genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68740037--68740207	93	1.8	93	92	0	288	29	30	18	21	1.97
68740028--68740203	46	3.8	46	78	15	191	30	29	18	21	1.97
68743652--68743780	43	3.0	44	75	5	129	32	25	13	28	1.93
68752503--68752601	46	2.2	46	92	0	162	46	8	10	35	1.67
68761659--68761757	46	2.2	46	92	0	162	47	8	9	35	1.65
68767181--68767877	47	14.7	47	92	4	1097	32	8	29	29	1.87
68767202--68767877	96	7.1	96	92	5	1128	32	8	29	29	1.86
68767996--68768074	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
68770078--68770137	23	2.5	24	84	15	79	66	6	5	21	1.34
68770095--68770140	23	2.0	23	100	0	92	60	8	4	26	1.44
68770764--68770806	15	2.9	14	82	10	50	13	0	34	51	1.42
68770745--68770900	7	21.9	7	72	10	84	19	0	33	46	1.55
68770836--68770900	28	2.3	28	83	0	94	21	0	33	44	1.53
68771076--68771284	114	1.8	114	85	2	294	29	13	22	34	1.92
68773875--68773927	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
68775410--68775474	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
68776088--68776514	160	2.7	160	91	3	709	32	9	6	51	1.61
68776550--68776638	9	10.1	9	80	7	76	48	20	0	31	1.50
68782428--68782472	19	2.4	19	88	3	65	8	4	26	60	1.46
68782648--68782836	43	4.4	44	83	2	233	28	17	25	27	1.98
68783740--68783768	12	2.4	12	100	0	58	31	13	17	37	1.89
68784958--68785000	20	2.1	21	86	4	61	37	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68787532--68787563	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
68787534--68787571	16	2.4	16	90	0	58	60	0	0	39	0.97
68791365--68791398	15	2.3	15	89	0	50	17	14	2	64	1.40
68798733--68798995	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
68806045--68806307	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
68809525--68809640	6	18.8	6	68	15	58	50	12	17	18	1.77
68809543--68809612	19	3.7	19	75	11	81	51	14	17	17	1.77
68809525--68809618	37	2.5	37	87	0	134	51	12	17	19	1.77
68809576--68809640	25	2.6	25	82	0	85	49	13	16	20	1.80
68809758--68809892	27	5.0	26	89	4	162	37	22	22	17	1.94
68810049--68810115	22	3.0	22	74	8	64	29	19	25	25	1.98
68810509--68810570	27	2.3	27	83	5	81	30	20	17	30	1.96
68810491--68810581	27	3.3	28	70	11	73	27	19	16	36	1.93
68810563--68810797	27	8.7	27	80	6	208	30	7	22	40	1.82
68810612--68810794	82	2.3	82	82	7	221	30	9	21	38	1.85
68811964--68812115	38	3.9	38	81	3	142	31	23	21	23	1.98
68817567--68817626	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
68817573--68817620	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
68818957--68819001	16	2.7	17	86	6	65	55	0	28	15	1.41
68821440--68821484	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
68822460--68822519	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
68822466--68822513	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68825061--68825234	38	4.5	38	85	2	197	31	25	22	20	1.98
68825061--68825241	76	2.3	78	82	2	222	30	25	21	22	1.98
68830804--68830838	18	2.0	18	88	5	54	20	45	20	14	1.85
68831221--68831266	14	3.1	15	81	15	51	41	0	2	56	1.11
68832911--68833023	18	6.3	18	77	2	93	37	11	14	37	1.82
68842203--68842243	15	2.7	15	82	14	57	68	0	4	26	1.10
68842266--68842304	19	2.1	19	85	9	53	51	10	5	33	1.58
68842682--68842719	19	2.0	19	85	10	51	23	0	26	50	1.50
68843100--68843144	6	7.5	6	94	0	72	20	20	13	46	1.83
68843253--68843352	18	5.6	18	89	0	128	43	13	11	33	1.78
68843253--68843366	36	3.2	36	84	0	129	42	13	11	33	1.80
68843253--68843366	54	2.1	54	83	0	138	42	13	11	33	1.80
68844225--68844270	22	2.1	22	91	0	74	30	23	26	19	1.98
68848132--68848172	15	2.7	15	82	14	57	68	0	4	26	1.10
68848195--68848233	19	2.1	19	85	9	53	51	10	5	33	1.58
68848207--68848273	22	3.0	22	70	23	52	50	2	5	40	1.42
