	22	28	27	1.99
26174119--26174182	6	11.5	6	93	3	84	17	0	1	81	0.77
26174118--26174182	5	12.0	5	90	9	85	18	0	1	80	0.80
26174118--26174182	10	5.9	11	91	8	98	18	0	1	80	0.80
26175504--26175624	46	2.6	46	85	2	154	21	23	12	42	1.86
26178111--26178318	46	4.5	47	78	7	169	29	19	27	23	1.98
26178152--26178473	46	6.8	45	76	11	222	27	18	29	24	1.98
26178111--26178472	140	2.5	141	81	8	380	28	18	29	24	1.98
26190113--26190147	14	2.5	14	95	0	61	34	28	11	25	1.91
26193431--26193479	24	2.0	24	88	0	71	24	18	16	40	1.90
26199644--26199670	13	2.1	13	100	0	54	14	25	14	44	1.84
26199680--26199727	24	2.0	24	95	0	87	12	22	12	52	1.73
26199686--26199735	24	2.1	24	88	7	75	14	28	12	46	1.79
26205736--26205984	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
26205735--26205984	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
26206079--26206110	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
26206322--26206379	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26213329--26213577	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
26213328--26213577	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
26213672--26213703	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
26213916--26213972	30	1.9	29	85	3	78	31	24	1	42	1.65
26224203--26224233	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
26226707--26226865	28	5.7	29	71	11	100	26	25	18	29	1.98
26226707--26226764	27	2.1	28	84	9	75	27	29	18	24	1.98
26226707--26226864	56	2.8	55	77	3	154	26	25	18	29	1.98
26226928--26226995	34	2.0	34	97	0	127	41	16	23	19	1.90
26227010--26227118	53	2.1	53	87	0	155	25	22	12	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290