68848278--68848318	9	4.3	9	87	9	55	78	2	17	2	0.98
68848292--68848321	15	2.0	15	93	0	51	76	0	20	3	0.92
68848608--68848645	19	2.0	19	85	10	51	23	0	26	50	1.50
68848780--68848816	18	2.1	18	85	14	51	54	5	16	24	1.63
68848926--68849043	51	2.2	52	83	7	141	16	19	22	41	1.90
68849160--68849255	18	5.3	18	85	0	111	41	12	11	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68849416--68849469	28	1.9	28	92	0	90	38	1	18	40	1.61
68853450--68853500	25	2.0	25	88	0	75	41	5	15	37	1.72
68858069--68858119	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
68858072--68858119	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
68863180--68863228	10	4.9	10	80	9	55	34	4	2	59	1.28
68863259--68863310	20	2.7	21	77	14	58	51	3	5	38	1.44
68863288--68863335	20	2.5	18	80	12	51	41	2	4	52	1.32
68863356--68863385	4	7.2	4	96	3	51	70	3	0	26	1.03
68863861--68863960	40	2.5	40	74	7	107	65	11	11	13	1.49
68864034--68864075	21	2.0	21	90	4	68	59	0	16	23	1.37
68864097--68864146	20	2.6	19	78	9	57	60	6	16	18	1.55
68864104--68864190	20	4.3	20	80	1	84	62	8	13	16	1.54
68865962--68866046	42	2.0	42	100	0	170	35	16	23	24	1.95
68866405--68866464	29	2.1	29	93	0	102	30	21	10	38	1.86
68867442--68867558	57	2.1	57	100	0	234	31	26	3	38	1.73
68871641--68871687	25	2.0	23	87	8	67	40	6	0	53	1.27
68872107--68872171	33	2.2	29	75	21	71	32	24	7	35	1.84
68872115--68872182	33	2.1	33	100	0	136	36	22	8	32	1.85
68872148--68874904	713	3.9	712	83	5	3285	40	20	10	28	1.86
68875315--68875422	26	4.2	26	91	0	180	31	7	25	36	1.83
68876599--68876628	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
68876867--68876942	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68877046--68877132	27	3.2	27	82	9	115	18	24	22	34	1.96
68879749--68879797	24	2.0	24	100	0	98	38	24	4	32	1.74
68880168--68880375	56	3.7	56	83	2	238	34	24	14	25	1.94
68880346--68880380	13	2.5	15	81	18	56	34	28	11	25	1.91
68880351--68880380	13	2.3	13	100	0	60	33	26	13	26	1.93
68884408--68884460	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
68885945--68886054	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
68891611--68893294	712	2.4	713	83	4	2054	39	19	11	29	1.87
68897447--68897517	29	2.5	29	83	2	90	30	14	25	29	1.94
68899425--68899494	24	2.8	25	82	8	81	31	18	27	22	1.97
68901243--68901460	40	5.5	40	92	1	341	26	27	22	22	1.99
68905930--68905970	20	2.0	20	95	0	73	17	29	36	17	1.92
68918629--68918656	14	2.0	14	100	0	56	28	7	0	64	1.20
68922248--68922304	3	18.7	3	89	3	69	31	5	1	61	1.28
68922223--68922280	22	2.7	21	84	10	73	36	1	0	62	1.06
68927142--68927179	8	4.8	8	93	0	67	86	0	0	13	0.56
68927135--68927182	16	3.2	15	88	8	71	87	0	2	10	0.62
68927719--68927752	17	1.9	18	88	5	52	79	0	20	0	0.73
68928032--68928159	65	2.0	65	84	3	168	22	17	10	50	1.76
68928573--68928741	81	2.1	81	84	1	212	31	19	24	24	1.98
68928659--68928747	46	1.9	46	88	0	133	31	17	24	25	1.97
68930133--68930305	46	3.7	46	74	13	174	21	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68930126--68930298	93	1.9	93	93	0	301	21	20	29	28	1.98
68931875--68932002	44	2.9	44	85	2	168	31	15	23	29	1.95
68932064--68932533	44	10.4	44	67	10	207	30	22	18	28	1.97
68931967--68932269	143	2.1	143	87	2	430	28	18	23	29	1.98
68932237--68932533	88	3.4	88	87	1	409	30	23	16	28	1.96
68934864--68934890	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
68935670--68935751	3	27.3	3	75	7	69	31	2	4	60	1.30
68940271--68940375	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
68940234--68940375	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
68940234--68940381	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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